В структурной биологии протомер — структурная единица олигомерного белка . Это наименьшая единица, состоящая хотя бы из одной белковой цепи. Протомеры связываются с образованием более крупного олигомера из двух или более копий этой единицы. Протомеры обычно располагаются в циклической симметрии , образуя симметрии замкнутых точечных групп .
Термин был введен Четвериным [1] для однозначности номенклатуры фермента Na/K-АТФазы . Этот фермент состоит из двух субъединиц: большой каталитической α-субъединицы и меньшей β-субъединицы гликопротеина (плюс протеолипид , называемый γ-субъединицей). В то время было неясно, сколько из каждого из них работают вместе. Кроме того, когда люди говорили о димере , было неясно, имели ли они в виду αβ или (αβ) 2 . Четверин предложил называть αβ протомером, а (αβ) 2 – дипротомером. Так, в работе Четверина термин «протомер» применялся только к гетероолигомеру и в дальнейшем использовался преимущественно в контексте гетероолигомеров. При таком использовании протомер состоит как минимум из двух разных белковых цепей. В современной литературе по структурной биологии этот термин обычно также применяется к наименьшей единице гомоолигомеров , избегая термина « мономер ».
В химии так называемый протомер — это молекула, которая проявляет таутомерию из-за положения протона. [2] [3]
Гемоглобин представляет собой гетеротетрамер , состоящий из четырех субъединиц (двух α и двух β). Однако структурно и функционально гемоглобин лучше описывать как (αβ) 2 , поэтому мы называем его димером двух αβ-протомеров, то есть дипротомером. [4]
Аспартаткарбамоилтрансфераза имеет состав субъединиц α6β6 . Шесть αβ-протомеров расположены в симметрии D3 .
Вирусные капсиды обычно состоят из протомеров.
Протеаза ВИЧ-1 образует гомодимер , состоящий из двух протомеров.
Примеры в химии включают тирозин и 4-аминобензойную кислоту . Первый может быть депротонирован с образованием карбоксилат- и феноксид-анионов [5] , а второй может быть протонирован по амино- или карбоксильным группам. [6]
