Мутагенез ( / m juː t ə ˈ dʒ ɛ n ɪ s ɪ s / ) — это процесс, посредством которого генетическая информация организма изменяется в результате возникновения мутации . Оно может возникнуть спонтанно в природе или в результате воздействия мутагенов . Этого также можно достичь экспериментально с помощью лабораторных процедур. Мутаген — это агент, вызывающий мутации, химические или физические, который приводит к увеличению частоты мутаций в генетическом коде организма. В природе мутагенез может привести к раку и различным наследственным заболеваниям , а также является движущей силой эволюции . Мутагенез как наука был разработан на основе работ Германа Мюллера , Шарлотты Ауэрбах и Дж. М. Робсона в первой половине 20 века. [1]
ДНК может быть модифицирована естественным или искусственным путем под действием ряда физических, химических и биологических агентов, что приводит к мутациям . Герман Мюллер обнаружил, что «высокие температуры» обладают способностью мутировать гены в начале 1920-х годов [2] , а в 1927 году продемонстрировал причинно-следственную связь с мутацией, экспериментируя с рентгеновским аппаратом , отметив филогенетические изменения при облучении плодовых мух относительно высокая доза рентгеновского излучения . [3] [4] Мюллер наблюдал ряд хромосомных перестроек в своих экспериментах и предположил, что мутации являются причиной рака. [5] [6] Связь воздействия радиации и рака наблюдалась еще в 1902 году, через шесть лет после открытия рентгеновских лучей Вильгельмом Рентгеном и открытия радиоактивности Анри Беккерелем . [7] Льюис Стадлер , современник Мюллера, также показал влияние рентгеновских лучей на мутации ячменя в 1928 году и ультрафиолетового ( УФ) излучения на кукурузу в 1936 году . [8] В 1940-х годах Шарлотта Ауэрбах и Дж. М. Робсон обнаружили, что горчица газ также может вызывать мутации у плодовых мух. [9]
В то время как изменения в хромосоме, вызванные рентгеновским излучением и горчичным газом, были легко заметны ранним исследователям, другие изменения в ДНК, вызванные другими мутагенами, было не так легко обнаружить; механизм, посредством которого они происходят, может быть сложным, и его раскрытие займет больше времени. Например, еще в 1775 году было высказано предположение, что сажа является причиной рака, [10] а в 1915 году было показано, что каменноугольная смола вызывает рак. [11] Позже было показано, что химические вещества, участвующие в обоих процессах, представляют собой полициклические ароматические углеводороды (ПАУ). . [12] ПАУ сами по себе не являются канцерогенными, и в 1950 году было высказано предположение, что канцерогенными формами ПАУ являются оксиды, образующиеся в качестве метаболитов в результате клеточных процессов. [13] Метаболический процесс был идентифицирован в 1960-х годах как катализ цитохрома P450 , который производит реактивные виды, которые могут взаимодействовать с ДНК с образованием аддуктов или молекул продуктов, образующихся в результате реакции ДНК и, в данном случае, цитохрома P450; [14] [15] однако механизм, с помощью которого аддукты ПАУ вызывают мутации, все еще находится в стадии изучения.
Повреждение ДНК — это аномальное изменение в структуре ДНК , которое само по себе не может быть воспроизведено при репликации ДНК . Напротив, мутация — это изменение последовательности нуклеиновой кислоты , которое может быть реплицировано; следовательно, мутация может передаваться по наследству от одного поколения к другому. Повреждение может произойти в результате химического присоединения (аддукта) или структурного разрушения основания ДНК (создание аномального нуклеотида или фрагмента нуклеотида) или разрыва одной или обеих цепей ДНК. Такое повреждение ДНК может привести к мутации. Когда ДНК, содержащая повреждение, реплицируется, неправильное основание может быть вставлено в новую комплементарную цепь во время ее синтеза (см. Репарация ДНК § Синтез транслезий ). Неправильная вставка в новую цепь произойдет напротив поврежденного участка в цепи матрицы, и эта неправильная вставка может стать мутацией (т. е. измененной парой оснований) в следующем раунде репликации. Более того, двухцепочечные разрывы ДНК могут быть исправлены с помощью неточного процесса репарации — негомологичного соединения концов , что приводит к мутациям. Мутации обычно можно избежать, если точные системы репарации ДНК распознают повреждение ДНК и восстанавливают его до завершения следующего раунда репликации. По крайней мере 169 ферментов либо непосредственно участвуют в репарации ДНК, либо влияют на процессы репарации ДНК. Из них 83 непосредственно задействованы в 5 типах процессов репарации ДНК, указанных в таблице, приведенной в статье «Репарация ДНК» .
Ядерная ДНК млекопитающих может выдерживать более 60 000 эпизодов повреждения на клетку в день, как указано в ссылках на повреждения ДНК (естественные) . Если их не исправить, эти аддукты после неправильной репликации за пределами поврежденных участков могут привести к мутациям. В природе возникающие мутации могут быть как полезными, так и вредными — это движущая сила эволюции. Организм может приобрести новые черты посредством генетической мутации, но мутация также может привести к нарушению функции генов и, в тяжелых случаях, вызвать смерть организма. Мутация также является основным источником приобретения устойчивости бактерий к антибиотикам и к противогрибковым агентам у дрожжей и плесени. [16] [17] В лабораторных условиях мутагенез является полезным методом генерации мутаций, который позволяет детально исследовать функции генов и генных продуктов, производя белки с улучшенными характеристиками или новыми функциями, а также мутантные штаммы с полезными свойствами. характеристики. Первоначально способность радиационных и химических мутагенов вызывать мутации использовалась для создания случайных мутаций, но позже были разработаны методы для введения специфических мутаций.
У человека от родителей потомству передается в среднем 60 новых мутаций. Однако самцы человека, как правило, передают больше мутаций в зависимости от своего возраста, передавая своему потомству в среднем две новые мутации с каждым дополнительным годом своего возраста. [18] [19]
Мутагенез может происходить эндогенно (например, спонтанный гидролиз), в результате нормальных клеточных процессов, которые могут генерировать активные формы кислорода и аддукты ДНК , или в результате ошибок в репликации и репарации ДНК. [20] Мутагенез может также происходить в результате присутствия мутагенов окружающей среды, которые вызывают изменения в ДНК организма. Механизм возникновения мутации варьируется в зависимости от мутагена или возбудителя. Большинство мутагенов действуют либо прямо, либо косвенно через мутагенные метаболиты на ДНК организма, вызывая повреждения. Однако некоторые мутагены могут влиять на механизм репликации или распределения хромосом, а также на другие клеточные процессы.
Мутагенез также может быть самоиндуцирован одноклеточными организмами, когда условия окружающей среды ограничивают рост организма, например, бактерии, растущие в присутствии антибиотиков, дрожжи, растущие в присутствии противогрибкового агента, или другие одноклеточные организмы, растущие в среде с недостатком важное питательное вещество [21] [22] [23]
Многие химические мутагены требуют биологической активации, чтобы стать мутагенными. Важной группой ферментов, участвующих в образовании мутагенных метаболитов, является цитохром Р450 . [24] Другие ферменты, которые также могут продуцировать мутагенные метаболиты, включают глутатион-S-трансферазу и микросомальную эпоксидгидролазу . Мутагены, которые сами по себе не являются мутагенными, но требуют биологической активации, называются промутагенами.
Хотя большинство мутагенов производят эффекты, которые в конечном итоге приводят к ошибкам репликации, например, создавая аддукты, которые мешают репликации, некоторые мутагены могут напрямую влиять на процесс репликации или снижать его точность. Базовый аналог, такой как 5-бромурацил, может заменять тимин при репликации. Такие металлы, как кадмий, хром и никель, могут усиливать мутагенез разными способами, помимо прямого повреждения ДНК, например, снижая способность исправлять ошибки, а также вызывая эпигенетические изменения. [25]
Мутации часто возникают в результате проблем, вызванных повреждениями ДНК во время репликации, что приводит к ошибкам репликации. У бактерий обширное повреждение ДНК мутагенами приводит к одноцепочечным разрывам ДНК во время репликации. Это вызывает реакцию SOS — процесс аварийного восстановления, который также подвержен ошибкам, тем самым генерируя мутации. В клетках млекопитающих остановка репликации в поврежденных участках вызывает ряд механизмов спасения, которые помогают обойти повреждения ДНК, однако это также может приводить к ошибкам. Семейство ДНК-полимераз Y специализируется на обходе повреждений ДНК в процессе, называемом синтезом транспоражений (TLS), при котором эти полимеразы, обходящие повреждения, заменяют остановившуюся высокоточную репликативную ДНК-полимеразу, транзитируют повреждение и удлиняют ДНК до тех пор, пока повреждение не будет пройдено. что нормальная репликация может возобновиться; эти процессы могут быть подвержены ошибкам или безошибочны.
Число эпизодов повреждения ДНК , происходящих в клетке млекопитающего в сутки, велико (более 60 000 в сутки). Частые повреждения ДНК, вероятно, являются проблемой для всех ДНК-содержащих организмов, а необходимость справляться с повреждениями ДНК и минимизировать их вредные последствия, вероятно, является фундаментальной проблемой для жизни. [ нужна цитата ]
Большинство спонтанных мутаций, вероятно, возникают в результате склонного к ошибкам синтеза транс-повреждений за пределами места повреждения ДНК в цепи матрицы во время репликации ДНК. Этот процесс может преодолеть потенциально смертельные блокировки, но за счет внесения неточностей в дочернюю ДНК. Причинно-следственная связь повреждения ДНК со спонтанной мутацией иллюстрируется на примере аэробно растущих бактерий E. coli , у которых 89% спонтанно возникающих мутаций с заменой оснований вызваны повреждением ДНК, вызванным активными формами кислорода (АФК). [26] У дрожжей более 60% спонтанных замен и делеций одноосновных пар, вероятно, вызваны синтезом транс-повреждения. [27]
Дополнительным важным источником мутаций у эукариот является неточный процесс репарации ДНК ( негомологичное соединение концов) , который часто используется для восстановления двухцепочечных разрывов. [28]
В целом, по-видимому, основной причиной спонтанных мутаций является склонный к ошибкам синтез трансповреждений во время репликации ДНК и что склонный к ошибкам негомологичный путь репарации с соединением концов также может вносить важный вклад у эукариот.
ДНК не совсем стабильна в водном растворе, и может произойти депуринизация ДНК. В физиологических условиях гликозидная связь может гидролизоваться спонтанно, и, по оценкам, каждый день в клетке депуринируются 10 000 пуриновых участков ДНК. [20] Для ДНК существуют многочисленные пути репарации ДНК; однако, если апуриновый сайт не восстановлен, во время репликации может произойти неправильное включение нуклеотидов. Аденин преимущественно включается ДНК-полимеразами в апуриновый сайт .
Цитидин также может дезаминироваться до уридина со скоростью, составляющей одну пятисотую скорости депуринации, что может привести к переходу G в A. Эукариотические клетки также содержат 5-метилцитозин , который, как полагают, участвует в контроле транскрипции генов, который может дезаминироваться в тимин.
Таутомеризация — это процесс, при котором соединения самопроизвольно перестраиваются, принимая свои структурные изомерные формы. Например, кето (C=O) формы гуанина и тимина могут перегруппировываться в их редкие енольные (-OH) формы, тогда как амино (-NH 2 ) формы аденина и цитозина могут образовывать более редкие имино (=NH) формы. формы. При репликации ДНК таутомеризация изменяет места спаривания оснований и может вызвать неправильное спаривание оснований нуклеиновых кислот. [29]
Основания могут быть эндогенно модифицированы нормальными клеточными молекулами. Например, ДНК может быть метилирована S-аденозилметионином , изменяя таким образом экспрессию меченого гена без мутации самой последовательности ДНК. Модификация гистонов - это родственный процесс, при котором белки-гистоны, вокруг которых спирали ДНК, могут быть аналогичным образом модифицированы посредством метилирования, фосфорилирования или ацетилирования; эти модификации могут изменять экспрессию генов локальной ДНК, а также могут указывать на места поврежденной ДНК, нуждающиеся в восстановлении. ДНК также может быть гликозилирована путем восстановления сахаров .
Многие соединения, такие как ПАУ, ароматические амины , афлатоксины и пирролизидиновые алкалоиды , могут образовывать активные формы кислорода , катализируемые цитохромом P450. Эти метаболиты образуют аддукты с ДНК, что может вызывать ошибки репликации, а объемистые ароматические аддукты могут образовывать стабильные интеркаляции между основаниями и блокировать репликацию. Аддукты также могут вызывать конформационные изменения ДНК. Некоторые аддукты также могут приводить к депуринизации ДНК; [30] однако неясно, насколько значима такая депуринация, вызванная аддуктами, для возникновения мутаций.
Алкилирование и арилирование оснований могут вызывать ошибки репликации. Некоторым алкилирующим агентам, таким как N- нитрозамины , может потребоваться каталитическая реакция цитохрома-P450 для образования реакционноспособного алкильного катиона. Наиболее подвержены атаке N 7 и O 6 гуанина и N 3 и N 7 аденина. Аддукты N 7 -гуанина составляют основную часть аддуктов ДНК , но они, по-видимому, не являются мутагенными. Алкилирование по O 6 гуанина, однако, вредно, поскольку эксцизионное восстановление O 6 -аддукта гуанина может быть плохим в некоторых тканях, таких как мозг. [31] Метилирование гуанина O 6 может привести к переходу G в A , в то время как O 4 -метилтимин может неправильно спариться с гуанином. Однако тип возникающей мутации может зависеть от размера и типа аддукта, а также последовательности ДНК. [32]
Ионизирующая радиация и активные формы кислорода часто окисляют гуанин с образованием 8-оксогуанина .
Ионизирующее излучение может производить высокореактивные свободные радикалы, которые могут разрушать связи в ДНК. Двухцепочечные разрывы особенно разрушительны и их трудно восстановить, вызывая транслокацию и делецию части хромосомы. Алкилирующие агенты, такие как горчичный газ, также могут вызывать повреждения остова ДНК. Окислительный стресс также может генерировать высокоактивные формы кислорода , которые могут повредить ДНК. Неправильное восстановление других повреждений, вызванных высокореактивными видами, также может привести к мутациям.
Ковалентные связи между основаниями нуклеотидов в ДНК, будь они в одной и той же цепи или в противоположных цепях, называются сшивкой ДНК ; сшивание ДНК может влиять как на репликацию, так и на транскрипцию ДНК и может быть вызвано воздействием различных агентов. Некоторые природные химические вещества также могут способствовать сшиванию, например, псоралены после активации УФ-излучением и азотистая кислота. Межнитевое сшивание (между двумя нитями) причиняет больший ущерб, поскольку блокирует репликацию и транскрипцию и может вызвать хромосомные поломки и перестройки. Некоторые сшивающие агенты, такие как циклофосфамид , митомицин С и цисплатин , используются в качестве противораковых химиотерапевтических средств из-за их высокой степени токсичности для пролиферирующих клеток.
Димеризация состоит из соединения двух мономеров с образованием олигомера, например, образования пиримидиновых димеров в результате воздействия УФ-излучения , что способствует образованию циклобутильного кольца между соседними тиминами в ДНК. [33] В клетках кожи человека тысячи димеров могут образовываться за день из-за обычного воздействия солнечного света. ДНК-полимераза η может помочь безошибочно обойти эти повреждения; [34] однако люди с дефектной функцией восстановления ДНК, например, с пигментной ксеродермией , чувствительны к солнечному свету и могут быть склонны к раку кожи.
Клинически, сформировалась ли опухоль как прямое следствие УФ-излучения, можно определить с помощью анализа секвенирования ДНК на предмет характерного контекстно-зависимого паттерна димеризации, который возникает из-за чрезмерного воздействия солнечного света. [35]
Плоская структура химических веществ, таких как бромид этидия и профлавин, позволяет им вставляться между основаниями ДНК. Эта вставка заставляет остов ДНК растягиваться и повышает вероятность проскальзывания ДНК во время репликации, поскольку связь между нитями становится менее стабильной из-за растяжения. Проскальзывание вперед приведет к мутации удаления , тогда как проскальзывание назад приведет к мутации вставки . Кроме того, интеркаляция в ДНК антрациклинов , таких как даунорубицин и доксорубицин , нарушает функционирование фермента топоизомеразы II , блокируя репликацию, а также вызывая митотическую гомологичную рекомбинацию.
Транспозоны и вирусы или ретротранспозоны могут вставлять последовательности ДНК в кодирующие области или функциональные элементы гена и приводить к инактивации гена. [36]
Адаптивный мутагенез определяется как механизмы мутагенеза, которые позволяют организму адаптироваться к стрессу окружающей среды. Поскольку разнообразие экологических стрессов очень велико, механизмы, которые его вызывают, также весьма широки, как показали исследования в этой области. Например, было показано, что у бактерий модуляция SOS-ответа и синтез эндогенной профаговой ДНК увеличивает устойчивость Acinetobacter baumannii к ципрофлоксацину. [16] Предполагается, что механизмы устойчивости связаны с хромосомными мутациями, которые непередаются посредством горизонтального переноса генов у некоторых членов семейства Enterobacteriaceae, таких как E. coli, виды Salmonella, виды Klebsiella и виды Enterobacter . [37] Хромосомные события, особенно амплификация генов, по-видимому, также имеют отношение к этому адаптивному мутагенезу у бактерий. [38]
Исследования эукариотических клеток гораздо менее многочисленны, но хромосомные события, по-видимому, также весьма актуальны: хотя сообщалось, что эктопическая внутрихромосомная рекомбинация участвует в приобретении устойчивости к 5-фторцитозину у Saccharomyces cerevisiae , [17] было обнаружено, что дупликации генома придают S. cerevisiae устойчивость к среде с низким содержанием питательных веществ. [21] [39] [40]
В лаборатории мутагенез — это метод, с помощью которого мутации ДНК намеренно создаются для производства мутантных генов, белков или штаммов организмов. Различные составляющие гена, такие как его контрольные элементы и его генный продукт, могут быть мутированы, чтобы можно было детально изучить функцию гена или белка. Мутация может также привести к образованию мутантных белков с измененными свойствами или усиленными или новыми функциями, которые могут оказаться коммерчески полезными. Также могут быть получены мутантные штаммы организмов, которые имеют практическое применение или позволяют исследовать молекулярные основы конкретных функций клеток.
Ранние методы мутагенеза вызывали совершенно случайные мутации; однако современные методы мутагенеза способны вызывать сайт-специфические мутации . Современные лабораторные методы, используемые для создания этих мутаций, включают:
{{cite web}}
: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )