Мэри Джо Ондречен (родилась в 1953 году) — американский химик, педагог, исследователь, общественный деятель и активист. Она является профессором химии и химической биологии и главным исследователем [1] Исследовательской группы вычислительной биологии в Северо-Восточном университете в Бостоне, штат Массачусетс .
Ондречен получила степень бакалавра по химии, сертифицированную Американским химическим обществом, в колледже Рид , Портленд, штат Орегон , в 1974 году. Она продолжила обучение в докторантуре по химии и химической физике в Северо-Западном университете , Эванстон, штат Иллинойс , и получила степень доктора философии в 1978 году под руководством Марка А. Ратнера . [2] После постдокторских исследовательских назначений в Чикагском университете и Тель-Авивском университете в Израиле , в последнем в качестве постдокторанта НАТО , она присоединилась к факультету Северо-Восточного университета в Бостоне, штат Массачусетс, в 1980 году. [3]
Ее ранние исследовательские достижения включают проектирование молекул и материалов с желаемыми спектроскопическими и проводящими свойствами, прогнозирование эффектов электрического поля в молекулах и белках , оптимизацию устройств преобразования энергии, а также проектирование и характеристику ионных проводящих материалов для перезаряжаемых батарей . Ее текущая исследовательская деятельность включает моделирование биологических макромолекул [4] и предиктивные расчеты для функциональной геномики .
Она была соавтором THEMATICS [5] [6] [7] (Theoretical Microscopic Anomalous Titration Curve Shapes), простого вычислительного предиктора функциональной информации о белках только по их трехмерной структуре. THEMATICS предсказывает каталитические и связывающие сайты в белках с высокой чувствительностью и хорошей селективностью. Уникальной и мощной особенностью ее метода THEMATICS является то, что он не требует ни последовательностей, ни структурных сравнений и, следовательно, применим к новым складкам, сиротским последовательностям, а также к сконструированным полипептидным системам.
Она также является соразработчиком, совместно с Вэньсюй Тонгом и Рональдом Дж. Уильямсом , новой технологии машинного обучения под названием Partial Order Optimum Likelihood (POOL). [8] [9] POOL — это метод максимального правдоподобия с ограничением монотонности для прогнозирования свойств, которые монотонно зависят от входных признаков. Этот мощный метод в сочетании с входными признаками THEMATICS является высокопроизводительным предсказателем активного сайта для структур белков.
Эти методы также используются для успешной аннотации структурных геномных белков, т. е. для обнаружения функции генных продуктов, функция которых в настоящее время неизвестна. Ее метод структурно выровненных локальных участков активности (SALSA) использует локальные наборы аминокислотных остатков, которые, как вычислительно предсказано, будут активны в катализе, для определения биохимической функции ферментных структур неизвестной функции.
Эти вычислительные методы в настоящее время также используются для понимания того, как ферменты влияют на катализ . [10] В частности, профессор Ондрехен был пионером концепции пространственно протяженных активных участков ферментов и того, что участие аминокислот , даже если они находятся далеко от места катализируемой реакции, можно предсказать с помощью простого расчета. [11]
Ее исследовательская группа также разработала вычислительные методы для улучшения конструкции искусственных ферментов.
В 2020 году исследовательская группа Ондречена добавила новый проект по характеристике белков SARS-CoV-2 , вируса, вызывающего COVID-19 , и поиску вмешательств, которые могли бы нарушить жизненный цикл вируса [12] [13]
Ондречен — общественный деятель и активист. Недавно она работала в совете консультантов Межгосударственного совета по технологиям и регулированию (ITRC), базирующегося в Вашингтоне, округ Колумбия , представляя интересы заинтересованных сторон из числа сообществ и племен. [14] Она является бывшим президентом совета директоров Североамериканского индейского центра Бостона ( NAICOB ) [15] и занимала пост председателя совета директоров Американского индейского научного и инженерного общества ( AISES ) в Альбукерке, штат Нью-Мексико, с 2011 по 2013 год. [16] Будучи страстным сторонником управления Землей, она ранее работала в Комиссии по охране природы в Хопкинтоне, штат Массачусетс , и в Сети лидеров сообществ Министерства энергетики США . Она была особенно активна в продвижении инновационных технологий для решения экологических проблем. [17] [18] [19] Она также активно выступает за включение заинтересованных сторон из числа общественности и племен в оценку окружающей среды, принятие решений и управление.
Она выступала на Марше за науку в Вашингтоне, округ Колумбия, в апреле 2017 года. [20] [21]
Она провела множество презентаций по вопросам разнообразия и инклюзивности в области науки, технологий, инженерии и математики ( STEM ). [22] [23]