2-вырожденный граф: каждая вершина имеет не более двух соседей слева, поэтому самая правая вершина любого подграфа имеет степень не выше двух. Его 2-ядро, подграф, оставшийся после многократного удаления вершин степени меньше двух, заштриховано.
В теории графов k -вырожденный граф — это неориентированный граф, в котором каждый подграф имеет вершину степени не выше k : то есть некоторая вершина в подграфе касается k или меньшего числа ребер подграфа. Вырожденность графа — это наименьшее значение k , при котором он k -вырожден. Вырожденность графа является мерой того, насколько он разрежен , и находится в пределах постоянного коэффициента других мер разреженности, таких как древесность графа.
Вырождение также известно как число k -ядра , [1] ширина , [2] и сцепление , [3] и по сути то же самое, что число раскраски [4] или число Секереса-Вилфа (названное в честь Секереса и Уилфа (1968) )). k -вырожденные графы также называются k -индуктивными графами . [5] Вырождение графа можно вычислить за линейное время с помощью алгоритма, который многократно удаляет вершины минимальной степени. [6] Компоненты связности , которые остаются после (многократного) удаления всех вершин степени меньше k , называются k -ядрами графа, а вырождение графа - это наибольшее значение k , при котором он имеет k - основной.
Примеры
У каждого конечного леса есть либо изолированная вершина (не приходящая ни к одному ребру), либо вершина-лист (приходящая ровно к одному ребру); следовательно, деревья и леса являются 1-вырожденными графами. Любой 1-вырожденный граф является лесом.
Каждый конечный планарный граф имеет вершину степени пять или меньше; следовательно, каждый планарный граф 5-вырожден, а вырождение любого планарного графа не превосходит пяти. Точно так же каждый внешнепланарный граф имеет вырождение не более двух [7] , а аполлоновы сети имеют вырождение три.
Модель Барабаши-Альберта для генерации случайных безмасштабных сетей [8] параметризуется числом m так, что каждая вершина, добавляемая в граф, имеет m ранее добавленных вершин. Отсюда следует, что любой подграф сформированной таким образом сети имеет вершину степени не выше m (последняя вершина подграфа, добавленная в граф), и сети Барабаши–Альберта автоматически m -вырождены.
Любой k -регулярный граф имеет вырождение ровно k . Более строго: вырожденность графа равна его максимальной степени вершины тогда и только тогда, когда хотя бы одна из компонент связности графа является регулярной максимальной степени. Для всех остальных графов вырождение строго меньше максимальной степени. [9]
Определения и эквиваленты
Число раскраски графа G было определено Эрдёшем и Хайналом (1966) как наименьшее κ, для которого существует такое упорядочение вершин графа G , при котором каждая вершина имеет меньше κ соседей, находящихся раньше в порядке. Его следует отличать от хроматического числа G — минимального количества цветов, необходимых для окраски вершин так, чтобы никакие две соседние вершины не имели одинаковый цвет; порядок, который определяет номер окраски, обеспечивает порядок окраски вершин G в номер окраски, но в общем случае хроматическое число может быть меньше.
Вырождение графа G было определено Ликом и Уайтом (1970) как наименьшее k такое, что каждый индуцированный подграф G содержит вершину с k или меньшим количеством соседей. Определение будет таким же, если вместо индуцированных подграфов разрешены произвольные подграфы, поскольку неиндуцированный подграф может иметь только степени вершин, которые меньше или равны степеням вершин в подграфе, индуцированном тем же набором вершин.
Два понятия числа раскраски и вырождения эквивалентны: в любом конечном графе вырождение всего на единицу меньше числа раскраски. [10] Ибо если граф имеет порядок с номером раскраски κ, то в каждом подграфе H вершина, принадлежащая H и последняя в порядке, имеет не более κ − 1 соседей в H . В другом направлении, если G является k -вырожденным, то порядок с номером раскраски k + 1 можно получить, повторно найдя вершину v с не более чем k соседями, удалив v из графа, упорядочив оставшиеся вершины и добавив v. до конца заказа.
Третья эквивалентная формулировка состоит в том, что G является k -вырожденным (или имеет число раскраски не более k + 1) тогда и только тогда, когда ребра G могут быть ориентированы так, чтобы сформировать ориентированный ациклический граф с исходящей степенью не более k . [11] Такая ориентация может быть сформирована путем ориентации каждого края к более ранней из двух его конечных точек в порядке номеров раскраски. В другом направлении, если задана ориентация с исходящей степенью k , порядок с номером раскраски k + 1 может быть получен как топологическое упорядочение полученного ориентированного ациклического графа.
k -ядра
k - ядро графа G — это максимальный связный подграф графа G , все вершины которого имеют степень не ниже k . Эквивалентно, это один из связных компонентов подграфа G , образованный путем многократного удаления всех вершин степени меньше k . Если существует непустое k -ядро, то, очевидно, G имеет вырождение не менее k , а вырождение G — это наибольшее k , для которого G имеет k -ядро.
Вершина имеет сердцевинность , если она принадлежит -ядру , но не принадлежит какому-либо -ядру.
Понятие k -ядра было введено для изучения структуры кластеризации социальных сетей [12] и для описания эволюции случайных графов . [13] Он также применялся в биоинформатике , [14] сетевой визуализации , [15] и устойчивости сетей в экологии . [16] Обзор темы, охватывающий основные концепции, важные алгоритмические методы, а также некоторые области применения, можно найти в Malliaros et al. (2019).
Матула и Бек (1983) обрисовали алгоритм для получения порядка вырождения графа с набором вершин V и набором ребер E во времени и словах пространства путем сохранения вершин в очереди сегментов с индексацией по степени и многократного удаления вершины с наименьшим числом. степень. Вырождение k определяется наивысшей степенью любой вершины на момент ее удаления.
Более подробно алгоритм выглядит следующим образом:
Инициализируйте выходной список L .
Вычислите число d v для каждой вершины v в G , количество соседей v , которых еще нет в L. Изначально эти числа являются просто степенями вершин.
Инициализируйте массив D так, чтобы D [ i ] содержал список вершин v , которых еще нет в L , для которых d v = i .
Инициализируйте k значением 0.
Повторите n раз:
Сканируйте ячейки массива D [0], D [1],... до тех пор, пока не найдете i , для которого D [ i ] непусто.
Установите k на max( k , i )
Выберите вершину v из D [ i ]. Добавьте v в начало L и удалите его из D [ i ].
Для каждого соседа w из v , которого еще нет в L , вычтите единицу из d w и переместите w в ячейку D, соответствующую новому значению d w .
В конце алгоритма любая вершина будет иметь не более k ребер, ведущих в вершины . l - ядра графа G — это подграфы , порожденные вершинами , где i — первая вершина, имеющая степень на момент ее добавления в L.
Связь с другими параметрами графика
Если граф G ориентирован ациклически со степенью выхода k , то его ребра можно разделить на k лесов , выбрав по одному лесу для каждого исходящего ребра каждого узла. Таким образом, древесность группы G не более чем равна ее вырожденности. В другом направлении граф с n -вершинами, который можно разбить на k лесов, имеет не более k ( n - 1) ребер и, следовательно, имеет вершину степени не выше 2 k - 1 - таким образом, вырождение менее чем в два раза превышает древесность. Можно также за полиномиальное время вычислить ориентацию графа, которая минимизирует исходящую степень, но не обязательно должна быть ациклической. Ребра графа с такой ориентацией могут быть разделены таким же образом на k псевдолесов , и наоборот, любое разделение ребер графа на k псевдолесов приводит к ориентации исходящей степени k (путем выбора ориентации исходящей степени 1 для каждого псевдолеса). , поэтому минимальной исходной степенью такой ориентации является псевдодревесность , которая снова не более чем равна вырождению. [20] Толщина также находится в пределах постоянного коэффициента древесности и, следовательно , также вырождения. [21]
k -вырожденный граф имеет хроматическое число не более k + 1; это доказывается простой индукцией по числу вершин, которая в точности аналогична доказательству теоремы о шести цветах для плоских графов. Поскольку хроматическое число является верхней границей порядка максимальной клики , последний инвариант также имеет вырождение не более чем один. Используя жадный алгоритм раскраски в порядке с оптимальным числом раскраски, можно раскрасить k -вырожденный граф, используя не более k + 1 цветов. [22]
Граф с k -связностью - это граф, который не может быть разделен более чем на один компонент путем удаления менее k вершин, или, что то же самое, граф, в котором каждая пара вершин может быть соединена k непересекающимися по вершинам путями. Поскольку эти пути должны выходить из двух вершин пары через непересекающиеся ребра, граф с k -связностью должен иметь вырожденность не менее k . Концепции, связанные с k -ядрами, но основанные на связности вершин, изучались в теории социальных сетей под названием структурной сплоченности . [23]
Если граф имеет ширину дерева или пути не более k , то это подграф хордального графа , который имеет идеальный порядок исключения , в котором каждая вершина имеет не более k предыдущих соседей. Следовательно, вырождение не более чем равно ширине дерева и не более чем ширине пути. Однако существуют графы с ограниченной вырождением и неограниченной древовидной шириной, такие как сеточные графы . [24]
Гипотеза Берра-Эрдеша связывает вырождение графа G с числом Рамсея графа G , наименьшим n таким, что любая раскраска двух ребер полного графа с n -вершинами должна содержать монохроматическую копию G . В частности, гипотеза состоит в том, что для любого фиксированного значения k число Рамсея k -вырожденных графов растет линейно с количеством вершин графов. [25] Гипотезу доказал Ли (2017).
Любой -вершинный граф с вырождением имеет не более максимальных клик, когда и , [26] поэтому говорят, что класс графов с ограниченным вырождением имеет мало клик.
Бесконечные графы
Хотя концепции вырождения и числа раскраски часто рассматриваются в контексте конечных графов, первоначальной мотивацией Эрдёша и Хайнала (1966) была теория бесконечных графов. Для бесконечного графа G можно определить число раскраски аналогично определению для конечных графов, как наименьшее кардинальное число α такое, что существует хороший порядок вершин G , в котором каждая вершина имеет меньше, чем α соседей, которые ранее при заказе. Неравенство между раскраской и хроматическими числами сохраняется и в этой бесконечной ситуации; Эрдеш и Хайнал (1966) утверждают, что на момент публикации их статьи она уже была хорошо известна.
^ Дженсен и Тофт (2011), с. 78: «Легко видеть, что col( G ) = ∆( G ) + 1 тогда и только тогда, когда G имеет ∆( G )-регулярную компоненту». В обозначениях, используемых Дженсеном и Тофтом, col( G ) — это вырождение плюс один, а Δ( G ) — максимальная степень вершины.
^ Матула (1968); Lick & White (1970), Предложение 1, стр. 1084.
^ Хробак и Эппштейн (1991).
^ Зейдман (1983).
^ Боллобас (1984); Лучак (1991); Дороговцев, Гольцев и Мендес (2006).
^ Бадер и Хог (2003); Альтаф-Уль-Амин и др. (2003); Вухти и Алмаас (2005).
^ Гертлер и Патриньяни (2004); Альварес-Хамелин и др. (2006).
^ Гарсия-Альгарра и др. (2017).
^ Балог и др. (2012).
^ Киркпатрик и др. (2002).
^ Адлер (1991).
^ Хробак и Эппштейн (1991); Габоу и Вестерманн (1992); Венкатешваран (2004 г.); Асахиро и др. (2006); Ковалик (2006).
^ Дин, Хатчинсон и Шайнерман (1991).
^ Эрдеш и Хайнал (1966); Секерес и Уильф (1968).
^ Муди и Уайт (2003).
^ Робертсон и Сеймур (1984).
^ Берр и Эрдеш (1975).
^ Эппштейн Д., Леффлер М. и Страш Д. (2010). Перечисление всех максимальных клик в разреженных графах за время, близкое к оптимальному. У О. Чеонга, К.-Ю. Чва и К. Парк (ред.), Алгоритмы и вычисления (том 6506, стр. 403–414). Берлин, Гейдельберг: Springer Berlin Heidelberg. https://doi.org/10.1007/978-3-642-17517-6_36
Альтаф-Уль-Амин, М.; Нишиката, К.; Кома, Т.; Миясато, Т.; Шинбо, Ю.; Арифуззаман, М.; Вада, К.; Маэда, М.; Осима, Т. (2003), «Прогнозирование функций белка на основе k-ядер сетей белок-белкового взаимодействия и аминокислотных последовательностей» (PDF) , Genome Informatics , 14 : 498–499, заархивировано из оригинала (PDF) на сайте 27 сентября 2007 г.
Альварес-Амелин, Хосе Игнасио; Далл'Аста, Лука; Баррат, Ален; Веспиньяни, Алессандро (2006), « К -ядерная декомпозиция: инструмент для визуализации крупномасштабных сетей», в Вайсе, Яир; Шёлкопф, Бернхард; Платт, Джон (ред.), Достижения в области нейронных систем обработки информации 18: Материалы конференции 2005 г. , том. 18, MIT Press, с. 41, arXiv : cs/0504107 , Bibcode : 2005cs........4107A, ISBN 0262232537
Асахиро, Юичи; Мияно, Эйдзи; Оно, Хиротака; Зенмио, Кохей (2006), «Алгоритмы ориентации графа для минимизации максимальной исходящей степени», CATS '06: Материалы 12-го компьютерного симпозиума: Австралазийский теоретический симпозиум , Дарлингхерст, Австралия, Австралия: Австралийское компьютерное общество, Inc., стр. 11– 20, ISBN 1-920682-33-3
Бадер, Гэри Д.; Хог, Кристофер В.В. (2003), «Автоматизированный метод поиска молекулярных комплексов в больших сетях взаимодействия белков», BMC Bioinformatics , 4 (1): 2, doi : 10.1186/1471-2105-4-2 , PMC 149346 , PMID 12525261
Барабаши, Альберт-Ласло ; Альберт, Река (1999), «Появление масштабирования в случайных сетях» (PDF) , Science , 286 (5439): 509–512, arXiv : cond-mat/9910332 , Bibcode : 1999Sci...286..509B, doi :10.1126/science.286.5439.509, PMID 10521342, S2CID 524106, заархивировано из оригинала (PDF) 11 ноября 2006 г.
Боллобас, Бела (1984), «Эволюция разреженных графов», Теория графов и комбинаторика, Proc. Кембриджская комбинаторная конференция. в честь Пола Эрдеша , Academic Press, стр. 35–57.
Берр, Стефан А .; Эрдеш, Пауль (1975), «О величине обобщенных чисел Рамсея для графов», Бесконечные и конечные множества (Коллок., Кестхей, 1973; посвящен П. Эрдешу к его 60-летию), Vol. 1 (PDF) , Коллок. Математика. Соц. Янош Бояи, том. 10, Амстердам: Северная Голландия, стр. 214–240, MR 0371701.
Хробак, Марек; Эппштейн, Дэвид (1991), «Плоские ориентации с низкой исходящей степенью и уплотнением матриц смежности» (PDF) , Theoretical Computer Science , 86 (2): 243–266, doi : 10.1016/0304-3975(91)90020- 3
Фрейдер, Юджин К. (1982), «Достаточное условие для поиска без возврата», Журнал ACM , 29 (1): 24–32, doi : 10.1145/322290.322292 , S2CID 8624975
Габоу, Гонконг ; Вестерманн, Х.Х. (1992), «Леса, фреймы и игры: алгоритмы матроидных сумм и приложений», Algorithmica , 7 (1): 465–497, doi : 10.1007/BF01758774, S2CID 40358357
Гертлер, Марко; Патриньяни, Маурицио (2004), «Динамический анализ графа автономной системы», Proc. 2-й международный семинар по междоменной производительности и моделированию (IPS 2004) , стр. 13–24, CiteSeerX 10.1.1.81.6841
Гарсиа-Альгарра, Хавьер; пастор Хуан Мануэль; Ириондо, Хосе Мария; Галеано, Хавьер (2017), «Рейтинг критических видов для сохранения функциональности мутуалистических сетей с использованием k -ядерной декомпозиции», PeerJ , 5 : e3321, doi : 10.7717/peerj.3321 , PMC 5438587 , PMID 28533969
Дженсен, Томми Р.; Тофт, Бьерн (2011), Проблемы раскраски графов , Ряды Уайли по дискретной математике и оптимизации, том. 39, Джон Уайли и сыновья, ISBN 9781118030745
Киркпатрик, Скотт; Вилке, Винфрид В.; Гарнер, Роберт Б.; Хьюлс, Харальд (2002), «Просачивание в плотных массивах хранения», Physica A: Статистическая механика и ее приложения , 314 (1–4): 220–229, Бибкод : 2002PhyA..314..220K, doi : 10.1016/S0378 -4371(02)01153-6, МР 1961703
Кирусис, Л.М.; Тиликос, Д.М. (1996), «Связь графа» (PDF) , SIAM Journal on Computing , 25 (3): 626–647, doi : 10.1137/S0097539793255709, заархивировано из оригинала (PDF) 07.2011. 21
Ковалик, Лукаш (2006), «Схема аппроксимации для мер ориентации наименьших исходящих степеней и плотности графов», Труды 17-го Международного симпозиума по алгоритмам и вычислениям (ISAAC 2006) , Конспекты лекций по информатике, 4288 , Springer-Verlag: 557–566 , doi : 10.1007/11940128_56, ISBN 978-3-540-49694-6
Матула, Дэвид В. (1968), «Теорема о мин-максе для графов с применением к раскраске графов», Национальное собрание SIAM 1968 г., SIAM Review , 10 (4): 481–482, doi : 10.1137/1010115
Матула, Дэвид В .; Бек, Л.Л. (1983), «Алгоритмы упорядочения, кластеризации и раскраски графов наименьшего прошлого», Журнал ACM , 30 (3): 417–427, doi : 10.1145/2402.322385 , MR 0709826, S2CID 4417741
Муди, Джеймс; Уайт, Дуглас Р. (2003), «Структурная сплоченность и включенность: иерархическая концепция социальных групп», American Sociological Review , 68 (1): 1–25, doi : 10.2307/3088904, JSTOR 3088904