stringtranslate.com

Эдвард Трифонов

שָׁלוֹם
Этот раздел содержит текст на иврите . Без надлежащей поддержки рендеринга вместо букв иврита вы можете увидеть вопросительные знаки, прямоугольники и другие символы .

Эдвард Николаевич Трифонов ( иврит : אדוארד טריפונוב , русский : Эдуапд Тпифонов ; род. 31 марта 1937) — израильский молекулярный биофизик российского происхождения и основатель израильской биоинформатики . В своих исследованиях он специализируется на распознавании слабых сигналов в биологических последовательностях и известен своими неортодоксальными научными методами.

Он открыл периодичность 3-х и 10-х пар оснований в последовательностях ДНК, а также правила, определяющие кривизну молекул ДНК и их изгиб внутри нуклеосом . Трифонов представил множество новых кодов в биологических последовательностях и модульной структуре белков . Он предложил абиогенную теорию происхождения жизни и молекулярную эволюцию от отдельных нуклеотидов и аминокислот до современных последовательностей ДНК и белков .

биография

Трифонов родился в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург ), СССР, в 1937 году. Его воспитывали мать Рива и отчим Николай Николаевич Трифонов. В школьные годы он увлекся медициной и физикой . [1] В результате он уехал изучать биофизику в Москву. Свою научную деятельность начал в СССР . В 1976 году совершил алию (иммигрировал как еврей) в Израиль . [2] Его образцом для подражания является Грегор Мендель . [1] [3]

Образование и научная карьера

С отказниками и Андреем Сахаровым до 1976 года.

Трифонов окончил [4] биофизику Московского физико-технического института в 1961 году и защитил там степень доктора молекулярной биофизики в 1970 году. С 1961 по 1964 год работал научным сотрудником в Московском физико-техническом институте. Затем перешёл в на биологическом факультете Института атомной энергии имени И. В. Курчатова в Москве, где проработал до 1975 года. После иммиграции в Израиль он поступил на кафедру исследований полимеров в Научный институт Вейцмана в качестве доцента. Он работал там с 1976 по 1991 год, а затем перешел на кафедру структурной биологии в качестве профессора в 1992 году. В 2003 году он был назначен почетным профессором. В это время он также возглавлял Центр структуры и эволюции генома института. доктора молекулярных наук в Пало-Альто, Калифорния (1992–1995).

Трифонов возглавляет Центр разнообразия геномов Института эволюции Хайфского университета в Израиле с 2002 года и профессор Университета Масарика в Брно , Чехия, с 2007 года.

Членство в научных обществах

Редакционные и консультативные советы

Исследовать

В начале своей научной карьеры Трифонов изучал характеристики ДНК биофизическими методами . После переезда в Израиль в 1976 году он переключился на биоинформатику и основал первую в стране исследовательскую группу по этой дисциплине. [2] Он известен своим новаторским пониманием мира биологических последовательностей . [5]

Области исследований

Периодичность в биологических последовательностях

Трифонов был пионером в применении методов цифровой обработки сигналов к биологическим последовательностям. В 1980 году он и Джоэл Сассман использовали автокорреляцию для анализа последовательностей ДНК хроматина . [6] Они были первыми, кто обнаружил два периодических паттерна в последовательностях ДНК, а именно периодичность 3 п.о. и 10-11 п.н. (10,4). [7]

Структура хроматина

С начала своей научной деятельности в Израиле Трифонов занимается изучением структуры хроматина [8] , исследуя, как определенные сегменты ДНК упаковываются внутри клеток в комплексы белок-ДНК, называемые нуклеосомами . В нуклеосоме ДНК наматывается вокруг гистонового белкового компонента. Принцип этой обмотки (и, следовательно, правила определения положения нуклеосом) не был известен в начале 1980-х годов, хотя было предложено множество моделей . [9] К ним относятся

Трифонов поддержал концепцию плавного изгиба ДНК. [10] Однако он предположил, что углы между парами оснований не равны, а их размер зависит от конкретных соседних пар оснований, таким образом вводя «анизотропную» или «клиновую» модель.

Эта модель была основана на работе Трифонова и Джоэла Сассмана , которые показали [11] в 1980 году, что некоторые из динуклеотидов ( димеров нуклеотидов ) часто располагаются на регулярных (периодических) расстояниях друг от друга в хроматиновой ДНК. Это было прорывное открытие [11], положившее начало поиску структур последовательностей в ДНК хроматина. Они также отметили, что эти динуклеотиды повторяются с тем же периодом, что и предполагаемый шаг (длина одного повтора спирали ДНК) хроматиновой ДНК (10,4  п.н. ).

Так, в своей модели клина Трифонов предположил, что каждая комбинация соседних пар оснований образует определенный угол (специфичный для этих пар оснований). Он назвал эту особенность кривизной. [12] Более того, он предположил, что помимо кривизны каждая ступень пары оснований может деформироваться в разной степени, будучи связанной с гистоновым октамером , и назвал это изгибом. [13] Эти две особенности ДНК, присутствующие в нуклеосомах – кривизна и изгиб, теперь считаются основными факторами, играющими роль в позиционировании нуклеосом. [14] : 41  Периодичность других динуклеотидов была позже подтверждена Александром Большим и сотрудниками. [15] Наконец, идеальная последовательность нуклеосомной ДНК была получена в 2009 году Габданком, Барашем и Трифоновым. [16] Предложенная последовательность CGRAAATTTYCG (R означает пурин : A или G, Y означает пиримидин : C или T) выражает предпочтительный порядок динуклеотидов в последовательности нуклеосомной ДНК. Однако эти выводы оспариваются некоторыми учёными. [17]

Еще одним вопросом, тесно связанным со структурой хроматина, на который пытался ответить Трифонов, была длина спирального повтора (витка) ДНК внутри нуклеосом. [14] : 42  Известно, что в свободной ДНК (т.е. ДНК, не входящей в состав нуклеосомы) спираль ДНК закручивается на 360° примерно на  10,5 п.н. В 1979 г. Трифонов и Томас Беттекен оценили [ 18] длину повтора нуклеосомной ДНК в 10,33–10,4  п.н. Это значение было окончательно подтверждено и уточнено до 10,4  п.н. кристаллографическим анализом в 2006 г. [19 ]

Множественные генетические коды

Трифонов отстаивает [20] :4  представление о том, что биологические последовательности несут множество кодов , противоречащих общепризнанному единому генетическому коду (кодирующему порядку аминокислот ). Он также был первым, кто продемонстрировал [21] , что в ДНК присутствует множество кодов . Он указывает, что даже так называемая некодирующая ДНК имеет функцию, т.е. содержит коды, хотя и отличные от триплетного кода .

Трифонов признает [20] : 5–10  специфических кодов в ДНК , РНК и белках :

  1. в последовательностях ДНК
    код хроматина (Трифонов 1980)
    представляет собой набор правил, отвечающих за расположение нуклеосом.
  2. в последовательностях РНК
    Код трансляции РНК в белок ( триплетный код )
    Каждый триплет в последовательности РНК соответствует (транслируется ) определенной аминокислоте .
    код сращивания
    — код, отвечающий за сплайсинг РНК ; еще плохо идентифицированы.
    код кадрирования (Трифонов 1987)
    Консенсусной последовательностью мРНК является (GCU) n , которая комплементарна (xxC) n в рибосомах .
    Он поддерживает правильную рамку считывания во время трансляции мРНК .
    код приостановки перевода (Махоул и Трифонов, 2002)
    Кластеры редких кодонов расположены на расстоянии 150 п.н. друг от друга.
    Время трансляции этих кодонов больше, чем у их синонимичных аналогов, что замедляет процесс трансляции и, таким образом, дает время для правильной складки свежесинтезированного сегмента белка .
  3. в белковых последовательностях
    код сворачивания белка (Березовский, Гросберг и Трифонов 2000)
    Белки состоят из модулей.
    Вновь синтезированный белок сворачивается модуль за модулем, а не целиком.
  4. коды быстрой адаптации (Трифонов 1989)
  5. коды эволюционного прошлого
    двоичный код (Трифонов 2006)
    Первыми древними кодонами были GGC и GCC, от которых в результате серии точечных мутаций произошли остальные кодоны . Сегодня мы можем видеть это в современных генах как «мини-гены», содержащие пурин в средней позиции кодонов, чередующиеся с сегментами, имеющими пиримидин в средних нуклеотидах .
    код сегментации генома (Колкер и Трифонов 1995)
    Метионины имеют тенденцию встречаться каждые 400 пар оснований в современных последовательностях ДНК в результате слияния древних независимых последовательностей.

Коды могут перекрываться [20] :10  друг с другом, так что в одной последовательности ДНК (в частности, последовательности, входящей в состав нуклеосомы ) можно идентифицировать до 4 различных кодов . По словам Трифонова, другие коды еще предстоит открыть.

Модульная структура белков

Концепция белковых модулей Трифонова пытается решить вопросы эволюции и сворачивания белков . В 2000 году Трифонов вместе с Березовским и Гросбергом изучали [22] белковые последовательности и пытались идентифицировать простые последовательные элементы в белках. Они постулировали, что структурно разнообразные замкнутые петли из 25–30 аминокислотных остатков являются универсальными строительными блоками белковых складок.

Они предположили, что в начале эволюции существовали короткие полипептидные цепи , которые позже образовали эти замкнутые петли. Они предположили [23] , что петлевая структура обеспечивает большую стабильность последовательности и, таким образом, имеет преимущество в эволюции. Современные белки, вероятно, представляют собой группу замкнутых петель, слитых вместе.

Чтобы проследить эволюцию последовательностей, Трифонов и Захария Френкель ввели [24] [25] концепцию пространства белковых последовательностей , основанную на белковых модулях. Это сетевое расположение фрагментов последовательности длиной 20 аминокислот , полученных из коллекции полностью секвенированных геномов . Каждый фрагмент представлен как узел. Два фрагмента с определенной степенью сходства друг с другом соединяются ребром. Этот подход должен позволить определить функцию неохарактеризованных белков.

Модульность белка также может дать ответ на парадокс Левинталя , то есть на вопрос, как белковая последовательность может сворачиваться за очень короткое время. [26]

Молекулярная эволюция и происхождение жизни

В 1996 году немецкий генетик Томас Беттекен заметил [27] :108  , что большинство заболеваний триплетного расширения можно отнести только к двум триплетам: GCU и GCC, а остальные являются их перестановками или комплементарными аналогами. Он обсудил это открытие со своим другом и коллегой Трифоновым. Трифонов ранее обнаружил, что (GCU) n представляет собой скрытую консенсусную последовательность мРНК . Таким образом, сочетание этих двух фактов привело их к идее, что (GCU) n может отражать структуру древних последовательностей мРНК .

Первые тройки

Поскольку GCU и GCC оказались наиболее расширяемыми (или наиболее «агрессивными») тройками, Трифонов и Беттекен пришли к выводу, что они могут быть первыми двумя кодонами . Их способность быстро расширяться по сравнению с другими тройняшками дала бы им эволюционное преимущество. [28] : 123  Одноточечные мутации этих двух генов дали бы начало 14 другим тройкам.

Консенсусный временной порядок аминокислот

Имея предполагаемые первые две тройки, они размышляли, какие аминокислоты появились первыми или, в более общем смысле, в каком порядке появились все протеиногенные аминокислоты . Для решения этого вопроса они прибегли [27] : 108  к трем, по их мнению, наиболее естественным гипотезам:

  1. Самые ранние аминокислоты были химически самыми простыми.
  2. Они будут присутствовать среди продуктов эксперимента Миллера-Юри .
  3. Они будут связаны с более старым из двух известных классов аминоацил-тРНК-синтетаз .

Позднее Трифонов собрал даже 101 критерий [20] : 123  порядка аминокислот. Каждый критерий можно представить в виде вектора длиной 20 (для 20 основных аминокислот). Трифонов усреднил их и получил предполагаемый временной порядок появления аминокислот, первыми из которых были глицин и аланин .

Результаты и прогнозы

Трифонов развил эти понятия и предложил [27] : 110–115  следующие понятия:

Определение жизни

Часть работы Трифонова по молекулярной эволюции — это его цель найти краткое определение жизни . Он собрал [30] 123 определения других авторов. Вместо того чтобы заниматься логическими или философскими аргументами, он проанализировал словарь существующих определений. Используя подход, близкий к анализу главных компонентов , он вывел общепринятое определение: « Жизнь — это самовоспроизведение с вариациями ». Эта работа получила множество критических замечаний. [31]

Методы и подходы исследования

Сложность лингвистической последовательности

Сложность лингвистической последовательности [32] (LC) — мера, введенная Трифоновым в 1990 году. Она используется для анализа и характеристики биологических последовательностей . LC последовательности определяется как «богатство» ее словаря, т.е. сколько различных подстрок определенной длины присутствует в последовательности.

Терминология

Кривизна ДНК против изгиба ДНК

Трифонов строго разграничивает [14] :47  два понятия:

кривизна
свойство свободной ДНК иметь криволинейную форму из-за небольшой разницы в углах между соседними парами оснований.
изгиб
деформация ДНК в результате связывания с белками (например, с октамером гистонов )

Обе эти особенности управляются конкретной последовательностью ДНК .

(Несколько) Генетических кодов

Хотя научное сообщество признает один генетический код , [20] : 4  Трифонов продвигает идею множественных генетических кодов. Он обращается к повторяющимся событиям открытия еще одного «второго» генетического кода.

Почести

Цитаты

  1. ^ ab Чешское телевидение 2011.
  2. ^ Журнал ab Interface, 1999.
  3. ^ IL GSGM 2010.
  4. ^ Трифонов: Резюме.
  5. ^ Награда за выдающееся членство ISBCB.
  6. ^ Трифонов и Сассман 1980.
  7. ^ Вайдьянатан и Юн 2004 и Попцова 2014, с. 128
  8. ^ Трифонов: Публикации.
  9. ^ Журкин, Лысов и Иванов 1979, с. 1081.
  10. ^ Трифонов 1980, с. 4041.
  11. ^ ab Trifonov & Sussman 1980, цитируется в Cui & Zhurkin 2010, p. 822
  12. ^ Трифонов и Сассман 1980 и Трифонов 1980, цитируется в Cui & Zhurkin 2010, p. 822 и Трифонов 2011б, с. 41
  13. ^ Охяма 2001, с. 708.
  14. ^ abc Трифонов 2011б.
  15. ^ Большой и др. 1991 г., цитируется по Перес-Мартин, Рохо и де Лоренцо 1994, с. 268
  16. ^ Габданк, Бараш и Трифонов, 2009 г., цитируется по Трифонову, 2011б, с. 46
  17. ^ Трэверс 2011, с. 54.
  18. ^ Трифонов и Беттекен 1979, цитируется по Трифонову 2011b, с. 42
  19. ^ Коэним, Трифонов и Каши 2006, цитируется по Трифонову 2011b, с. 42
  20. ^ abcde Трифонов 2008а.
  21. ^ Трифонов 1980, цитируется по Трифонов 2008а, с. 4
  22. ^ Березовский, Гросберг и Трифонов 2000.
  23. ^ Трифонов и Березовский 2003.
  24. ^ Френкель и Трифонов 2007.
  25. ^ Френкель и Трифонов 2008.
  26. ^ Березовский и Трифонов 2002.
  27. ^ азб Трифонов 2006.
  28. ^ Трифонов 2008б.
  29. ^ Трифонов 1999.
  30. ^ Трифонов 2011а.
  31. ^ Циммер, 2012 г.,
    Шостак, 2012 г.,
    Ди Мауро, 2012
    г., Кунин, 2012 г. ,
    Миттал, 2012 г.,
    Сарма, 2012 г.
  32. ^ Трифонов 1990, цитируется по Троянской и др. 2002, с. 680
  33. ^ Награда за выдающееся членство ISBCB
    Отчет об 11-м симпозиуме
    ISBCB Домашняя страница ISBCB

Рекомендации

Книги

Научные статьи

  • Цуй, Фэн; Журкин, Виктор Борисович (2010). «Структурный анализ образцов последовательностей ДНК, определяющих позиционирование нуклеосом in vitro». Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 27 (6): 821–841. дои : 10.1080/073911010010524947. ISSN  0739-1102. ПМЦ  2993692 . ПМИД  20232936.
  • Ди Мауро, Эрнесто (2012). «Комментарий к метаопределению жизни Трифонова» (PDF) . Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 29 (4): 601–602. дои : 10.1080/073911012010524999 . ISSN  0739-1102. ПМИД  22208252.
  • Кунин, Евгений В. (2012). «Комментарий, определяющий жизнь: упражнение в семантике или путь к биологическим открытиям?» (PDF) . Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 29 (4): 603–605. дои : 10.1080/073911012010525000. ISSN  0739-1102. PMID  22208253. S2CID  1732987.
  • Миттал, Адитья (2012). «Комментарий: Самогенерируемая и воспроизводимая динамика в «генных годах» представляет жизнь». Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 29 (4): 609–611. дои : 10.1080/073911012010525002 . ISSN  0739-1102. ПМИД  22208255.
  • Охяма, Такаши (2001). «Внутренние изгибы ДНК: организатор локальной структуры хроматина для транскрипции». Биоэссе . 23 (8): 708–715. дои : 10.1002/bies.1100. ISSN  0265-9247. PMID  11494319. S2CID  32669357.
  • Перес-Мартин, Хосе; Рохо, Фернандо; де Лоренцо, Виктор (1994). «Промоторы, реагирующие на изгиб ДНК - общая тема экспрессии генов прокариот». Микробиологические обзоры . 58 (2): 268–290. дои : 10.1128/MMBR.58.2.268-290.1994 . ISSN  0146-0749. ПМК  372964 . ПМИД  8078436.
  • Сарма, Рамасвами Х. (2012). «Разговор об определении жизни» (PDF) . Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 29 (4): 597–598. дои : 10.1080/073911012010524997. ISSN  0739-1102. PMID  22208249. S2CID  22483508.
  • Сигал, Эран; Видом, Джонатан (2009). «Что контролирует положение нуклеосом?» (PDF) . Тенденции в генетике . 25 (8): 335–343. дои : 10.1016/j.tig.2009.06.002. ISSN  0168-9525. ПМК  2810357 . ПМИД  19596482.
  • Шостак, Джек В. (2012). «Попытки комментариев дать определение жизни не помогают понять происхождение жизни» (PDF) . Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 29 (4): 599–600. дои : 10.1080/073911012010524998. ISSN  0739-1102. ПМК  4208307 . ПМИД  22208251.
  • Трэверс, Эндрю (2011). «Природа предпочтений последовательностей ДНК для позиционирования нуклеосом. Комментарий Трифонова к книге «Взлом кода хроматина: точное правило позиционирования нуклеосомы». Обзоры физики жизни . 8 (1): 53–55. Бибкод : 2011PhLRv...8...53T. doi :10.1016/j.plrev.2011.01.010. ISSN  1571-0645. ПМИД  21292572.
  • Трифонов, Эдвард Н. (2011б). «Взлом кода хроматина: точное правило расположения нуклеосом». Обзоры физики жизни . 8 (1): 39–50. Бибкод : 2011PhLRv...8...39T. doi :10.1016/j.plrev.2011.01.004. ISSN  1571-0645. ПМИД  21295529.
  • Троянская Ольга Георгиевна; Арбелл, Ора; Корен, Иегуда; Ландау, Гад М.; Большой, Александр (2002). «Профили сложности последовательностей геномных последовательностей прокариот: быстрый алгоритм расчета лингвистической сложности». Биоинформатика . 18 (5): 679–688. дои : 10.1093/биоинформатика/18.5.679 . ISSN  1367-4803. ПМИД  12050064.
  • Вайдьянатан, ПП; Юн, Бён Джун (2004). «Роль концепций обработки сигналов в геномике и протеомике». Журнал Института Франклина . 341 (1–2): 111–135. CiteSeerX  10.1.1.72.6984 . doi : 10.1016/j.jfranklin.2003.12.001.
  • Журкин, Виктор Борисович (2011). «Первые тридцать лет позиционирования нуклеосом - Комментарий Трифонова к книге «Взлом кода хроматина: точное правило позиционирования нуклеосомы». Обзоры физики жизни . 8 (1): 64–66. Бибкод : 2011PhLRv...8...64Z. doi :10.1016/j.plrev.2011.02.001. ISSN  1571-0645. ПМИД  21330223.
  • Журкин Виктор Борисович; Лысов Юрий П.; Иванов, Валерий Иванович (1979). «Анизотропная гибкость ДНК и нуклеосомная структура». Исследования нуклеиновых кислот . 6 (3): 1081–1096. дои : 10.1093/нар/6.3.1081. ПМК  327755 . ПМИД  440969.

Научные статьи – первоисточники

  • Трифонов, Эдвард Н.; Беттекен, Томас (1979). «Нецелый шаг и нуклеазная чувствительность хроматиновой ДНК». Биохимия . 18 (3): 454–456. дои : 10.1021/bi00570a011. ISSN  0006-2960. ПМИД  420792.
  • Трифонов, Эдвард Н.; Сассман, Джоэл Л. (1980). «Шаг хроматиновой ДНК отражается в ее нуклеотидной последовательности». Труды Национальной академии наук . 77 (7): 3816–3820. Бибкод : 1980PNAS...77.3816T. дои : 10.1073/pnas.77.7.3816 . ПМК  349717 . ПМИД  6933438.
  • Трифонов, Эдвард Н. (1980). «Последовательность-зависимая деформационная анизотропия хроматиновой ДНК». Исследования нуклеиновых кислот . 8 (17): 4041–4054. дои : 10.1093/нар/8.17.4041. ISSN  0305-1048. ПМК  324213 . ПМИД  7443521.
  • Трифонов, Эдвард Н. (1987). «Код кадрирования трансляции и механизм мониторинга рамки, предложенный анализом нуклеотидных последовательностей мРНК и 16 S рРНК». Журнал молекулярной биологии . 194 (4): 643–652. дои : 10.1016/0022-2836(87)90241-5. ISSN  0022-2836. ПМИД  2443708.
  • Трифонов, Эдвард Н. (1989). «Множественные коды нуклеотидных последовательностей». Бюллетень математической биологии . 51 (4): 417–432. дои : 10.1007/BF02460081. ISSN  0092-8240. PMID  2673451. S2CID  189884626.
  • Трифонов, Эдвард Н. (1990). «Понимание генома человека». Структура и методы, Vol. 1. Инициатива по геному человека и рекомбинация ДНК; Материалы шестой беседы по дисциплине биомолекулярная стереодинамика . Олбани, Нью-Йорк, США: Adenine Press. стр. 69–78. ISBN 0-940030-29-2.
  • Большой, Александр; Макнамара, Питер; Харрингтон, Роберт Э.; Трифонов, Эдвард Н. (1991). «Искривленная ДНК без АА: экспериментальная оценка всех 16 углов клина ДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (6): 2312–6. Бибкод : 1991PNAS...88.2312B. дои : 10.1073/pnas.88.6.2312 . ISSN  0027-8424. ПМК  51221 . ПМИД  2006170.
  • Колкер, Юджин; Трифонов, Эдвард Н. (1995). «Периодическое повторение метионинов: ископаемое слияния генов?». Труды Национальной академии наук . 92 (2): 557–560. Бибкод : 1995PNAS...92..557K. дои : 10.1073/pnas.92.2.557 . ISSN  0027-8424. ПМК  42780 . ПМИД  7831328.
  • Трифонов, Эдвард Н. (1999). «Глициновые часы: сначала эубактерии, затем археи, протоктисты, грибы, растения и наконец животные». Генная терапия и молекулярная биология . 4 : 313–322.
  • Березовский Игорь Н.; Гросберг, Александр Ю.; Трифонов, Эдвард Н. (2000). «Замкнутые петли почти стандартного размера: общий базовый элемент структуры белка». Письма ФЭБС . 466 (2–3): 283–286. дои : 10.1016/S0014-5793(00)01091-7. ISSN  0014-5793. ПМИД  10682844.
  • Березовский Игорь Н.; Трифонов, Эдвард Н. (2002). «Петлеобразная структура белков: разрешение парадокса Левинталя» (PDF) . Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 20 (1): 5–6. дои : 10.1080/07391102.2002.10506817. ISSN  0739-1102. PMID  12144347. S2CID  33174198. Архивировано из оригинала (PDF) 12 февраля 2005 г.
  • Махул, Кэмел Х.; Трифонов, Эдвард Н. (2002). «Распределение редких триплетов вдоль мРНК и их связь со сворачиванием белка». Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 20 (3): 413–420. дои : 10.1080/07391102.2002.10506859. ISSN  0739-1102. PMID  12437379. S2CID  21978672.
  • Трифонов, Эдвард Н.; Березовский, Игорь Н. (2003). «Эволюционные аспекты структуры и сворачивания белков». Современное мнение в области структурной биологии . 13 (1): 110–114. дои : 10.1016/S0959-440X(03)00005-8. ISSN  0959-440X. PMID  12581667. ISI: 000181133300015.
  • Коэним, Амир Б.; Трифонов, Эдвард Н.; Каши, Ечезкель (2006). «Специфическое давление отбора в третьих позициях кодонов: вклад в периодичность от 10 до 11 оснований в геномах прокариот». Журнал молекулярной эволюции . 63 (3): 393–400. Бибкод : 2006JMolE..63..393C. дои : 10.1007/s00239-005-0258-1. ISSN  0022-2844. PMID  16897261. S2CID  32737768.
  • Френкель, Захария М.; Трифонов, Эдвард Н. (2007). «Прогулка по пространству белковых последовательностей: к новому поколению моделирования гомологии». Белки: структура, функции и биоинформатика . 67 (2): 271–284. дои : 10.1002/прот.21325 . ISSN  0887-3585. PMID  17286283. S2CID  23415265.
  • Френкель, Захария М.; Трифонов, Эдвард Н. (2008). «От пространства белковых последовательностей к элементарным белковым модулям». Джин . 408 (1–2): 64–71. дои : 10.1016/j.gene.2007.10.024. ISSN  0378-1119. ПМИД  18022768.
  • Трифонов, Эдвард Н. (2008b). «Прослеживая жизнь до элементов». Обзоры физики жизни . 5 (2): 121–132. Бибкод : 2008PhLRv...5..121T. doi :10.1016/j.plrev.2008.03.001. ISSN  1571-0645.
  • Габданк, Идан; Бараш, Дэнни; Трифонов, Эдвард Н. (2009). «Матрица изгибаемости нуклеосомной ДНК (C-elegans)». Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 26 (4): 403–411. дои : 10.1080/07391102.2009.10507255 . ISSN  0739-1102. ПМИД  19108579.
  • Трифонов, Эдвард Н. (2011а). «Словарь определений жизни предлагает определение» (PDF) . Журнал биомолекулярной структуры и динамики . 29 (2): 259–266. дои : 10.1080/073911011010524992 . ISSN  0739-1102. PMID  21875147. S2CID  38476092.

Журналы

СМИ

Веб-сайты

Внешние ссылки