stringtranslate.com

Рэнди Рид

Рэнди Джон Рид , член Королевского Королевского общества [9] (родился 9 июня 1957 г.) [4] — главный научный сотрудник Wellcome Trust и профессор кристаллографии белков в Кембриджском университете . [1] [10] [11] [12]

Образование

Рид получил образование в Университете Альберты в Эдмонтоне, Канада, где в 1979 году ему была присвоена степень бакалавра наук, а в 1986 году он получил степень доктора философии [4] по рентгеновской кристаллографии сериновых протеаз и их белковых ингибиторов под руководством Майкла Н. Г. Джеймса . [2] [3]

Карьера и исследования

После получения докторской степени Рид был назначен доцентом с 1988 по 1993 год и доцентом с 1993 по 1998 год в Университете Альберты. [4] По состоянию на 2017 год исследовательские интересы Рида лежат в области кристаллографии белков и оценки максимального правдоподобия . [1] Его исследования были опубликованы в ведущих рецензируемых научных журналах , включая Nature , [13] [14] [15] Science , [16] Journal of Applied Crystallography [5] Acta Crystallographica , [7] [17] [18] Structure , [19] [20] PNAS , [21] Journal of Molecular Biology [22] [23] и Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism . [24]

Награды и почести

В 2014 году Рид был избран членом Королевского общества (FRS). Его номинация гласит:

Профессор Рид известен на международном уровне своим выдающимся и фундаментальным вкладом в разработку программного обеспечения для макромолекулярной кристаллографии. Его применение алгоритмов, основанных на максимальном правдоподобии, к решению макромолекулярных кристаллических структур путем молекулярной замены (метод, который использует известную структуру гомолога для решения неизвестной структуры) привело к созданию программного обеспечения (Phaser), которое является передовым в этой области. Он также разработал и продемонстрировал улучшенную целевую функцию правдоподобия для уточнения модели, которая была принята всеми основными программами уточнения. Кроме того, профессор Рид руководил структурной работой , которая внесла значительный вклад в понимание механизмов белков, имеющих отношение к болезням ( бактериальные токсины и серпины ). [9]

Ссылки

  1. ^ abc Randy Читайте публикации, проиндексированные Google Scholar
  2. ^ ab Fujinaga, Masao; Sielecki, Anita R.; Read, Randy J.; Ardelt, Wojciech; Laskowski, Michael; James, Michael NG (1987). «Кристаллические и молекулярные структуры комплекса α-химотрипсина с его ингибитором Turkey овомукоидом третьим доменом при разрешении 1,8 Å». Journal of Molecular Biology . 195 (2): 397–418. doi :10.1016/0022-2836(87)90659-0. ISSN  0022-2836. PMID  3477645.
  3. ^ ab Read, Randy John (1986). Рентгеноструктурные исследования сериновых протеиназ и их белковых ингибиторов (диссертация на степень доктора философии). doi :10.7939/R33776175. hdl :10402/era.3098. ProQuest  250072156.
  4. ^ abcd Anon (2014). "Читайте, профессор Рэнди Джон" . Who's Who (онлайн-издание Oxford University Press  ). A & C Black. doi :10.1093/ww/9780199540884.013.43034. (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании.)
  5. ^ ab McCoy, AJ; Grosse-Kunstleve, RW; Adams, PD; Winn, MD; Storoni, LC; Read, RJ (2007). "Phaser crystallographic software". Журнал прикладной кристаллографии . 40 (4): 658–674. Bibcode :2007JApCr..40..658M. CiteSeerX 10.1.1.322.8550 . doi :10.1107/S0021889807021206. PMC 2483472 . PMID  19461840.  
  6. ^ Адамс, PD; Гроссе-Кунстлев, RW; Хунг, LW; Иергер, TR; Маккой, AJ; Мориарти, NW; Рид, RJ; Саккеттини, JC; Заутер, NK; Тервиллигер, TC (2002). "PHENIX: Создание нового программного обеспечения для автоматизированного определения кристаллографической структуры". Acta Crystallographica Section D . 58 (11): 1948–1954. Bibcode :2002AcCrD..58.1948A. doi : 10.1107/S0907444902016657 . hdl : 1969.1/180215 . PMID  12393927.
  7. ^ ab Adams, PD; Afonine, PV; Bunkóczi, GB; Chen, VB; Davis, IW; Echols, N.; Headd, JJ; Hung, LW; Kapral, GJ; Grosse-Kunstleve, RW; McCoy, AJ; Moriarty, NW; Oeffner, R.; Read, RJ; Richardson, DC; Richardson, JS; Terwilliger, TC; Zwart, PH (2010). "PHENIX: комплексная система на основе Python для решения макромолекулярной структуры". Acta Crystallographica Section D. 66 ( 2): 213–21. Bibcode :2010AcCrD..66..213A. doi :10.1107/S0907444909052925. PMC 2815670. PMID  20124702 . 
  8. ^ Liebschner, Dorothee; Afonine, Pavel V.; Baker, Matthew L.; Bunkóczi, Gábor; Chen, Vincent B.; Croll, Tristan I.; Hintze, Bradley; Hung, Li-Wei; Jain, Swati; McCoy, Airlie J.; Moriarty, Nigel W.; Oeffner, Robert D.; Poon, Billy K.; Prisant, Michael G.; Read, Randy J. (1 октября 2019 г.). «Определение макромолекулярной структуры с использованием рентгеновских лучей, нейтронов и электронов: последние разработки в Phenix». Acta Crystallographica Раздел D: Структурная биология . 75 (10): 861–877. Bibcode : 2019AcCrD..75..861L. doi : 10.1107/S2059798319011471. ISSN 2059-7983  . PMC 6778852. PMID  31588918. 
  9. ^ ab Anon (2014). "Профессор Рэнди Рид FRS". Лондон: royalsociety.org. Архивировано из оригинала 5 августа 2014 года.
  10. ^ Публикации Рэнди Рида, индексированные библиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)
  11. ^ Read, Randy (2017). "Randy Read's Homepage". Кембриджский университет. Архивировано из оригинала 15 мая 2013 года. [ мертвая ссылка ]
  12. ^ Публикации Рэнди Рида из Европы PubMed Central
  13. ^ Чжоу, А.; Каррелл, Р. В.; Мерфи, М. П.; Вэй, З.; Ян, И.; Стэнли, ПЛД; Стайн, П. Е.; Пипкин, Ф. Б.; Рид, Р. Дж. (2010). «Окислительно-восстановительный переключатель в ангиотензиногене модулирует высвобождение ангиотензина». Nature . 468 (7320): 108–11. Bibcode :2010Natur.468..108Z. doi :10.1038/nature09505. PMC 3024006 . PMID  20927107. 
  14. ^ Dimaio, F.; Terwilliger, TC; Read, RJ; Wlodawer, A.; Oberdorfer, G.; Wagner, U.; Valkov, E.; Alon, A.; Fass, D.; Axelrod, HL; Das, D.; Vorobiev, SM; Iwaï, H.; Pokkuluri, PR; Baker, D. (2011). «Улучшенная молекулярная замена с помощью оптимизации структуры белка, управляемой плотностью и энергией». Nature . 473 (7348): 540–3. Bibcode :2011Natur.473..540D. doi :10.1038/nature09964. PMC 3365536 . PMID  21532589. 
  15. ^ Qian, B.; Raman, S.; Das, R.; Bradley, P.; McCoy, AJ; Read, RJ; Baker, D. (2007). «Высокоразрешающее предсказание структуры и проблема кристаллографической фазы». Nature . 450 (7167): 259–64. Bibcode :2007Natur.450..259Q. doi :10.1038/nature06249. PMC 2504711 . PMID  17934447. 
  16. ^ Джексон, Р.Н.; Золотой, СМ; Ван Эрп, ПБ; Картер, Дж; Вестра, скорая помощь; Браунс, С.Дж.; Ван дер Ост, Дж; Тервиллигер, ТК; Читай, Р.Дж.; Виденхефт, Б (2014). «Структурная биология. Кристаллическая структура надзорного комплекса CRISPR, управляемого РНК, из Escherichia coli». Наука . 345 (6203): 1473–9. дои : 10.1126/science.1256328. ПМК 4188430 . ПМИД  25103409. 
  17. ^ Brünger, AT; Adams, PD; Clore, GM; Delano, WL; Gros, P.; Grosse-Kunstleve, RW; Jiang, JS; Kuszewski, J.; Nilges, M.; Pannu, NS; Read, RJ; Rice, LM; Simonson, T.; Warren, GL (1998). «Кристаллография и система ЯМР: новый программный пакет для определения структуры макромолекул». Acta Crystallographica Section D. 54 ( 5): 905–21. Bibcode : 1998AcCrD..54..905B. doi : 10.1107/S0907444998003254. PMID  9757107. S2CID  33910776.
  18. ^ Read, RJ; Kleywegt, GJ (2009). "Проверка структуры с контролируемым случаем". Acta Crystallographica Section D. 65 ( Pt 2): 140–7. Bibcode :2009AcCrD..65..140R. doi :10.1107/S0907444908041085. PMC 2631636 . PMID  19171969. 
  19. ^ Read, RJ; Adams, PD; Arendall Wb, 3rd; Brunger, AT; Emsley, P; Joosten, RP; Kleywegt, GJ; Krissinel, EB; Lütteke, T; Otwinowski, Z; Perrakis, A; Richardson, JS; Sheffler, WH; Smith, JL; Tickle, IJ; Vriend, G; Zwart, PH (2011). "Новое поколение инструментов кристаллографической проверки для банка данных по белкам". Structure . 19 (10): 1395–412. doi :10.1016/j.str.2011.08.006. PMC 3195755 . PMID  22000512. {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  20. ^ Kleywegt, GJ ; Read, RJ (1997). «Не ваша средняя плотность». Структура . 5 (12): 1557–69. doi : 10.1016/s0969-2126(97)00305-5 . PMID  9438862.
  21. ^ Дин, Дж. Э.; Грэм, С. К.; Ким, Н. Н.; Стайн, П. Э.; Макнейр, Р.; Качон-Гонсалес, М. Б.; Кокс, Т. М.; Рид, Р. Дж. (2011). «Взгляд на болезнь Краббе из структур галактоцереброзидазы». Труды Национальной академии наук . 108 (37): 15169–73. doi : 10.1073/pnas.1105639108 . PMC 3174575. PMID  21876145 . 
  22. ^ Чжоу, А; Вэй, З; Стэнли, ПЛ; Рид, Р. Дж.; Стайн, П. Е.; Каррелл, Р. В. (2008). «Переход S-в-R кортикостероид-связывающего глобулина и механизм высвобождения гормонов». Журнал молекулярной биологии . 380 (1): 244–51. doi : 10.1016/j.jmb.2008.05.012 . PMID  18513745.
  23. ^ Stoop, AA; Eldering, E; Dafforn, TR; Read, RJ; Pannekoek, H (2001). «Различные структурные требования к ингибитору активатора плазминогена 1 (PAI-1) во время перехода в латентность и ингибирования протеиназы, как показано на фаговых гипермутированных библиотеках PAI-1». Журнал молекулярной биологии . 305 (4): 773–83. doi :10.1006/jmbi.2000.4356. PMID  11162091. Архивировано из оригинала 6 мая 2022 г. . Получено 6 мая 2022 г. .
  24. ^ Чан, В. Л.; Каррелл, Р. В.; Чжоу, А.; Рид, Р. Дж. (2013). «Как изменения в сродстве кортикостероид-связывающего глобулина модулируют концентрацию свободного кортизола». Журнал клинической эндокринологии и метаболизма . 98 (8): 3315–22. doi :10.1210/jc.2012-4280. PMC 3813945. PMID  23783094 .