Legume Information System (LIS) — это портал по бобовым наукам, специально предназначенный для селекционеров и исследователей бобовых, созданный и поддерживаемый Службой сельскохозяйственных исследований Министерства сельского хозяйства США . Миссия Legume Information System — «содействовать открытиям и улучшению бобовых культур», в частности, для повышения урожайности, их пищевой ценности и нашего понимания базовой науки о бобовых.
Разработка Legume Information System является совместным предприятием Национального центра геномных ресурсов (NCGR) и USDA-ARS в Университете штата Айова . В 2014 году усилия по разработке LIS были перенесены с домена Compare-Legues.org на Legumeinfo.org. Сайт Compare-Legues был разработан с использованием фреймворка Ruby on Rails, а сайт LegumeInfo — с использованием системы управления контентом Tripal.
Референтный вид как основа для исследования орфанных видов
Фундаментальный подход, принятый в ЛИС, заключается в содействии исследованию орфанных видов путем использования более обширных знаний, разработанных для референтных видов. Использование синтении и локального сходства, например, обеспечивает основу для вывода признаков.
Справочные виды
Обратите внимание, что LIS использует мнемонику организмов UniProt для идентификации видов, когда это возможно.
В настоящее время эталонными видами бобовых (также называемыми модельными организмами ) являются следующие:
Виды-сироты
Виды-сироты, представленные в LIS:
- Arachis duranensis (дикий арахис), ARADU
- Arachis ipaensis (дикий арахис), ARAIP
- Арахис гипогея (арахис), АРАХИ
- Cajanus cajan (голубиный горошек), CAJCA
- Chamaecrista fasciculata (горох куропатки), CHAFS
- Cicer arietinum (нут), CICAR
- Lens culinaris (чечевица), LENCU
- Lupinus albus (люпин белый), LUPAL
- Lupinus angustifolius (люпин узколистный), ЛУПАН
- Medicago sativa (люцерна), MEDSA
- Pisum sativum (горох садовый), ПИССА
- Trifolium pratense (красный клевер), TRIPR
- Trifolium repens (белый клевер), TRIRE
- Vicia faba (конские бобы), VICFA
- Vigna angularis (фасоль адзуки), ВИГАН
- Vigna unguiculata (вигна), ВИГУН
Смотрите также
Внешние ссылки
- Домашняя страница Информационной системы по бобовым культурам.
- Gonzales, MD; Gajendran, K; Farmer, AD; Archuleta, E; Beavis, WD (2007). «Использование информации о модельных бобовых для поиска генов-кандидатов синдрома внезапной смерти сои с использованием информационной системы бобовых». Биоинформатика растений . Методы в молекулярной биологии. Том 406. С. 245–59. doi :10.1007/978-1-59745-535-0_11. ISBN 978-1-58829-653-5. PMID 18287696.
- Gonzales, MD; Archuleta, E; Farmer, A; Gajendran, K; Grant, D; Shoemaker, R; Beavis, WD; Waugh, ME (2004). «Информационная система по бобовым (LIS): интегрированный информационный ресурс для сравнительной биологии бобовых». Nucleic Acids Research . 33 (выпуск базы данных): D660–5. doi :10.1093/nar/gki128. PMC 540082 . PMID 15608283.
- Dash, S.; Campbell, JD; Cannon, EKS; Cleary, AM; Huang, W.; Kalberer, SR; Karingula, V.; Rice, AG; Singh, J.; Umale, PE; Weeks, NT; Wilkey, AP; Farmer, AD; Cannon, SB (2016). Информационная система по бобовым (LegumeInfo.org): ключевой компонент набора объединенных ресурсов данных для семейства бобовых Nucleic Acids Research 44 (выпуск базы данных): D1181-D1188. doi:10.1093/nar/gkv1159 PMC4702835
