Кубок Heineken 1998–99 был четвертым розыгрышем Кубка Heineken . Соревнующиеся команды из Франции , Ирландии , Италии , Уэльса и Шотландии были разделены на четыре группы по четыре человека, в которых команды играли друг против друга домашние и выездные матчи. Кардифф и Суонси не участвовали в соревнованиях из-за спора с их союзом, Валлийским союзом регби , тогда как команды из Англии не участвовали в соревнованиях из-за спора между Европейским регби и Футбольным союзом регби . Победители и занявшие вторые места вышли в плей-офф.
В групповых матчах команды получали 2 очка за победу, 1 очко за ничью и 0 очков за поражение.