Кубок Интертото УЕФА 2006 года стал первым изданием после существенного изменения формата соревнования. Было всего три раунда вместо пяти, и одиннадцать победителей турнира квалифицировались во второй квалификационный раунд Кубка УЕФА (вместо трех команд, квалифицировавшихся в первый раунд). Кроме того, впервые в современной истории соревнования был выделен абсолютный победитель из 11 победителей Кубка, причем эта честь досталась победителю финального раунда Интертото, который продвинулся дальше всего в Кубке УЕФА. Эта честь досталась Newcastle United .
Фарул Констанца выиграл по сумме двух матчей со счетом 4–2.
«Марибор» выиграл со счетом 8:0 по сумме двух матчей.
«Этникос Ачна» выиграл по сумме двух матчей со счетом 5–4.
Зриньски выиграл по сумме двух матчей со счетом 4–1.
«Динамо» Тбилиси выиграло со счетом 8:1 по сумме двух матчей.
МТЗ-РИПО Минск выиграл со счетом 6:4 по сумме двух матчей.
Нитра выиграла со счетом 12–2 по сумме двух матчей.
Тирасполь выиграл со счетом 2:1 по сумме двух матчей.
Кеблавик выиграл по сумме двух матчей со счетом 4–1.
«Динабург» выиграл со счетом 2:1 по сумме двух матчей.
«Тампере Юнайтед» выиграл со счетом 8:1 по сумме двух матчей.
«Кальмар ФФ» выиграл со счетом 8–1 по сумме двух матчей.
«Шелбурн» выиграл со счетом 5:0 по сумме двух матчей.
* ФК «Зета» квалифицировался для участия в соревнованиях УЕФА этого сезона как член Футбольной ассоциации Сербии и Черногории в сезоне 2005/06, но на момент этого матча уже был членом Футбольной ассоциации Черногории . [3]
1 Матч был сыгран на стадионе ФК «Партизан» в Белграде , Сербия , поскольку стадион ФК «Зета » в Голубовцах не соответствует стандартам УЕФА. 2 Матч был сыгран в Герцлии , поскольку стадион ФК «Маккаби » в Петах-Тикве находится на реконструкции.
«Кайсериспор» выиграл со счетом 4–3 по сумме двух матчей.
Фарул Констанца выиграл по сумме двух матчей со счетом 3–2.
«Марибор» выиграл со счетом 4–1 по сумме двух матчей.
«Маккаби Петах-Тиква» выиграл по сумме двух матчей со счетом 4–2.
По сумме двух матчей со счетом 2–2 «Этникос Ахна» одержал победу по правилу выездного гола.
«Грассхопперс» выиграли со счетом 4–0 по сумме двух матчей.
Днепропетровск выиграл со счетом 3:2 по сумме двух матчей.
SV Ried выиграл со счетом 4–1 по сумме двух матчей.
Тирасполь выиграл со счетом 4:1 по сумме двух матчей.
ФК «Москва» выиграла со счетом 3:0 по сумме двух матчей.
«Кальмар ФФ» выиграл со счетом 5–3 по сумме двух матчей.
ОБ выиграл со счетом 3–1 по сумме двух матчей.
Лиллестрем выиграл по сумме двух матчей со счетом 6–3.
«Хиберниан» выиграл со счетом 8–0 по сумме двух матчей.
Одиннадцать команд-победителей вышли во второй отборочный раунд Кубка УЕФА 2006–07 .
^сыграно 16 июля
* После консультаций с УЕФА итальянский клуб «Палермо» был отозван Итальянской федерацией футбола (FIGC) 6 июня 2006 года. Из-за продолжающегося скандала с договорными матчами в Италии FIGC не смогла официально подтвердить турнирную таблицу Серии А 2005–06 годов к моменту, когда «Палермо» должен был принять участие в Кубке Интертото, и поэтому французский клуб «Осер» заменил «Палермо», согласно правилам УЕФА, регулирующим Кубок Интертото.
«AJ Auxerre» выиграл со счетом 4–2 по сумме двух матчей.
«Кайсериспор» выиграл со счетом 2:0 по сумме двух матчей.
«Марибор» выиграл со счетом 3–2 по сумме двух матчей.
«Этникос Ачна» выиграл по сумме двух матчей со счетом 4–3.
«Грассхопперс» выиграли со счетом 3–2 по сумме двух матчей.
По сумме двух матчей со счетом 2:2 «Марсель» выиграл по правилу выездного гола.
«Герта» выиграла со счетом 2:0 по сумме двух матчей.
SV Ried выиграл со счетом 4–2 по сумме двух матчей.
«Ньюкасл Юнайтед» выиграл со счетом 4:1 по сумме двух матчей.
«Твенте» выиграл со счетом 3–2 по сумме двух матчей.
2–2 по сумме двух матчей, ОБ выиграл по правилу выездного гола.
Восемь из одиннадцати победителей, которые попали в Кубок УЕФА через Кубок Интертото, выиграли свои отборочные матчи и вышли в первый раунд. Половина из этих восьми пережили первый раунд и вышли в групповой этап, только «Ньюкасл Юнайтед» обеспечил себе место в 1/16 финала Кубка УЕФА и стали последней оставшейся командой из Кубка Интертото, что сделало их абсолютным победителем. Затем они прошли квалификацию в 1/8 финала. Капитану Скотту Паркеру был вручен сертификат, увековечивающий триумф на стадионе «Сент-Джеймс Парк» перед их матчем с AZ .
Ньюкасл Юнайтед (Победители в общем зачете) (1/8 финала, проиграл АЗ )
Осер (Групповой этап, четвертое место в группе А).svg/1280px-Flag_of_Switzerland_(Pantone).svg.png){kind=small}
Grasshopper Zürich (Групповой этап, пятое место в группе C)
Оденсе (Групповой этап, четвертое место в группе D) Марсель (Первый раунд, проиграл Младе Болеславу )
Hertha BSC (Первый раунд, проиграл Odense )
Кайсериспор (Первый раунд, проиграл АЗ ).svg/1280px-Flag_of_Cyprus_(1960%E2%80%932006).svg.png){kind=small}
Этникос Ахна (Первый раунд, проиграл Лансу )
Твенте (Второй отборочный раунд, проиграл Левадии Таллин )
Рид (Второй отборочный раунд, проиграл Сьону )
Марибор (Второй отборочный раунд, проиграл Партизану )