Illumina, Inc. — американская биотехнологическая компания со штаб-квартирой в Сан-Диего , Калифорния. Основанная 1 апреля 1998 года, Illumina разрабатывает, производит и продает интегрированные системы для анализа генетической изменчивости и биологической функции. Компания предоставляет линейку продуктов и услуг, которые обслуживают рынки секвенирования , генотипирования и экспрессии генов , а также протеомики и обслуживает более 155 стран. [2]
Клиентами Illumina являются центры геномных исследований, фармацевтические компании, академические учреждения, организации клинических исследований и биотехнологические компании. [1]
.jpg/1280px-Czarnik,_Stuelpnagel,_Chee_(July_'98).jpg)
Illumina была основана в апреле 1998 года Дэвидом Уолтом, Ларри Боком , Джоном Штуелпнагелем, Энтони Чарником и Марком Чи. Работая с CW Group, фирмой венчурного капитала, Бок и Штуелпнагель обнаружили то, что впоследствии стало технологией BeadArray компании Illumina [3] в Университете Тафтса , и договорились об эксклюзивной лицензии на эту технологию. В 1999 году Illumina приобрела Spyder Instruments (основанную Михалом Леблом, Ричардом Хоутеном и Юттой Эйхлер) за их технологию высокопроизводительного синтеза олигонуклеотидов. Illumina завершила свое первичное публичное размещение акций в июле 2000 года. [4]
Компания Illumina начала предлагать услуги генотипирования полиморфизма одного нуклеотида (SNP) в 2001 году и запустила свою первую систему Illumina BeadLab в 2002 году, используя технологию генотипирования GoldenGate. В настоящее время Illumina предлагает продукты и услуги на основе микрочипов для расширяющегося спектра генетического анализа секвенирования, включая генотипирование SNP, экспрессию генов и анализ белков . Технологии Illumina используются широким кругом академических, государственных, фармацевтических, биотехнологических и других ведущих учреждений по всему миру.
26 января 2007 года компания завершила приобретение британской компании Solexa, Inc. за ~$650M. [5] Solexa была основана в июне 1998 года Шанкаром Баласубраманьяном и Дэвидом Кленерманом для разработки и коммерциализации технологии геномного секвенирования, изобретенной основателями в Кембриджском университете. Solexa, Inc. была образована в 2005 году, когда Solexa Ltd преобразовалась в Lynx Therapeutics of Hayward . [6] Illumina также использует технологию секвенирования колоний ДНК, изобретенную в 1997 году Паскалем Майером и Лораном Фаринелли [7] и приобретенную Solexa в 2004 году у Manteia Predictive Medicine . Она используется для выполнения ряда анализов, включая повторное секвенирование всего генома, анализ экспрессии генов и анализ малой рибонуклеиновой кислоты (мРНК).
В июне 2009 года компания Illumina объявила о запуске собственной службы персонального полного секвенирования генома на глубине 30X. [8]
До 2010 года Illumina продавала только приборы с маркировкой «только для исследовательских целей»; в начале 2010 года Illumina получила одобрение FDA на использование своей системы BeadXpress в клинических испытаниях. [9] [10] Это было частью стратегии компании в то время по открытию собственной лаборатории CLIA и началу самостоятельного предложения клинического генетического тестирования. [11]
Illumina приобрела Epicentre Biotechnologies, базирующуюся в Мэдисоне, штат Висконсин , 11 января 2011 года. [12] 25 января 2012 года Hoffmann-La Roche сделала незапрошенное предложение о покупке Illumina по цене 44,50 долл. США за акцию или около 5,7 млрд. долл. США. [13] [14] Roche попробовала другие тактики, включая повышение своего предложения (до 51,00 долл. США, что составляет около 6,8 млрд. долл. США). [15] Illumina отклонила предложение, [16] а Roche отказалась от предложения в апреле. [17]
В 2014 году компания анонсировала многомиллионный продукт HiSeq X Ten. [18] [19] В январе 2014 года Illumina уже занимала 70% рынка машин для секвенирования генома. [20] На машины Illumina приходилось более 90% всех произведенных данных ДНК. [21] В 2020 году компания инвестировала в приобретение докоммерческой фирмы Enancio, которая разработала алгоритм сжатия данных ДНК, специально предназначенный для данных Illumina, способный сократить объем хранилища на 80% (например, 50 ГБ сжимаются до 10 ГБ). [22]
5 июля 2016 года Джей Флэтли, занимавший пост генерального директора с 1999 года, занял должность исполнительного председателя совета директоров. Фрэнсис де Соуза , занимавший пост президента компании с 2013 года, занял дополнительную должность генерального директора. [23]
В конце 2015 года Illumina выделила компанию Grail , сосредоточившись на тестировании крови на наличие раковых опухолей в кровотоке. В 2017 году Grail планировала привлечь 1 миллиард долларов во втором раунде финансирования и получила финансирование от Билла Гейтса и Джеффа Безоса, инвестировавших 100 миллионов долларов в серию финансирования A , при этом Illumina сохранила 20% акций Grail. [24] Grail работает над испытанием анализа крови с участием более 120 000 женщин во время запланированных визитов к маммографу в штатах Миннесота и Висконсин , а также в партнерстве с клиникой Майо . Grail использует технологию секвенирования Illumina для тестов. [25] Grail планировала развернуть тесты к 2019 году . [26] В сентябре 2020 года Illumina объявила о предлагаемой сделке за наличные и акции по приобретению Grail за 8 миллиардов долларов. [27] [28]
В ноябре 2018 года Illumina предложила приобрести Pacific Biosciences за 8 долларов за акцию или в общей сложности около 1,2 миллиарда долларов. [29] [30] В декабре 2019 года Федеральная торговая комиссия (FTC) подала в суд, чтобы заблокировать приобретение. [31] Предложенная сделка была отменена 2 января 2020 года, и Illumina выплатила Pacific комиссию за расторжение в размере 98 миллионов долларов. [32]
В марте 2021 года FTC подала в суд, чтобы заблокировать вертикальное слияние Illumina с Grail на сумму 7,1 млрд долларов. [33] [34] В июле 2021 года Европейская комиссия начала углубленное расследование приобретения Grail компанией Illumina. [35] Вопреки распоряжениям активных расследований как FTC США, так и Европейской комиссии ЕС, Illumina публично объявила о завершении приобретения Grail 18 августа 2021 года. [36] Вскоре после этого FTC настоятельно призвала Illumina «отменить» слияние, [37] а в октябре 2021 года Европейская комиссия приказала Illumina сохранить Grail отдельной компанией [38] и приняла временные меры для предотвращения ущерба конкуренции или столкнуться с выплатой штрафных санкций в размере до 5% от их среднего дневного оборота и/или штрафов в размере до 10% от их годового мирового оборота в соответствии со статьями 15 и 14 Регламента ЕС о слияниях соответственно. [35] В сентябре 2022 года административный судья США вынес решение против усилий FTC по предотвращению приобретения по антимонопольным основаниям. [39] В апреле 2023 года FTC постановила, что Grail должен быть продан Illumina. [40] В июле 2023 года Европейская комиссия наложила штраф в размере 432 млн евро (476 млн долларов США) на Illumina за закрытие приобретения Grail без одобрения ЕС. [41]
В сентябре 2022 года Illumina запустила NovaSeq X и NovaSeq X Plus. [42] NovaSeq X Plus может секвенировать 20 000 геномов в год по сравнению с 7500 в год предыдущими машинами Illumina и генерировать до 16 ТБ данных за запуск. [42] Серия включает в себя переработанные реагенты, красители и полимеразы, которые можно транспортировать при температуре окружающей среды. [43]
В июне 2023 года ДеСоуза ушел с поста генерального директора Illumina и был заменен временным генеральным директором Чарльзом Дадсвеллом, главным юрисконсультом компании. [44] Также в июне 2023 года генеральный директор Hologic Стивен Макмиллан был назначен неисполнительным председателем совета директоров. [45]
В сентябре 2023 года старший вице-президент Agilent Technologies Джейкоб Тайсен был назначен генеральным директором. [46]
В октябре 2023 года Европейская комиссия распорядилась о том, чтобы Grail был выведен из состава Illumina в течение следующих двенадцати месяцев. [47] Illumina заявила, что рассмотрит возможность продажи третьей стороне или сделки на рынках капитала, если ей не удастся выиграть текущее судебное разбирательство. [48]
Ниже приведена иллюстрация слияний, поглощений, отделений компании и ее исторических предшественников:
Illumina продает ряд высокопроизводительных систем секвенирования ДНК, также известных как ДНК-секвенаторы, основанные на технологии, разработанной Solexa. Технология включает мостовую амплификацию для создания кластеров и обратимых терминаторов для определения последовательности. [49] [50] Технология, лежащая в основе этих систем секвенирования, включает лигирование фрагментированной ДНК на чип с последующим добавлением праймера и последовательным включением и обнаружением флуоресцентного dNTP .
В зависимости от используемого набора, по данным компании, серия MiSeq генерирует до 25 миллионов прочтений за один запуск. [51] С двумя проточными ячейками NextSeq 2000 генерирует до 2,4 миллиарда отдельных прочтений за один запуск [52] , а серия NovaSeq X генерирует до 52 миллиардов отдельных прочтений за один запуск. [53] Illumina использует секвенирование следующего поколения , которое намного быстрее и эффективнее традиционного секвенирования по Сэнгеру . [54] Секвенаторы Illumina выполняют секвенирование с короткими прочтениями и основаны на изображениях, используя секвенирование красителей Illumina . [54] Эта технология имеет более высокую точность, чем секвенирование с длинными прочтениями . [54]
Секвенирование Illumina происходит в проточных ячейках . Эти проточные ячейки имеют небольшой размер и размещаются в отсеке проточной ячейки. Кластеризация проточной ячейки происходит, когда денатурированный образец ДНК помещается в проточную ячейку. Праймеры , уже находящиеся в канале проточной ячейки, захватывают и связываются с концами короткого денатурированного образца ДНК. Затем добавляется ДНК-полимераза и вводятся строительные блоки ДНК. Это приводит к тому, что вновь синтезированная нить ограничивается дном проточной ячейки. Затем исходная нить шаблона вымывается, связывая вновь синтезированную нить с другой последовательностью ДНК, присутствующей на поверхности. ДНК-полимераза и строительные блоки вводятся снова, образуя новую нить. Эти шаги повторяются до тех пор, пока в кластере не будет сделано около 1000 копий. [54]
В 2005 году соучредитель и бывший главный научный сотрудник Энтони Чарник подал в суд на Illumina. В деле Чарник против Illumina Inc. суд первой инстанции частично удовлетворил ходатайство Illumina об отклонении иска, но разрешил Чарнику продолжить исправление претензий на авторство. [55]
В 2010 году Корнелльский университет и Life Technologies подали иск против Illumina, утверждая, что ее микрочиповые продукты нарушают восемь патентов, принадлежащих университету и лицензированных исключительно для стартапа. Дело было урегулировано в апреле 2017 года без установления какой-либо вины. В сентябре 2017 года обе стороны потребовали пересмотра соглашения, при этом Корнелл обвинил как Illumina, так и Life Technologies в искажении фактов и мошенничестве. [56] Корнелл заявил, что ThermoFisher обещала урегулировать иск с Illumina, и попросила отменить формулировку Маркмана, чтобы она могла подать последующий иск с участием других патентов, изобретенных в Корнелле. Вместо того чтобы подать иск, ThermoFisher и Illumina урегулировали еще один иск в Калифорнии и тайно сублицензировали те же самые патенты. В 2018 году доктор Мониб Зирви подал иск в Южном округе Нью-Йорка против Illumina и некоторых ее ключевых сотрудников, утверждая, что они сознательно включили идеи и последовательности ДНК ZipCode, изобретенные в Barany Lab, в патентные заявки Illumina. Хотя этот иск был отклонен, это произошло только после того, как Illumina и ее адвокаты заявили, что некоторые из этих случаев незаконного присвоения интеллектуальной собственности были «штормовыми предупреждениями», и, таким образом, сроки исковой давности по этим конкретным искам истекли. Доктор Мониб Зирви также подал иск FOIA в Нью-Джерси в 2020 году за неотредактированные копии ключевых грантов NIH, которые Illumina подала в начале своего существования. Уильям Нун, штатный юрист Illumina, также подал запрос FOIA на 4 из этих ключевых грантов в январе 2015 года.
Illumina была стороной в патентном иске против конкурента Ariosa Diagnostics. Тяжба началась в 2012 году с подачи иска Verinata Health против Ariosa. Illumina присоединилась к иску после приобретения Verinata в 2013 году. Впоследствии Ariosa подала встречный иск против Illumina. [57] Суд первой инстанции вынес решение в пользу Ariosa, но Апелляционный суд Соединенных Штатов по федеральному округу отменил его. [58] Ariosa изначально подала апелляцию в Верховный суд Соединенных Штатов , но обе стороны урегулировали спор до того, как суд принял решение о рассмотрении дела. [59]
В феврале 2016 года Illumina подала иск против Oxford Nanopore Technologies . Illumina заявила, что Oxford Nanopore нарушила ее патенты на использование биологической нанопоры, Mycobacterium smegmatis porinA (MspA), для систем секвенирования. [60] [61] В августе 2016 года стороны урегулировали свой иск. [62]
В феврале 2020 года Illumina подала иск о нарушении патентных прав против BGI, касающийся ее продуктов для секвенирования «CoolMPS». [63] В ответ BGI подала иски о нарушении патентных прав за нарушение федеральных антимонопольных законов и законов Калифорнии о недобросовестной конкуренции , заявив об использовании «мошеннического поведения» для получения или принудительного исполнения патентов на секвенирование, которые она предъявила BGI, что помешало фирме выйти на рынок США. [64] Однако в мае 2022 года Illumina было предписано выплатить 333 миллиона долларов американскому подразделению BGI в Калифорнии за нарушение двух патентов на системы секвенирования ДНК. Жюри дела также заявило, что Illumina умышленно нарушила патенты, и что их прежнее обвинение BGI в нарушении было недействительным. [65]
6 мая 2022 года присяжные в окружном суде США по округу Делавэр вынесли вердикт о том, что Illumina умышленно нарушила два патента, принадлежащих Complete Genomics , и присудили CGI около 334 миллионов долларов в качестве возмещения прошлых убытков. Присяжные также признали недействительными три патента, принадлежащих Illumina. [66]
В марте 2022 года Illumina подала в суд на Хельми Элтухи и Амира Таласаза, соучредителей Guardant , за кражу коммерческой тайны. [67] Guardant назвала иск «легкомысленным и ответным» и представила его как ответ на свои опасения по поводу слияния Illumina-Grail. [67] Guardant также заявила, что иск был подан с целью подавления конкуренции на рынке. [68]
32 ° 53'15 "N 117 ° 10'23" W / 32,8875924 ° N 117,1730577 ° W / 32,8875924; -117.1730577