Набор тегов журнальных статей

Набор тегов журнальных статей ( JATS ) — это формат XML , используемый для описания научной литературы, опубликованной в Интернете. Это технический стандарт , разработанный Национальной организацией по информационным стандартам (NISO) и одобренный Американским национальным институтом стандартов под кодом Z39.96-2012 .

Проект NISO был продолжением работы, проделанной NLM/NCBI , и популяризировался PubMed Central NLM как фактический стандарт для архивирования и обмена научными журналами открытого доступа и их содержимым с помощью XML .

Благодаря стандартизации NISO инициатива NLM получила более широкий охват, и несколько других репозиториев, таких как SciELO и Redalyc , приняли форматирование XML для научных статей .

JATS предоставляет набор элементов и атрибутов XML для описания текстового и графического содержания журнальных статей, а также некоторых материалов, не связанных со статьями, таких как письма, редакционные статьи, обзоры книг и продуктов. ^[1] JATS позволяет описывать полное содержание статьи или только метаданные заголовка статьи; и позволяет размещать другие виды контента, включая исследовательские и неисследовательские статьи, письма, редакционные статьи, а также обзоры книг и продуктов.

История

С момента своего появления пакет NLM Archiving and Interchange DTD от NCBI стал фактическим стандартом разметки журнальных статей в научных публикациях . ^[2] С появлением NISO JATS он стал настоящим стандартом . ^[3] Даже без обмена общедоступными данными преимущества внедрения NISO JATS дают издателям с точки зрения оптимизации производственных рабочих процессов и оптимизации взаимодействия систем. ^{[4] [5]}

График

НЛМ ДЖАТС

НЛМ JATS, версия 1

• 31 марта 2003 г .: представлена ​​версия NLM DTD v1.0. ( 31 марта 2003 г. ) ^[6]
• 5 ноября 2003 г .: выпущено обновление версии 1.1. ( 05.11.2003 ) ^[6]

НЛМ JATS, версия 2

• 30 декабря 2004 г .: выпущено основное обновление версии 2.0. Он предназначен для поддержки лучших практик настройки. ( 30 декабря 2004 г. ) ^[6]
• 14 ноября 2005 г .: выпущено обновление версии 2.1 с добавлением DTD для создания статей . ( 14 ноября 2005 г. ) ^{[6] [7]}
• 8 июня 2006 г .: выпущено обновление версии 2.2. ( 08.06.2006 ) ^[6]
• 28 марта 2007 г .: выпущено обновление версии 2.3. ( 28 марта 2007 г. ) ^[6]

НЛМ JATS, версия 3

• 21 ноября 2008 г .: выпущено основное обновление версии 3.0. ( 21 ноября 2008 г. ) ^{[6] [7]}

НИСО ДЖАТС

НИСО ДЖАТС, версия 1.0

• 30 марта 2011 г.  – 30 сентября 2011 г .: выпущен первый черновой вариант NISO Z39.96.201x версии 0.4; шестимесячный период комментариев. ( 30 марта 2011 г. ) ( 30 сентября 2011 г. ) ^[8]
• 15 июля 2012 г .: NISO JATS, версия 1.0 получила одобрение NISO. ( 15 июля 2012 г. ) ^[9]
• 9 августа 2012 г .: NISO JATS, версия 1.0 получила одобрение ANSI. ( 09.08.2012 ) ^[9]
• 22 августа 2012 г .: опубликован ANSI/NISO Z39.96-2012, JATS: набор тегов журнальных статей (версия 1.0). Он поддерживает полную обратную совместимость с NLM JATS v3.0. ( 22 августа 2012 г. ) ^{[6] [9]}

НИСО ДЖАТС, версия 1.1

• 9 декабря 2013 г .: выпущен первый черновой вариант NISO JATS, v1.1d1. ( 09.12.2013 ) ^[10]
• 29 декабря 2014 г .: выпущен второй проект NISO JATS, v1.1d2. ( 29 декабря 2014 г. ) ^[11]
• 14 апреля 2015 г .: выпущен третий черновой вариант NISO JATS, v1.1d. ( 14 апреля 2015 г. ) ^[12]
• 22 октября 2015 г .: NISO JATS версии 1.1 получил одобрение NISO. ( 22 октября 2015 г. ) ^[13]
• 19 ноября 2015 г .: NISO JATS, версия 1.1 получила одобрение ANSI ( 19.11.2015 ) ^[13].
• 6 января 2016 г .: ANSI/NISO Z39.96-2015, JATS: пакет тегов журнальных статей, опубликована версия 1.1. ( 06.01.2016 ) ^[13]

НИСО ДЖАТС, версия 1.2

• 20 июля 2017 г .: выпущен первый черновой вариант NISO JATS, v1.2d1. ( 20 июля 2017 г. ) ^[14]
• 23 мая 2018 г .: выпущен первый черновой вариант NISO JATS, v1.2d2. ( 2018-05-23 ) ^[15]
• 8 февраля 2019 г .: ANSI/NISO Z39.96-2019, JATS: пакет тегов журнальных статей, опубликована версия 1.2. ( 08.02.2019 ) ^[16]

НИСО ДЖАТС, версия 1.3

• 7 июля 2021 г .: ANSI/NISO Z39.96-2021, JATS: пакет тегов журнальных статей, опубликована версия 1.3. ( 07.07.2021 ) ^[17]

Технический объем

По замыслу это модель журнальных статей, например типичная исследовательская статья в журнале STM , а не модель полных журналов. ^[18]

Наборы тегов

3 спецификации. Из-за того, что документация имеет цветовую маркировку, в просторечии их называют по цвету.

Существует три набора тегов:

Архивирование и обмен журналами ( зеленый )

«Самый либеральный из наборов тегов» ^[19] в первую очередь предназначен для сбора и архивирования существующих журнальных данных.

Издательство журнала ( синий )

«Умеренно предписывающий набор тегов» ^[19] , предназначенный для общего использования при производстве и публикации журналов.

Формально эта модель является подмножеством модели Архивирования . Это наиболее часто используемый вариант JATS.

Авторская статья ( Оранжевый )

«Самый предписывающий [самый сжатый и самый маленький] из наборов тегов» ^[19] предназначен для относительно легкого создания журнальных статей, действительных для JATS.

Формально эта модель является подмножеством модели публикации .

Определения типов документов (также выпущенные в форме RELAX NG и XML-схемы ) определяют каждый набор и включают другие стандарты, такие как таблицы MathML и XHTML (хотя и не в пространстве имен XHTML ).

Структура документа

Набор JATS Publishing определяет документ, который является компонентом верхнего уровня журнала, например, статья, обзор книги или продукта или письмо редактору. Каждый такой документ состоит из вводной части (обязательной) и до трех дополнительных частей. ^[18] Они должны располагаться в следующем порядке:

Передняя часть

В начале статьи содержатся метаданные статьи (также называемые информацией заголовка статьи), например, название статьи, журнал, в котором она опубликована, дата и выпуск публикации этого выпуска этого журнала, заявление об авторских правах и т. д. Могут быть собраны метаданные как на уровне статьи, так и на уровне выпуска (в элементе <article-meta>), а также метаданные на уровне журнала (в элементе ).<journal-meta>

Тело (статьи)

Тело статьи – это основное текстовое и графическое содержание статьи. Обычно он состоит из абзацев и разделов, которые сами могут содержать рисунки, таблицы, боковые панели (текст в рамке) и т. д. Тело статьи не является обязательным для размещения тех репозиториев, которые хранят только информацию заголовка статьи и не помечают текстовое содержимое.

Обратная связь

Если присутствует, содержание статьи содержит информацию, которая является вспомогательной по отношению к основному тексту, например, глоссарий, приложение или список цитируемых ссылок.

Плавающий материал

Издатель может поместить все плавающие объекты в статье и ее основную часть (например, таблицы, рисунки, боковые текстовые панели и т. д.) в отдельный элемент-контейнер вне потока повествования для удобства обработки. ^[18]

После переднего, основного, заднего и плавающего материала могут быть либо один или несколько ответов на статью, либо одна или несколько второстепенных статей. ^[18]

Пример

Это минимальная структура статьи,

<?xml version="1.0"coding="UTF-8"?> <!DOCTYPE статья  PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN"  "JATS- Journalpublishing1.dtd" > <article dtd-version= "1.0" article-type= "article" specific-use= "migrated" xmlns:mml= "http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns :xlink= "http://www.w3.org/1999/xlink" > <front> ... </front> <body> ... </body> <back> ... </back> < /статья>         

Заголовок DOCTYPEявляется необязательным и является наследием валидаторов, ориентированных на SGML и DTD . Атрибут можно использовать даже без заголовка DTD.dtd-version

Корневой элемент articleявляется общим для любой версии JATS или «семейства JATS», как и NLM DTD. Правила проверки frontтегов bodyи backтегов зависят от версии JATS, но все версии имеют схожую структуру и обеспечивают хорошую совместимость в разные годы. Эволюция схемы сохраняет общую стабильность.

Менее распространенные варианты «только front», «только» frontи back«также используются для других целей, помимо представления полного содержания. Общий состав статьи (как выражение DTD-контента ) таков:

 (спереди, тело?, сзади?, float-group?, (подстатья* | ответ*))

Инструменты

Существует множество инструментов для создания, редактирования, конвертации и преобразования JATS. Они варьируются от простых форм ^[20] до полной автоматизации преобразования:

Преобразование в JATS

Возьмите в качестве входных данных научный документ и при некоторой поддержке человека создайте результат JATS.

• Документы OpenOffice ( LibreOffice ) и MS Word в JATS:
  • Typeset: предоставляет автоматизированный набор конвертеров MS-Word в JATS XML.
  • OxGarage : ^[21] может конвертировать документы из различных форматов в «Национальную медицинскую библиотеку (NLM) DTD 3.0».
  • meTypeset : meTypeset ^[22] «является ответвлением стека OxGarage» «для преобразования формата .docx Microsoft Word в NLM/JATS-XML».
  • eXtyles : ^[23] автоматизирует трудоемкие аспекты редактирования документов в Microsoft Word и экспортирует их в JATS XML (а также во многие другие DTD).
• Markdown в JATS: Pandoc 2.0 может конвертировать ряд входных форматов в JATS. ^[24]
• PDF в JATS: решить эту проблему очень сложно. Успех зависит от того, насколько хорошо структурированы ваши PDF-файлы, а при пакетном преобразовании — от того, насколько последовательно они структурированы.
  • Шабаш Меропс ^[25]
  • Конвертер PDF в JATS XML от Typeset
  • Проект Public Knowledge Project ^[26] разрабатывает конвейер для преобразования PDF в JATS. Он будет включать использование pdfx . ^[27]
  • CERMINE Content ExtRactor и MINer ^[28]

Конвертация из JATS

Возьмите JATS в качестве входных данных и создайте документ другого типа в качестве выходных данных.

• из JATS в HTML
  • Таблицы стилей предварительного просмотра JATS (каноническое преобразование XSLT ), см. классический (2013) конвертор. ^[29]
  • eLife Lens ^[30] преобразует XML NLM в JSON для отображения с использованием HTML и Javascript.
• из JATS в PDF: некоторые таблицы стилей предварительного просмотра JATS, преобразование XSLT + XSL-FO.
• из JATS в EPUB. ^[31]
• Общий (из JATS DTD): DtdAnalyzer ^[32] — сравнивает JATS с другими DTD и помогает создавать XML-представление, генерировать XSLT и Schematron, а также другие инструменты.

Редакторы

• Typeset предоставляет редактор WYSIWYM для научных статей. Поддерживает экспорт XML в стандарты NISO JATS и NLM JATS. Он в основном используется журналами и издателями, желающими преобразовать отправленные автором файлы MS-Word в XML, PDF, HTML и ePuB. ^[33]
• JATS Framework для oXygen XML Editor: пользователи oXygen XML Editor и oXygen XML Author теперь могут установить поддержку текущих версий NISO JATS (и в качестве бонуса NLM BITS). На основании идентификатора, указанного в объявлении DOCTYPE, oXygen определит, что вы редактируете документ JATS, и предоставит таблицы стилей и утилиты. ^[34]
• FontoXML для JATS: редактор WYSIWYS для редактирования и просмотра содержимого JATS: ^[35]
• PubRef «Pipeline»: JATS-редактор с предварительным просмотром в реальном времени в браузере: ^[36]
• Annotum : ^[37] тема WordPress, которая включает WYSIWYG-авторство в JATS (подмножество Kipling), рецензирование и редакционное управление, а также публикацию. ^[38]
• Версия JATS для веб-редактора XML Xeditor .
• Редактор текстур ^[39] Консорциума субстанций. ^[40] Первый онлайн-редактор, «рожденный для JATS». ^[41]
• Libero Editor, разработанный eLife, описывает себя как «Удобный интерфейс редактирования, предназначенный для публикации сотрудников и авторов для создания высококачественных JATS XML».

Предварительный просмотр

Инструменты, которые отображают JATS как HTML, обычно «на лету».

• Таблицы стилей предварительного просмотра JATS: ^[42] Таблицы стилей предварительного просмотра JATS представляют собой серию файлов .xsl, .xpl, .css и .sch, которые создают версии .html или .pdf действительных файлов NISO Z39.96-2012 JATS 1.0. Он в первую очередь предназначен для внутреннего использования издателями и является основой для настройки. ^[43]
• Typeset — позволяет генерировать HTML из JATS XML одним щелчком мыши. Кроме того, предлагается возможность генерировать собственный HTML-код в соответствии с требованиями журнала. ^[44]
• PubReader : «Представление PubReader — это альтернативная веб-презентация… Разработанный специально для повышения удобства чтения на планшетах и ​​других устройствах с небольшими экранами, PubReader также можно использовать на настольных компьютерах и ноутбуках, а также в нескольких веб-браузерах». ^[45]

Кастомизация

• Jatsdoc — создает документацию для любой конкретной настройки JATS. Jatsdoc интегрирован с DtdAnalyzer от NCBI . ^{[46] [47]}

Центральные репозитории JATS

Поскольку NISO JATS стал стандартом де-факто и де-юре для журналов открытого доступа , научное сообщество приняло репозитории JATS в качестве своего рода обязательного экземпляра , который иногда считается более ценным, чем традиционные цифровые библиотеки , где хранится только PDF-версия. Открытым знаниям нужны более богатые и структурированные форматы, такие как JATS: PDF и JATS должны быть сертифицированы как «один и тот же контент», а набор «PDF+JATS» образует единицу обязательного экземпляра. Список репозиториев JATS и их содержание:

• PubMed Central : (пожалуйста, проверьте эти цифры)
  • US PubMed Central: в 2016 г. ~3,8 млн статей ^[48]
  • Europe PubMed Central : в 2016 г. ~3,7 млн ​​статей ^[49]
• SciELO : в 2016 г. ~0,6 млн статей ^[50]

Эти репозитории перекрываются, и одна и та же статья может храниться в нескольких репозиториях.

Альтернативы и семантика

В 2012 году были предприняты некоторые попытки и эксперименты с использованием преобразования RDF ^[51] , которые не оказали никакого влияния на сообщество JATS.

Позже, примерно в 2016 году, для контекста семантической сети по инициативе SchemaOrg был определен класс ScholarlyArticle, получивший лучший прием. Это первоначальная «JATS-подобная стандартизация» для контекстов использования RDF.

Смотрите также

Относится к

• IMRAD (Введение, методы, результаты и обсуждение)
• НИСО
• Открытые научные данные
• Научная литература
• Семантическая публикация
• Разделение презентации и контента 
• XML

Используется (сохранение в цифровом формате)

• ПабМед Централ
• SciELO

Используется (публикация)

• Эльзевир
• НПГ
• Системы открытого журнала
• ПЛОС

Похожий на

• Документ
• Инициатива по кодированию текста
• SchemaOrg ( Научная статья )
• XHTML

Рекомендации

1. ANSI/NISO Z39.96-2012 ISSN  1041-5653. См. z39.96-2012.pdf по адресу www.niso.org/standards/z39-96-2012.
2. Бек, Дж (2011). «NISO Z39.96 Набор тегов журнальных статей (JATS): что случилось с DTD NLM?» Журнал электронного издательства . 14 (1). дои : 10.3998/3336451.0014.106. ПМК 3227009 . ПМИД  22140303. 
3. Циммерман, Сара (2012). «Новый стандарт NISO Journal Article Tag Suite». Zeeba.tv .
4. Донохью, Пол; Шерман, Дженни; Мистри, Эшвин (2015). «Долгая дорога к JATS». Журнальные статьи Tag Suite Conference (JATS-Con), Материалы 2015 . JATS-Con 2015. Бетесда, Мэриленд: Национальный центр биотехнологической информации.
5. Усдин, Томми; Лапейр, Дебора Алейн; Гласс, Картер М. (2015). «Наложение бизнес-правил на JATS». Журнальные статьи Tag Suite Conference (JATS-Con), Материалы 2015 . JATS-Con 2015. Бетесда, Мэриленд: Национальный центр биотехнологической информации.
6. «Набор тегов архивирования и обмена журналами NLM» . Национальный центр биотехнологической информации. 13 сентября 2012 г. Архивировано из оригинала 27 августа 2016 г.
7. «JATS и NLM DTD». Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации. 8 января 2016 г. Архивировано из оригинала 7 марта 2016 г.
8. «NISO JATS v0.4: проект стандарта для пробного использования» . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации.
9. «ANSI/NISO Z39.96-2012 JATS: Набор тегов журнальных статей» . Национальная организация по информационным стандартам . 26 июля 2013 г.
10. "JATS v1.1d1 (ПРОЕКТ)" . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации. 14 апреля 2015 г.
11. "JATS v1.1d2 (ЧЕРНОВИК)" . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации. 14 апреля 2015 г.
12. "JATS v1.1d3 (ЧЕРНОВИК)" . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации. 14 апреля 2015 г.
13. «ANSI/NISO Z39.96-2015 JATS: Набор тегов журнальных статей» . Национальная организация по информационным стандартам . 8 января 2016 г. Архивировано из оригинала 29 августа 2016 г. . Проверено 29 августа 2016 г.
14. "JATS v1.2d1" . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации.
15. "JATS v1.2d2" . Набор тегов журнальных статей . Национальный центр биотехнологической информации.
16. «ANSI/NISO Z39.96-2019, JATS: Набор тегов журнальных статей, версия 1.2» . Национальная организация по информационным стандартам . 8 февраля 2019 г.
17. «ANSI/NISO Z39.96-2021, JATS: Набор тегов журнальных статей, версия 1.3» . Национальная организация по информационным стандартам . 7 июля 2021 г.
18. «Общее введение». Библиотека тегов публикации журнала NISO JATS, версия 1.0 . Национальный центр биотехнологической информации. Август 2012.
19. "JATS: Набор тегов журнальных статей" . Национальный центр биотехнологической информации.
20. Форма ввода метаданных JATS, semanticpublishing.wordpress.com, 2012 г.
21. http://www.oucs.ox.ac.uk/oxgarage/ (документация)
22. "MartinPaulEve/meTypeset". Гитхаб . 20 июня 2019 г.
23. ​ Инера . Проверено 13 декабря 2022 г.
24. «Pandoc - Руководство пользователя Pandoc» .
25. «Merops: Мощный искусственный интеллект для издателей и редакторов».
26. «Проект общественных знаний» . Проверено 13 декабря 2022 г.
27. Константин, С.Петтифер (2013). «PDFX: Полностью автоматизированное преобразование научной литературы из PDF в XML». Материалы симпозиума ACM 2013 по документальной инженерии . стр. 177–180. дои : 10.1145/2494266.2494271 . ISBN 9781450317894.
28. «Содержимое ExtRactor и MINer — Пользовательская консоль» . cermine.ceon.pl . Проверено 13 декабря 2022 г.
29. «Таблицы стилей предварительного просмотра JATS 2013 года» . Гитхаб .
30. "Объектив eLife" . Lens.elifesciences.org . Проверено 13 декабря 2022 г.
31. biglist.com/mulberrytech msg и ncbi.nlm.nih.gov/books описание статьи.
32. "ncbi/DtdAnalyzer". Гитхаб . 19 апреля 2019 г.
33. «Схема архивирования журнала и библиотеки тегов» . Набор текста .
34. "wendell piez. oXygen JATS framework" . Гитхаб . 24 июня 2019 г.
35. FontoXML для JATS ^{[ неработающая ссылка ]}
36. ПабСсылка
37. "Аннотум". Аннотум . Проверено 13 декабря 2022 г.
38. Карл Лейбсдорф -младший (2011). Annotum: Платформа для создания и публикации с открытым исходным кодом на базе WordPress. Журнальные статьи Tag Suite Conference (JATS-Con), Материалы 2011 г. - Книжная полка NCBI.
39. «GitHub — вещество/текстура: визуальный редактор для исследований» . Гитхаб . 25 июня 2019 г.
40. "Консорциум веществ".
41. «Текстура - редактор рукописей открытой науки» . 24 июля 2017 г.
42. "ncbi/JATSPreviewStylesheets" . Гитхаб . 11 февраля 2019 г.
43. Венделл Пьес (2010). Адаптация таблиц стилей предварительного просмотра журнала Publishing 3.0 к вашим потребностям: возможности и настройки. Журнальные статьи Tag Suite Conference (JATS-Con), Материалы 2010 г. - Книжная полка NCBI.
44. «Набор для журналов и издателей». Набор текста для издателей . 4 января 2020 г.
45. Исходный код NCBI/PubReader github.com/ncbi/PubReader
46. Мэлони, Крис (8 сентября 2017 г.). «Обозреватель документации Jatsdoc». Гитхаб .
47. «DtdAnalyzer: инструмент для анализа и управления DTD». Набор тегов для архивирования и обмена журналами . Национальный центр биотехнологической информации.
48. Дом ЧВК, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
49. PMC Europe, страница «О компании», http://europepmc.org/About
50. Домашняя страница SciELO, http://www.scielo.org/php/index.php?lang=en.
51. От разметки к связанным данным: сопоставление NISO JATS v1.0 с RDF с использованием онтологий SPAR (семантическая публикация и ссылки). Национальный центр биотехнологической информации (США). 2012.

дальнейшее чтение

• Пакер, Абель Л.; Сальгадо, Элиана; Араужо, Джавани; Акино, Летисия; Алмейда, Рената; Сантос, Джеснер; Лусена, Суэли; Соарес, Кэролайн М. (4 апреля 2014 г.). «Почему XML?». SciELO в перспективе .
• Шарп, Молли (4 июня 2013 г.). «Структурированные документы для науки: JATS XML как канонический формат контента». ПЛОС Тех .

Внешние ссылки

• NLM Journal Article Tag Suite - сайт информации и документации NCBI.
• NISO JATS версии 1.1 (текущий стандарт):
  • Библиотека тегов архивирования и обмена
  • Публикация библиотеки тегов
  • Библиотека тегов для создания статей
• Стили и настройка:
  • Схема публикации SciELO (SPS) — настройка SciELO.
  • Рекомендации по разметке XML-тегов в предпочтительном стиле PubMed Central
  • Набор тегов стандартов ISO (ISOSTS) как настройка NISO JATS
  • NISO Book Interchange Tag Suite (BITS) на основе JATS.
  • TextJATS, минимальное связное подмножество JATS.
• Открытое сообщество JATS:
  • Сообщество «JATS for Reuse» (JATS4R), валидатор
  • Сообщество SchemaOrg, ScholarlyArticle
  • Преобразование PeerJ XML-JATS в HTML5 — научная статья