stringtranslate.com

Малая РНК

Малые РНК ( мРНК ) — это полимерные молекулы РНК длиной менее 200 нуклеотидов , которые обычно не являются кодирующими . [1] Подавление РНК часто является функцией этих молекул, наиболее распространенным и хорошо изученным примером является РНК-интерференция (РНКi), при которой эндогенно экспрессируемая микроРНК (миРНК) или экзогенно полученная малая интерферирующая РНК (siRNA) вызывает деградацию комплементарной информационной РНК . Были идентифицированы другие классы малых РНК, включая piwi-взаимодействующую РНК (piRNA) и ее подвид повторяющейся ассоциированной малой интерферирующей РНК (rasiRNA). [2] Малая РНК «не способна индуцировать РНКi в одиночку, и для выполнения этой задачи она должна сформировать ядро ​​комплекса РНК-белок, называемого комплексом индуцированного РНК-сайленсинга (RISC), в частности, с белком Argonaute». [3] : 366 

Малые РНК были обнаружены или секвенированы с использованием ряда методов, включая непосредственное секвенирование микроРНК на нескольких платформах секвенирования, [4] [5] [6] или косвенно через секвенирование и анализ генома. [7] Идентификация miRNA была оценена при обнаружении заболеваний человека, таких как рак молочной железы. [5] Экспрессия miRNA в мононуклеарных клетках периферической крови (PBMC) изучалась как потенциальный биомаркер различных неврологических расстройств, таких как болезнь Паркинсона , [8] Рассеянный склероз . [9] Оценка малых РНК полезна для определенных видов исследований, поскольку ее молекулы «не нужно фрагментировать перед подготовкой библиотеки». [3] : 162 

Типы малых РНК включают в себя:

В растениях

Первая известная функция в растениях была обнаружена у мутантов Arabidopsis . В частности, с мутациями снижения функции для РНК-зависимой РНК-полимеразы и DICER-подобного производства. Это нарушение фактически повысило устойчивость Arabidopsis к Heterodera schachtii и Meloidogyne javanica . Аналогично, мутанты с пониженной функцией Argonaute - ago1-25 , ago1-27 , ago2-1 и комбинированные мутанты с ago1-27 и ago2-1 - имели большую устойчивость к Meloidogyne incognita . В целом это демонстрирует большую зависимость паразитизма нематод от собственных малых РНК растений. [14]

Ссылки

  1. ^ Storz G (май 2002). «Расширяющаяся вселенная некодирующих РНК». Science . 296 (5571): 1260–3. Bibcode :2002Sci...296.1260S. doi :10.1126/science.1072249. PMID  12016301. S2CID  35295924.
  2. ^ Gunawardane LS, Saito K, Nishida KM, Miyoshi K, Kawamura Y, Nagami T и др. (март 2007 г.). «Механизм, опосредованный слайсером, для формирования 5'-конца siRNA, ассоциированного с повторами, у дрозофилы». Science . 315 (5818): 1587–90. doi : 10.1126/science.1140494 . PMID  17322028. S2CID  11513777.
  3. ^ ab Meyers RA (2012). Эпигенетическая регуляция и эпигеномика. Wiley-Blackwell. ISBN 978-3-527-66861-8.
  4. ^ Lu C, Tej SS, Luo S, Haudenschild CD, Meyers BC, Green PJ (сентябрь 2005 г.). «Выяснение компонента малой РНК транскриптома». Science . 309 (5740): 1567–9. Bibcode :2005Sci...309.1567L. doi :10.1126/science.1114112. PMID  16141074. S2CID  1651848.
  5. ^ ab Wu Q, Lu Z, Li H, Lu J, Guo L, Ge Q (2011). «Секвенирование микроРНК нового поколения для обнаружения рака груди». Журнал биомедицины и биотехнологии . 2011 : 597145. doi : 10.1155/2011/597145 . PMC 3118289. PMID  21716661 . 
  6. ^ Ruby JG, Jan C, Player C, Axtell MJ, Lee W, Nusbaum C и др. (декабрь 2006 г.). «Крупномасштабное секвенирование выявляет 21U-РНК и дополнительные микроРНК и эндогенные siRNA в C. elegans». Cell . 127 (6): 1193–207. doi : 10.1016/j.cell.2006.10.040 . PMID  17174894. S2CID  16838469.
  7. ^ Witten D, Tibshirani R, Gu SG, Fire A, Lui WO (май 2010 г.). «Обнаружение малых РНК на основе сверхвысокопроизводительного секвенирования и дискретный статистический анализ биомаркеров в коллекции опухолей шейки матки и соответствующих контролей». BMC Biology . 8 (1): 58. doi : 10.1186/1741-7007-8-58 . PMC 2880020 . PMID  20459774. 
  8. ^ Gui Y, Liu H, Zhang L, Lv W, Hu X (ноябрь 2015 г.). «Измененные профили микроРНК в экзосомах спинномозговой жидкости при болезни Паркинсона и болезни Альцгеймера». Oncotarget . 6 (35): 37043–53. doi :10.18632/oncotarget.6158. PMC 4741914 . PMID  26497684. 
  9. ^ Келлер А., Лейдингер П., Ланге Дж., Боррис А., Шрерс Х., Шеффлер М. и др. (октябрь 2009 г.). «Рассеянный склероз: профили экспрессии микроРНК точно дифференцируют пациентов с рецидивирующе-ремиттирующим заболеванием от здоровых лиц». PLOS ONE . ​​4 (10): e7440. Bibcode :2009PLoSO...4.7440K. doi : 10.1371/journal.pone.0007440 . PMC 2757919 . PMID  19823682. 
  10. ^ Грин, Д.; Далмей, Т.; Чапман, Т. (февраль 2016 г.). «Микроохранники и микромессенджеры генома». Наследственность . 116 (2): 125–134. doi : 10.1038/hdy.2015.84 . PMC 4806885. PMID  26419338 . 
  11. ^ Wei H, Zhou B, Zhang F, Tu Y, Hu Y, Zhang B, Zhai Q (2013). «Профилирование и идентификация малых РНК, полученных из рДНК, и их потенциальных биологических функций». PLOS ONE . ​​8 (2): e56842. Bibcode :2013PLoSO...856842W. doi : 10.1371/journal.pone.0056842 . PMC 3572043 . PMID  23418607. 
  12. ^ Грин, Даррелл; Фрейзер, Уильям Д.; Далмей, Тамас (июнь 2016 г.). «Трансферные РНК-производные малые РНК в раковом транскриптоме». Архив Пфлюгера: Европейский журнал физиологии . 468 (6): 1041–1047. doi : 10.1007/s00424-016-1822-9 . PMC 4893054. PMID  27095039 . 
  13. ^ Биллмейер, Мартина; Грин, Даррелл; Холл, Адам Э.; Тернбулл, Карли; Сингх, Арчана; Сюй, Пин; Моксон, Саймон; Далмей, Тамас (31 декабря 2022 г.). «Механистические идеи в некодирующей обработке Y РНК». RNA Biology . 19 (1): 468–480. doi : 10.1080/15476286.2022.2057725 . PMC 8973356 . PMID  35354369. 
  14. ^ Hewezi T (25.08.2020). «Эпигенетические механизмы взаимодействия нематод и растений». Annual Review of Phytopathology . 58 (1). Annual Reviews : 119–138. doi : 10.1146/annurev-phyto-010820-012805. ISSN  0066-4286. PMID  32413274. S2CID  218658491.


  • в
  • т
  • е