ОпенЭпи

OpenEpi — это бесплатная , сетевая, независимая от операционной системы серия программ с открытым исходным кодом для использования в эпидемиологии , биостатистике , общественном здравоохранении и медицине , предоставляющая ряд эпидемиологических и статистических инструментов для получения сводных данных. ^{[1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8 ] [9] [10] [11]} OpenEpi был разработан на JavaScript и HTML и может работать в современных веб-браузерах . Программу можно запустить с веб-сайта OpenEpi или загрузить и запустить без подключения к Интернету. Исходный код и документация доступны для скачивания и бесплатно доступны для использования другими исследователями. OpenEpi был рассмотрен как средствами массовой информации, так и в исследовательских журналах. ^{[12] [13] [14] [15] [16]}

Разработчики OpenEpi имели большой опыт разработки и тестирования Epi Info — программы, разработанной Центрами по контролю и профилактике заболеваний (CDC) и широко используемой во всем мире для ввода и анализа данных. OpenEpi был разработан для выполнения анализа, найденного в DOS- версии модулей Epi Info StatCalc и EpiTable, для улучшения типов анализа, предоставляемых этими модулями, а также для предоставления ряда инструментов и вычислений, которые в настоящее время недоступны в Epi Info. Это первый шаг на пути к набору эпидемиологических программных инструментов, полностью основанному на Интернете. OpenEpi можно считать важным дополнением к Epi Info и другим программам, таким как SAS , PSPP , SPSS , Stata , SYSTAT , Minitab , Epidata и R (см. язык программирования R ). Еще одна функционально похожая программа для Windows — Winpepi . См. также список статистических пакетов и сравнение статистических пакетов . И OpenEpi, и Epi Info были разработаны с целью предоставления инструментов для регионов мира с низкими и умеренными ресурсами. Первоначальная разработка OpenEpi поддерживалась грантом Фонда Билла и Мелинды Гейтс Университету Эмори . ^[17]

Типы

Типы вычислений, выполняемые OpenEpi в настоящее время, включают:

• Различные доверительные интервалы для долей, показателей, стандартизированного коэффициента смертности , среднего значения , медианы , процентилей
• 2x2 грубые и стратифицированные таблицы для данных подсчета и скорости
• Соответствующий анализ случай-контроль
• Проверка тенденции с помощью данных подсчета
• Независимый t-критерий и односторонний дисперсионный анализ
• Анализ диагностических и скрининговых тестов с использованием кривых рабочих характеристик приемника (ROC).
• Размер выборки для определения пропорций, перекрестных исследований, несопоставимых методов «случай-контроль» , когорты , рандомизированных контролируемых исследований и сравнения двух средних значений.
• Расчеты мощности для пропорций (несовпадающие исследования «случай-контроль» , перекрестные , когортные, рандомизированные контролируемые исследования ) и для сравнения двух средних значений
• Генератор случайных чисел

Для эпидемиологов и других исследователей в области здравоохранения OpenEpi выполняет ряд расчетов на основе таблиц, которых нет в большинстве эпидемиологических и статистических пакетов. Например, для одной таблицы 2x2, помимо результатов, представленных в других программах, OpenEpi предоставляет оценки для:

• Этиологическая или предотвращенная доля в популяции и среди подвергшихся воздействию с доверительными интервалами, основанными на данных о риске, шансах или частоте
• Оценка перекрестного произведения и отношения шансов MLE
• Точные значения p в середине p и доверительные пределы для отношения шансов
• Расчеты коэффициентов и разностей ставок с использованием доверительных интервалов и статистических тестов.

Для стратифицированных таблиц 2x2 с данными подсчета OpenEpi предоставляет:

• Мантеля-Хэнзеля (МХ) и прецизионные оценки отношения риска и отношения шансов
• Скорректированная разница рисков, основанная на точности
• Тесты на взаимодействие для отношения риска , отношения шансов и разницы рисков
• Четыре различных метода доверительного предела для отношения шансов.

Как и в случае с Epi Info, при стратифицированном анализе предоставляются как грубые, так и скорректированные оценки, чтобы можно было оценить искажающие факторы . Используя данные о скоростях, OpenEpi предоставляет скорректированные соотношения скоростей и различия в скоростях, а также тестирует взаимодействие . Наконец, с помощью данных подсчета OpenEpi также выполняет проверку тренда как для необработанных данных, так и для стратифицированных данных.

OpenEpi не только используется для анализа данных исследователями в области здравоохранения, но и в качестве учебного пособия для преподавания эпидемиологии студентам в: Университете Эмори , Массачусетском университете , Мичиганском университете , Университете Миннесоты , Колледже Морхаус , Колумбийском университете , Университете Висконсин , Государственный университет Сан-Хосе , Университет медицины и стоматологии Нью-Джерси , Вашингтонский университет и другие. Сюда входят курсы дистанционного и очного обучения. Поскольку OpenEpi прост в использовании, не требует опыта программирования и может быть запущен в Интернете, учащиеся могут использовать программу и сосредоточиться на интерпретации результатов. Пользователи могут запускать программу на английском, французском, испанском, португальском или итальянском языках.

Комментарии и предложения по улучшениям приветствуются, разработчики отвечают на запросы пользователей. Разработчики поощряют других разрабатывать модули, которые можно было бы добавить в OpenEpi, и размещать на веб-сайте инструменты разработчика. Планируемое будущее развитие включает усовершенствование существующих модулей, разработку новых модулей, перевод на другие языки, а также добавление возможности вырезания и вставки данных и/или чтения файлов данных.

Смотрите также

• Портал бесплатного программного обеспечения с открытым исходным кодом

• Бесплатное статистическое программное обеспечение
• Веб-моделирование

Рекомендации

1. Салливан К.М., Дин А., Со М.М. (2009). «OpenEpi - веб-эпидемиологический и статистический калькулятор общественного здравоохранения». Отчеты общественного здравоохранения . 124 (3): 471–474. дои : 10.1177/003335490912400320. ПМЦ  2663701 . ПМИД  19445426.
2. Салливан К.; Абрамсон Дж. (июль 2008 г.). «Обновление бесплатного эпидемиологического программного обеспечения». Эпидемиологический монитор . 29 (7): 3–4.
3. Салливан, К. (весна – лето 2008 г.). «В центре внимания факультета». Эпи Авангард .
4. Салливан, К.М. (декабрь 2007 г.). «OpenEpi теперь доступен на английском, французском, итальянском и испанском языках». Эпидемиологический монитор . 28 (14).
5. Салливан К.М., Дин А., Со М.М. (май 2007 г.). «OpenEpi Версия 2». Эпидемиологический монитор . 28 (5): 1, 9–10.
6. Салливан, К.М. (апрель 2007 г.). «Обзор бесплатного аналитического программного обеспечения для эпидемиологов». Эпидемиологический монитор . 28 (4).
7. Салливан, К.М. (весна 2007 г.). «OpenEpi — веб-калькулятор». Эпи Авангард .
8. Салливан К., Дин А., Со М.М. (июнь 2006 г.). «OpenEpi: обновление». Эпидемиологический монитор . 27 (6): 4.
9. Салливан К.М., Дин А.Г., Мир Р. (апрель 2004 г.). «OpenEpi: новые совместные усилия в области эпидемиологических вычислений». Эпидемиологический монитор . 25 (4): 3, 7, 9.
10. Салливан К.М., Дин А.Г., Мир Р. (11–14 июня 2003 г.). OpenEpi: новая совместная работа в области эпидемиологических вычислений . 36-е ежегодное собрание Общества эпидемиологических исследований. Атланта, Джорджия , США.
11. Дин А.Г., Салливан К.М., Мир Р. (1–4 октября 2003 г.). Инициатива Open Epi: программное обеспечение веб-браузера с открытым исходным кодом для общественного здравоохранения . Ежегодное научное собрание Международной эпидемиологической ассоциации. Толедо, Испания : Европейская эпидемиологическая федерация.
12. "OpenEpi онлайн" . 24 сентября 2007 г.
13. Отличные бесплатные инструменты для обучения статистике | Образование ИТ | ZDNet.com
14. Анточ, Дж. (2008). «Среда статистических вычислений». Обзор компьютерных наук . 2 (2): 113–122. doi :10.1016/j.cosrev.2008.05.002.
15. Абрамсон Дж.Х., Абрамсон З.Х. (2008). Методы исследования в общественной медицине: опросы, эпидемиологические исследования, оценка программ, клинические испытания (6-е изд.). Джон Уайли и сыновья.
16. Сингх, С. (2009). «Обзор бесплатных программ для ввода и анализа эпиданных». Индийский журнал общественной медицины . 34 (34): 76–7. дои : 10.4103/0970-0218.45384 . ПМЦ 2763648 . ПМИД  19876466. 
17. «Архивная копия» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 20 сентября 2009 г. Проверено 22 сентября 2009 г.{{cite web}}: CS1 maint: архивная копия в заголовке ( ссылка )

Внешние ссылки

• Официальный веб-сайт