Мотив РНК-шпильки raiA представляет собой консервативную структуру РНК , которая была обнаружена биоинформатикой . [1] РНК с мотивом raiA -шпильки обнаружены в организмах, относящихся к роду Streptomyces .
Этот мотив последовательно расположен выше генов raiA , которые кодируют связывающий рибосому белок , который участвует в процессе реакции на бактериальный стресс . Эта ассоциация разделяется с мотивом raiA RNA . Однако, в то время как мотив rai RNA демонстрирует высококонсервативную и сложную вторичную структуру , вторичная структура raiA -шпильки состоит из простой шпильки.
Расположение raiA -шпилечных РНК предполагает, что они функционируют как цис-регуляторные элементы . Однако тот факт, что мотив raiA также расположен в таких позициях, и то, что неясно, функционирует ли мотив raiA РНК в цис, ставит под сомнение, функционирует ли мотив raiA -шпилечной РНК как цис- регулятор.
Также существует возможность, основанная на вычислительных предсказаниях, что raiA -шпильковые РНК функционируют как Rho-независимые шпильки терминации транскрипции . Такие шпильки имеют менее специфические свойства в Actinomycetota , таких как Streptomyces . Однако только некоторые rai -шпильковые РНК предсказаны как шпильки терминации транскрипции.