Правительство Конфедерации Миссури было продолжением в изгнании правительства проконфедеративного губернатора Клейборна Ф. Джексона . Оно просуществовало до тех пор, пока генерал Э. Кирби Смит не сдал все войска Конфедерации к западу от реки Миссисипи в Новом Орлеане 26 мая 1865 года.
Когда началась Гражданская война , многие ведущие граждане надеялись, что штат сможет сохранить нейтралитет в разрастающемся конфликте. Эти надежды были воплощены в так называемом перемирии Прайса-Харни от 21 мая 1861 года. Однако реализация перемирия стала жертвой разрастающегося конфликта. На встрече, состоявшейся в Доме плантаторов в Сент-Луисе 11 июня 1861 года, стало ясно, что ведущим миссурийцам придется выбрать сторону. Осенью 1861 года губернатор Клэйборн Джексон и другие ведущие сепаратисты Миссури встретились в Неошо, штат Миссури . Действуя в качестве Генеральной ассамблеи Миссури , этот орган принял указ о сецессии 28 октября 1861 года; однако юридический статус этого указа не был принят сторонниками Союза Миссури ни тогда, ни позже.
Правительство отделения подало заявку и 28 ноября 1861 года получило разрешение на вступление в Конфедерацию в качестве предполагаемого 12-го штата. Однако в результате военных операций, в частности битвы при Пи-Ридже в марте 1862 года, конфедеративное правительство Миссури не смогло установить контроль над большей частью штата; его юрисдикция распространялась только на те расстояния, на которые могла дотянуться военная сила Конфедерации. Губернатор Джексон и его правительство были вынуждены отправиться в изгнание. Изгнанное правительство развернуло операции в Маршалле, штат Техас , как часть Транс-Миссисипского блока южных гражданских правительств.
Хотя сторонники Конфедерации в Миссури не смогли добиться своего отделения, южное правительство в изгнании направило законодателей в Конгресс Конфедеративных Штатов , и Миссури был представлен двенадцатой звездой на флаге Конфедерации . [1]