stringtranslate.com

Количественная протеомика

Количественная масс-спектрометрия.

Количественная протеомика — это метод аналитической химии для определения количества белков в образце. [1] [2] [3] [4] Методы идентификации белков идентичны методам, используемым в общей (т. е. качественной) протеомике , но включают количественную оценку в качестве дополнительного измерения. Вместо того, чтобы просто предоставлять списки белков, идентифицированных в определенном образце, количественная протеомика дает информацию о физиологических различиях между двумя биологическими образцами. Например, этот подход можно использовать для сравнения образцов здоровых и больных пациентов. Количественная протеомика в основном выполняется с помощью двумерного гель-электрофореза (2-DE), препаративного нативного PAGE или масс-спектрометрии (MS). Однако недавно разработанный метод количественного анализа дот-блоттинга (QDB) способен измерять как абсолютное, так и относительное количество отдельных белков в образце в формате высокой пропускной способности, тем самым открывая новое направление для протеомных исследований. В отличие от 2-DE, который требует MS для последующей идентификации белков, технология MS может идентифицировать и количественно определять изменения.

Количественная оценка с использованием спектрофотометрии

Концентрацию определенного белка в образце можно определить с помощью спектрофотометрических процедур. [5] Концентрацию белка можно определить, измерив OD при 280 нм на спектрофотометре, который можно использовать с анализом стандартной кривой для количественной оценки присутствия триптофана, тирозина и фенилаланина. [6] Однако этот метод не является самым точным, поскольку состав белков может сильно различаться, и этот метод не сможет количественно определить белки, которые не содержат вышеупомянутые аминокислоты. Этот метод также неточен из-за возможности загрязнения нуклеиновыми кислотами. Другие более точные спектрофотометрические процедуры для количественной оценки белка включают методы Biuret , Lowry , BCA и Bradford . Альтернативным методом количественной оценки белка без метки в прозрачной жидкости является метод SPR на основе кюветы , который одновременно измеряет показатель преломления в диапазоне от 1,0 до 1,6 нД и концентрацию белка в диапазоне от 0,5 мкл до 2 мл в объеме. Эта система состоит из калиброванного оптического фильтра с очень высоким угловым разрешением, а взаимодействие света с этим кристаллом образует резонанс на длине волны, которая коррелирует с концентрацией и показателем преломления вблизи кристалла. [7]

Количественная оценка с использованием двумерного электрофореза

Двумерный гель-электрофорез (2-DE) представляет собой одну из основных технологий количественной протеомики со своими преимуществами и недостатками. 2-DE предоставляет информацию о количестве белка, заряде и массе интактного белка. Он имеет ограничения для анализа белков размером более 150 кДа или менее 5 кДа и белков с низкой растворимостью. Количественная МС имеет более высокую чувствительность, но не предоставляет информацию об интактном белке.

Классический 2-DE, основанный на постэлектрофоретическом окрашивании красителем, имеет ограничения: для проверки воспроизводимости требуется не менее трех технических повторов. [ необходима цитата ] Электрофорез в разностном геле (DIGE) использует флуоресцентную маркировку белков перед разделением, что повысило точность количественной оценки, а также чувствительность обнаружения белков. [ необходима цитата ] Таким образом, DIGE представляет собой текущий основной подход к изучению протеомов на основе 2-DE. [ необходима цитата ]

Количественное определение с помощью масс-спектрометрии

Примеры количественных протеомных рабочих процессов. Красный цвет представляет интересующий физиологический образец, а синий — контрольный образец. Белые поля представляют области, где ошибки наиболее вероятны, а фиолетовые поля представляют области, где образцы были смешаны. [8]

Масс-спектрометрия (МС) представляет собой одну из основных технологий количественной протеомики со своими преимуществами и недостатками. [4] Количественная МС имеет более высокую чувствительность, но может предоставить лишь ограниченную информацию о неповрежденном белке. Количественная МС использовалась как для обнаружения, так и для целевого протеомного анализа, чтобы понять глобальную протеомную динамику в популяциях клеток (объемный анализ) [9] или в отдельных клетках (анализ отдельных клеток). [10] [11]

Ранние подходы, разработанные в 1990-х годах, применяли изотопно-кодированные аффинные метки (ICAT), которые используют два реагента с тяжелыми и легкими изотопами соответственно, и биотиновую аффинную метку для модификации цистеинсодержащих пептидов. Эта технология использовалась для маркировки целых клеток Saccharomyces cerevisiae [12] и, в сочетании с масс-спектрометрией , помогла заложить основу количественной протеомики. Этот подход был заменен изобарическими массовыми метками [9] , которые также используются для анализа белков отдельных клеток. [13]

Относительная и абсолютная количественная оценка

Масс-спектрометрия по своей сути не является количественным методом из-за различий в эффективности ионизации и/или обнаруживаемости многих пептидов в данном образце, что побудило к разработке методов определения относительного и абсолютного содержания белков в образцах. [3] [4] Интенсивность пика в масс-спектре не является хорошим индикатором количества аналита в образце, хотя различия в интенсивности пика одного и того же аналита между несколькими образцами точно отражают относительные различия в его содержании.

Маркировка стабильных изотопов в масс-спектрометрии

Метки стабильных изотопов

Подход к относительной количественной оценке, который является более дорогостоящим и трудоемким, хотя и менее чувствительным к экспериментальным смещениям, чем количественная оценка без меток, подразумевает маркировку образцов стабильными изотопными метками, которые позволяют масс-спектрометру различать идентичные белки в отдельных образцах. Один тип меток, изотопные метки, состоит из стабильных изотопов, включенных в сшивающие агенты белков, что вызывает известный сдвиг массы меченого белка или пептида в масс-спектре. Дифференциально маркированные образцы объединяются и анализируются вместе, и различия в пиковых интенсивностях пар изотопов точно отражают разницу в распространенности соответствующих белков.

Абсолютная протеомная количественная оценка с использованием изотопных пептидов подразумевает введение известных концентраций синтетических, тяжелых изотопологов целевых пептидов в экспериментальный образец и последующее выполнение ЖХ-МС/МС. Как и в случае относительной количественной оценки с использованием изотопных меток, пептиды одинаковой химии ко-элюируют и анализируются МС одновременно. Однако, в отличие от относительной количественной оценки, распространенность целевого пептида в экспериментальном образце сравнивается с распространенностью тяжелого пептида и пересчитывается обратно к начальной концентрации стандарта с использованием заранее определенной стандартной кривой для получения абсолютной количественной оценки целевого пептида.

Методы относительной количественной оценки включают изотопно-кодированные аффинные метки (ICAT), изобарные метки ( тандемные массовые метки (TMT) и изобарные метки для относительной и абсолютной количественной оценки (iTRAQ)), безметковые количественные метки с металлическим кодированием ( MeCAT ), N-концевую маркировку, стабильную изотопную маркировку аминокислотами в клеточной культуре ( SILAC ) и терминальную аминоизотопную маркировку субстратов (TAILS). Появился математически строгий подход, который интегрирует интенсивности пептидов и согласие измерений пептидов в доверительные интервалы для соотношений белков. [14]

Абсолютная количественная оценка проводится с использованием мониторинга выбранных реакций (SRM).

Метки с металлическим кодом

Метод кодированных металлом меток (MeCAT) основан на химической маркировке, но вместо использования стабильных изотопов используются различные ионы лантаноидов в макроциклических комплексах. Количественная информация поступает из измерений индуктивно связанной плазмы MS меченых пептидов. MeCAT можно использовать в сочетании с элементной масс-спектрометрией ICP-MS, что позволяет впервые провести абсолютную количественную оценку металла, связанного реагентом MeCAT с белком или биомолекулой. Таким образом, можно определить абсолютное количество белка вплоть до диапазона аттомолей, используя внешнюю калибровку по стандартному раствору металла. Он совместим с разделением белков с помощью 2D-электрофореза и хроматографии в мультиплексных экспериментах. Идентификация белков и относительная количественная оценка могут быть выполнены с помощью MALDI -MS/MS и ESI-MS/MS.

Масс-спектрометры имеют ограниченную способность обнаруживать пептиды с низким содержанием в образцах с высоким динамическим диапазоном. Ограниченный рабочий цикл масс-спектрометров также ограничивает частоту столкновений, что приводит к недостаточной выборке. [15] Протоколы подготовки образцов представляют собой источники экспериментального смещения.

Маркировка стабильными изотопами аминокислот в клеточной культуре

Маркировка стабильными изотопами аминокислот в клеточной культуре ( SILAC ) — это метод, который включает метаболическое включение «тяжелых» C- или N-меченых аминокислот в белки с последующим анализом MS. SILAC требует выращивания клеток в специализированных средах, дополненных легкими или тяжелыми формами незаменимых аминокислот, лизином или аргинином. Одна популяция клеток выращивается в среде, содержащей легкие аминокислоты, в то время как экспериментальное состояние выращивается в присутствии тяжелых аминокислот. Тяжелые и легкие аминокислоты включаются в белки посредством синтеза клеточного белка. После лизиса клеток равные количества белка из обоих состояний объединяются и подвергаются протеотипическому перевариванию. Были выбраны аминокислоты аргинин и лизин, поскольку трипсин, преобладающий фермент, используемый для получения протеотипических пептидов для анализа MS, расщепляет лизин и аргинин на С-конце. После переваривания трипсином все триптические пептиды из клеток, выращенных в среде SILAC, будут иметь по крайней мере одну меченую аминокислоту, что приведет к постоянному сдвигу массы от меченого образца по сравнению с немеченым. Поскольку пептиды, содержащие тяжелые и легкие аминокислоты, химически идентичны, они ко-элюируют во время фракционирования колонки с обращенной фазой и одновременно обнаруживаются во время анализа MS. Относительное содержание белка определяется относительной интенсивностью пиков изотопно различных пептидов.

Традиционно уровень мультиплексирования в SILAC был ограничен из-за количества доступных изотопов SILAC. Недавно новая технология под названием NeuCode SILAC [16] увеличила уровень мультиплексирования, достижимый с метаболической маркировкой (до 4). Метод аминокислот NeuCode похож на SILAC, но отличается тем, что маркировка использует только тяжелые аминокислоты. Использование только тяжелых аминокислот устраняет необходимость в 100% включении аминокислот, необходимых для SILAC. Повышенная способность мультиплексирования аминокислот NeuCode обусловлена ​​использованием дефектов массы от дополнительных нейтронов в стабильных изотопах. Однако эти небольшие различия в массе должны быть разрешены на масс-спектрометрах с высоким разрешением.

Одним из основных преимуществ SILAC является низкий уровень смещения количественной оценки из-за ошибок обработки, поскольку тяжелые и легкие образцы объединяются перед подготовкой образцов для анализа MS. SILAC и NeuCode SILAC являются превосходными методами для обнаружения небольших изменений в уровнях белка или посттрансляционных модификаций между экспериментальными группами.

Изобарическая маркировка

Изобарические массовые метки (тандемные массовые метки) — это метки, которые имеют идентичную массу и химические свойства, что позволяет тяжелым и легким изотопологам ко-элюировать вместе. Все массовые метки состоят из массового репортера, который имеет уникальное число 13 замен C, нормализатора массы, который имеет уникальную массу, которая уравновешивает массу метки, чтобы сделать все метки равными по массе, и реактивной части, которая сшивается с пептидами. Эти метки предназначены для расщепления в определенной области линкера при высокоэнергетической CID, давая метки разного размера, которые затем количественно определяются с помощью LC-MS/MS. Образцы белков или пептидов, полученные из клеток, тканей или биологических жидкостей, маркируются параллельно с изобарическими массовыми метками и объединяются для анализа. Количественное определение белка выполняется путем сравнения интенсивностей репортерных ионов в спектрах MS/MS. Доступны три типа тандемных масс-меток с различной реакционной способностью: (1) реактивный эфир NHS, который обеспечивает высокоэффективную аминоспецифическую маркировку (TMTduplex, TMTsixplex, TMT10plex и TMT11plex), (2) реактивная функциональная группа иодацетила, которая маркирует сульфгидрильные-(-SH) группы (iodoTMT) и (3) реактивная функциональная группа алкоксиамина, которая обеспечивает ковалентную маркировку карбонилсодержащих соединений (aminoxyTMT).

Ключевым преимуществом изобарической маркировки по сравнению с другими методами количественной оценки (например, SILAC, ICAT, Label-free) является увеличение мультиплексных возможностей и, следовательно, увеличение пропускной способности. Возможность одновременного объединения и анализа нескольких образцов в одном запуске LC-MS устраняет необходимость анализа нескольких наборов данных и устраняет вариации от запуска к запуску. Мультиплексирование снижает вариабельность обработки образцов, улучшает специфичность за счет одновременной количественной оценки белков из каждого состояния и сокращает время выполнения для нескольких образцов. Текущие доступные изобарические химические метки облегчают одновременный анализ до 11 экспериментальных образцов.

Количественное определение без использования меток в масс-спектрометрии

Один из подходов к относительной количественной оценке заключается в раздельном анализе образцов с помощью МС и сравнении спектров для определения распространенности пептидов в одном образце относительно другого, как в стратегиях без меток . Общепринято, что, хотя количественная оценка без меток является наименее точной из парадигм количественной оценки, она также недорога и надежна при условии строгой статистической проверки. Существует два различных метода количественной оценки в количественной протеомике без меток: AUC (площадь под кривой) и спектральный подсчет.

Методы количественной оценки без использования меток

AUC — это метод, с помощью которого для заданного спектра пептида в ходе ЖХ-МС вычисляется площадь под спектральным пиком. Измерения пика AUC линейно пропорциональны концентрации белка в заданной смеси аналитов. Количественная оценка достигается с помощью подсчета ионов, измерения количества иона за определенное время удерживания. [17] Для стандартизации исходных данных требуется осмотрительность. [18] Спектрометр высокого разрешения может облегчить проблемы, возникающие при попытке сделать данные воспроизводимыми, однако большую часть работы по нормализации данных можно выполнить с помощью программного обеспечения, такого как OpenMS и MassView. [19]

Спектральный подсчет включает подсчет спектров идентифицированного белка и последующую стандартизацию с использованием некоторой формы нормализации. [20] Обычно это делается с помощью обильного пептидного массового отбора (MS), который затем фрагментируется, а затем подсчитываются спектры MS/MS. [17] Для точной оценки распространенности белка требуются множественные выборки пика белка из-за сложной физико-химической природы пептидов. Таким образом, оптимизация для экспериментов MS/MS является постоянной проблемой. Одним из вариантов решения этой проблемы является использование независимой от данных методики, которая циклически переключается между высокими и низкими энергиями столкновения. Таким образом, собирается большой обзор всех возможных ионов-предшественников и продуктов. Однако это ограничено способностью программного обеспечения масс-спектрометрии распознавать и сопоставлять пептидные шаблоны ассоциаций между ионами-предшественниками и продуктами.

Приложения

Рабочий процесс количественной оценки физиологических различий в α- и β-клетках у мышей с использованием компьютерного прогнозирования (A) и количественной оценки с использованием изотопной метки SILAC (B). (C) — список кандидатов киназ, которые указывают на физиологические различия в α- и β-клетках. [21]

Биомедицинские приложения

Количественная протеомика имеет различные приложения в медицинской сфере. Особенно в областях обнаружения лекарств и биомаркеров. Методы ЖХ-МС/МС начали вытеснять более традиционные методы, такие как вестерн-блот и ИФА, из-за громоздкой природы маркировки различных и разделения белков с использованием этих методов и более глобального анализа количественной оценки белков. Методы масс-спектрометрии более чувствительны к различиям в структуре белков, таким как посттрансляционная модификация, и, таким образом, могут количественно определять различные модификации белков. Количественная протеомика может обойти эти проблемы, требуя только получения информации о последовательности. Ее можно применять на глобальном уровне протеома или для специфической изоляции партнеров по связыванию в экспериментах по извлечению или аффинной очистке. [4] [22] Однако следует учитывать недостатки в чувствительности и времени анализа. [23]

Открытие лекарств

Количественная протеомика имеет самые большие приложения в идентификации целевых белков, проверке целевых белков и профилировании токсичности открытия лекарств . [24] Открытие лекарств использовалось для исследования взаимодействия белок-белок и, в последнее время, взаимодействия лекарств с малыми молекулами, область исследования, называемая хемопротеомикой . Таким образом, она показала большие перспективы в мониторинге побочных эффектов малых молекул, подобных лекарствам, и понимании эффективности и терапевтического эффекта одного целевого препарата по сравнению с другим. [25] [26] Одной из наиболее типичных методологий для абсолютного количественного определения белка в открытии лекарств является использование ЖХ-МС/МС с мониторингом множественных реакций (МРМ). Масс-спектрометрия обычно выполняется с помощью тройного квадрупольного МС . [24]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Онг С. Э., Манн М. (октябрь 2005 г.). «Протеомика на основе масс-спектрометрии становится количественной». Nature Chemical Biology . 1 (5): 252–62. doi :10.1038/nchembio736. PMID  16408053. S2CID  32054251.
  2. ^ Bantscheff M, Schirle M, Sweetman G, Rick J, Kuster B (октябрь 2007 г.). «Количественная масс-спектрометрия в протеомике: критический обзор». Аналитическая и биоаналитическая химия . 389 (4): 1017–31. doi : 10.1007/s00216-007-1486-6 . PMID  17668192.
  3. ^ ab Николов М, Шмидт С, Урлауб Х (2012). "Количественная масс-спектрометрическая протеомика: обзор". В Маркус К (ред.). Количественные методы в протеомике . Методы в молекулярной биологии. Т. 893. Humana Press. стр. 85–100. doi :10.1007/978-1-61779-885-6_7. hdl :11858/00-001M-0000-000F-C327-D. ISBN 978-1-61779-884-9. PMID  22665296. S2CID  33009117.
  4. ^ abcd Розанова, Светлана; Барковиц, Каталин; Николов, Мирослав; Шмидт, Карла; Урлауб, Хеннинг; Маркус, Катрин (2021). «Количественная протеомика на основе масс-спектрометрии: обзор». В Marcus, Katrin; Eisenacher, Martin; Sitek, Barbara (ред.). Количественные методы в протеомике . Методы в молекулярной биологии. Т. 2228. Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer US. С. 85–116. doi : 10.1007/978-1-0716-1024-4_8 . ISBN 978-1-0716-1023-7. PMID  33950486.
  5. ^ Нинфа, Баллу, Беноре. Фундаментальные подходы к биохимии и биотехнологии, 2-е издание 2010 г. Fitzgerald Science Press, Бетесда, Мэриленд.
  6. ^ Whitaker JR, Granum PE (ноябрь 1980 г.). «Абсолютный метод определения белка, основанный на разнице поглощения при 235 и 280 нм». Аналитическая биохимия . 109 (1): 156–159. doi :10.1016/0003-2697(80)90024-x. PMID  7469012.
  7. ^ Hermannsson, Pétur G.; Vannahme, Christoph; Smith, Cameron LC; Sørensen, Kristian T.; Kristensen, Anders (2015). "Определение дисперсии показателя преломления с использованием массива фотонных кристаллических резонансных отражателей" (PDF) . Applied Physics Letters . 107 (6): 061101. Bibcode :2015ApPhL.107f1101H. doi :10.1063/1.4928548. S2CID  62897708.
  8. ^ Энгхольм-Келлер К, Ларсен М. Р. (март 2013 г.). «Технологии и проблемы крупномасштабной фосфопротеомики». Протеомика . 13 (6): 910–931. doi :10.1002/pmic.201200484. PMID  23404676. S2CID  11166402.
  9. ^ ab Aebersold R, Mann M (сентябрь 2016 г.). «Масс-спектрометрическое исследование структуры и функции протеома». Nature . 537 (7620): 347–355. Bibcode :2016Natur.537..347A. doi :10.1038/nature19949. PMID  27629641. S2CID  4448087.
  10. ^ Specht H, Emmott E, Petelski A, Huffman RG, Perlman DH, Serra M, Kharchenko P, Koller A, Slavov N ​​(2021-01-27). "Протеомный и транскриптомный анализ гетерогенности макрофагов отдельных клеток с использованием SCoPE2". Genome Biology . 22 (1). 50. doi : 10.1186/s13059-021-02267-5 . PMC 7839219. PMID  33504367. S2CID  195403321. 
  11. ^ Славов Н (июнь 2020 г.). «Анализ белков отдельных клеток методом масс-спектрометрии». Current Opinion in Chemical Biology . 60 : 1–9. arXiv : 2004.02069 . doi : 10.1016/j.cbpa.2020.04.018. PMC 7767890. PMID 32599342.  S2CID 219966629  . 
  12. ^ Oda Y, Huang K, Cross FR, Cowburn D, Chait BT (июнь 1999). «Точное количественное определение экспрессии белка и сайт-специфического фосфорилирования». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (12): 6591–6. Bibcode : 1999PNAS...96.6591O. doi : 10.1073 /pnas.96.12.6591 . PMC 21959. PMID  10359756. 
  13. ^ Славов Н (январь 2020 г.). «Расшифровка протеома в отдельных клетках». Science . 367 (6477): 512–513. Bibcode :2020Sci...367..512S. doi :10.1126/science.aaz6695. PMC 7029782 . PMID  32001644. 
  14. ^ Пешкин Л., Рязанова Л., Вур М. и др. (2017). «Байесовские доверительные интервалы для мультиплексной протеомики интегрируют ионную статистику с согласованностью количественной оценки пептидов». bioRxiv 10.1101/210476 . 
  15. ^ Prakash A, Piening B, Whiteaker J, Zhang H, Shaffer SA, Martin D и др. (октябрь 2007 г.). «Оценка смещения в дизайне эксперимента для крупномасштабной количественной протеомики на основе масс-спектрометрии». Молекулярная и клеточная протеомика . 6 (10): 1741–8. doi : 10.1074/mcp.M600470-MCP200 . PMID  17617667.
  16. ^ Merrill AE, Hebert AS, MacGilvray ME, Rose CM, Bailey DJ, Bradley JC и др. (сентябрь 2014 г.). «Метки NeuCode для относительной количественной оценки белков». Molecular & Cellular Proteomics . 13 (9): 2503–12. doi : 10.1074/mcp.M114.040287 . PMC 4159665 . PMID  24938287. 
  17. ^ ab Neilson KA, Ali NA, Muralidharan S, Mirzaei M, Mariani M, Assadourian G, et al. (Февраль 2011). «Меньше меток, больше свободы: подходы в количественной масс-спектрометрии без меток». Proteomics . 11 (4): 535–53. doi : 10.1002/pmic.201000553 . PMID  21243637. S2CID  34809291.
  18. ^ America AH, Cordewener JH (февраль 2008 г.). «Сравнительная ЖХ-МС: ландшафт пиков и долин». Протеомика . 8 (4): 731–49. doi : 10.1002/pmic.200700694 . PMID  18297651. S2CID  13022870.
  19. ^ Wang W, Zhou H, Lin H, Roy S, Shaler TA, Hill LR и др. (сентябрь 2003 г.). «Количественное определение белков и метаболитов методом масс-спектрометрии без изотопной маркировки или добавленных стандартов». Аналитическая химия . 75 (18): 4818–26. doi :10.1021/ac026468x. PMID  14674459.
  20. ^ Lundgren DH, Hwang SI, Wu L, Han DK (февраль 2010 г.). «Роль спектрального подсчета в количественной протеомике». Expert Review of Proteomics . 7 (1): 39–53. doi :10.1586/epr.09.69. PMID  20121475. S2CID  29355269.
  21. ^ Choudhary A, Hu He K, Mertins P, Udeshi ND, Dančík V, Fomina-Yadlin D и др. (2014-04-23). ​​"Количественно-протеомное сравнение альфа- и бета-клеток для обнаружения новых целей для перепрограммирования линий". PLOS ONE . ​​9 (4): e95194. Bibcode :2014PLoSO...995194C. doi : 10.1371/journal.pone.0095194 . PMC 3997365 . PMID  24759943. 
  22. ^ Шема-Якоби, Эфрат; Николов, Мирослав; Хадж-Яхья, Махмуд; Симан, Питер; Аллеманд, Эрик; Ямагучи, Юки; Мухардт, Кристиан; Урлауб, Хеннинг; Брик, Ашраф; Орен, Моше; Фишле, Вольфганг (2013-08-15). «Систематическая идентификация белков, связывающихся с убиквитинированным H2B, встроенным в хроматин, выявляет привлечение SWI/SNF для регулирования транскрипции». Cell Reports . 4 (3): 601–608. doi : 10.1016/j.celrep.2013.07.014 . hdl : 11858/00-001M-0000-0014-4E3E-6 . PMID  23933260.
  23. ^ Bantscheff M, Lemeer S, Savitski MM, Kuster B (сентябрь 2012 г.). «Количественная масс-спектрометрия в протеомике: критический обзор обновлений с 2007 г. по настоящее время». Аналитическая и биоаналитическая химия . 404 (4): 939–965. doi :10.1007/s00216-012-6203-4. PMID  22772140. S2CID  21085313.
  24. ^ ab Ohtsuki S, Uchida Y, Kubo Y, Terasaki T (сентябрь 2011 г.). «Количественное целевое абсолютное протеомное исследование ADME как новый путь к открытию и разработке лекарств: методология, преимущества, стратегия и перспективы». Журнал фармацевтических наук . 100 (9): 3547–59. doi : 10.1002/jps.22612 . PMID  21560129.
  25. ^ Rix U, Superti-Furga G (сентябрь 2009 г.). «Целевое профилирование малых молекул с помощью химической протеомики». Nature Chemical Biology . 5 (9): 616–24. doi :10.1038/nchembio.216. PMID  19690537.
  26. ^ Schenone M, Dančík V, Wagner BK, Clemons PA (апрель 2013 г.). «Идентификация цели и механизм действия в химической биологии и открытии лекарств». Nature Chemical Biology . 9 (4): 232–40. doi :10.1038/nchembio.1199. PMC 5543995 . PMID  23508189.