Кубок Heineken 1998–99 был четвертым изданием Кубка Heineken . Соревнующиеся команды из Франции , Ирландии , Италии , Уэльса и Шотландии были разделены на четыре группы по четыре, в которых команды играли домашние и выездные матчи друг против друга. Кардифф и Суонси не участвовали в соревнованиях из-за спора со своим союзом, Уэльским регбийным союзом , тогда как команды из Англии не участвовали из-за спора между Европейским регби и Регбийным футбольным союзом . Победители групп и финалисты квалифицировались в плей-офф.
В групповых матчах за победу команды получали 2 очка, за ничью — 1 очко, за поражение — 0 очков.