stringtranslate.com

Секретом

Секретом — это набор белков , экспрессируемых организмом и секретируемых во внеклеточное пространство . У людей этот подмножество протеома охватывает 13–20 % всех белков, включая цитокины , факторы роста , белки и регуляторы внеклеточного матрикса , а также рецепторы шедшего. Секретом определенной ткани можно измерить с помощью масс-спектрометрии , и его анализ представляет собой тип протеомики, известный как секретомика .

Определение

Термин «секретом» был введен Тьялсмой и коллегами в 2004 году для обозначения всех факторов, секретируемых клеткой, а также компонентов секреторного пути. [1] В 2010 году это определение секретома было пересмотрено, чтобы включить только белки, секретируемые во внеклеточное пространство. [2] Связанные концепции включают матрисому, которая является подмножеством секретома, включающим белки внеклеточного матрикса и связанные с ними белки; [3] рецептом, который включает все мембранные рецепторы, [4] и адгезиому , которая включает все белки, участвующие в клеточной адгезии . [5] [6]

Количественная оценка

Секретируемые белки у людей составляют 13–20% всего протеома и включают факторы роста, хемокины, цитокины, молекулы адгезии, протеазы и рецепторы сбрасывания. [2] Предполагается, что гены, кодирующие белки человека (39%, 19613 генов [7] ), имеют либо сигнальный пептид и/или по крайней мере одну трансмембранную область, предполагающую активный транспорт соответствующего белка из клетки (секрецию) или расположение в одной из многочисленных мембранных систем в клетке. Все больше доказательств показывают, что в дополнение к белковому грузу небелковые компоненты, такие как липиды, микроРНК и мессенджеры РНК, также могут секретироваться клетками как через микровезикулы (диаметром 100–>1000 нм) − сбрасывание с плазматической мембраны − и экзосомы (диаметром 30–150 нм) − высвобождаемые посредством эндосомального экзоцитоза. [8] Факторы, присутствующие в обеих этих органеллах, составляют до 42% секретома и были включены в коллективный секретом. [9] Существует широкий спектр методологий, доступных для изучения клеточных секретомов растительных клеток, клеток млекопитающих, стволовых клеток и раковых клеток. [9]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Тьялсма, Х.; Антельманн, Х.; Йонгблуд, JDH; Браун, П.Г.; Дармон, Э.; Доренбос, Р.; Дюбуа, Ж.-Ю.Ф.; Вестерс, Х.; Занен, Г.; Квакс, WJ; Койперс, ОП; Брон, С.; Хекер, М.; ван Дейл, JM (8 июня 2004 г.). «Протеомика секреции белка Bacillus subtilis: разделение «тайн» секретома». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 68 (2): 207–233. дои : 10.1128/MMBR.68.2.207-233.2004 . ПМК  419921 . ПМИД  15187182.
  2. ^ ab Agrawal GK, Jwa NS, Lebrun MH, Job D, Rakwal R (февраль 2010 г.). «Секретом растений: раскрытие секретов секретируемых белков». Proteomics . 10 (4): 799–827. doi :10.1002/pmic.200900514. PMID  19953550. S2CID  20647387.
  3. ^ Хайнс, РО; Наба, А. (21 сентября 2011 г.). «Обзор матрисомы — перечень компонентов и функций внеклеточного матрикса». Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 4 (1): a004903. doi :10.1101/cshperspect.a004903. PMC 3249625. PMID  21937732 . 
  4. ^ Бен-Шломо, И.; Ю Сю, С.; Раух, Р.; Ковальски, Х. В.; Сюэ, А. Дж. В. (17 июня 2003 г.). «Сигнальный рецептор: геномная и эволюционная перспектива рецепторов плазматической мембраны, участвующих в передаче сигнала». Science Signaling . 2003 (187): re9. doi :10.1126/stke.2003.187.re9. PMID  12815191. S2CID  12803444.
  5. ^ Зайдель-Бар, Ронен; Ицковиц, Шалев; Мааян, Ави; Айенгар, Рави; Гейгер, Бенджамин (август 2007 г.). «Функциональный атлас адгезии интегрина». Nature Cell Biology . 9 (8): 858–867. doi :10.1038/ncb0807-858. PMC 2735470 . PMID  17671451. 
  6. ^ Хортон, Эдвард Р.; Байрон, Адам; Аскари, Джанет А.; Нг, Дэниел Х. Дж.; Миллон-Фремийон, Анжелик; Робертсон, Джозеф; Копер, Эва Дж.; Пол, Никки Р.; Уорвуд, Стейси; Найт, Дэвид; Хамфрис, Джонатан Д.; Хамфрис, Мартин Дж. (19 октября 2015 г.). «Определение консенсусной адгезионной интегриновой адгезии и ее динамики во время сборки и разборки адгезионного комплекса». Nature Cell Biology . 17 (12): 1577–1587. doi :10.1038/ncb3257. PMC 4663675 . PMID  26479319. 
  7. ^ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A и др. (январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Science . 347 (6220): 1260419. doi :10.1126/science.1260419. PMID  25613900. S2CID  802377.
  8. ^ Xu R, Greening DW, Zhu HJ, Takahashi N, Simpson RJ (апрель 2016 г.). «Изоляция и характеристика внеклеточных везикул: на пути к клиническому применению». Журнал клинических исследований . 126 (4): 1152–62. doi :10.1172/JCI81129. PMC 4811150. PMID  27035807 . 
  9. ^ ab Mukherjee P, Mani S (ноябрь 2013 г.). «Методологии расшифровки клеточного секретома». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Белки и протеомика . 1834 (11): 2226–32. doi :10.1016/j.bbapap.2013.01.022. PMC 3652893. PMID  23376189 . 

Дальнейшее чтение