stringtranslate.com

Дэвид Санкофф

Дэвид Санкофф (родился 31 декабря 1942 года) — канадский математик, биоинформатик , учёный-компьютерщик и лингвист. Он занимает кафедру канадских исследований в области математической геномики на факультете математики и статистики в Университете Оттавы , а также является членом кафедры биологии и Школы информационных технологий и инженерии. Он был редактором-основателем научного журнала Language Variation and Change (Кембридж) [6] и входит в редколлегии ряда журналов по биоинформатике, вычислительной биологии и лингвистике. [7] [8] [9] [10] Санкофф наиболее известен своим новаторским вкладом в вычислительную лингвистику и вычислительную геномику . [3] Он считается одним из основателей биоинформатики . В частности, он сыграл ключевую роль во внедрении динамического программирования [11] для выравнивания последовательностей и других задач в вычислительной биологии . По словам Павла Певзнера , [2] « Майкл Уотерман и Дэвид Санкофф ответственны за превращение биоинформатики из «коллекции марок» плохо определенных проблем в строгую дисциплину с важными биологическими приложениями».

Образование

Санкофф опубликовал свою первую работу в 1963 году [12] , когда он был студентом бакалавриата по математике в Университете Макгилла . Начиная с докторской диссертации, он разработал математические формулировки для ряда основных концепций в социо- и исторической лингвистике, включая глоттохронологию , [13] анализ переменных правил (совместно с Генриеттой Седергрен), [14] лингвистический рынок [ 15] и переключение кодов . [16]

Карьера и исследования

Получив степень доктора философии по математике, Санкофф начал свою академическую карьеру в Монреальском университете в 1969 году. В 1971 году Санкофф заинтересовался сравнением молекулярных последовательностей [11] и разработал первый квадратичный вариант алгоритма Нидлмана–Вунша для попарного выравнивания последовательностей . [17] В 1973 году Санкофф и Роберт Седергрен разработали совместный метод оценки для филогении и множественного выравнивания последовательностей 5S рибосомальной РНК , [ 18] заложив алгоритмические основы сравнительной геномики . В 1975 году Санкофф и Вацлав Хватал изучили поведение задачи о самой длинной общей подпоследовательности на случайных входных данных; [19] константы пропорциональности, возникающие в этом исследовании, стали известны как константы Хватала–Санткоффа . В 1980 году Роберт Седерген и Дэвид Санкофф создали первую исследовательскую группу по биоинформатике в Монреальском университете . [20] Работа Санкоффа в области биоинформатики касается вторичной структуры РНК , перестроек генома , выравнивания последовательностей , эволюции генома и филогенетики . [21]

Награды и почести

Ссылки

  1. ^ ab Anon (2017). "ISCB Fellows". iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 2017-03-20.
  2. ^ abc Maisel, M. (2006). "ISCB Honors Michael S. Waterman and Mathieu Blanchette". PLOS Computational Biology . 2 (8): e105. Bibcode : 2006PLSCB...2..105M. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020105 . PMC 1526462 . 
  3. ^ ab Публикации Дэвида Санкоффа, проиндексированные Google Scholar
  4. ^ : Санкофф, Дэвид (2008). «Как предсказать эволюцию двуязычного сообщества».В Мейерхофф, Мириам и Наоми Наги (ред.), Социальная жизнь в языке – Социолингвистика и многоязычные речевые сообщества: чествование работы Джиллиан Санкофф (стр. 179–194). Амстердам: Джон Бенджаминс .
  5. ^ Дэвид Санкофф в проекте «Генеалогия математики»
  6. ^ Сали, Тальямонте (2015-11-02). Making waves: the story of variationist sociolinguistics . Чичестер, Западный Суссекс, Соединенное Королевство. ISBN 9781118455166. OCLC  921307274.{{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
  7. ^ "BMC Bioinformatics" . Получено 8 июня 2019 г.
  8. ^ "Журнал биоинформатики и вычислительной биологии" . Получено 8 июня 2019 г.
  9. ^ "Журнал вычислительной биологии" . Получено 8 июня 2019 г.
  10. ^ "Молекулярная филогенетика и эволюция, том 43" . Получено 8 июня 2019 г.
  11. ^ ab Sankoff, D. (2000). «Раннее внедрение динамического программирования в вычислительную биологию». Биоинформатика . 16 (1): 41–47. doi : 10.1093/bioinformatics/16.1.41 . PMID  10812476.
  12. ^ Фризен, Дж. Д.; Санкофф, Д.; Симинович, Л. (1963). «Радиобиологические исследования вируса вакцинии». Вирусология . 21 (3): 411–424. doi :10.1016/0042-6822(63)90203-4. PMID  14081366.
  13. ^ Санкофф, Дэвид (1970). «О скорости замены отношений между словом и значением». Язык . 46 (3): 564–569. CiteSeerX 10.1.1.667.3279 . doi :10.2307/412307. JSTOR  412307. 
  14. ^ Cedergren, HJ; D. Sankoff (1974). «Изменяющиеся правила: производительность как статистическое отражение компетентности». Язык . 50 (2): 333–355. CiteSeerX 10.1.1.665.3156 . doi :10.2307/412441. JSTOR  412441. 
  15. ^ : Санкофф, Д.; С. Лаберж (1978). «Лингвистический рынок и статистическое объяснение изменчивости».В книге Д. Санкоффа (ред.), Лингвистическая вариативность: модели и методы (стр. 239-250). Нью-Йорк: Academic Press.
  16. ^ Санкофф, Дэвид; Шана Поплак (1981). «Формальная грамматика для переключения кодов». Статьи по лингвистике . 14 (1): 3–46. CiteSeerX 10.1.1.667.3175 . doi :10.1080/08351818109370523. 
  17. ^ Санкофф, Д. (1972). «Соответствие последовательностей при ограничениях делеции-вставки». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 69 (1): 4–6. Bibcode :1972PNAS...69....4S. doi : 10.1073/pnas.69.1.4 . PMC 427531 . PMID  4500555. 
  18. ^ Санкофф, Д.; К. Морель; Р. Дж. Седергрен (1973). «Эволюция 5S РНК и неслучайность замены оснований». Nature New Biology . 245 (147): 232–234. doi :10.1038/newbio245232a0. PMID  4201431.
  19. ^ Chvatal, Václáv ; Sankoff, David (1975), «Самые длинные общие подпоследовательности двух случайных последовательностей», Journal of Applied Probability , 12 (2): 306–315, doi :10.2307/3212444, JSTOR  3212444, MR  0405531, S2CID  250345191.
  20. ^ "История Центра Роберта Седергрена" . Получено 25 августа 2013 г.
  21. ↑ Anon (2003). "ISCB Senior Scientist Award to Sankoff". iscb.org/iscb-awards . Архивировано из оригинала 2016-03-03.
  22. ^ ab "David Sankoff". Исследование . Получено 2020-11-03 .
  23. ^ «Приз Acfas Терезы Гуэн-Декари (Приз Марселя-Венсана до 2013 г.)» . Acfas PRIX (на французском языке). 2019 . Проверено 19 сентября 2020 г.
  24. ↑ Профессор Анджела Маклин награждена медалью Уэлдона. 17 мая 2018 г.
  25. ^ "David Sankoff - Excellence in Research Award". Архивировано из оригинала 24 сентября 2014 года . Получено 25 августа 2013 года .
  26. ^ "Соучредитель биоинформатики получит почетную докторскую степень". Математика . 2019-06-11 . Получено 2020-11-03 .