stringtranslate.com

Стивен Зальцберг

Стивен Ллойд Зальцберг (родился в 1960 году) — американский вычислительный биолог и учёный , почётный профессор биомедицинской инженерии, компьютерных наук и биостатистики имени Блумберга в Университете Джонса Хопкинса , где он также является директором Центра вычислительной биологии.

Ранняя жизнь и образование

Зальцберг родился в 1960 году и был одним из четырех детей Германа Зальцберга, выдающегося профессора психологии, и Адель Зальцберг, бывшей школьной учительницы. [9] Зальцберг учился в Йельском университете , где получил степень бакалавра искусств по английскому языку в 1980 году. В 1981 году он вернулся в Йель и получил степени магистра наук и магистра философии по компьютерным наукам в 1982 и 1984 годах соответственно. После нескольких лет работы в стартап-компании он поступил в Гарвардский университет , где получил степень доктора философии по компьютерным наукам в 1989 году. [10]

Карьера

Получив степень бакалавра, он работал в местной энергетической компании в Южной Каролине , где приобрел опыт программирования на мэйнфрейме IBM [11] , программируя на COBOL и языке ассемблера IBM. Затем он присоединился к стартапу AI в Бостоне после получения степени магистра в области компьютерных наук. [11]

Получив степень доктора философии, Зальцберг присоединился к Университету Джонса Хопкинса в качестве доцента на кафедре компьютерных наук и был повышен до доцента в 1997 году. С 1998 по 2005 год он был главой отдела биоинформатики в Институте геномных исследований , одном из крупнейших в мире центров по секвенированию генома. Затем Зальцберг присоединился к Департаменту компьютерных наук в Университете Мэриленда, Колледж-Парк , где он был профессором компьютерных наук имени Хорвица , а также директором Центра биоинформатики и вычислительной биологии. В 2011 году Зальцберг вернулся в Университет Джонса Хопкинса в качестве профессора в Институте генетической медицины МакКьюсика-Натанса и на кафедре медицины. [8] [12] [13]

В 2013 году Зальцберг получил премию Бенджамина Франклина [14] в области биоинформатики .

В 2014 году он был назван почетным профессором Bloomberg в Университете Джонса Хопкинса за его достижения в качестве междисциплинарного исследователя и выдающиеся достижения в обучении следующего поколения ученых. [15] Почетные профессорские звания Bloomberg были учреждены в 2013 году подарком от Майкла Блумберга . [16] Зальцберг занимает совместные должности в Школе инженерии Уайтинга при Университете Джонса Хопкинса , Школе медицины при Университете Джонса Хопкинса и Школе общественного здравоохранения Блумберга при Университете Джонса Хопкинса .

Исследовать

Зальцберг был выдающимся ученым в области биоинформатики и вычислительной биологии с 1990-х годов. Он внес большой вклад в алгоритмы поиска генов , в частности, в программу GLIMMER [17] для поиска бактериальных генов, а также в несколько связанных программ для поиска генов у животных, растений и других организмов. Он также был лидером в исследовании сборки генома и руководил сборкой десятков геномов, как больших, так и малых. Он был участником проекта генома человека [18] , а также многих других геномных проектов, включая геном малярии ( Plasmodium falciparum ) и геном модельного растения Arabidopsis thaliana . В 2001–2002 годах он и его коллеги секвенировали сибирскую язву , которая использовалась в атаках с использованием сибирской язвы в 2001 году . Они опубликовали свои результаты в журнале Science в 2002 году. [19] Эти выводы помогли ФБР отследить источник атак до единственного флакона в Форт-Детрике во Фредерике, штат Мэриленд.

В 2003 году Зальцберг вместе с Дэвидом Липманом и Лоне Симонсеном начали проект по секвенированию генома гриппа , целью которого было секвенировать и сделать доступными геномы тысяч изолятов вируса гриппа. [20] [21]

Вскоре после появления секвенирования следующего поколения (NGS) в середине 2000-х годов исследовательская лаборатория Зальцберга и его коллеги разработали набор высокоэффективных, точных программ для выравнивания последовательностей NGS с большими геномами и для сборки последовательностей из экспериментов RNA-Seq . К ним относится набор "Tuxedo", включающий программы Bowtie , TopHat и Cufflinks, которые цитировались десятки тысяч раз за годы с момента их публикации.

Зальцберг также был активным сторонником лженауки , писал редакционные статьи и появлялся в печатных СМИ на эту тему. С 2010 года он вел колонку в журнале Forbes [22] о науке, медицине и лженауке, где опубликовал сотни статей, которые получили десятки миллионов просмотров. Его работа в Forbes получила премию Роберта П. Баллеса 2012 года в номинации «Критическое мышление». [23]

В 2014 году Зальцберг был одним из членов-учредителей Кембриджской рабочей группы , которая была создана для выражения тревоги в научном сообществе по поводу создания высококонтагиозных и заразных вирусов (также называемых исследованиями по приобретению функции ) и вероятности случайного выброса в лабораторных условиях. [24]

Публикации

Зальцберг является автором или соавтором более 300 научных публикаций. [25] У него более 300 000 ссылок в Google Scholar и индекс Хирша 159. [26] В 2014 году и каждый год с тех пор (по крайней мере до 2022 года) Зальцберг был выбран для включения в HighlyCited.com, рейтинг, составленный Институтом научной информации ученых, которые входят в 1% самых цитируемых в своей предметной области за предыдущие десять лет. Он также был выбран для этого списка, когда он был впервые создан в 2001 году. Этот список высокоцитируемых исследователей продолжается в Clarivate , и Зальцберг также был включен в список в 2018, 2019, 2020, 2021, 2022 и 2023 годах. [27]

Высокоцитируемые статьи (более 10 000 ссылок)

Награды

Ссылки

  1. ^ Стивен Зальцберг в проекте «Генеалогия математики»
  2. ^ Маллинз, Дж.; Моррисон Маккей, Б. (2011). «Международное общество вычислительной биологии наградило Майкла Эшбёрнера и Ольгу Троянскую высшими наградами в области биоинформатики/вычислительной биологии за 2011 год». PLOS Computational Biology . 7 (6): e1002081. Bibcode :2011PLSCB...7E2081M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1002081 . PMC  3107244 .
  3. ^ Salzberg, SL; Delcher, AL; Kasif, S.; White, O. (1998). «Идентификация микробных генов с использованием интерполированных марковских моделей». Nucleic Acids Research . 26 (2): 544–548. doi :10.1093/nar/26.2.544. PMC 147303. PMID  9421513 . 
  4. ^ Delcher, AL; Kasif, S.; Fleischmann, RD; Peterson, J.; White, O.; Salzberg, SL (1999). «Выравнивание целых геномов». Nucleic Acids Research . 27 (11): 2369–2376. doi : 10.1093 /nar/27.11.2369. PMC 148804. PMID  10325427. 
  5. ^ Sommer, DD; Delcher, AL; Salzberg, SL; Pop, M. (2007). «Minimus: быстрый, легкий геномный ассемблер». BMC Bioinformatics . 8 : 64. doi : 10.1186/1471-2105-8-64 . PMC 1821043. PMID  17324286 . 
  6. ^ Лэнгмид, Б.; Трапнелл, К.; Поп, М.; Зальцберг, С.Л. (2009). «Сверхбыстрое и эффективное с точки зрения памяти выравнивание коротких последовательностей ДНК с человеческим геномом». Genome Biology . 10 (3): R25. doi : 10.1186/gb-2009-10-3-r25 . PMC 2690996. PMID  19261174. 
  7. ^ Trapnell, C.; Pachter, L .; Salzberg, SL (2009). «TopHat: Discovering splice junctions with RNA-Seq». Биоинформатика . 25 (9): 1105–1111. doi :10.1093/bioinformatics/btp120. PMC 2672628. PMID  19289445 . 
  8. ^ ab ccb.jhu.edu Краткая биография
  9. ^ "Стивен Зальцберг: краткая биография". Salzberg Lab . 2015-02-21 . Получено 2021-06-03 .
  10. ^ Зальцберг, Стивен Ллойд (1989). Обучение с помощью вложенных обобщенных образцов (диссертация на степень доктора философии). Гарвардский университет. ProQuest  303755625.
  11. ^ ab Fogg, Christina; Kovats, Diane; Shamir, Ron (29 октября 2021 г.). "Достижения ISCB 2020 года от Senior Scientist Award: Steven Salzberg". Oxford Academic . Получено 26 июля 2023 г.
  12. ↑ Редакционная статья об эволюции и гриппе, Philadelphia Inquirer
  13. ^ "Bloomberg Distinguished Professorships | Steven Salzberg". Офис исследований Университета Джонса Хопкинса . 9 сентября 2016 г.
  14. ^ «Стивен Зальцберг о микробных геномах, открытом доступе, прививках от гриппа и патентах на гены».
  15. ^ «С помощью программы Bloomberg Distinguished Professorships университет Джонса Хопкинса намерен содействовать междисциплинарному сотрудничеству в 2014 году». 2014-02-17.
  16. ^ «Майкл Р. Блумберг выделяет 350 миллионов долларов Университету Джонса Хопкинса на Трансформационную академическую инициативу 2013 года».
  17. ^ Delcher, A.; Harmon, D.; Kasif, S.; White, O.; Salzberg, S. (1999). «Улучшенная идентификация микробных генов с помощью GLIMMER». Nucleic Acids Research . 27 (23): 4636–4641. doi :10.1093/nar/27.23.4636. PMC 148753. PMID  10556321 . 
  18. ^ Вентер, JC ; Адамс, М.; Майерс, Э.; Ли, П.; Мурал, Р.; Саттон, Г.; Смит, Х.; Янделл, М.; Эванс, К.; Холт, РА; Гокейн, доктор медицинских наук; Аманатидес, П.; Баллью, РМ; Хьюсон, Д.Х.; Вортман, младший; Чжан, К.; Кодира, CD; Чжэн, XH; Чен, Л.; Скупский, М.; Субраманиан, Г.; Томас, доктор медицинских наук; Чжан, Дж.; Габор Миклош, GL; Нельсон, К.; Бродер, С.; Кларк, АГ; Надо, Дж.; МакКьюсик, Вирджиния; и др. (2001). «Последовательность генома человека». Наука . 291 (5507): 1304–1351. Bibcode :2001Sci...291.1304V. doi : 10.1126/science.1058040 . PMID  11181995.
  19. ^ Read, TD; Salzberg, S.; Pop, M.; Shumway, M.; Umayam, L.; Jiang, L.; Holtzapple, E.; Busch, J.; Smith, K.; Schupp, JM; Solomon, D.; Keim, P.; Fraser, CM (2002). «Сравнительное секвенирование генома для обнаружения новых полиморфизмов в Bacillus anthracis». Science . 296 (5575): 2028–2033. Bibcode :2002Sci...296.2028R. doi : 10.1126/science.1071837 . PMID  12004073. S2CID  15470665.
  20. ^ Ghedin, E.; Sengamalay, NA; Shumway, M.; Zaborsky, J.; Feldblyum, T.; Subbu, V.; Spiro, DJ; Sitz, J.; Koo, H.; Bolotov, P.; Dernovoy, D.; Tatusova, T.; Bao, Y.; St George, K.; Taylor, J.; Lipman, DJ; Fraser, CM; Taubenberger, JK; Salzberg, SL (2005). "Крупномасштабное секвенирование человеческого гриппа раскрывает динамическую природу эволюции вирусного генома". Nature . 437 (7062): 1162–1166. Bibcode :2005Natur.437.1162G. doi : 10.1038/nature04239 . PMID  16208317.
  21. ^ Холмс, EC; Гедин, E.; Миллер, N.; Тейлор, J.; Бао, Y.; Сент-Джордж, K.; Гренфелл, BT; Зальцберг, SL; Фрейзер, CM; Липман, DJ; Таубенбергер, JK (2005). "Анализ всего генома вируса гриппа человека A выявил множественные устойчивые линии и реассортацию среди недавних вирусов H3N2". PLOS Biology . 3 (9): e300. doi : 10.1371/journal.pbio.0030300 . PMC 1180517 . PMID  16026181. 
  22. ^ Колонка Зальцберга в Forbes
  23. ^ «Авторы-скептики Стивен Зальцберг и Джо Никелл получат премию Баллеса за критическое мышление». 14 июня 2013 г.
  24. ^ Бейкер, Николсон. (4 января 2021 г.). «Гипотеза утечки в лаборатории. Десятилетиями ученые запускали вирусы в надежде предотвратить пандемию, а не вызвать ее. Но что, если…?». Журнал New York Получено 18 января 2021 г.
  25. ^ "Стивен Зальцберг, доктор философии, профессор биомедицинской инженерии". Johns Hopkins Medicine . Получено 2021-06-03 .
  26. ^ "Стивен Зальцберг". scholar.google.com . Получено 2021-06-03 .
  27. ^ "Высокоцитируемые исследователи". publons.com . Получено 2021-06-03 .
  28. ^ "Стивен Зальцберг, доктор философии, профессор биомедицинской инженерии". Johns Hopkins Medicine . Получено 2021-05-04 .

Внешние ссылки

На Викискладе есть медиафайлы по теме Стивен Зальцберг .