Осада Самарканда была третьей и последней кампанией против города обеих воюющих сторон. Через четыре года после его повторного захвата войсками Бабура произошло восстание, в результате которого король Ферганы потерял свое королевство и свою столицу. В 1501 году Бабур и его армия почувствовали готовность снова осадить город. Однако его попытка вторжения была отбита Шайбани, узбекским вождем племени, чьи завоевания были известны по всей Средней Азии.