Компьютерная программа
MacroModel — компьютерная программа для молекулярного моделирования органических соединений и биополимеров . Он включает в себя различные химические силовые поля , а также алгоритмы минимизации энергии для прогнозирования геометрии и относительных конформационных энергий молекул . [1] MacroModel поддерживается компанией Schrödinger, LLC .
Он выполняет моделирование в рамках классической механики , также называемой молекулярной механикой , и может выполнять моделирование молекулярной динамики для моделирования систем при конечных температурах с использованием стохастической динамики и смешанных алгоритмов Монте-Карло . MacroModel поддерживает Windows , Linux , macOS , Silicon Graphics (SGI) IRIX и IBM AIX .
Программный пакет Macromodel был впервые описан в научной литературе в 1990 году [2] и впоследствии был приобретен компанией Schrödinger, Inc. в 2000 году. [3]
Ключевая особенность
Известная история версий
- 2013: версия 10.0
- 2012: версия 9.9.2
- 2011: версия 9.9.1
- 2010: версия 9.8
- 2009: версия 9.7
- 2008: версия 9.6
- 2007: версия 9.5
- 2006: версия 9.1
- 2005: версия 9.0
- 2004: версия 8.5
- 2003: версия 8.1
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Мохамади Ф, Ричард Н.Г., Гуида В.К., Лискамп Р., Липтон М., Кофилд С., Чанг Г., Хендриксон Т., Стилл У.К. (май 1990 г.). «Макромодель - интегрированная программная система для моделирования органических и биоорганических молекул с использованием молекулярной механики». Дж. Компьютер. Хим . 11 (4): 440–467. дои : 10.1002/jcc.540110405.
- ^ Мохамади, Фариборз; Ричардс, Найджел Дж.Дж.; Гуида, Уэйн С.; Лискамп, Роб; Липтон, Марк; Кофилд, Крейг; Чанг, Джордж; Хендриксон, Томас; Тем не менее, У. Кларк (1 мая 1990 г.). «Макромодель — интегрированная программная система для моделирования органических и биоорганических молекул с использованием молекулярной механики». Журнал вычислительной химии . 11 (4): 440–467. дои : 10.1002/jcc.540110405. ISSN 1096-987X.
- ^ "Обзор | Шрёдингер" . www.schrodinger.com . Проверено 30 ноября 2017 г.
- ^ Still WC, Темпчик А, Хоули Р.С., Хендриксон Т (1990). «Полуаналитическое рассмотрение сольватации для молекулярной механики и динамики». J Am Chem Soc . 112 (16): 6127–6129. дои : 10.1021/ja00172a038.
- ^ Гимарайнш CR, Кардозо М (май 2008 г.). «Переоценка MM-GB/SA поз стыковки при оптимизации потенциальных клиентов на основе структуры». Модель J Chem Inf . 48 (5): 958–70. дои : 10.1021/ci800004w. ПМИД 18422307.
Внешние ссылки