АПЕКС1

Белкокодирующий ген у вида Homo sapiens

ДНК-лиаза (апуриновый или апиримидиновый сайт) — это фермент , который у человека кодируется геном APEX1 .

Апуриновые/апиримидиновые (AP) сайты (также называемые «абазическими сайтами») часто возникают в молекулах ДНК в результате спонтанного гидролиза, под действием агентов, повреждающих ДНК, или под действием ДНК-гликозилаз, которые удаляют определенные аномальные основания. AP-сайты представляют собой премутагенные повреждения, которые могут препятствовать нормальной репликации ДНК. Все клетки, от простых прокариот до человека, развили системы идентификации и восстановления таких участков. Эндонуклеазы AP класса II расщепляют фосфодиэфирный остов 5' от сайта AP, тем самым инициируя процесс, известный как репарация эксцизионного основания (BER). Ген APEX (альтернативно называемый APE1, HAP1, APEN) кодирует основную эндонуклеазу AP в клетках человека. Для этого гена были обнаружены сплайсинговые варианты; все кодируют один и тот же белок. ^[5]

Взаимодействия

Было показано, что APEX1 взаимодействует с MUTYH , ^[6] эндонуклеазой 1, специфичной для структуры лоскута ^[7] и XRCC1 . ^[8]

Старение

Дефицит APEX1 вызывает накопление повреждений ДНК , что приводит как к клеточному старению , так и к преждевременному старению . ^[9] Этот вывод согласуется с теорией о том, что повреждение ДНК является основной причиной старения. ^[10]

Рекомендации

1. GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000100823 - Ensembl , май 2017 г.
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000035960 - Ensembl , май 2017 г.
3. "Ссылка на Human PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
5. «Ген Энтреза: нуклеаза APEX1 APEX (многофункциональный фермент репарации ДНК) 1» .
6. Паркер А., Гу Ю., Махони В., Ли Ш., Сингх К.К., Лу А.Л. (февраль 2001 г.). «Человеческий гомолог белка репарации MutY (hMYH) физически взаимодействует с белками, участвующими в эксцизионном восстановлении длинных участков ДНК». Журнал биологической химии . 276 (8): 5547–55. дои : 10.1074/jbc.M008463200 . ПМИД  11092888.
7. Дианова И.И., Бор В.А., Дианов Г.Л. (октябрь 2001 г.). «Взаимодействие эндонуклеазы 1 AP человека с эндонуклеазой 1 лоскута и ядерным антигеном пролиферирующих клеток, участвующим в репарации иссеченного основания с длинными заплатками». Биохимия . 40 (42): 12639–44. дои : 10.1021/bi011117i. ПМИД  11601988.
8. Видал А.Е., Бойто С., Хиксон И.Д., Радицелла Дж.П. (ноябрь 2001 г.). «XRCC1 координирует начальную и позднюю стадии восстановления абазического участка ДНК посредством белок-белковых взаимодействий». Журнал ЭМБО . 20 (22): 6530–9. дои : 10.1093/emboj/20.22.6530. ПМЦ 125722 . ПМИД  11707423. 
9. Ли М, Ян X, Лу X, Дай Н, Чжан С, Ченг Ю и др. (июнь 2018 г.). «Дефицит APE1 способствует клеточному старению и преждевременному старению». Исследования нуклеиновых кислот . 46 (11): 5664–5677. дои : 10.1093/nar/gky326. ПМК 6009672 . ПМИД  29750271. 
10. Генслер Х.Л., Бернштейн Х. (сентябрь 1981 г.). «Повреждение ДНК как основная причина старения». Ежеквартальный обзор биологии . 56 (3): 279–303. дои : 10.1086/412317. PMID  7031747. S2CID  20822805.

дальнейшее чтение

• Мол CD, Хосфилд DJ, Тайнер Дж.А. (август 2000 г.). «Распознавание абазового сайта двумя семействами апуриновых / апиримидиновых эндонуклеаз при эксцизионной репарации оснований ДНК: 3'-концы оправдывают средства». Мутационные исследования . 460 (3–4): 211–29. дои : 10.1016/s0921-8777(00)00028-8 . ПМИД  10946230.
• Фриц Г. (сентябрь 2000 г.). «Человеческий белок APE/Ref-1». Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 32 (9): 925–9. дои : 10.1016/S1357-2725(00)00045-5. ПМИД  11084372.
• Фриц Г., Грёш С., Томичич М., Кайна Б. (ноябрь 2003 г.). «APE/Ref-1 и реакция млекопитающих на генотоксический стресс». Токсикология . 193 (1–2): 67–78. дои : 10.1016/S0300-483X(03)00290-7. ПМИД  14599768.
• Телль Дж., Даманте Дж., Колдуэлл Д., Келли М.Р. (2005). «Внутриклеточная локализация APE1/Ref-1: больше, чем пассивное явление?». Антиоксиданты и окислительно-восстановительная сигнализация . 7 (3–4): 367–84. дои : 10.1089/ars.2005.7.367. hdl : 1805/4802 . ПМИД  15706084.
• Хунг Р.Дж., Холл Дж., Бреннан П., Боффетта П. (ноябрь 2005 г.). «Генетические полиморфизмы в базовом пути эксцизионной репарации и риск рака: обзор HuGE». Американский журнал эпидемиологии . 162 (10): 925–42. дои : 10.1093/aje/kwi318 . ПМИД  16221808.
• Дырхеева Н.С., Ходырева С.Н., Лаврик О.И. (2007). «[Многофункциональная апуриновая/апиримидиновая эндонуклеаза человека 1: роль дополнительных функций]». Молекулярная биология . 41 (3): 450–66. ПМИД  17685223.
• Харрисон Л., Асьоне Дж., Меннингер Дж. К., Уорд, округ Колумбия, Демпл Б. (декабрь 1992 г.). «Ген апуриновой эндонуклеазы человека (APE): структура и геномное картирование (хромосома 14q11.2-12)». Молекулярная генетика человека . 1 (9): 677–80. дои : 10.1093/хмг/1.9.677. ПМИД  1284593.
• Ченг XB, Банвилл Дж., Паттерсон Т.А. (январь 1992 г.). «Нуклеотидная последовательность кДНК апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы из клеток HeLa». Исследования нуклеиновых кислот . 20 (2): 370. doi :10.1093/nar/20.2.370. ПМК  310384 . ПМИД  1371347.
• Ксантудакис С., Мяо Дж., Ван Ф., Пан Ю.К., Карран Т. (сентябрь 1992 г.). «Окислительно-восстановительная активация ДНК-связывающей активности Fos-Jun опосредована ферментом репарации ДНК». Журнал ЭМБО . 11 (9): 3323–35. doi :10.1002/j.1460-2075.1992.tb05411.x. ПМК  556867 . ПМИД  1380454.
• Чжао Б., Гранди Д.К., Хагеруп Дж.М., Магенис Р.Э., Смит Л., Чаухан Б.К., Хеннер В.Д. (август 1992 г.). «Человеческий ген апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы (HAP1): последовательность и локализация в полосе q12 хромосомы 14». Исследования нуклеиновых кислот . 20 (15): 4097–8. дои : 10.1093/нар/20.15.4097. ПМК  334100 . ПМИД  1380694.
• Робсон К.Н., Хоххаузер Д., Крейг Р., Рэк К., Бакл В.Дж., Хиксон И.Д. (сентябрь 1992 г.). «Структура гена репарации ДНК человека HAP1 и его локализация на хромосоме 14q 11.2-12». Исследования нуклеиновых кислот . 20 (17): 4417–21. дои : 10.1093/нар/20.17.4417. ПМК  334166 . ПМИД  1383925.
• Секи С., Хацусика М., Ватанабэ С., Акияма К., Нагао К., Цуцуи К. (июль 1992 г.). «Клонирование кДНК, секвенирование, экспрессия и возможная доменная структура нуклеазы APEX человека, гомологичной экзонуклеазе III Escherichia coli». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) – Структура и экспрессия генов . 1131 (3): 287–99. дои : 10.1016/0167-4781(92)90027-w. ПМИД  1627644.
• Робсон CN, Хиксон ID (октябрь 1991 г.). «Выделение клонов кДНК, кодирующих апуриновую/апиримидиновую эндонуклеазу человека, которая исправляет дефекты репарации ДНК и мутагенеза в мутантах E. coli xth (экзонуклеаза III)». Исследования нуклеиновых кислот . 19 (20): 5519–23. дои : 10.1093/нар/19.20.5519. ПМК  328951 . ПМИД  1719477.
• Демпл Б., Герман Т., Чен Д.С. (декабрь 1991 г.). «Клонирование и экспрессия APE, кДНК, кодирующей основную апуриновую эндонуклеазу человека: определение семейства ферментов репарации ДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (24): 11450–4. Бибкод : 1991PNAS...8811450D. дои : 10.1073/pnas.88.24.11450 . ПМЦ  53153 . ПМИД  1722334.
• Оказаки Т., Чунг У., Нисишита Т., Эбису С., Усуда С., Миширо С., Ксантоудакис С., Игараси Т., Огата Э. (ноябрь 1994 г.). «Белок окислительно-восстановительного фактора ref1 участвует в негативной регуляции генов с помощью внеклеточного кальция». Журнал биологической химии . 269 ​​(45): 27855–62. дои : 10.1016/S0021-9258(18)46865-2 . ПМИД  7961715.
• Акияма К., Секи С., Осида Т., Ёсида М.К. (сентябрь 1994 г.). «Структура, анализ промотора и хромосомное назначение гена APEX человека». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) – Структура и экспрессия генов . 1219 (1): 15–25. дои : 10.1016/0167-4781(94)90241-0. ПМИД  8086453.
• Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Дж.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (апрель 1996 г.). «Метод «двойного адаптера» для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Аналитическая биохимия . 236 (1): 107–13. дои : 10.1006/abio.1996.0138. ПМИД  8619474.
• Чунг У, Игараси Т, Нисишита Т, Иванари Х, Ивамацу А, Сува А, Мимори Т, Хата К, Эбису С, Огата Е, Фудзита Т, Окадзаки Т (апрель 1996 г.). «Взаимодействие между антигеном Ku и белком REF1 опосредует негативную регуляцию генов внеклеточным кальцием». Журнал биологической химии . 271 (15): 8593–8. дои : 10.1074/jbc.271.15.8593 . ПМИД  8621488.
• Ротвелл Д.Г., Хиксон И.Д. (ноябрь 1996 г.). «Аспарагин 212 необходим для распознавания абазисного сайта эндонуклеазой репарации ДНК человека HAP1». Исследования нуклеиновых кислот . 24 (21): 4217–21. дои : 10.1093/нар/24.21.4217. ПМК  146231 . ПМИД  8932375.
• Идзуми Т., Хеннер В.Д., Митра С. (ноябрь 1996 г.). «Негативная регуляция основной AP-эндонуклеазы человека, многофункционального белка». Биохимия . 35 (47): 14679–83. дои : 10.1021/bi961995u. ПМИД  8942627.

Внешние ссылки

• Местоположение генома человека APEX1 и страница сведений о гене APEX1 в браузере генома UCSC .