stringtranslate.com

Системная биология

Иллюстрация системного подхода к биологии.

Системная биология — это вычислительный и математический анализ и моделирование сложных биологических систем . Это междисциплинарная область исследований, основанная на биологии , которая фокусируется на сложных взаимодействиях внутри биологических систем с использованием целостного подхода ( холизма вместо более традиционного редукционизма ) к биологическим исследованиям. [1]

В частности, начиная с 2000 года, эта концепция широко использовалась в биологии в самых разных контекстах. Проект «Геном человека» является примером прикладного системного мышления в биологии, которое привело к новым совместным способам работы над проблемами в области биологической генетики. [2] Одной из целей системной биологии является моделирование и обнаружение эмерджентных свойств , свойств клеток , тканей и организмов , функционирующих как система , теоретическое описание которых возможно только с использованием методов системной биологии. [1] [3] Обычно они включают метаболические сети или сети клеточной сигнализации . [1] [4]

Обзор

Системную биологию можно рассматривать с нескольких различных аспектов.

В качестве области исследования, в частности, изучение взаимодействий между компонентами биологических систем и того, как эти взаимодействия приводят к функционированию и поведению этой системы (например, ферменты и метаболиты в метаболическом пути или сердцебиение). ). [5] [6] [7]

Как парадигму системную биологию обычно определяют в противоположность так называемой редукционистской парадигме ( биологической организации ), хотя она согласуется с научным методом . Различие между двумя парадигмами упоминается в этих цитатах: « Редукционистский подход успешно определил большинство компонентов и многие взаимодействия, но, к сожалению, не предлагает убедительных концепций или методов для понимания того, как возникают свойства системы... плюрализм Причины и следствия в биологических сетях лучше решать путем наблюдения посредством количественных измерений нескольких компонентов одновременно и путем строгой интеграции данных с математическими моделями». (Зауэр и др. ) [8] «Системная биология... занимается объединением, а не разбиранием, интеграцией, а не редукцией. ... Это означает изменение нашей философии в полном смысле этого слова». ( Денис Ноубл ) [7]

В качестве серии операционных протоколов, используемых для проведения исследований, а именно цикла, состоящего из теории, аналитического или компьютерного моделирования для предложения конкретных проверяемых гипотез о биологической системе, экспериментальной проверки, а затем использования недавно полученного количественного описания клеток или клеточных процессов для уточнения. вычислительная модель или теория. [9] Поскольку целью является модель взаимодействий в системе, экспериментальные методы, которые больше всего подходят для системной биологии, являются общесистемными и стараются быть как можно более полными. Поэтому транскриптомика , метаболомика , протеомика и высокопроизводительные методы используются для сбора количественных данных для построения и проверки моделей. [10]

Как приложение теории динамических систем к молекулярной биологии . Действительно, сосредоточенность на динамике изучаемых систем является основным концептуальным отличием системной биологии от биоинформатики . [11]

Как социально-научное явление, определяемое стратегией интеграции сложных данных о взаимодействиях в биологических системах из различных экспериментальных источников с использованием междисциплинарных инструментов и персонала. [12]

История

Хотя концепция системного взгляда на клеточные функции была хорошо понята, по крайней мере, с 1930-х годов, [13] технологические ограничения затрудняли проведение общесистемных измерений. Появление технологии микрочипов в 1990-х годах открыло совершенно новые возможности для изучения клеток на системном уровне. В 2000 году в Сиэтле был основан Институт системной биологии с целью привлечь людей «вычислительного» типа, которых, как считалось, не привлекала академическая среда университета. У института не было четкого определения того, чем на самом деле была эта область: примерное объединение людей из разных областей для использования компьютеров для целостного изучения биологии новыми способами. [14] Кафедра системной биологии в Гарвардской медицинской школе была открыта в 2003 году. [15] В 2006 году было предсказано, что ажиотаж, вызванный «очень модной» новой концепцией, приведет к тому, что все крупные университеты потребуют кафедры системной биологии. таким образом, будет доступна карьера для выпускников с хоть какими-то способностями в компьютерном программировании и биологии. [14] В 2006 году Национальный научный фонд поставил задачу построить математическую модель всей клетки. [ нужна цитата ] В 2012 году первая цельноклеточная модель Mycoplasmaogenicium была создана лабораторией Карра в Медицинской школе Маунт-Синай в Нью-Йорке. Цельноклеточная модель способна предсказать жизнеспособность клеток M. Genitalium в ответ на генетические мутации. [16]

Более ранним предшественником системной биологии, как отдельной дисциплины, возможно, был системный теоретик Михайло Месарович в 1966 году на международном симпозиуме в Технологическом институте Кейса в Кливленде , штат Огайо, под названием « Теория систем и биология» . Месарович предсказал, что, возможно, в будущем появится такая вещь, как «системная биология». [17] [18] Другими ранними предшественниками, которые придерживались мнения, что биологию следует анализировать как систему, а не как простой набор частей, были « Анализ метаболического контроля» , разработанный Хенриком Качером и Джимом Бернсом [19], позже тщательно переработанный, [20] и Рейнхарт Генрих и Том Рапопорт , [21] и Теория биохимических систем, разработанная Майклом Саважо [22] [23] [24]

По словам Роберта Розена в 1960-х годах, к началу 20-го века целостная биология ушла в прошлое, поскольку стала популярной эмпирическая наука, в которой доминировала молекулярная химия. [18] Вторя ему сорок лет спустя, в 2006 году, Клинг пишет, что успех молекулярной биологии на протяжении 20-го века подавил целостные вычислительные методы. [14] К 2011 году Национальные институты здравоохранения предоставили гранты для поддержки более десяти центров системной биологии в Соединенных Штатах, [25] но к 2012 году Хантер пишет, что системной биологии еще предстоит что-то сделать, чтобы полностью раскрыть свой потенциал. Тем не менее, сторонники надеялись, что в будущем это может оказаться более полезным. [26]

Показывает тенденции в исследованиях в области системной биологии, представляя количество статей из 30 наиболее цитируемых статей по системной биологии за это время, которые включают конкретную тему [27].

Важной вехой в развитии системной биологии стал международный проект Physiome . [ нужна цитата ]

Связанные дисциплины

Обзор путей передачи сигнала

Согласно интерпретации системной биологии как использования больших наборов данных с использованием междисциплинарных инструментов, типичным применением является метаболомика , которая представляет собой полный набор всех продуктов метаболизма, метаболитов , в системе на уровне организма, клетки или ткани. [28]

Элементы, которые могут представлять собой компьютерную базу данных, включают: феномику , вариации фенотипа организма по мере его изменения в течение его жизни; геномика , последовательность дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) организма, включая внутриклеточные специфичные вариации. (т.е. изменение длины теломер ); эпигеномика / эпигенетика , организменные и соответствующие клеточно-специфичные транскриптомные регулирующие факторы, не закодированные эмпирически в геномной последовательности. (т.е. метилирование ДНК , ацетилирование и деацетилирование гистонов и т.д.); транскриптомика , измерения экспрессии генов в организмах, тканях или целых клетках с помощью микрочипов ДНК или серийный анализ экспрессии генов ; интерферомика , корректирующие факторы транскрипта на организменном, тканевом или клеточном уровне (т.е. РНК-интерференция ), протеомика , измерения белков и пептидов на организменном, тканевом или клеточном уровне с помощью двумерного гель-электрофореза , масс-спектрометрии или методов многомерной идентификации белков. (современные системы ВЭЖХ в сочетании с масс-спектрометрией ). Поддисциплины включают фосфопротеомику , гликопротеомику и другие методы обнаружения химически модифицированных белков; гликомические , организменные, тканевые или клеточные измерения углеводов ; липидомика , измерение липидов на организменном, тканевом или клеточном уровне . [ нужна цитата ]

Также изучаются молекулярные взаимодействия внутри клетки, это называется интерактомикой . [29] Дисциплиной в этой области исследований являются белок-белковые взаимодействия , хотя интерактомика включает взаимодействия других молекул. [ нужна цитация ] Нейроэлектродинамика , где вычислительная функция компьютера или мозга как динамическая система изучается наряду с ее (био)физическими механизмами; [30] и флюксомика — измерение скорости метаболических реакций в биологической системе (клетке, ткани или организме). [28]

При подходе к проблеме системной биологии существует два основных подхода. Это подходы «сверху вниз» и «снизу вверх». Подход «сверху вниз» учитывает как можно большую часть системы и во многом опирается на экспериментальные результаты. Метод RNA-Seq является примером экспериментального подхода «сверху вниз». И наоборот, подход «снизу вверх» используется для создания подробных моделей с включением экспериментальных данных. Примером подхода «снизу вверх» является использование схемных моделей для описания простой генной сети. [31]

Различные технологии, используемые для отслеживания динамических изменений в мРНК, белках и посттрансляционных модификациях. Механобиология , силы и физические свойства во всех масштабах, их взаимодействие с другими регуляторными механизмами; [32] биосемиотика , анализ системы знаковых отношений организма или других биосистем; Физиомика — систематическое изучение физиомы в биологии.

Системная биология рака является примером подхода системной биологии, который можно отличить по конкретному объекту исследования ( онкогенез и лечение рака ). Он работает с конкретными данными (образцы пациентов, данные высокой пропускной способности с особым вниманием к характеристикам генома рака в образцах опухолей пациентов) и инструментами (иммортализованные линии раковых клеток , мышиные модели онкогенеза, модели ксенотрансплантатов , методы высокопроизводительного секвенирования , миРНК- высокопроизводительные скрининги на основе нокдауна генов , компьютерное моделирование последствий соматических мутаций и нестабильности генома ). [33] Долгосрочной целью системной биологии рака является способность лучше диагностировать рак, классифицировать его и лучше прогнозировать результат предлагаемого лечения, что является основой персонализированной медицины рака и виртуального онкологического пациента в более отдаленной перспективе. Значительные усилия в области вычислительной системной биологии рака были предприняты для создания реалистичных многомасштабных in silico моделей различных опухолей. [34]

Подход системной биологии часто включает в себя разработку механистических моделей, таких как реконструкция динамических систем на основе количественных свойств их элементарных строительных блоков. [35] [36] [37] [38] Например, сотовую сеть можно смоделировать математически, используя методы химической кинетики [39] и теории управления . Из-за большого количества параметров, переменных и ограничений в сотовых сетях часто используются численные и вычислительные методы (например, анализ баланса потоков ). [37] [39]

Биоинформатика и анализ данных

Другие аспекты информатики, информатики и статистики также используются в системной биологии. К ним относятся новые формы вычислительных моделей, такие как использование исчисления процессов для моделирования биологических процессов (известные подходы включают стохастическое π-исчисление , BioAmbients, Beta Binders, BioPEPA и исчисление Брана) и моделирование на основе ограничений ; интеграция информации из литературы с использованием методов извлечения информации и интеллектуального анализа текста ; [40] разработка онлайн-баз данных и хранилищ для обмена данными и моделями, подходов к интеграции баз данных и совместимости программного обеспечения посредством свободной связи программного обеспечения, веб-сайтов и баз данных или коммерческих костюмов; сетевые подходы для анализа многомерных наборов геномных данных. Например, анализ сети взвешенной корреляции часто используется для идентификации кластеров (называемых модулями), моделирования взаимосвязей между кластерами, расчета нечетких показателей членства в кластере (модуле), идентификации внутримодульных узлов и для изучения сохранения кластеров в других наборах данных; методы анализа омических данных, основанные на путях, например, подходы к идентификации и оценке путей с различной активностью их генов, белков или метаболитов. [41] Большая часть анализа наборов геномных данных также включает выявление корреляций. Кроме того, поскольку большая часть информации поступает из разных областей, необходима разработка синтаксически и семантически обоснованных способов представления биологических моделей. [42]

Создание биологических моделей

Простая петля отрицательной обратной связи с тремя белками, смоделированная дифференциальными кинетическими уравнениями действия масс. Каждое взаимодействие белков описывается реакцией Михаэлиса-Ментен. [43]

Исследователи начинают с выбора биологического пути и построения диаграмм всех белковых, генных и/или метаболических путей. После определения всех взаимодействий для описания скорости реакций в системе используются кинетика действующих масс или законы кинетической скорости ферментов . Используя закон сохранения массы, можно построить дифференциальные уравнения биологической системы. Для определения значений параметров, которые будут использоваться в дифференциальных уравнениях, можно провести эксперименты или подбор параметров . [44] Эти значения параметров будут различными кинетическими константами, необходимыми для полного описания модели. Эта модель определяет поведение видов в биологических системах и дает новое представление о конкретной деятельности системы. Иногда невозможно собрать все скорости реакций системы. Неизвестные скорости реакции определяются путем моделирования модели известных параметров и целевого поведения, которая обеспечивает возможные значения параметров. [45] [43]

Использование методов реконструкции и анализа на основе ограничений (COBRA) стало популярным среди системных биологов для моделирования и прогнозирования метаболических фенотипов с использованием моделей масштаба генома. Одним из методов является подход анализа баланса потоков (FBA), с помощью которого можно изучать биохимические сети и анализировать поток метаболитов через определенную метаболическую сеть путем оптимизации интересующей целевой функции (например, максимизации производства биомассы для прогнозирования роста). . [46]

График зависимости концентрации от времени для простой петли отрицательной обратной связи из трех белков. Все параметры установлены на 0 или 1 для начальных условий. Реакции позволяют протекать до тех пор, пока она не достигнет равновесия. Этот график показывает изменение каждого белка с течением времени.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ abc Тавассоли, Иман; Гольдфарб, Джозеф; Айенгар, Рави (04 октября 2018 г.). «Букварь по системной биологии: основные методы и подходы». Очерки по биохимии . 62 (4): 487–500. дои : 10.1042/EBC20180003. ISSN  0071-1365. PMID  30287586. S2CID  52922135.
  2. ^ Зеваил, Ахмед (2008). Физическая биология: от атомов к медицине . Издательство Имперского колледжа. п. 339.
  3. ^ Лонго, Джузеппе; Монтевиль, Маэль (2014). Перспективы организмов - Спрингер . Конспект лекций по морфогенезу. дои : 10.1007/978-3-642-35938-5. ISBN 978-3-642-35937-8. S2CID  27653540.
  4. ^ Бу З, Callaway DJ (2011). «Белки ДВИГАЮТСЯ! Динамика белков и дальняя аллостерия в передаче сигналов в клетках». Структура белка и болезни . Достижения в области химии белков и структурной биологии. Том. 83. стр. 163–221. дои : 10.1016/B978-0-12-381262-9.00005-7. ISBN 978-0-123-81262-9. ПМИД  21570668.
  5. ^ Снуп, Джеки Л; Вестерхофф, Ганс В. (2005). «От изоляции к интеграции: подход системной биологии к созданию кремниевой ячейки». В Альбергине, Лилия; Вестерхофф, Ганс В. (ред.). Системная биология: определения и перспективы . Темы современной генетики. Том. 13. Берлин: Шпрингер-Верлаг. стр. 13–30. дои : 10.1007/b106456. ISBN 978-3-540-22968-1.
  6. ^ «Системная биология: наука 21 века». Институт системной биологии . Проверено 15 июня 2011 г.
  7. ^ Аб Ноубл, Денис (2006). Музыка жизни: Биология за пределами генома . Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. п. 176. ИСБН 978-0-19-929573-9.
  8. ^ Зауэр, Уве; Хайнеманн, Матиас; Замбони, Никола (27 апреля 2007 г.). «Генетика: приближаясь к полной картине». Наука . 316 (5824): 550–551. дои : 10.1126/science.1142502. PMID  17463274. S2CID  42448991.
  9. ^ Холоденко, Борис Н; Сауро, Герберт М (2005). «Механистический и модульный подходы к моделированию и выводу клеточных регуляторных сетей». В Альбергине, Лилия; Вестерхофф, Ганс В. (ред.). Системная биология: определения и перспективы . Темы современной генетики. Том. 13. Берлин: Шпрингер-Верлаг. стр. 357–451. дои : 10.1007/b136809. ISBN 978-3-540-22968-1.
  10. ^ Кьяра Ромуальди; Джероламо Ланфранки (2009). «Статистические инструменты для анализа экспрессии генов и системной биологии и соответствующие веб-ресурсы». Стивен Кравец (ред.). Биоинформатика для системной биологии (2-е изд.). Хумана Пресс. стр. 181–205. дои : 10.1007/978-1-59745-440-7_11. ISBN 978-1-59745-440-7.
  11. ^ Войт, Эберхард (2012). Первый курс системной биологии . Гирляндная наука. ISBN 9780815344674.
  12. ^ Байталук, М. (2009). «Системная биология регуляции генов». Биомедицинская информатика . Методы молекулярной биологии. Том. 569. стр. 55–87. дои : 10.1007/978-1-59745-524-4_4. ISBN 978-1-934115-63-3. ПМИД  19623486.
  13. ^ Райт, Сьюэлл (1934). «Физиологические и эволюционные теории доминирования». Американский натуралист . стр. 24–53.
  14. ^ abc Клинг, Джим (3 марта 2006 г.). «Работа с системами». Наука . Проверено 15 июня 2011 г.
  15. ^ «HMS открывает новый отдел по изучению системной биологии» . Гарвардская газета. 23 сентября 2003 г.
  16. ^ Карр, Джонатан Р.; Сангви, Джайодита К.; Маклин, Дерек Н.; Гучоу, Мириам В.; Джейкобс, Джаред М.; Боливаль, Бенджамин; Асад-Гарсия, Насира; Гласс, Джон И.; Коверт, Маркус В. (июль 2012 г.). «Целоклеточная вычислительная модель предсказывает фенотип на основе генотипа». Клетка . 150 (2): 389–401. дои : 10.1016/j.cell.2012.05.044. ПМЦ 3413483 . ПМИД  22817898. 
  17. ^ Месарович, Михайло Д. (1968). Теория систем и биология . Берлин: Springer-Verlag.
  18. ^ Аб Розен, Роберт (5 июля 1968 г.). «Средство к новому холизму». Наука . 161 (3836): 34–35. Бибкод : 1968Sci...161...34M. дои : 10.1126/science.161.3836.34. JSTOR  1724368.
  19. ^ Качер, Х; Бернс, Дж. А. (1973). «Контроль потока». Симпозиумы Общества экспериментальной биологии . 27 : 65–104. ПМИД  4148886.
  20. ^ Качер, Х; Бернс, Дж.А.; Фелл, Д.А. (1995). «Контроль потока». Труды Биохимического общества . 23 (2): 341–366. дои : 10.1042/bst0230341. ПМИД  7672373.
  21. ^ Генрих, Р; Рапопорт, Т. А. (1974). «Линейная стационарная теория ферментативных цепей: общие свойства, контроль и эффекторная сила». Европейский журнал биохимии . 42 (1): 89–95. дои : 10.1111/j.1432-1033.1974.tb03318.x . ПМИД  4830198.
  22. ^ Саважо, Майкл А. (декабрь 1969 г.). «Журнал теоретической биологии». 25 (3): 365–369. дои : 10.1016/S0022-5193(69)80026-3. ПМИД  5387046. {{cite journal}}: Требуется цитировать журнал |journal=( помощь )
  23. ^ Саважо, Майкл А. (декабрь 1969 г.). «Журнал теоретической биологии». 25 (3): 370–379. дои : 10.1016/S0022-5193(69)80027-5. ПМИД  5387047. {{cite journal}}: Требуется цитировать журнал |journal=( помощь )
  24. ^ Саважо, Майкл А. (февраль 1970 г.). «Журнал теоретической биологии». 26 (2): 215–226. дои : 10.1016/S0022-5193(70)80013-3. ПМИД  5434343. {{cite journal}}: Требуется цитировать журнал |journal=( помощь )
  25. ^ «Системная биология - Национальный институт общих медицинских наук». Архивировано из оригинала 19 октября 2013 года . Проверено 12 декабря 2012 г.
  26. ^ Хантер, Филип (май 2012 г.). «Возвращение на Землю: даже если системная биология еще не оправдала своих обещаний, она уже созрела и вот-вот принесет свои первые результаты». Отчеты ЭМБО . 13 (5): 408–411. дои : 10.1038/embor.2012.49. ПМЦ 3343359 . ПМИД  22491028. 
  27. ^ Цзоу, Явен; Лаубихлер, Манфред Д. (25 июля 2018 г.). «От систем к биологии: вычислительный анализ исследовательских статей по системной биологии с 1992 по 2013 год». ПЛОС ОДИН . 13 (7): e0200929. Бибкод : 2018PLoSO..1300929Z. дои : 10.1371/journal.pone.0200929 . ISSN  1932-6203. ПМК 6059489 . ПМИД  30044828. 
  28. ^ аб Касканте, Марта; Марин, Сильвия (30 сентября 2008 г.). «Метаболомика и флюксомика подходы». Очерки по биохимии . 45 : 67–82. дои : 10.1042/bse0450067. ISSN  0071-1365. ПМИД  18793124.
  29. ^ Кьюсик, Майкл Э.; Клитгорд, Нильс; Видаль, Марк; Хилл, Дэвид Э. (15 октября 2005 г.). «Интерактом: ворота в системную биологию». Молекулярная генетика человека . 14 (дополнение_2): Р171–Р181. дои : 10.1093/hmg/ddi335 . ISSN  0964-6906. ПМИД  16162640.
  30. ^ Аур, Дориан (2012). «От нейроэлектродинамики к думающим машинам». Когнитивные вычисления . 4 (1): 4–12. дои : 10.1007/s12559-011-9106-3. ISSN  1866-9956. S2CID  12355069.
  31. ^ Лоор, Хурам Шахзад и Хуан Дж. (31 июля 2012 г.). «Применение системных подходов сверху вниз и снизу вверх в физиологии и метаболизме жвачных животных». Современная геномика . 13 (5): 379–394. дои : 10.2174/138920212801619269. ПМК 3401895 . ПМИД  23372424. 
  32. ^ Разлив, Фабиан; Бакал, Крис; Мак, Майкл (2018). «Механическая и системная биология рака». Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 16 : 237–245. arXiv : 1807.08990 . Бибкод : 2018arXiv180708990S. дои : 10.1016/j.csbj.2018.07.002. ПМК 6077126 . ПМИД  30105089. 
  33. ^ Барийо, Эммануэль; Кальцоне, Лоуренс; Хюп, Филипп; Верт, Жан-Филипп; Зиновьев, Андрей (2012). Вычислительная системная биология рака . Чепмен и Холл / CRCМатематическая и вычислительная биология. п. 461. ИСБН 978-1439831441.
  34. ^ Бирн, Хелен М. (2010). «Рассечение рака с помощью математики: от клетки к животной модели». Обзоры природы Рак . 10 (3): 221–230. дои : 10.1038/nrc2808. PMID  20179714. S2CID  24616792.
  35. ^ Гарднер, Тимоти .С; ди Бернардо, Диего; Лоренц, Дэвид; Коллинз, Джеймс Дж. (4 июля 2003 г.). «Вывод о генетических сетях и идентификация сложного механизма действия посредством профилирования экспрессии». Наука . 301 (5629): 102–105. Бибкод : 2003Sci...301..102G. дои : 10.1126/science.1081900. PMID  12843395. S2CID  8356492.
  36. ^ ди Бернардо, Диего; Томпсон, Майкл Дж.; Гарднер, Тимоти С.; Чобот, Сара Э.; Иствуд, Эрин Л.; Войтович, Эндрю П.; Эллиотт, Шон Дж.; Шаус, Скотт Э.; Коллинз, Джеймс Дж. (март 2005 г.). «Хемогеномное профилирование в масштабе всего генома с использованием реконструированных генных сетей». Природная биотехнология . 23 (3): 377–383. дои : 10.1038/nbt1075. PMID  15765094. S2CID  16270018.
  37. ^ аб Тавассоли, Иман (2015). Динамика решения клеточной судьбы, опосредованная взаимодействием аутофагии и апоптоза в раковых клетках . Спрингеровские тезисы. Международное издательство Спрингер. дои : 10.1007/978-3-319-14962-2. ISBN 978-3-319-14961-5. S2CID  89307028.
  38. ^ Коркут, А; Ван, В; Демир, Э; Аксой, Б.А.; Цзин, X; Молинелли, Э.Дж.; Бабур, О; Бемис, Д.Л.; Онур Шумер, С; Солит, Д.Б.; Пратилас, Калифорния; Сандер, К. (18 августа 2015 г.). «Биология возмущений определяет комбинации лекарств выше и ниже в клетках меланомы, устойчивых к ингибитору RAF». электронная жизнь . 4 . doi : 10.7554/eLife.04640 . ПМЦ 4539601 . ПМИД  26284497. 
  39. ^ аб Гупта, Анкур; Роулингс, Джеймс Б. (апрель 2014 г.). «Сравнение методов оценки параметров в стохастических химико-кинетических моделях: примеры системной биологии». Журнал Айше . 60 (4): 1253–1268. дои : 10.1002/aic.14409. ISSN  0001-1541. ПМЦ 4946376 . ПМИД  27429455. 
  40. ^ Ананаду, София ; Келл, Дуглас; Цудзи, Дзюнъити (декабрь 2006 г.). «Интеллектуальный анализ текста и его потенциальные применения в системной биологии». Тенденции в биотехнологии . 24 (12): 571–579. doi : 10.1016/j.tibtech.2006.10.002. ПМИД  17045684.
  41. ^ Глааб, Энрико; Шнайдер, Рейнхард (2012). «PathVar: анализ вариабельности экспрессии генов и белков в клеточных путях с использованием данных микрочипов». Биоинформатика . 28 (3): 446–447. doi : 10.1093/биоинформатика/btr656. ПМЦ 3268235 . ПМИД  22123829. 
  42. ^ Бардини, Р.; Политано, Г.; Бенсо, А.; Ди Карло, С. (01 января 2017 г.). «Многоуровневые и гибридные подходы к моделированию в системной биологии». Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 15 : 396–402. дои : 10.1016/j.csbj.2017.07.005. ISSN  2001-0370. ПМЦ 5565741 . ПМИД  28855977. 
  43. ^ ab Transtrum, Марк К.; Цю, Пэн (17 мая 2016 г.). «Соединение механистических и феноменологических моделей сложных биологических систем». PLOS Вычислительная биология . 12 (5): e1004915. arXiv : 1509.06278 . Бибкод : 2016PLSCB..12E4915T. дои : 10.1371/journal.pcbi.1004915 . ISSN  1553-7358. ПМЦ 4871498 . ПМИД  27187545. 
  44. ^ Челлабойна, В.; Бхат, СП; Хаддад, ВМ; Бернштейн, DS (август 2009 г.). «Моделирование и анализ кинетики действия масс». Журнал IEEE Control Systems . 29 (4): 60–78. дои : 10.1109/MCS.2009.932926. ISSN  1941-000Х. S2CID  12122032.
  45. ^ Браун, Кевин С.; Сетна, Джеймс П. (12 августа 2003 г.). «Статистически-механические подходы к моделям со многими плохо известными параметрами». Физический обзор E . 68 (2): 021904. Бибкод : 2003PhRvE..68b1904B. doi : 10.1103/physreve.68.021904. ISSN  1063-651X. ПМИД  14525003.
  46. ^ Орт, Джеффри Д.; Тиле, Инес; Палссон, Бернхард О (март 2010 г.). «Что такое анализ баланса потоков?». Природная биотехнология . 28 (3): 245–248. дои : 10.1038/nbt.1614. ISSN  1087-0156. ПМК 3108565 . ПМИД  20212490. 

дальнейшее чтение

Внешние ссылки

Поищите системную биологию в Викисловаре, бесплатном словаре.