И наоборот, радикальная замена или радикальная замена — это замена аминокислоты, при которой исходная аминокислота заменяется конечной аминокислотой с другими физико-химическими свойствами. [1]
Описание
Множественное выравнивание последовательностей пяти белков гистона H1 млекопитающих , произведенное ClustalO . Последовательности представляют собой аминокислоты для остатков 120–180 белков. Остатки, консервативные во всех последовательностях, выделены серым цветом. Под каждым сайтом (т.е. положением) выравнивания белковой последовательности находится ключ, обозначающий консервативные сайты (*), сайты с консервативными заменами (:), сайты с полуконсервативными заменами (.) и сайты с неконсервативными заменами ( ). . Этот ключ использует PAM250 в качестве меры сходства. [3]
Хотя существует множество способов классификации аминокислот, их часто разделяют на шесть основных классов на основе их структуры и общих химических характеристик их боковых цепей (R-групп).
Физико-химические расстояния направлены на количественную оценку внутриклассовых и межклассовых различий между аминокислотами на основе их измеримых свойств, и в литературе было предложено множество таких мер. [4] Из-за своей простоты двумя наиболее часто используемыми показателями являются меры Grantham (1974) [5] и Miyata et al (1979). [6] Таким образом, консервативная замена представляет собой обмен между двумя аминокислотами, разделенными небольшим физико-химическим расстоянием. И наоборот, радикальная замена — это обмен между двумя аминокислотами, разделенными большим физико-химическим расстоянием. [4]
Влияние на функцию
Консервативные замены в белках часто оказывают лучший эффект на функцию, чем неконсервативные замены. Снижение влияния консервативных замен на функцию можно увидеть и в встречаемости различных замен в природе. Неконсервативные замены между белками с гораздо большей вероятностью будут удалены естественным отбором из-за их пагубных последствий.
^ Аб Чжан, Цзяньчжи (1 января 2000 г.). «Степень консервативных и радикальных несинонимичных нуклеотидных замен в ядерных генах млекопитающих». Журнал молекулярной эволюции . 50 (1): 56–68. Бибкод : 2000JMolE..50...56Z. CiteSeerX 10.1.1.584.896 . дои : 10.1007/s002399910007. ISSN 0022-2844. PMID 10654260. S2CID 15248867.
^ Даган, Таль; Талмор, Яэль; Граур, Дэн (1 июля 2002 г.). «Соотношение радикальных и консервативных замен аминокислот зависит от мутационных и композиционных факторов и не может указывать на положительный дарвиновский отбор». Молекулярная биология и эволюция . 19 (7): 1022–1025. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161. ISSN 0737-4038. ПМИД 12082122.
^ "Часто задаваемые вопросы по кластерам #Symbols" . Кластал . Архивировано из оригинала 24 октября 2016 года . Проверено 8 декабря 2014 г.
^ Аб Граур, Дэн (3 августа 2015 г.). «Радикальные и консервативные замены аминокислот». Судья Старлинг . Проверено 11 марта 2018 г.
