Отборочные матчи Лиги чемпионов УЕФА 2006–07 начались 11 июля 2006 года. Всего было проведено три отборочных матча, по итогам которых в групповой этап вышли 16 клубов.
Жеребьёвка этого раунда состоялась 23 июня 2006 года в Ньоне , Швейцария .
Первые матчи состоялись 11 и 12 июля 2006 года, ответные — 18 и 19 июля.
Экранас выиграл по сумме двух матчей со счетом 3–1.
ФХ Хафнарфьордур выиграл по сумме двух матчей со счетом 4–3.
Лиепайский «Металлург» выиграл по сумме двух матчей со счетом 2:1.
MyPa выиграл со счетом 2:0 по сумме двух матчей.
«Корк Сити» выиграл со счетом 2:1 по сумме двух матчей.
Сиони Болниси выиграл по сумме двух матчей со счетом 2:1.
Работнички выиграли со счетом 1:0 по сумме двух матчей.
Широки Бриег выиграл по сумме двух матчей со счетом 2:0.
B36 Торсхавн выиграл 5–2 по сумме двух матчей.
Горица выиграла со счетом 5–3 по сумме двух матчей.
«Шериф» Тирасполя выиграл со счетом 2:0 по сумме двух матчей.
Жеребьёвка этого раунда состоялась 23 июня 2006 года в Ньоне , Швейцария .
Первые матчи состоялись 25 и 26 июля 2006 года, ответные — 1 и 2 августа.
«Стяуа» Бухарест выиграла со счетом 5:0 по сумме двух матчей.
«Левски София» выиграла со счетом 4–0 по сумме двух матчей.
Red Bull Salzburg выиграл со счетом 3:2 по сумме двух матчей.
Ружомберок выиграл по сумме двух матчей со счетом 3–2.
Работнички выиграли со счетом 5–2 по сумме двух матчей.
«Црвена Звезда» выиграла со счетом 4:0 по сумме двух матчей.
«Фенербахче» выиграл со счетом 9–0 по сумме двух матчей.
Млада Болеслав выиграла со счетом 5–3 по сумме двух матчей.
1–1 по сумме двух матчей. «Спартак» Москва выиграл по правилу выездного гола.
«Динамо» Киев выиграло со счетом 8:1 по сумме двух матчей.
«Легия» Варшава выиграла со счетом 3:0 по сумме двух матчей.
«Копенгаген» выиграл со счетом 4–2 по сумме двух матчей.
«Динамо» Загреб выиграло со счетом 9:3 по сумме двух матчей.
«Харт оф Мидлотиан» выиграл со счетом 3:0 по сумме двух матчей.
Жеребьёвка этого раунда состоялась 28 июля 2006 года в Нионе , Швейцария .
Первые матчи состоялись 8 и 9 августа 2006 года, ответные — 22 и 23 августа. Команды, выбывшие в этом раунде, получили право на участие в первом раунде Кубка УЕФА .
Московский «Спартак» выиграл со счетом 2:1 по сумме двух матчей.
Донецкий «Шахтер» выиграл со счетом 4:2 по сумме двух матчей.
Валенсия выиграла со счетом 3:1 по сумме двух матчей.
«Левски София» выиграла со счетом 4–2 по сумме двух матчей.
АЕК Афины выиграл со счетом 5:1 по сумме двух матчей.
ЦСКА Москва выиграл со счетом 5:0 по сумме двух матчей.
«Милан» выиграл со счетом 3:1 по сумме двух матчей.
«Галатасарай» выиграл со счетом 6:3 по сумме двух матчей.
«Стяуа» Бухарест выиграла со счетом 4–3 по сумме двух матчей.
«Бенфика» выиграла со счетом 4:1 по сумме двух матчей.
«Арсенал» выиграл со счетом 5:1 по сумме двух матчей.
«Копенгаген» выиграл со счетом 3:2 по сумме двух матчей.
1–1 по сумме двух матчей. Hamburger SV выиграл по правилу выездного гола.
«Динамо» Киев выиграло со счетом 5:3 по сумме двух матчей.
«Ливерпуль» выиграл со счетом 3:2 по сумме двух матчей.
«Лилль» выиграл со счетом 4:0 по сумме двух матчей.