Это список баз данных длинных некодирующих РНК , которые предоставляют информацию о lncRNAs . [1] [2]
Базы данных длинных некодирующих РНК
Ссылки
- ^ Ринн, Дж. Л.; Чанг, Х. И. (2012). «Регуляция генома длинными некодирующими РНК». Annual Review of Biochemistry . 81 : 145–166. doi : 10.1146/annurev-biochem-051410-092902. PMC 3858397. PMID 22663078 .
- ^ Мартин, Л.; Чанг, Х.Й. (2012). «Раскрытие роли геномной «темной материи» в болезнях человека». Журнал клинических исследований . 122 (5): 1589–1595. doi :10.1172/JCI60020. PMC 3336981. PMID 22546862 .
- ^ Zheng, LL; Li, JH; Wu, J; Sun, WJ; Liu, S; Wang, ZL; Zhou, H; Yang, JH; Qu, LH (4 января 2016 г.). "deepBase v2.0: идентификация, экспрессия, эволюция и функция малых РНК, LncRNA и кольцевых РНК из данных глубокого секвенирования". Nucleic Acids Research . 44 (D1): D196–202. doi :10.1093/nar/gkv1273. PMC 4702900. PMID 26590255 .
- ^ Volders, P. -J.; Helsens, K.; Wang, X.; Menten, B.; Martens, L.; Gevaert, K.; Vandesompele, J.; Mestdagh, P. (2012). "LNCipedia: База данных аннотированных последовательностей и структур транскриптов lncRNA человека". Nucleic Acids Research . 41 (Выпуск базы данных): D246–D251. doi :10.1093/nar/gks915. PMC 3531107. PMID 23042674 .
- ^ Волдерс, П.Дж.; Верхегген, К; Меншерт, Г; Вандеполе, К; Мартенс, Л; Вандесомпель, Дж; Местдах, П. (2015). «Обновление LNCipedia: база данных аннотированных последовательностей lncRNA человека». Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D174–180. дои : 10.1093/nar/gku1060. ПМЦ 4383901 . ПМИД 25378313.
- ^ Амарал, PP; Кларк, MB; Гаскойн, DK; Динджер, ME; Мэттик, JS (2010). «LncRNAdb: Справочная база данных для длинных некодирующих РНК». Nucleic Acids Research . 39 (выпуск базы данных): D146–D151. doi :10.1093/nar/gkq1138. PMC 3013714. PMID 21112873 .
- ^ Ma, Lina; Li, Ang; Zou, Dong; Xu, Xingjian; Xia, Lin; Yu, Jun; Bajic, Vladimir B.; Zhang, Zhang (2015). "LncRNAWiki: использование знаний сообщества в совместном курировании длинных некодирующих РНК человека". Nucleic Acids Research . 43 (выпуск базы данных): D187–D92. doi :10.1093/nar/gku1167. PMC 4383965. PMID 25399417 .
- ^ Ma, Lina; Cao, Jiabao; Liu, Lin; Du, Qiang; Li, Zhao; Zou, Dong; Bajic, Vladimir B.; Zhang, Zhang (2019). "LncBook: кураторская база знаний о длинных некодирующих РНК человека". Nucleic Acids Research . 47 (выпуск базы данных): D128–D134. doi :10.1093/nar/gky960. PMC 6323930. PMID 30329098 .
- ^ Josset L, Tchitchek N, Gralinski LE, Ferris MT, Eisfeld AJ, Green RR; и др. (2014). «Аннотация длинных некодирующих РНК, экспрессируемых у мышей-основателей коллаборативного кросса в ответ на респираторную вирусную инфекцию, раскрывает новый класс транскриптов, стимулируемых интерфероном». RNA Biol . 11 (7): 875–90. doi :10.4161/rna.29442. PMC 4179962. PMID 24922324 .
{{cite journal}}
: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Bu, D.; Yu, K.; Sun, S.; Xie, C.; Skogerbø, G.; Miao, R.; Xiao, H.; Liao, Q.; Luo, H.; Zhao, G.; Zhao, H.; Liu, Z.; Liu, C.; Chen, R.; Zhao, Y. (2011). "NONCODE v3.0: Интегративная аннотация длинных некодирующих РНК". Nucleic Acids Research . 40 (выпуск базы данных): D210–D215. doi :10.1093/nar/gkr1175. PMC 3245065. PMID 22135294 .
- ^ Dinger, ME; Pang, KC; Mercer, TR; Crowe, ML; Grimmond, SM; Mattick, JS (2009). "NRED: База данных экспрессии длинных некодирующих РНК". Nucleic Acids Research . 37 (выпуск базы данных): D122–D126. doi :10.1093/nar/gkn617. PMC 2686506. PMID 18829717 .
- ^ Weirick, T.; David, J.; Stefanie, D.; Uchida, S. (2015). «C-It-Loci: база данных знаний для тканеобогащенных локусов». Биоинформатика . 31 (21): 3537–3543. doi : 10.1093/bioinformatics/btv410 . PMID 26163692.
- ^ Айер, Мэтью К.; Никнафс, Яшар С.; Малик, Рохит; Сингхал, Удит; Саху, Анирбан; Хосоно, Ясуюки; Барретт, Терренс Р.; Пренснер, Джон Р.; Эванс, Джозеф Р. (март 2015 г.). «Ландшафт длинных некодирующих РНК в транскриптоме человека». Nature Genetics . 47 (3): 199–208. doi :10.1038/ng.3192. ISSN 1546-1718. PMC 4417758 . PMID 25599403.
- ^ Чен, Дженни; Шишкин, Александр А.; Чжу, Сяопэн; Кадри, Сабах; Маза, Итай; Гуттман, Митчелл; Ханна, Джейкоб Х.; Регев, Авив; Гарбер, Мануэль (2016-02-02). «Эволюционный анализ млекопитающих выявляет различные классы длинных некодирующих РНК». Genome Biology . 17 : 19. doi : 10.1186/s13059-016-0880-9 . ISSN 1474-760X. PMC 4739325 . PMID 26838501.
- ^ Карлеваро-Фита, Джоана; Ланцос, Андрес; Фейербах, Ларс; Хонг, Чен; Мас-Понте, Дэвид; Скоу Педерсен, Якоб; Джонсон, Рори (2020). «Перепись LncRNA рака раскрывает доказательства глубокой функциональной консервации длинных некодирующих РНК при опухолеобразовании». Communications Biology . 3 (1): 56. doi : 10.1038/s42003-019-0741-7 . PMC 7002399 . PMID 32024996.
- ^ You, Bo-Hyun; Yoon, Sang-Ho; Nam, Jin-Wu (2017-06-01). «Высокоточные кодирующие и некодирующие карты транскриптома». Genome Research . 27 (6): 1050–1062. doi : 10.1101/gr.214288.116 . ISSN 1088-9051. PMC 5453319. PMID 28396519 .
- ^ Сейфуддин, Фаяз; Сингх, Комуди; Суреш, Абхилаш; Джуди, Дженнифер Т.; Чен, Юнь-Чинг; Чайтанкар, Виджендер; Тунк, Илкер; Руан, Сянбо; Пин, Ли; Чен, И; Цао, Хайминг; Ли, Ричард С.; Гоес, Фернандо С.; Занди, Питер П.; Джафри, М. Сали; Пирузния, Мехди (2020-10-05). "lncRNAKB, база знаний по тканеспецифической функциональной аннотации и ассоциации признаков длинных некодирующих РНК". Scientific Data . 7 (1) 326: 326. Bibcode : 2020NatSD...7..326S. doi : 10.1038/s41597-020-00659-z . PMC 7536183. PMID 33020484 .