stringtranslate.com

Майкл Эшбёрнер

Майкл Эшбёрнер , член Королевского Королевского общества по молекулярной биологии [11] (23 мая 1942 г. – 7 июля 2023 г.) был английским биологом и профессором кафедры генетики Кембриджского университета . [ 12] [13] Он также был соруководителем и соучредителем Европейского института биоинформатики (EBI) [14] Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) [15] [16] и членом Черчилль- колледжа в Кембридже . [17] [18]

Образование

Родился в Брайтоне , Сассекс, Англия , [7] Эшбёрнер получил образование в Королевской гимназии в Хай-Уикоме с 1953 по 1960 год. [6] Он изучал естественные науки Tripos в Кембриджском университете в качестве студента бакалавриата Черчилль-колледжа в Кембридже , [6] получив степень бакалавра гуманитарных наук по генетике в 1964 году. Его докторская диссертация была написана под руководством Алана Хендерсона [19] [5] и присуждена в 1968 году, за ней последовала докторская степень в 1978 году. [20]

Исследования и карьера

Большая часть исследований Эшбернера была посвящена модельному организму Drosophila melanogaster . [8] [21] [22] [23] [24] [25] [26] Карьера Эшбернера началась в ранний период молекулярной биологии до разработки большинства методов рекомбинантной ДНК , используемых сегодня, таких как нозерн/саузерн/вестерн-блоттинг. Тем не менее, наблюдая закономерности «вспучивания» в политенных хромосомах , [21] он установил существование каскада генетических контролей в постличиночном развитии, вызванном экдизоном . [ 27] Модель Эшбернера 1974 года стала парадигмой для регуляции генов метазоа , поскольку модель Жакоба - Моно стала для прокариот. Эшбернер широко сотрудничал и был наставником многочисленных аспирантов и аспирантов в течение своей карьеры. [28] [29]

Эшбёрнер также был членом консорциума, который в конечном итоге секвенировал и аннотировал геном Drosophila melanogaster . Воспоминания Эшбёрнера о секвенировании генома D. melanogaster легли в основу книги под названием «Won for All: How the Drosophila Genome Was Sequenced» (Победа для всех: Как был секвенирован геном дрозофилы). [30] [31] [32] [33] Длительные усилия его лаборатории по характеристике региона Adh [22] стали бесценными для проверки стратегий аннотации, когда стала доступна крупномасштабная геномная информация. Эшбёрнер и его коллеги получили финансирование от Исследовательского совета по биотехнологии и биологическим наукам (BBSRC) , Исследовательского совета по медицинским исследованиям (MRC) [34] и Исследовательского совета по инженерным и физическим наукам (EPSRC) [35] для их исследований геномики Drosophila с использованием генома D. melanogaster и его аннотации.

Вычислительная биология

Эшбёрнер также был одним из первых пионеров в применении компьютеров в биологии. Его вклад включает его активное участие в создании FlyBase [10] и разработке Open Biomedical Ontologies [36], чтобы сделать возможным машинный поиск аннотаций биологической информации, в частности Gene Ontology [9] [37]

[38] и ChEBI . [39] Он сыграл важную роль в создании EBI, [40] а также в обеспечении его расположения в Великобритании, [20] и выступал в качестве первого руководителя EBI совместно с Грэмом Кэмероном. [41]

Открытая научная пропаганда

В рамках своего участия в секвенировании генома D. melanogaster Эшбёрнер сыграл важную роль в обеспечении того, чтобы полученная последовательность и аннотации были доступны общественности. [30] Кроме того, Эшбёрнер привел веские доводы в пользу того, чтобы геном человека, опубликованный в журнале Science в 2000 году компанией Celera Genomics, был доступен бесплатно, [42] [43] [44] [45] и неоднократно выступал против приватизации геномных ресурсов. [45] [46] Эшбёрнер также был одним из подписавших первое открытое письмо в журнал Science в 2001 году, призывающее к централизованному открытому репозиторию научной литературы, [47] и впоследствии стал ярым сторонником публикации в открытом доступе , [48] [49] выступая по этому поводу в научной литературе [20] [50] и популярных СМИ. [51] [52] [53] Он также предоставил письменные доказательства Комитету по науке и технологиям парламента Великобритании в поддержку публикаций открытого доступа [54] и входил в состав первоначального консультативного совета UK PubMed Central , [55] первого глобального зеркала репозитория PubMed Central , содержащего свободно доступную биологическую литературу.

Награды и почести

Эшбёрнер был избран иностранным почётным членом Американской академии искусств и наук в 1993 году. [56] Он получил медаль Грегора Менделя от Академии наук Чешской Республики в 1998 году, первую премию Джорджа У. Бидла [2] Генетического общества Америки в 1999 году, почётную докторскую степень от Университета Крита в 2002 году, почётного доктора наук от Эдинбургского университета в 2003 году, медаль Генетического общества от Генетического общества Великобритании в 2005 году и премию Франклина от Организации биоинформатики в 2006 году. Эшбёрнер был избран членом Королевского общества (FRS) в 1990 году , [11] в его свидетельстве об избрании говорится следующее:

«Отличился своими широкомасштабными исследованиями в области цитологии, генетики и эволюции Drosophila melanogaster. Он был первым, кто составил полную карту пуфов в политенных хромосомах слюнных желез и определил стадию, на которой каждый из них был выражен. Он продолжил демонстрировать эффекты различных стимулов, особенно теплового шока и экдизона, на пуфы в определенных локусах и коррелировал определенные пуфы с определенными генными продуктами. Объединяя генетическую, цитологическую и молекулярную методологию, он подробно исследовал определенные регионы хромосом, особенно те, что окружают ген Adh (алкогольдегидрогеназа), выявив множество новых особенностей структуры и функции. Он также внес важный вклад в понимание эволюции и видообразования в группе видов D.melanogaster. Эшбёрнер имеет уникальный статус ученого и авторитета во всей области исследований Drosophila». [57]

В 1989 году Эшбёрнеру было присвоено звание члена Европейской академии (MAE). [58]

Личная жизнь

Эшбёрнер женился на Франческе Райан и имел одного сына и двух дочерей, Ребекку, Джеффри и Изабель. [5] [6] Он умер 7 июля 2023 года в возрасте 81 года. [5] [18] [59]

Ссылки

  1. ^ Spradling, A. (2008). «Медаль Томаса Ханта Моргана 2008 года». Генетика . 178 (3): 1123–1124. doi :10.1534/genetics.104.017832. PMC 2278087.  PMID 18385103  .
  2. ^ ab Hawley, R.; Kaufman, T. (2000 ) . "Медаль Джорджа У. Бидла 1999 года. Майкл Эшбёрнер". Генетика . 154 (1): 5. doi :10.1093/genetics/154.1.5. PMC 1460911. PMID  10681184. 
  3. ^ ab Майкл Эшбёрнер, основной доклад: От последовательностей к онтологиям — приключения в информатике на конференции « Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» , июль 2011 г.
  4. ^ Маллинз, Дж.; Моррисон Маккей, Б. (2011). «Международное общество вычислительной биологии наградило Майкла Эшбёрнера и Ольгу Троянскую высшими наградами в области биоинформатики/вычислительной биологии за 2011 год». PLOS Computational Biology . 7 (6): e1002081. Bibcode :2011PLSCB...7E2081M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1002081 . PMC 3107244 . 
  5. ^ abcd Anon (2023). "Профессор Майкл Эшбёрнер FRS 1942 - 2023". cam.ac.uk . Архивировано из оригинала 21 июля 2023 г.
  6. ^ abcde Anon (2024). "Ashburner, Prof. Michael" . Who's Who (176-е изд.). Оксфорд: Oxford University Press . стр. 2736. doi :10.1093/ww/9780199540884.013.U5810. ISBN 9781399409452. OCLC  1402257203. (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании.)
  7. ^ ab Вопрос и ответ Майкла Эшбернера Получено 28/4/21.
  8. ^ ab Эшбёрнер, Майкл; Голич, Кент Г.; Хоули, Р. Скотт (2005), Drosophila: лабораторное руководство (1-е изд.), Plain View, Нью-Йорк: Cold Spring Harbor Laboratory Press , ISBN 978-0-87969-706-8
  9. ^ ab Botstein, D. ; Cherry, JM; Ashburner, M.; Ball, CA; Blake, JA; Butler, H.; Davis, AP; Dolinski, K.; Dwight, SS; Eppig, JT; Harris, MA; Hill, DP; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S. ; Matese, JC; Richardson, JE; Ringwald, M.; Rubin, GM ; Sherlock, G. (2000). "Онтология генов: инструмент для объединения биологии. Консорциум по онтологии генов". Nature Genetics . 25 (1): 25–29. doi :10.1038/75556. PMC 3037419 . PMID  10802651.  Значок открытого доступа
  10. ^ ab Эшбёрнер, М.; Драйсдейл, Р. (1994). "FlyBase — генетическая база данных дрозофилы". Development . 120 (7): 2077–2079. doi :10.1242/dev.120.7.2077. PMID  7925011.
  11. ^ ab Anon (1990). "Профессор Майкл Эшбёрнер FRS". royalsociety.org . Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 23 ноября 2015 г.
  12. ^ Рубин, Джеральд (2023). «Майкл Эшбёрнер (1942-2023)». Current Biology . 33 (17): R881–R883. doi :10.1016/j.cub.2023.08.029. PMID  37619564.
  13. ^ "Заслуженный профессор Майкл Эшбёрнер, кафедра генетики". gen.cam.ac.uk . Кембриджский университет. Архивировано из оригинала 15 января 2013 года.
  14. ^ "Cold Spring Harbor Laboratoty (CSHL) Oral History | Michael Ashburner". Архивировано из оригинала 20 марта 2015 г.
  15. ^ "Архивная коллекция iMichael Ashburner". wellcomelibrary.org . Архивировано из оригинала 9 сентября 2015 г.
  16. ^ Публикации Майкла Эшбёрнера, проиндексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  17. ↑ Документы Майкла Эшбёрнера, хранящиеся в Архивном центре Черчилля
  18. ^ аб Чербас, Питер; Кауфман, Том (2023). «Памяти: Майкла Эшбернера». www.flybase.org . ФлайБейс .
  19. ^ Эшбёрнер, Майкл (1968). Исследования вздутия в хромосомах слюнных желез дрозофилы. cam.ac.uk (диссертация). Кембриджский университет. OCLC  879391061. EThOS  uk.bl.ethos.596176.
  20. ^ abc Эшбёрнер, М. (2006). "Майкл Эшбёрнер". Current Biology . 16 (22): R941–R943. Bibcode : 2006CBio...16.R941A. doi : 10.1016/j.cub.2006.10.010 . S2CID  29654933.
  21. ^ ab Эшбёрнер, М.; Чихара, К.; Мельцер, П.; Ричардс, Г. (1974). «Временной контроль активности пуффинга в политенных хромосомах». Симпозиумы по количественной биологии в Колд-Спринг-Харбор . 38 : 655–662. doi :10.1101/sqb.1974.038.01.070. PMID  4208797.
  22. ^ ab Ashburner, M.; Misra, S.; Roote, J.; Lewis, SE ; Blazej, R.; Davis, T.; Doyle, C.; Galle, R.; George, R.; Harris, N.; Hartzell, G.; Harvey, D.; Hong, L.; Houston, K.; Hoskins, R.; Johnson, G.; Martin, C.; Moshrefi, A.; Palazzolo, M.; Reese, MG; Spradling, A.; Tsang, G.; Wan, K.; Whitelaw, K.; Celniker, S. (1999). «Исследование последовательности области генома Drosophila melanogaster размером 2,9 Мб: область Adh». Genetics . 153 (1): 179–219. doi : 10.1093/genetics/153.1.179. PMC 1460734. PMID  10471707 .  Значок открытого доступа
  23. ^ Адамс, М.; Селникер, С.; Холт, Р.; Эванс, К.; Гокайн, Дж.; Аманатидес, П.; Шерер, С.; Ли, П.; Хоскинс, Р.; Галле, РФ; Джордж, РА; Льюис, С.Е.; Ричардс, С.; Эшбёрнер, М.; Хендерсон, СН; Саттон, Г.Г.; Вортман, Дж.Р.; Янделл, М.Д.; Чжан, К.; Чен, Л.Х.; Брэндон, Р.К.; Роджерс, Й.Х.; Блазей, РГ; Шамп, М.; Пфайффер, Б.Д.; Ван, К.Х.; Дойл, К.; Бакстер, Э.Г.; Хельт, Г.; и др. (2000). «Последовательность генома Drosophila melanogaster». Science . 287 (5461): 2185–2195. Bibcode :2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . doi :10.1126/science.287.5461.2185. PMID  10731132. 
  24. ^ Рубин, Г .; Янделл, М.; Вортман, Дж.; Габор Миклош, Г.; Нельсон, К.; Харихаран, И.; Фортини, М.; Ли, П.; Апвайлер, Р.; Флейшманн, В.; Черри, Дж. М.; Хеникофф, С.; Скупски, МП; Мисра, С.; Эшбёрнер, М.; Бирни, Э .; Богуски, М. С.; Броди, Т.; Брокштейн, П.; Целникер, С. Э.; Червиц, С. А.; Коутс, Д.; Кравчик, А.; Габриэлян, А.; Галле, РФ; Гелбарт, В. М.; Джордж, РА; Голдштейн, Л. С.; Гонг, Ф.; Гуань, П. (2000). "Сравнительная геномика эукариот". Наука . 287 (5461): 2204–2215. Bibcode :2000Sci...287.2204.. doi :10.1126/science.287.5461.2204. PMC 2754258. PMID  10731134 . 
  25. ^ Ranz, JM; Maurin, D.; Chan, YS; Von Grotthuss, M.; Hillier, LW; Roote, J.; Ashburner, M.; Bergman, CM (2007). "Принципы эволюции генома в группе видов Drosophila melanogaster". PLOS Biology . 5 (6): e152. doi : 10.1371/journal.pbio.0050152 . PMC 1885836. PMID  17550304 .  Значок открытого доступа
  26. ^ Teixeira, LS; Ferreira, Á.; Ashburner, M. (2008). «Бактериальный симбионт Wolbachia индуцирует устойчивость к РНК-вирусным инфекциям у Drosophila melanogaster». PLOS Biology . 6 (12): e2. doi : 10.1371/journal.pbio.1000002 . PMC 2605931. PMID  19222304 .  Значок открытого доступа
  27. ^ Хилл, Р. Дж.; Биллас, ИМЛ; Боннетон, ФО; Грэм, Л. Д.; Лоуренс, М. К. (2013). «Рецепторы экдизона: от модели Эшбернера к структурной биологии*». Ежегодный обзор энтомологии . 58 : 251–271. doi :10.1146/annurev-ento-120811-153610. PMID  23072463.
  28. ^ "FlyTree - Michael Ashburner Details". Архивировано из оригинала 11 ноября 2013 года.
  29. ^ Пирсон, Хелен (2001). «Игра в названия в биологии: запутанная номенклатура генетики губит эту область». Nature . 411 (6838): 631–632. doi : 10.1038/35079694 . PMID  11395736. S2CID  13625682.«Биологи скорее поделятся своей зубной щеткой, чем именем гена»
  30. ^ ab Майкл Эшбёрнер (2006). Победил для всех: как был секвенирован геном дрозофилы. Плейнвью, Нью-Йорк: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 978-0-87969-802-7.
  31. ^ Салстон, Джон (2006). «Все для всех». PLOS Biology . 4 (6): e198. doi : 10.1371/journal.pbio.0040198 . PMC 1475689 . 
  32. ^ Рон, Дженнифер (2006). «Секвенирование, суши и хладнокровие. Отчет Майкла Эшбёрнера о проекте генома мухи» . Получено 29 июля 2011 г.
  33. ^ Вентер, Дж. К. (2006). «ГЕНОМИКА: мазь от мух». Science . 313 (5795): 1892. doi :10.1126/science.1134998. S2CID  82572658.
  34. ^ "Гранты правительства Великобритании вручены Майклу Эсбёрнеру". Research Councils UK . Архивировано из оригинала 16 апреля 2015 г.
  35. ^ "Гранты EPSRC присуждены Майклу Эшбёрнеру". EPSRC. Архивировано из оригинала 16 апреля 2015 г.
  36. ^ Смит, Б .; Эшбёрнер, М.; Россе, К.; Бард, Дж.; Баг, В.; Кёстерс, В.; Голдберг, Л.Дж.; Эйлбек, К.; Айрленд, А.; Мангалл, К.Дж.; Леонтис, Н.; Рокка-Серра, П.; Руттенберг, А.; Сансоне, С.А .; Шейерманн, Р.Х.; Шах, Н.; Ветцель, ПЛ; Льюис, С. (2007). «OBO Foundry: Скоординированная эволюция онтологий для поддержки интеграции биомедицинских данных». Nature Biotechnology . 25 (11): 1251–1255. doi :10.1038/nbt1346. PMC 2814061. PMID  17989687 .  Значок открытого доступа
  37. ^ Группа референтного генома Консорциума генной онтологии (2009). Борн, Филип Э. (ред.). «Проект референтного генома генной онтологии: унифицированная структура для функциональной аннотации между видами». PLOS Computational Biology . 5 (7): e1000431. Bibcode : 2009PLSCB...5E0431.. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000431 . PMC 2699109. PMID  19578431 . 
  38. ^ Wroe, CJ; Stevens, R .; Goble, CA ; Ashburner, M. (2002). «Методология миграции генной онтологии в среду дескриптивной логики с использованием Daml+Oil». Биокомпьютинг 2003. Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу 2003. Кауаи, Гавайи. стр. 624–635. doi :10.1142/9789812776303_0058. ISBN 978-981-238-217-7. PMID  12603063.
  39. ^ Дегтяренко, К.; Де Матос, П.; Эннис, М.; Хастингс, Дж.; Збинден, М.; Макнот, А.; Алькантара, Р.; Дарсов, М.; Гедж, М.; Эшбёрнер, М. (2007). "ChEBI: База данных и онтология для химических сущностей биологического интереса". Nucleic Acids Research . 36 (Выпуск базы данных): D344–D350. doi :10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832 . PMID  17932057. 
  40. ^ Гаваган, Х. (2001). «Биология переходит в кремниевую стадию». Nature . 409 (6822): 964. doi :10.1038/35057452. PMID  11241987. S2CID  130676.
  41. ^ "EBI in a nutshell" (PDF) . Европейский институт биоинформатики. Архивировано из оригинала (PDF) 6 февраля 2011 г.
  42. ^ Маршалл, Э. (2000). «ГЕНОМ ЧЕЛОВЕКА: Буря разразилась из-за условий публикации последовательности Celera». Science . 290 (5499): 2042–2043. doi :10.1126/science.290.5499.2042. PMID  11187813. S2CID  37724876.
  43. ^ Анон (2001). «Строка генома человека рисуется в журналах». The Lancet . 357 (9250): 81. doi : 10.1016/S0140-6736(00)03531-5 . S2CID  5113446.
  44. ^ Moody, Glyn (2004). Цифровой код жизни: как биоинформатика революционизирует науку, медицину и бизнес. Hoboken, NJ: Wiley. ISBN 978-0-471-32788-2.
  45. ^ ab Эшбёрнер, Майкл. «Приватизация наших генов?». Архивировано из оригинала 14 января 2012 г. Получено 8 января 2012 г.
  46. ^ Винс, Гайя. «Опасения по поводу доступа к геному риса». New Scientist . Архивировано из оригинала 10 января 2014 года . Получено 8 января 2012 года .
  47. ^ Робертс, Р. Дж .; Вармус, Х. Э .; Эшбёрнер, М.; Браун, ПО ; Эйзен, М. Б .; Хосла, К .; Киршнер, М.; Нуссе, Р .; Скотт, М. (2001). «Доступ к информации: создание генбанка опубликованной литературы». Science . 291 (5512): 2318–9. doi :10.1126/science.1060273. PMID  11269300. S2CID  34395787.
  48. ^ "BioMed Central Author Video - Professor Michael Ashburner Part 2/3" на YouTube
  49. ^ "BioMed Central Author Video - Professor Michael Ashburner Part 3/3" на YouTube
  50. ^ "BioMed Central Author Video - Professor Michael Ashburner Part 1/3" на YouTube
  51. ↑ Уорд, Марк (26 апреля 2001 г.). «Ученые угрожают протестом журналу». BBC News . Архивировано из оригинала 7 августа 2007 г. Получено 4 февраля 2012 г.
  52. ↑ Мик, Джеймс (29 мая 2001 г.). «Научный мир восстал против власти владельцев журнала». The Guardian . Лондон . Получено 4 февраля 2012 г.
  53. ^ Уорд, Марк (1 сентября 2001 г.). «Ученые призывают к созданию онлайн-библиотеки». BBC News . Архивировано из оригинала 1 июля 2004 г. Получено 4 февраля 2012 г.
  54. ^ Эшбёрнер, Майкл. "UK Parliament Select Committee on Science and Technology APPENDIX 59". Архивировано из оригинала 15 июля 2012 года . Получено 4 февраля 2012 года .
  55. ^ МакЭнтайр, Дж. Р.; Ананиаду, С.; Эндрюс, С.; Блэк, В. Дж.; Боулдерстоун, Р.; Баттери, П.; Чаплин, Д.; Чевуру, С.; Кобли, Н.; Коулман, Л. -А.; Дэйви, П.; Гупта, Б.; Хаджи-Голам, Л.; Хокинс, К.; Хорн, А.; Хаббард, С. Дж.; Ким, Дж. -Х.; Левин, И.; Лайт, В.; МакИнтайр, Р.; Мансур, С.; Мейсон, Л.; МакНоут, Дж.; Ньюболд, Э.; Нобата, К.; Онг, Э.; Пиллаи, С.; Ребхольц-Шухман, Д.; Рози, Х.; Роуботам, Р. (2010). "UKPMC: Ресурс полнотекстовых статей для наук о жизни". Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D58–D65. doi :10.1093/nar/gkq1063. PMC 3013671. PMID  21062818 . 
  56. ^ "Book of Members, 1780-2010: Chapter A" (PDF) . Американская академия искусств и наук. Архивировано из оригинала (PDF) 10 мая 2011 г. . Получено 25 апреля 2011 г. .
  57. ^ "Свидетельство об избрании: Майкл Эшбёрнер. EC/1990/02". Лондон: Королевское общество. Архивировано из оригинала 8 июля 2019 года.
  58. ↑ Anon (1989). "Майкл Эшбёрнер MAE". ae-info.org . Academia Europaea .
  59. ^ Бирни, Эван ; Апвайлер, Рольф (2023). «Мы глубоко опечалены известием о кончине нашего соучредителя и бывшего руководителя исследований Майкла Эшбёрнера». linkedin.com . Европейский институт биоинформатики .

 В данной статье используется текст, доступный по лицензии CC BY 4.0.