stringtranslate.com

Связь конформации и активности

В биохимии связь конформация -активность — это связь между биологической активностью и химической структурой или конформационными изменениями биомолекулы . Эта терминология подчеркивает важность динамических конформационных изменений для биологической функции, а не важность статической трехмерной структуры, используемой при анализе связей структура-активность . [1]

Конформационные изменения обычно происходят во время межмолекулярной ассоциации , такой как взаимодействие белок-белок или связывание белок-лиганд . Связывающий партнер изменяет конформацию биомолекулы (например, белка), чтобы включить или выключить ее биохимическую активность.

Методы анализа взаимосвязи конформации и активности варьируются от in silico [2] или с использованием экспериментальных методов, таких как рентгеновская кристаллография и ЯМР, где конформация до и после активности может быть статически сравнена, до использования динамических методов, таких как многопараметрический поверхностный плазмонный резонанс , двухполяризационная интерферометрия или круговой дихроизм, где можно количественно оценить кинетику , а также степень конформационных изменений.

Экспериментальные методы

Статичный

Статические экспериментальные методы включают рентгеновскую кристаллографию и ЯМР .

Динамичный

Динамические экспериментальные методы включают многопараметрический поверхностный плазмонный резонанс , двухполяризационную интерферометрию и круговой дихроизм .

Ссылки

  1. ^ Тейлор, RE; Чен, Y; Битти, A; Майлз, DC; Чжоу, Y (2003). «Взаимоотношения конформации и активности в природных продуктах поликетидов: новый взгляд на рациональный дизайн аналогов эпотилона». Журнал Американского химического общества . 125 (1): 26–7. doi :10.1021/ja028196l. PMID  12515494.
  2. ^ Каротенуто, Альфонсо; Д'урси, Анна Мария; Мулиначчи, Барбара; Паолини, Илария; Лолли, Франческо; Папини, Анна Мария; Новеллино, Этторе; Роверо, Паоло (2006). «Взаимосвязь конформации и активности разработанных гликопептидов как синтетических зондов для обнаружения аутоантител, биомаркеров рассеянного склероза». Журнал медицинской химии . 49 (17): 5072–9. дои : 10.1021/jm060117j. ПМИД  16913697.