stringtranslate.com

Институт геномики и интегративной биологии

Южный кампус CSIR-IGIB

Институт геномики и интегративной биологии CSIR ( CSIR-IGIB ) — научно -исследовательский институт , занимающийся в первую очередь биологическими исследованиями. Является частью Совета по научным и промышленным исследованиям (CSIR), Индия. [1]

Институт был основан в 1977 году как Центр биохимических технологий с основным направлением деятельности — биохимическими исследованиями, но с тех пор переключил фокус своих исследований на интегративную биологию.

Расположение

Институт имеет два кампуса в Дели. Северный кампус является старым из двух кампусов и находится в кампусе Делийского университета , на Mall Road напротив Jubilee Hall. Новый кампус находится в Южном Дели , на Mathura Road в Sukhdev Vihar.

История

IGIB был основан в 1977 году как Центр биохимических технологий (CBT). Подразделение функциональной геномики было создано в 1998 году, и фокус сместился с химических исследований на геномику. В 2002 году институт был переименован в «Институт геномики и интегративной биологии».

Достижения

В 2009 году группа ученых института секвенировала геном дикого типа данио-рерио , насчитывающий около 1,7 млрд пар оснований. Это сделало рыбу, которая обитает в Гималайском регионе, первым позвоночным , чей геном был полностью секвенирован в Индии, поскольку ранее индийские ученые секвенировали только геномы бактерий и растений. [2] [3]

В декабре 2009 года ученые IGIB провели первое повторное секвенирование генома человека в Индии. [4] [5] [6] Институт также сотрудничал в расшифровке первого шри-ланкийского [7] [8] генома и малазийского генома. [9] Институт также является членом Открытого консорциума персональной геномики. [10]

COVID-19 пандемия

Институт играет ведущую роль в понимании новых вариантов SARS-CoV-2 в Индии [11] [12] и во всем мире. [13] Институт также поддерживает ряд информационных ресурсов, которые являются ключевыми для идентификации и характеристики появляющихся вариантов SARS-CoV-2. [14] [15]

Исследователи института сообщили о первом высокопроизводительном [16] подходе на основе секвенирования следующего поколения для обнаружения и генетической эпидемиологии SARS-CoV-2. [17] Этот подход широко использовался для понимания генетической эпидемиологии SARS-CoV-2 в штате Керала , [18] что существенно повлияло на политику и готовность [19] в штате по сдерживанию распространения эпидемии, а также на реализацию политики, основанной на фактических данных. [20]

Институт сыграл важную роль в создании концепции MegaLabs для тестирования COVID-19 и геномного надзора [21] , который также предоставил генетическую эпидемиологию штатов, включая Кералу [22] , Андхра-Прадеш [23] и Махараштру [24] .

Исследователи института также сообщили о первых случаях повторного заражения COVID-19 в стране [25], а также об идентификации нового клада SARS-CoV-2 в Индии под названием I/A3i. [26] Исследователи института также обнаружили новую линию с мутацией N440K в спайковом белке, связанную с иммунным ускользанием. [27] [28] Поддерживается комплексный набор вычислительных ресурсов для понимания геномов и генетической эпидемиологии SARS-CoV-2. [15] Институт сообщил об одном из первых генетически охарактеризованных случаев прорывных инфекций вакцины против COVID-19. [29]

Исследователи института сыграли важную роль в разработке COVIDSure [30] — набора на основе полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией для диагностики COVID-19, который в настоящее время широко используется в Индии и продается компанией Trivitron Healthcare. [31]

Исследователи из CSIR-IGIB также разработали тест под названием FELUDA на основе редактирования генов CRISPR , который является высокоэффективным и быстрым для борьбы с испытательными мощностями страны и был одобрен Генеральным контролером по наркотикам Индии . Тест был лицензирован Tata Group для коммерческого производства. [32]

Институт также играет ведущую роль в национальном консорциуме по геномике COVID-19 [33] и поддерживает информационные ресурсы и панели мониторинга. [14]

Геномика редких генетических заболеваний

Институт инициировал уникальную программу по использованию передовых геномных технологий для понимания редких генетических заболеваний в Индии и пионерского применения геномики для прецизионной медицины в клиниках. Одна из программ, которая была инициирована в этом направлении, — это Геномика для понимания редких заболеваний, Индийская сеть альянсов (GUaRDIAN). [34] GUaRDIAN — это крупномасштабная совместная сеть врачей со всей Индии, пытающихся использовать геномику в клинической практике с целью понять генетическую структуру редких генетических заболеваний в Индии. [35]

Консорциум нацелен на использование передовых геномных технологий для идентификации генетических вариаций в заболеваниях и предоставления возможности клиницистам ставить точный диагноз редких генетических заболеваний. Помимо тесного сотрудничества с клиницистами, консорциум нацелен на содействие образованию, осведомленности и широкому внедрению геномных технологий в клинических условиях, а также на создание и распространение самых высоких стандартов генерации и интерпретации геномных данных в Индии. [36]

За несколько лет удалось тесно сотрудничать с врачами в сети, чтобы иметь возможность предложить доказательства принципов применения геномики для прецизионной медицины. [37] [38] [39] Также действует комплексная программа направления пациентов. [40]

Программа IndiGen в области общественного здравоохранения

Программа IndiGen по геномике общественного здравоохранения [41] направлена ​​на проведение полного геномного секвенирования 1000 индийцев, представляющих различные этнические группы Индии. Данные, полученные в рамках IndiGen, обеспечат основу для частот аллелей генетических вариантов для генетической эпидемиологии и принятия политических решений. Частоты клинически значимых генетических вариантов сформируют шаблон для обеспечения диагностических подходов к распространенным генетическим заболеваниям, а также для оптимизации терапии посредством фармакогеномики. Также доступен комплексный ресурс, обеспечивающий поисковый доступ к данным. [42]

Центры расширения (филиалы)

Главный кампус IGIB расположен на Mall Road, в Нью-Дели, недалеко от Северного кампуса Делийского университета. Альянс IGIB с Biotech/Pharmaceuticals привел к его росту и созданию двух центров расширения — одного в Южном Дели (IGIB Annex в TCGA, Okhla) и другого в Западном Дели в Naraina.

Международные встречи

IGIB был одним из организаторов 13-й встречи Организации генома человека (HUGO) в 2008 году, которая состоялась в Международном конференц-центре Хайдарабада . [43]

Смотрите также

Ссылки

  1. ↑ Веб-сайт Совета по научным и промышленным исследованиям Индии. Архивировано 27 сентября 2015 г. на Wayback Machine .
  2. ^ Веб-страница генома зебровой рыбы Архивировано 19 июля 2018 г. в Wayback Machine «Институт геномики и интегративной биологии» (IGIB)
  3. ↑ Расшифровка тайны генома Indian Express , 5 июля 2009 г.
  4. ^ Индийские ученые расшифровали геном человека Indian Express , 10 декабря 2009 г. [ мертвая ссылка ]
  5. ^ * Patowary A, Purkanti R, Singh M, Chauhan RK, Bhartiya D, Dwivedi OP и др. (Июль 2012 г.). «Систематический анализ и функциональная аннотация вариаций в геноме индийского индивидуума». Human Mutation . 33 (7): 1133–40. doi : 10.1002/humu.22091 . PMID  22461382. S2CID  11466942.[1]
  6. ↑ Сборник новостных статей и пресс-релизов по теме «Геном Индии», 10 декабря 2009 г.
  7. ^ "Геном Шри-Ланки". Архивировано из оригинала 18 февраля 2013 года . Получено 17 января 2013 года .
  8. ^ Диссанаяке В.Х., Самаракун П.С., Скариа В., Патовари А., Сивасуббу С., Гохале Р.С. и др. (2012). «Проект личного генома Шри-Ланки: обзор». Шри-Ланкийский журнал биомедицинской информатики . 1 (2): 4–8.[2] Архивировано 5 апреля 2013 г. на Wayback Machine
  9. ^ "Аксессуары для свадебного дня".[ постоянная мертвая ссылка ]
  10. ^ "OpenPGx Consortium". Архивировано из оригинала 18 декабря 2017 г. Получено 7 ноября 2018 г.
  11. ^ Дандекар, Викас. «Геном встречает GitHub: используя технические инструменты, индийские охотники за вирусами отслеживают убийцу, меняющего форму». The Economic Times . Получено 14 августа 2021 г.
  12. ^ «Как один из ведущих научно-исследовательских институтов Индии отслеживает новые варианты SARS-COV2». The Indian Express . 3 августа 2021 г. Получено 14 августа 2021 г.
  13. ^ «Познакомьтесь с людьми, которые предупреждают мир о новых вариантах COVID». MIT Technology Review . Получено 14 августа 2021 г.
  14. ^ ab "COVID-19 Genomic Surveillance". clingen.igib.res.in . Получено 14 августа 2021 г. .
  15. ^ ab "Генетическая эпидемиология новых и возникающих патогенов в Индии". clingen.igib.res.in . Получено 30 октября 2020 г. .
  16. ^ «Планы по созданию мегалабораторий в четырех штатах для усиления наблюдения». Hindustan Times . 24 сентября 2020 г. Получено 30 октября 2020 г.
  17. ^ Bhoyar, Rahul C.; Jain, Abhinav; Sehgal, Paras; Divakar, Mohit Kumar; Sharma, Disha; Imran, Mohamed; Jolly, Bani; Ranjan, Gyan; Rophina, Mercy; Sharma, Sumit; Siwach, Sanjay (10 августа 2020 г.). «Высокопроизводительное обнаружение и генетическая эпидемиология SARS-CoV-2 с использованием секвенирования нового поколения COVIDSeq». bioRxiv : 2020.08.10.242677. doi : 10.1101/2020.08.10.242677 . S2CID  221141897.
  18. ^ Майя, К. (12 сентября 2020 г.). «Межгосударственные поездки принесли штаммы коронавируса в Кералу: исследование». The Hindu . ISSN  0971-751X . Получено 30 октября 2020 г. .
  19. ^ Бхагат, Шалини Венугопал (23 мая 2021 г.). «Пока Индия спотыкается, одно государство прокладывает свой собственный курс борьбы с COVID». The New York Times . ISSN  0362-4331 . Получено 28 мая 2021 г. .
  20. ^ «Пинарайи настаивает на двойном ношении масок; в Керале запланировано больше бордюров». The Indian Express . 1 мая 2021 г. Получено 28 мая 2021 г.
  21. ^ Коши, Джейкоб (12 августа 2020 г.). «Коронавирус | CSIR обсуждает «мегалаборатории» для повышения тестирования на COVID-19». The Hindu . ISSN  0971-751X . Получено 14 августа 2021 г. .
  22. ^ Радхакришнан, Чандни; Дивакар, Мохит Кумар; Джейн, Абхинав; Вишванатан, Прасант; Бхояр, Рахул С.; Джолли, Бани; Имран, Мохамед; Шарма, Диша; Рофина, Мерси; Ранджан, Гьян; Сехгал, Парас (2021). «Первоначальные сведения о генетической эпидемиологии изолятов SARS-CoV-2 из Кералы предполагают локальное распространение из-за ограниченного внедрения». Frontiers in Genetics . 12 : 630542. doi : 10.3389/fgene.2021.630542 . ISSN  1664-8021. PMC 8010186. PMID 33815467  . 
  23. ^ Рани, Паллавали Роха; Имран, Мохамед; Лакшми, Дж. Виджая; Джолли, Бани; Афсар, С.; Джейн, Абхинав; Дивакар, Мохит Кумар; Суреш, Паньям; Шарма, Диша; Раджеш, Намби; Бхояр, Рахул К. (3 августа 2021 г.). «Выводы из геномов и генетической эпидемиологии изолятов SARS-CoV-2 из штата Андхра-Прадеш». Эпидемиология и инфекции . 149 : e181. doi :10.1017/S0950268821001424. ISSN  0950-2688. PMC 8367868 . 
  24. ^ «Махараштра обращается в IGIB с просьбой провести секвенирование генома образцов коронавируса». The Indian Express . 3 мая 2021 г. Получено 14 августа 2021 г.
  25. ^ Гупта, Вивек; Бхояр, Рахул С.; Джейн, Абхинав; Шривастава, Саурабх; Упадхайай, Рашми; Имран, Мохамед; Джолли, Бани; Дивакар, Мохит Кумар; Шарма, Диша; Сехгал, Парас; Ранджан, Гьян (2020). «Асимптоматическая повторная инфекция у 2 работников здравоохранения из Индии с генетически отличным тяжелым острым респираторным синдромом коронавируса 2». Клинические инфекционные заболевания . 73 (9): e2823–e2825. doi :10.1093/cid/ciaa1451. PMC 7543380. PMID  32964927 . 
  26. ^ Бану, София; Веселый, Бани; Мукерджи, Пайель; Сингх, Прия; Хан, Шагуфта; Завери, Ламук; Шамбхави, Сакши; Гаур, Намами; Редди, Шашикала; Кавери, К.; Шринивасан, Сивасубраманиан (2020). «Отдельный филогенетический кластер индийских изолятов SARS-CoV-2». Открытый форум Инфекционные болезни . 7 (11): ofaa434. doi : 10.1093/ofid/ofaa434. ПМЦ 7543508 . ПМИД  33200080. 
  27. ^ «Индийская мутация Covid-19 'N440k' обнаружена в одной трети геномов коронавируса штата Андхра-Прадеш» . Декан Вестник . 27 декабря 2020 г. Проверено 28 декабря 2020 г.
  28. ^ Веселый, Бани; Рофина, Мерси; Шамнат, Афра; Имран, Мохаммед; Бхояр, Рахул К.; Дивакар, Мохит Кумар; Рани, Паллави Роха; Ранджан, Гьян; Сегал, Парас; Чандрасекхар, Пулала; Афсар, С. (26 декабря 2020 г.). «Генетическая эпидемиология вариантов, связанных с уходом иммунной системы от глобальных геномов SARS-CoV-2». bioRxiv : 2020.12.24.424332. дои : 10.1101/2020.12.24.424332. S2CID  229935726.
  29. ^ Дж, Бина Филомина; Веселый, Бани; Джон, Ниту; Бхояр, Рахул К.; Маджид, Ниша; Сентивел, Винешвар; П., Файроз К.; Рофина, Мерси; Васудеван, Биндху; Имран, Мохамед; Вишванатан, Прашант (24 мая 2021 г.). «Геномное исследование прорывных инфекций, вызванных вакциной SARS-CoV-2, у медицинских работников из Кералы, Индия». Журнал инфекции . 83 (2): 237–279. дои : 10.1016/j.jinf.2021.05.018. ISSN  0163-4453. ПМК 8143909 . ПМИД  34044037. 
  30. ^ "CSIR Technologies for COVID-19 Mitigation" (PDF) . Совет по научным и промышленным исследованиям . 14 августа 2021 г.
  31. ^ "COVIDsure Multiplex Realtime RT-PCR Kit | качественный анализ RT-PCR на COVID-19". www.trivitron.com . Получено 14 августа 2021 г. .
  32. ↑ Раджалакшми, Ниранджана (28 октября 2020 г.). «Объяснение: как работает индийский тест Feluda на COVID-19?» Наука о проводах . Проверено 30 октября 2020 г.
  33. ^ "INSACOG | Department of Biotechnology". Министерство науки и технологий правительства Индии . Получено 28 сентября 2021 г.
  34. ^ "Genomics for Understanding Rare Diseases India Alliance Network (GUaRDIAN)". Архивировано из оригинала 16 мая 2021 г. Получено 17 сентября 2015 г.
  35. ^ Sivasubbu S, Scaria V и др. (GUaRDIAN Consortium) (сентябрь 2019 г.). «Геномика редких генетических заболеваний — опыт Индии». Human Genomics . 14 (1): 52. doi : 10.1186/s40246-019-0215-5 . PMC 6760067 . PMID  31554517. 
  36. ^ Скария В., Сивасуббу С. (2015). Анализ и интерпретация экзомной последовательности — Справочник для врачей (Первое издание). Рай для читателей. ISBN 978-93-82110-58-3.
  37. ^ Гупта А., Шарма Ю.К., Веллариккал С.К., Джаяраджан Р., Диксит В., Верма А. и др. (апрель 2016 г.). «Секвенирование всего экзома решает диагностическую дилемму в редком случае спорадического верруциформного акрокератоза». Журнал Европейской академии дерматологии и венерологии . 30 (4): 695–7. дои : 10.1111/jdv.12983 . PMID  25622760. S2CID  35181817.
  38. ^ Gupta A, Sharma Y, Deo K, Vellarikkal S, Jayarajan R, Dixit V и др. (2015). «Отчет о случае: Полное секвенирование экзома помогает в точной молекулярной диагностике у братьев и сестер с редким сопутствующим возникновением отцовски унаследованной дупликации 22q12 и аутосомно-рецессивного несиндромного ихтиоза». F1000Research . 4 : 446. doi : 10.12688/f1000research.6779.1 . PMC 4648218 . PMID  26594337. 
  39. ^ Vellarikkal SK, Patowary A, Singh M, Kumari R, Faruq M, Master DC и др. (2014). «Секвенирование экзома выявляет новую мутацию p.L325H в гене KRT5, связанную с аутосомно-доминантным буллезным эпидермолизом типа Кебнера у большой семьи из западной Индии». Human Genome Variation . 1 (1): 14007. doi :10.1038/hgv.2014.7. PMC 4785511 . PMID  27081501. 
  40. ^ Страница направления пациентов Геномика для понимания редких заболеваний Индийская сеть альянсов (GUaRDIAN)
  41. ^ "Геномика для общественного здравоохранения". sites.google.com . Получено 3 сентября 2019 г. .
  42. ^ Джайн, Абхинав; Бхояр, Рахул К.; Пандхаре, Кавита; Мишра, Анушри; Шарма, Диша; Имран, Мохамед; Сентивел, Винешвар; Дивакар, Мохит Кумар; Рофина, Мерси; Веселый, Бани; Батра, Аруши (2020). «IndiGenomes: всеобъемлющий ресурс генетических вариантов из более чем 1000 индийских геномов». Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1): Д1225–Д1232. дои : 10.1093/nar/gkaa923 . ПМЦ 7778947 . ПМИД  33095885. 
  43. ↑ Сайт HGM-2008. Архивировано 2 октября 2016 г. на Wayback Machine .

Внешние ссылки