С ноября 1567 года по июль 1568 года Луис Каррильо был королевским комиссаром вместе с Алонсо Муньосом по инспекции вице-королевского правительства Новой Испании для короля Филиппа II .
Когда в 1564 году умер вице-король Новой Испании Луис де Веласко , кабильдо (городской совет) Мехико сообщил Испании, что они не хотят другого вице-короля. Известие о том, что Совет Индий в Испании не согласится сделать энкомьенды постоянными, привело к заговору с целью сделать Новую Испанию независимой от метрополии. В 1565 году Мартин Кортес, маркиз дель Валье , сын и наследник Эрнана Кортеса , и Луис, другой сын, были лидерами этого заговора.
Заговор был раскрыт и подавлен, а некоторые заговорщики, включая сыновей Кортеса, были арестованы. В 1566 году, до прибытия нового вице-короля Гастона де Перальты, маркиза де Фальсеса , Аудиенсия приказала обезглавить двух заговорщиков. Это были братья Алонсо и Хиль Гонсалес де Авила . Аудиенсия также приговорила Мартина и Луиса Кортесов к смерти, но приговор еще не был приведен в исполнение. По прибытии вице-король Перальта пересмотрел дела и отменил смертные приговоры в отношении сыновей Кортеса. Их отправили обратно в Испанию, чтобы их рассмотрел Совет Индий. Аудиенсия осудила нового вице-короля за его снисходительность к мятежникам.
Противоречивые отчеты, отправленные обратно в Испанию, привели к замешательству в Совете Индий. Совет предложил королю направить в колонию специальную комиссию для расследования ситуации и принятия мер против виновных, вплоть до смещения вице-короля. Королевским указом от 16 июня 1567 года Филипп II назначил комиссию, состоящую из лиценциата Гаспара де Харавы, лиценциата Алонсо Муньоса и доктора Луиса Каррильо. Первые двое были из Совета Индий; доктор Каррильо был должностным лицом при дворе.
Король дал письменные инструкции комиссарам. Они должны были приказать вице-королю Перальте вернуться в Испанию при первой возможности. Управление колонией должно было быть передано лисенсиадо Хараве, самому старшему из трех комиссаров, а в его отсутствие — лисенсиадо Муньосу, также пожилому. Смертные приговоры не должны были выноситься без единогласного одобрения комиссаров.
Комиссар Харава умер во время путешествия 18 июля 1567 года, через день после прибытия на Гран-Канарию . Муньос и Каррильо прибыли в Веракрус 29 октября 1567 года. Они начали свою работу в Мехико в начале ноября. Audiencia уже освободила Мартина Кортеса при условии, что он покинет Мексику. Первым решением комиссии было построить тюрьму «по образцу тюрьмы Santo Officio [инквизиции]», чтобы заключить в тюрьму главных обвиняемых, включая Бальтасара де Агилара Сервантеса и Луиса Кортеса.
Агилар был главным обвинителем Мартина Кортеса, маркиза дель Валье, но, узнав о симпатиях вице-короля Перальты к маркизу, Агилар отказался от своих обвинений. Его арестовали и подвергли пыткам, чтобы определить, какой из его рассказов был истинным. Под пытками он признался, что вторая версия, благоприятная для Кортеса, была призвана убедить вице-короля. Его приговорили к десяти годам каторги, конфискации имущества и вечному изгнанию из Индий. Также судили братьев Педро и Бальтасар де Кесада.
Многие другие были замешаны, некоторые из них невиновны. Их арестовывали, часто пытали и приговаривали к тюремному заключению, конфискации имущества или изгнанию. В 1568 году трое были повешены. Тюрьмы были переполнены, и были построены новые тюрьмы. Муньос и Каррильо продолжали сажать в тюрьму невиновных людей, пока Испания, действуя по петициям колонистов, не приказала их отозвать. Имущество Мартина Кортеса было возвращено в 1574 году, за исключением Теуантепека , который был конфискован Короной под порт и военную верфь.
Доктор Каррильо отправился обратно в Испанию в 1568 году в сопровождении некоторых заключенных, переведенных туда. Муньос остался в Мехико в соответствии с инструкциями короля, чтобы продолжить исполнять обязанности временного губернатора колонии до прибытия нового вице-короля. Когда Каррильо прибыл в порт Веракруса, он обнаружил свергнутого вице-короля, ожидающего отплытия в Испанию. Он также обнаружил недавно прибывший корабль с дальнейшими инструкциями. Обоим комиссарам было приказано немедленно вернуться в Испанию, а правительство колонии было оставлено во главе Аудиенсии. Муньос, который не спешил уезжать, тем не менее отправился в Веракрус и сел на корабль вместе с Каррильо, бывшим вице-королем Перальтой, и заключенными.
Каррильо умер во время путешествия из Веракруса в Гавану . Он был похоронен на Кубе, но позже эксгумирован, чтобы его останки могли быть возвращены в Испанию. Аудиенсия Мехико под руководством ее президента Франсиско Сейноса продолжала управлять страной до ноября. В том же месяце прибыл новый вице-король Мартин Энрикес де Альманса и взял на себя управление.
Муньос, единственный оставшийся в живых из трех комиссаров, представил официальный отчет о миссии королю в конце августа 1568 года. Он умер 19 декабря 1568 года.