Альфакоронавирусы (Alpha-CoV) являются представителями первого из четырех родов ( Alpha- , Beta- , Gamma- и Delta- ) коронавирусов . Это одноцепочечные РНК-вирусы с положительной полярностью , которые инфицируют млекопитающих , включая человека . Они имеют сферические вирионы с булавовидными поверхностными выступами, образованными тримерами белка-шипа , и вирусную оболочку .
Альфакоронавирусы относятся к подсемейству Orthocoronavirinae семейства Coronaviridae . Обе линии — Alpha- и Betacoronavirus — происходят от вирусного генофонда летучих мышей . [1] [2] Альфакоронавирусы ранее были известны как « коронавирусы филогруппы 1».
Род Alphacoronavirus очень разнообразен, особенно у летучих мышей. Большинство штаммов, происходящих от летучих мышей, не были успешно выделены и культивированы в лабораторных условиях. Альфакоронавирусы, инфицирующие другие виды млекопитающих, изучены гораздо лучше, см. Список живых изолятов коронавирусов .
Название альфакоронавирус происходит от древнегреческого ἄλφα ( álpha , «первая буква греческого алфавита ») и κορώνη (korṓnē, «гирлянда, венок»), что означает корона, что описывает внешний вид поверхностных выступов, видимых под электронным микроскопом, которые напоминают солнечную корону . [3]
Вирион имеет оболочку и сферическую форму диаметром 120–160 нм и оболочку ядра около 65 нм. Гликопротеины и тримеры образуют большие поверхностные выступы, которые создают видимость солнечной короны. Этот род, как и другие коронавирусы, имеет спайковый белок с машиной слияния типа I (S2) и рецептор-связывающим доменом (S1). Он собирается в тример. В отличие от бета- и гамма-коронавирусов, этот белок не расщепляется на две половины. [4]
Геном представляет собой одноцепочечную РНК с положительным смыслом длиной от 27 до 29 килобаз и 3'- полиА- хвостом. Две большие перекрывающиеся ОРС на 5'-конце генома кодируют основные неструктурные белки, экспрессируемые как белок слияния посредством рибосомного сдвига рамки считывания . Они включают области с мотивами протеазы , геликазы и РНК-полимеразы. Ниже по течению находятся семь других генов, кодирующих структурные белки. Они экспрессируются из 3'-котерминального вложенного набора субгеномных мРНК .
Известно, что оба типа Alphacoronavirus 1 , кошачий коронавирус (FCoV) и собачий коронавирус (CCoV), существуют в двух серотипах. Серотип II нацелен на аминопептидазу N , в то время как рецептор для серотипа I неизвестен. Разница обусловлена различным белком-шипом. [6] У FCoV и CCoV есть общий предок. Этот предок постепенно эволюционировал в FCoV I и CCoV I. Белок S неизвестного вируса был рекомбинирован в предка и дал начало CCoV II. CCoV II снова рекомбинировал с FCoV, чтобы создать FCoV II. CCoV II постепенно эволюционировал в TGEV. Делеция шипа в TGEV создает PRCV. Все эти вирусы отсортированы в подрод Tegacovirus . [6]
Выделяют следующие подроды и виды: [7]