stringtranslate.com

Бактериальные типы

Филогенетическое дерево, показывающее разнообразие бактерий, архей и эукариот. [1] Основные линии выделены произвольными цветами и названы курсивом с хорошо охарактеризованными названиями линий. Линии, не имеющие изолированного представителя, выделены некурсивными названиями и красными точками.

Бактериальные филы составляют основные родословные домена Бактерии . Хотя точное определение бактериального филума является предметом споров, популярное определение заключается в том, что бактериальный филум — это монофилетическая линия бактерий, гены 16S рРНК которых имеют парную идентичность последовательностей ~75% или менее с генами членов других бактериальных филумов. [2]

Было подсчитано, что существует около 1300 бактериальных типов. [2] По состоянию на май 2020 года 41 бактериальный тип официально принят LPSN , [ 3] 89 бактериальных типов признаны в базе данных Silva, еще десятки были предложены, [4] [5] и сотни, вероятно, еще предстоит открыть. [2] По состоянию на 2017 год приблизительно 72% широко признанных бактериальных типов были кандидатами на типы [6] (т. е. не имели культивируемых представителей).

Ранг типа был включен в правила Международного кодекса номенклатуры прокариот , используя окончание –ota для названий типа, которые должны основываться на названии рода как его номенклатурного типа. [7] [8]

Список бактериальных типов

Ниже приведен список бактериальных типов, которые были опубликованы надлежащим образом (неактуальный).

Супергруппы

Несмотря на неясный порядок ветвления большинства бактериальных фил, несколько групп фил последовательно группируются вместе и называются супергруппами или суперфилами. В некоторых случаях бактериальные клады четко последовательно группируются вместе, но неясно, как назвать группу. Например, Кандидатный фил Radiation включает группу Patescibacteria, которая включает группу Microgenomates, которая включает более 11 бактериальных фил.

Кандидат на филологическое облучение (CPR)

CPR — описательный термин, относящийся к массивной монофилетической радиации кандидатов на типы, которая существует в домене бактерий. [67] Она включает две основные клады, группы Microgenomates и Parcubacteria, каждая из которых содержит одноименный супертип и несколько других типов.

Патескибактерии

Первоначально предполагалось, что супертип Patescibacteria охватывает типы Microgenomates (OP11), Parcubacteria (OD1) и Gracilibacteria (GNO2 / BD1-5). [26] Более поздние филогенетические анализы показывают, что последний общий предок этих таксонов — тот же узел, что и у CPR. [68]

Сфингобактерии

Группа Sphingobacteria (FCB) включает Bacteroidota, Calditrichota, Chlorobiota, потенциальный тип «Cloacimonetes», Fibrobacterota, Gemmatimonadota, Ignavibacteriota, потенциальный тип «Latescibacteria», потенциальный тип «Marinimicrobia» и потенциальный тип «Zixibacteria». [26] [69]

Микрогеноматы

Первоначально считалось, что микрогеноматы представляют собой единый тип, хотя данные свидетельствуют о том, что на самом деле он охватывает более 11 бактериальных типов, [18] [4] , включая Curtisbacteria, Daviesbacteria, Levybacteria, Gottesmanbacteria, Woesebacteria, Amesbacteria, Shapirobacteria, Roizmanbacteria, Beckwithbacteria, Collierbacteria, Pacebacteria.

Паркубактерии

Parcubacteria изначально была описана как один тип, использующий менее 100 последовательностей 16S рРНК. С большим разнообразием последовательностей 16S рРНК из некультивируемых организмов, доступных в настоящее время, предполагается, что он может состоять из до 28 бактериальных типов. [2] В соответствии с этим, в настоящее время в группе Parcubacteria описано более 14 типов, [18] [4], включая Kaiserbacteria, Adlerbacteria, Campbellbacteria, Nomurabacteria, Giovannonibacteria, Wolfebacteria, Jorgensenbacteria, Yanofskybacteria, Azambacteria, Moranbacteria, Uhrbacteria и Magasanikbacteria.

Протеобактерии

Было высказано предположение, что некоторые классы филума Proteobacteria могут быть филумами сами по себе, что сделало бы Proteobacteria суперфилумом. [70] Например, группа Deltaproteobacteria не всегда образует монофилетическую линию с другими классами Proteobacteria. [71]

Планктобактерии

Группа Planctobacteria (PVC) включает Chlamydiota , Lentisphaerota , потенциальный тип « Omnitrophica », Planctomycetota , потенциальный тип « Poribacteria » и Verrucomicrobiota . [26] [69]

Террабактерии

Предложенный суперфилум Terrabacteria [72] включает Actinomycetota , группу « Cyanobacteria»/«Melainabacteria», Deinococcota , Chloroflexota , Bacillota и потенциальный филум OP10. [72] [73] [26] [69]

Криптические суперфилы

Несколько предполагаемых типов ( Microgenomates , Omnitrophica, Parcubacteria и Saccharibacteria ) и несколько принятых типов ( Elusimicrobiota , Caldisericota и Armatimonadota ) были предложены в качестве супертипов, которые были неправильно описаны как типы, поскольку правила определения бактериального типа отсутствуют или из-за отсутствия разнообразия последовательностей в базах данных, когда тип был впервые установлен. [2] Например, предполагается, что предполагаемый тип Parcubacteria на самом деле является супертипом, который охватывает 28 подчиненных типов, а тип Elusimicrobia на самом деле является супертипом, который охватывает 7 подчиненных типов. [70]

Историческая перспектива

Атомная структура 30S рибосомальной субъединицы Thermus thermophilus, в состав которой входит 16S. Белки показаны синим цветом, а одиночная РНК-цепь — коричневым. [74]

Учитывая богатую историю области бактериальной таксономии и быстроту изменений в ней в наше время, часто бывает полезно иметь историческую перспективу того, как развивалась эта область, чтобы понимать ссылки на устаревшие определения или концепции.

Когда номенклатура бактерий контролировалась Ботаническим кодексом , использовался термин «подразделение» , но теперь, когда номенклатура бактерий (за исключением цианобактерий ) контролируется Бактериологическим кодексом , предпочтительнее использовать термин «филюм» .

В 1987 году Карл Вёзе , которого считают предшественником революции в молекулярной филогении, разделил Eubacteria на 11 отделов на основе последовательностей рибосомальной РНК 16S (SSU), перечисленных ниже. [75] [76]

Традиционно филогения выводилась, а таксономия устанавливалась на основе исследований морфологии. Появление молекулярной филогенетики позволило улучшить выяснение эволюционных отношений видов путем анализа их последовательностей ДНК и белков , например, их рибосомной ДНК . [87] Отсутствие легкодоступных морфологических признаков, таких как те, которые присутствуют у животных и растений , препятствовало ранним попыткам классификации и приводило к ошибочной, искаженной и запутанной классификации, примером которой, как отметил Карл Вёзе , является Pseudomonas , этимология которой по иронии судьбы соответствовала ее таксономии, а именно «ложная единица». [75] Многие бактериальные таксоны были переклассифицированы или переопределены с использованием молекулярной филогенетики.

Появление технологий молекулярного секвенирования позволило извлекать геномы непосредственно из образцов окружающей среды (т.е. минуя культивирование), что привело к быстрому расширению наших знаний о разнообразии бактериальных фил. Эти методы - метагеномика с разрешением генома и геномика отдельных клеток .

Смотрите также

Сноски

  1. ^ До недавнего времени считалось, что только Bacillota и Actinomycetota являются грамположительными. Однако, кандидатный тип TM7 также может быть грамположительным. [78] Chloroflexi, однако, обладают одним бислоем, но окрашиваются отрицательно (за некоторыми исключениями [79] ). [80]
  2. ^ Pasteuria теперь отнесена к типу Bacillota , а не к типу Planctomycetota .
  3. ^ Было предложено назвать клад Xenobacteria [83] или Hadobacteria [84] (последнее название считается незаконным [85] ).

Ссылки

  1. ^ abc Hug, Laura A.; Baker, Brett J.; Anantharaman, Karthik; Brown, Christopher T.; Probst, Alexander J.; Castelle, Cindy J.; Butterfield, Cristina N.; Hernsdorf, Alex W.; Amano, Yuki; Ise, Kotaro; Suzuki, Yohey (11 апреля 2016 г.). "Новый взгляд на древо жизни". Nature Microbiology . 1 (5): 16048. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.48 . ISSN  2058-5276. PMID  27572647.
  2. ^ abcde Ярза, Пабло; Йилмаз, Пелин; Прюссе, Элмар; Глёкнер, Франк Оливер; Людвиг, Вольфганг; Шлейфер, Карл-Хайнц; Уитман, Уильям Б.; Эузеби, Жан; Аманн, Рудольф; Росселло-Мора, Рамон (сентябрь 2014 г.). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей генов 16S рРНК». Nature Reviews Microbiology . 12 (9): 635–645. doi :10.1038/nrmicro3330. ISSN  1740-1534. PMID  25118885. S2CID  21895693.
  3. ^ Бактериальные филы в LPSN ; Парте, Айдан К.; Сарда Карбасс, Жоаким; Майер-Кольтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стойкой в ​​номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  4. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac ad ae af ag ah ai aj ak al am an ao ap aq ar as at au av aw ax ay az Anantharaman, Karthik; Brown, Christopher T.; Hug, Laura A.; Sharon, Itai; Castelle, Cindy J.; Probst, Alexander J.; Thomas, Brian C.; Singh, Andrea; Wilkins, Michael J.; Karaoz, Ulas; Brodie, Eoin L. (24 октября 2016 г.). «Тысячи микробных геномов проливают свет на взаимосвязанные биогеохимические процессы в водоносной системе». Nature Communications . 7 (1): 13219. Bibcode : 2016NatCo...713219A. doi : 10.1038/ncomms13219. ISSN 2041-1723  . PMC 5079060. PMID  27774985. 
  5. ^ abcdefghijklmnopqr Паркс, Донован Х.; Ринке, Кристиан; Чувочина, Мария; Шомей, Пьер-Ален; Вудкрофт, Бен Дж.; Эванс, Пол Н.; Хугенхольц, Филипп; Тайсон, Джин У. (ноябрь 2017 г.). «Восстановление почти 8000 собранных метагеномом геномов существенно расширяет древо жизни». Nature Microbiology . 2 (11): 1533–1542. doi : 10.1038/s41564-017-0012-7 . ISSN  2058-5276. PMID  28894102.
  6. ^ abc Dudek, Natasha K.; Sun, Christine L.; Burstein, David; Kantor, Rose S.; Aliaga Goltsman, Daniela S.; Bik, Elisabeth M.; Thomas, Brian C.; Banfield, Jillian F.; Relman, David A. (18 декабря 2017 г.). «Новое микробное разнообразие и функциональный потенциал микробиома ротовой полости морских млекопитающих». Current Biology . 27 (24): 3752–3762.e6. doi : 10.1016/j.cub.2017.10.040 . ISSN  1879-0445. PMID  29153320.
  7. ^ Орен, Аарон; Арахал, Дэвид Р.; Росселло-Мора, Рамон; Сатклифф, Иэн К.; Мур, Эдвард Р.Б. (23 июня 2021 г.). «Изменение правил 5b, 8, 15 и 22 Международного кодекса номенклатуры прокариот с целью включения ранга типа». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (6). doi : 10.1099/ijsem.0.004851 . PMID  34161220. S2CID  235625014.
  8. ^ Орен, Аарон; Гаррити, Джордж М. (20 октября 2021 г.). «Действительная публикация названий сорока двух типов прокариот». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 71 (10). doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID  239887308.
  9. ^ abcd "ARB-Silva: комплексная база данных рибосомальной РНК". Команда разработчиков ARB . Получено 2 января 2016 г.
  10. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac ad ae af ag ah ai aj ak al am an ao ap aq ar as at au av aw ax ay az ba bb Александр Л. Яффе, Синди Дж. Кастель, Паула Б. Матеус Карневали, Симонетта Грибальдо, Джиллиан Ф. Бэнфилд: Рост разнообразия метаболических платформ среди типов излучения кандидатов. В: BMC Biology Vol. 18, №. 69; июнь 2020 г.); doi:10.1186/s12915-020-00804-5
  11. ^ аб Тахон, Гийом; Титгат, Бьёрн; Леббе, Лисбет; Карлье, Орельен; Виллемс, Энн (1 июля 2018 г.). «Abditibacterium utsteinense sp. nov., первый культивируемый представитель кандидатного типа FBP, выделенный из образцов незамерзающей антарктической почвы». Систематическая и прикладная микробиология . 41 (4): 279–290. дои :10.1016/j.syapm.2018.01.009. ISSN  0723-2020. PMID  29475572. S2CID  3515091.
  12. ^ ab Harris, J. Kirk; Kelley, Scott T.; Pace, Norman R. (февраль 2004 г.). «Новый взгляд на некультивируемое бактериальное филогенетическое подразделение OP11». Applied and Environmental Microbiology . 70 (2): 845–849. Bibcode :2004ApEnM..70..845H. doi :10.1128/AEM.70.2.845-849.2004. ISSN  0099-2240. PMC 348892. PMID 14766563  . 
  13. ^ ab Раппе, Майкл С.; Джованнони, Стивен Дж. (2003). «Некультивируемое микробное большинство». Annual Review of Microbiology . 57 : 369–94. doi :10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. PMID  14527284.
  14. ^ ab Kenly A. Hiller, Kenneth H. Foreman, David Weisman, Jennifer L. Bowen: Проницаемые реактивные барьеры, разработанные для смягчения эвтрофикации, изменяют состав бактериального сообщества и окислительно-восстановительные условия водоносного горизонта. В: Appl Environ Microbiol v.81(20); 2015 октябрь; стр.7114–7124. doi:10.1128/AEM.01986-15. PMC  4579450. PMID  26231655.
  15. ^ abcdef Hugenholtz P; et al. (1998). "Новое бактериальное разнообразие на уровне деления в горячем источнике Йеллоустоуна". Журнал бактериологии . 180 (2): 366–76. doi :10.1128/JB.180.2.366-376.1998. PMC 106892. PMID  9440526 . 
  16. ^ Трэш, Дж. Кэмерон; Коутс, Джон Д. (2010), «Тип XVII. Acidobacteria phyl. Nov.», Руководство Берджи® по систематической бактериологии , Springer New York, стр. 725–735, номер документа : 10.1007/978-0-387-68572-4_6. , ISBN 978-0-387-95042-6
  17. ^ Гудфеллоу, Майкл (2012). "Phylum XXVI. Actinobacteria phyl. Nov.". Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology . Springer New York. стр. 33–2028. doi :10.1007/978-0-387-68233-4_3. ISBN 978-0-387-95043-3.
  18. ^ abcdefghijklmnopqrstu vwxyz aa ab ac ad Кристофер Т. Браун, Лора А. Хаг, Брайан К. Томас и др. ; и др. (2015). «Необычная биология в группе, включающей более 15% домена Бактерии». Nature . 523 (7559): 208–11. Bibcode :2015Natur.523..208B. doi :10.1038/nature14486. OSTI  1512215. PMID  26083755. S2CID  4397558.{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  19. ^ Тамаки, Хидеюки; Танака, Ясухиро; Мацузава, Хироаки; Мурамацу, Мизухо; Мэн, Сянь-Ин; Ханада, Сатоши; Мори, Казухиро; Камагата, Ёичи (июнь 2011 г.). «Armatimonas rosea gen. nov., sp. nov., нового бактериального типа, Armatimonadetes phyl. nov., формально называемого типом-кандидатом OP10». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (Часть 6): 1442–1447. дои : 10.1099/ijs.0.025643-0 . ISSN  1466-5034. ПМИД  20622056.
  20. ^ Ханке, Ричард Л.; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Гарсиа-Лопес, Марина; Мукерджи, Супратим; Хантеманн, Марсель; Иванова Наталья Н.; Войке, Таня; Кирпидес, Никос К.; Кленк, Ханс-Петер; Гёкер, Маркус (2016). «Геномная таксономическая классификация Bacteroidetes». Границы микробиологии . 7 : 2003. doi : 10.3389/fmicb.2016.02003 . ISSN  1664-302X. ПМК 5167729 . ПМИД  28066339. 
  21. ^ Райтон, Келли К.; Кастель, Синди Дж.; Уилкинс, Майкл Дж.; Хаг, Лора А.; Шарон, Итай; Томас, Брайан К.; Хэндли, Ким М.; Маллин, Шон У.; Никора, Кэрри Д.; Сингх, Андреа; Липтон, Мэри С. (июль 2014 г.). «Метаболические взаимозависимости между филогенетически новыми ферментерами и респираторными организмами в неограниченном водоносном горизонте». Журнал ISME . 8 (7): 1452–1463. doi :10.1038/ismej.2013.249. ISSN  1751-7370. PMC 4069391. PMID 24621521  . 
  22. ^ abc Robert E. Danczak, M. D. Johnston, C. Kenah, M. Slattery, K. C. Wrighton, M. J. Wilkins (сентябрь 2017 г.). «Члены радиационного типа-кандидата функционально различаются по возможностям круговорота углерода и азота». Microbiome . 5 (1): 112. doi : 10.1186/s40168-017-0331-1 . PMC 5581439 . PMID  28865481. {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  23. ^ abc Данфилд, Питер Ф.; Тамас, Ивица; Ли, Кевин К.; Морган, Ксочитл К.; Макдональд, Ян Р.; Стотт, Мэтью Б. (2012). «Выбор кандидата: спекулятивная история бактериального типа OP10». Environmental Microbiology . 14 (12): 3069–3080. doi : 10.1111/j.1462-2920.2012.02742.x . ISSN  1462-2920. PMID  22497633.
  24. ^ Мори, К.; Ямагучи, К.; Сакияма, Ю.; Урабе, Т.; Судзуки, К.-и. (23 июля 2009 г.). «Caldisericum exile gen. nov., sp. nov., анаэробная, термофильная, нитчатая бактерия нового бактериального типа Caldiserica phyl. nov., первоначально называвшаяся типом-кандидатом OP5, и описание Caldisericaceae fam. nov., Caldisericales ord. . ноябрь и Caldisericia classis ноябрь». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (11): 2894–2898. дои : 10.1099/ijs.0.010033-0 . ISSN  1466-5026. ПМИД  19628600.
  25. ^ Кубланов, Илья В.; Сигалова Ольга М.; Гаврилов Сергей Н.; Лебединский Александр Васильевич; Ринке, Кристиан; Ковалева, Ольга; Черных, Николай А.; Иванова, Наталья; Даум, Крис; Редди, ТБК; Кленк, Ханс-Петер (20 февраля 2017 г.). «Геномный анализ Caldithrix abyssi, термофильной анаэробной бактерии нового бактериального типа Calditrichaeota». Границы микробиологии . 8 : 195. дои : 10.3389/fmicb.2017.00195 . ISSN  1664-302X. ПМК 5317091 . ПМИД  28265262. 
  26. ^ abcdefghi Rinke C; et al. (2013). «Взгляд на филогению и кодирующий потенциал микробной темной материи». Nature . 499 (7459): 431–7. Bibcode :2013Natur.499..431R. doi : 10.1038/nature12352 . hdl : 10453/27467 . PMID  23851394.
  27. ^ Бун, Дэвид Р.; Кастенхольц, Ричард В.; Гаррити, Джордж М., ред. (2001). Руководство Берджи по систематической бактериологии . doi :10.1007/978-0-387-21609-6. ISBN 978-1-4419-3159-7. S2CID  41426624.
  28. ^ Chouari, Rakia; Le Paslier, Denis; Dauga, Catherine; Daegelen, Patrick; Weissenbach, Jean; Sghir, Abdelghani (апрель 2005 г.). "Новое крупное бактериальное подразделение-кандидат в муниципальном анаэробном шламогенераторе". Applied and Environmental Microbiology . 71 (4): 2145–2153. Bibcode :2005ApEnM..71.2145C. doi :10.1128/aem.71.4.2145-2153.2005. ISSN  0099-2240. PMC 1082523 . PMID  15812049. 
  29. ^ ab Hug, Laura A.; Thomas, Brian C.; Sharon, Itai; Brown, Christopher T.; Sharma, Ritin; Hettich, Robert L.; Wilkins, Michael J.; Williams, Kenneth H.; Singh, Andrea; Banfield, Jillian F. (2016). «Критические биогеохимические функции в недрах связаны с бактериями из новых типов и малоизученных линий». Environmental Microbiology . 18 (1): 159–173. doi :10.1111/1462-2920.12930. ISSN  1462-2920. OSTI  1328276. PMID  26033198. S2CID  43160538.
  30. ^ ab Rheims, H; Rainey, FA; Stackebrandt, E (сентябрь 1996 г.). «Молекулярный подход к поиску разнообразия среди бактерий в окружающей среде». Журнал промышленной микробиологии и биотехнологии . 17 (3–4): 159–169. doi : 10.1007/bf01574689 . ISSN  0169-4146. S2CID  31868442.
  31. ^ Patel, Bharat KC (2010). "Phylum XX. Dictyoglomi phyl. Nov.". Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology . Springer New York. стр. 775–780. doi :10.1007/978-0-387-68572-4_9. ISBN 978-0-387-95042-6.
  32. ^ Аб Джи, Мукан; Грининг, Крис; Ванвонтергем, Инка; Карере, Карло Р.; Бэй, Шон К.; Стин, Джейсон А.; Монтгомери, Кейт; Лайнс, Томас; Бердалл, Джон; ван Дорст, Джози; Снейп, Ян (декабрь 2017 г.). «Примеси атмосферных газов поддерживают первичное производство в почве поверхности антарктической пустыни». Природа . 552 (7685): 400–403. Бибкод : 2017Natur.552..400J. дои : 10.1038/nature25014 . hdl : 2440/124244 . ISSN  1476-4687. ПМИД  29211716.
  33. ^ ab Youssef, Noha H.; Farag, Ibrahim F.; Hahn, C. Ryan; Premathilake, Hasitha; Fry, Emily; Hart, Matthew; Huffaker, Krystal; Bird, Edward; Hambright, Jimmre; Hoff, Wouter D.; Elshahed, Mostafa S. (1 января 2019 г.). "Candidatus Krumholzibacterium zodletonense gen. nov., sp nov, первый представитель кандидата типа Krumholzibacteriota phyl. nov., извлеченный из бескислородного сульфидного источника с использованием метагеномики с генетическим разрешением". Systematic and Applied Microbiology . Taxonomy of uncultivated Bacteria and Archaea. 42 (1): 85–93. doi :10.1016/j.syapm.2018.11.002. ISSN  0723-2020. PMID  30477901.
  34. ^ Herlemann, DPR; Geissinger, O.; Ikeda-Ohtsubo, W.; Kunin, V.; Sun, H.; Lapidus, A.; Hugenholtz, P.; Brune, A. (1 мая 2009 г.). «Геномный анализ «Elusimicrobium minutum», первого культивируемого представителя типа «Elusimicrobia» (ранее Termite Group 1)». Applied and Environmental Microbiology . 75 (9): 2841–2849. Bibcode :2009ApEnM..75.2841H. doi :10.1128/AEM.02698-08. ISSN  0099-2240. PMC 2681670 . PMID  19270133. 
  35. ^ Ногалес, Бальбина; Мур, Эдвард РБ; Льобет-Бросса, Энрике; Росселло-Мора, Рамон; Аманн, Рудольф; Тиммис, Кеннет Н. (1 апреля 2001 г.). «Комбинированное использование 16S рибосомальной ДНК и 16S рРНК для изучения бактериального сообщества почвы, загрязненной полихлорированным бифенилом». Прикладная и экологическая микробиология . 67 (4): 1874–1884. Bibcode : 2001ApEnM..67.1874N. doi : 10.1128/AEM.67.4.1874-1884.2001. ISSN  0099-2240. PMC 92809. PMID 11282645  . 
  36. ^ Уорд, Льюис М.; Кардона, Танай; Холланд-Мориц, Ханна (29 января 2019 г.). «Эволюционные последствия аноксигенной фототрофии в бактериальном типе Candidatus Palusbacterota (WPS-2)». doi : 10.1101/534180 . S2CID  92796436. {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  37. ^ Книттель, Катрин; Боэций, Антье; Лемке, Андреас; Эйлерс, Хайке; Лохте, Карин; Пфанкуче, Олаф; Линке, Питер; Аманн, Рудольф (июль 2003 г.). «Активность, распределение и разнообразие сульфатредукторов и других бактерий в отложениях над газовыми гидратами (Каскадия-Мардж, Орегон)». Геомикробиологический журнал . 20 (4): 269–294. Бибкод : 2003GmbJ...20..269K. дои : 10.1080/01490450303896. hdl : 21.11116/0000-0001-D20F-2 . ISSN  0149-0451. S2CID  140639772.
  38. ^ ab Zhang, Hui; Sekiguchi, Yuji; Hanada, Satoshi; Hugenholtz, Philip; Kim, Hongik; Kamagata, Yoichi; Nakamura, Kazunori (2003). "Gemmatimonas aurantiaca gen. nov., sp. nov., грамотрицательный, аэробный, накапливающий полифосфат микроорганизм, первый культивируемый представитель нового бактериального типа Gemmatimonadetes phyl. nov". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 53 (4): 1155–1163. doi : 10.1099/ijs.0.02520-0 . ISSN  1466-5026. PMID  12892144.
  39. ^ ab Ley, Ruth E.; Harris, J. Kirk; Wilcox, Joshua; Spear, John R.; Miller, Scott R.; Bebout, Brad M.; Maresca, Julia A.; Bryant, Donald A.; Sogin, Mitchell L.; Pace, Norman R. (1 мая 2006 г.). «Неожиданное разнообразие и сложность гиперсоленого микробного мата Герреро-Негро». Applied and Environmental Microbiology . 72 (5): 3685–3695. Bibcode :2006ApEnM..72.3685L. doi :10.1128/AEM.72.5.3685-3695.2006. ISSN  0099-2240. PMC 1472358 . PMID  16672518. 
  40. ^ Гермази, Сонда; Дегелен, Патрик; Дога, Катрин; Ривьер, Дельфина; Буше, Теодор; Годон, Жан Жак; Гьяпай, Габор; Сгир, Абдельгани; Пеллетье, Эрик; Вайссенбах, Жан; Ле Паслие, Дени (август 2008 г.). «Открытие и характеристика нового бактериального кандидата на разделение с помощью метагеномного подхода анаэробного шламогенератора». Environmental Microbiology . 10 (8): 2111–2123. doi :10.1111/j.1462-2920.2008.01632.x. ISSN  1462-2912. PMC 2702496 . PMID  18459975. 
  41. ^ Элое-Фадрош, Эмили А.; Паез-Эспино, Дэвид; Джаретт, Джессика; Данфилд, Питер Ф.; Хедлунд, Брайан П.; Декас, Энн Э.; Грасби, Стивен Э.; Брэди, Эллисон Л.; Донг, Хайлян; Бриггс, Брэндон Р.; Ли, Вэнь-Джун (27 января 2016 г.). «Глобальное метагеномное исследование выявило новый бактериальный кандидатный тип в геотермальных источниках». Nature Communications . 7 (1): 10476. Bibcode :2016NatCo...710476E. doi :10.1038/ncomms10476. ISSN  2041-1723. PMC 4737851 . PMID  26814032. 
  42. ^ Youssef, Noha H.; Farag, Ibrahim F.; Hahn, C. Ryan; Jarett, Jessica; Becraft, Eric; Eloe-Fadrosh, Emiley; Lightfoot, Jorge; Bourgeois, Austin; Cole, Tanner; Ferrante, Stephanie; Truelock, Mandy (15 мая 2019 г.). "Genomic Characterization of Candidate Division LCP-89 Reveals an Atypical Cell Wall Structure, Microcompartment Production, and Dual Respiratory and Fermentative Capacities". Прикладная и экологическая микробиология . 85 (10). Bibcode : 2019ApEnM..85E.110Y. doi : 10.1128/AEM.00110-19. ISSN  0099-2240. PMC 6498177 . PMID  30902854. 
  43. ^ NCBI: Candidatus Magasanikbacteria (тип)
  44. ^ Ди Риенци, Сара С.; Шарон, Итай; Райтон, Келли С.; Корен, Омри; Хаг, Лора А.; Томас, Брайан С.; Гудрич, Джулия К.; Белл, Джордана Т.; Спектор, Тимоти Д.; Бэнфилд, Джиллиан Ф.; Лей, Рут Э. (1 октября 2013 г.). «Человеческий кишечник и грунтовые воды являются пристанищем нефотосинтетических бактерий, принадлежащих к новому потенциальному типу, родственному цианобактериям». eLife . 2 : e01102. doi : 10.7554/eLife.01102 . ISSN  2050-084X. PMC 3787301 . PMID  24137540. 
  45. ^ Хугенхольц, Филипп; Гёбель, Бретт М.; Пейс, Норман Р. (15 декабря 1998 г.). «Влияние культурно-независимых исследований на формирующийся филогенетическое представление о бактериальном разнообразии». Журнал бактериологии . 180 (24): 4765–74. doi : 10.1128/jb.180.24.6793-6793.1998 . ISSN  1098-5530. PMC 107498. PMID 9733676  . 
  46. ^ Sekiguchi, Yuji; Ohashi, Akiko; Parks, Donovan H.; Yamauchi, Toshihiro; Tyson, Gene W.; Hugenholtz, Philip (27 января 2015 г.). «Первые геномные сведения о членах потенциального бактериального типа, ответственного за накопление сточных вод». PeerJ . 3 : e740. doi : 10.7717/peerj.740 . ISSN  2167-8359. PMC 4312070 . PMID  25650158. 
  47. ^ Холмс, Эндрю Дж.; Туджула, Ниина А.; Холли, Марита; Контос, Анналиса; Джеймс, Джулия М.; Роджерс, Питер; Гиллингс, Майкл Р. (2001). «Филогенетическая структура необычных водных микробных образований в пещерах Налларбор, Австралия». Environmental Microbiology . 3 (4): 256–264. doi :10.1046/j.1462-2920.2001.00187.x. ISSN  1462-2920. PMID  11359511.
  48. ^ Люкер, Себастьян; Новка, Борис; Раттей, Томас; Шпик, Ева; Даймс, Хольгер (2013). «Геном Nitrospina gracilis освещает метаболизм и эволюцию основного морского окислителя нитрита». Frontiers in Microbiology . 4 : 27. doi : 10.3389/fmicb.2013.00027 . ISSN  1664-302X. PMC 3578206. PMID 23439773  . 
  49. ^ Мюллер, Анна Дж.; Юнг, Ман-Янг; Страхан, Кэмерон Р.; Гербольд, Крейг В.; Киркегаард, Расмус Х.; Вагнер, Майкл; Даймс, Хольгер (март 2021 г.). «Геномный и кинетический анализ новых Nitrospinae, обогащенных путем сортировки клеток». Журнал ISME . 15 (3): 732–745. doi : 10.1038/s41396-020-00809-6 . ISSN  1751-7362. PMC 8026999. PMID 33067588  . 
  50. ^ Шпик, Ева; Койтер, Сабина; Венцель, Тило; Бок, Эберхард; Людвиг, Вольфганг (май 2014 г.). «Характеристика новой морской нитрит-окисляющей бактерии Nitrospina watsonii sp. nov., члена недавно предложенного типа «Nitrospinae»». Систематическая и прикладная микробиология . 37 (3): 170–176. doi :10.1016/j.syapm.2013.12.005. PMID  24581679.
  51. ^ LPSN: Тип «Candidatus Parcunitrobacteria»
  52. ^ Синди Дж. Кастель, Кристофер Т. Браун, Брайан К. Томас, Кеннет Х. Уильямс, Джиллиан Ф. Бэнфилд: Необычная дыхательная способность и метаболизм азота у Parcubacterium (OD1) из рода Candidate Phyla Radiation. В: Sci Rep 7, 40101; 9 января 2017 г.; doi:10.1038/srep40101
  53. ^ Астудильо-Гарсия, Кармен; Слаби, Беата М.; Уэйт, Дэвид В.; Байер, Кристина; Хентшель, Уте; Тейлор, Майкл В. (2018). «Филогения и геномика SAUL, загадочной бактериальной линии, часто связанной с морскими губками» (PDF) . Микробиология окружающей среды . 20 (2): 561–576. doi :10.1111/1462-2920.13965. ISSN  1462-2920. PMID  29098761. S2CID  23892350.
  54. ^ Wrighton, KC; Thomas, BC; Sharon, I.; Miller, CS; Castelle, CJ; VerBerkmoes, NC; Wilkins, MJ; Hettich, RL; Lipton, MS; Williams, KH; Long, PE (27 сентября 2012 г.). «Ферментация, водород и метаболизм серы в множественных некультивируемых бактериальных типах». Science . 337 (6102): 1661–1665. Bibcode :2012Sci...337.1661W. doi :10.1126/science.1224041. ISSN  0036-8075. PMID  23019650. S2CID  10362580.
  55. ^ NCBI: Candidatus Peregrinibacteria (тип)
  56. ^ UniProt: Таксономия - Candidatus Peregrinibacteria (ТИП)
  57. ^ Картик Анантараман, Кристофер Т. Браун, Дэвид Бурштейн, Синди Кастель: Анализ пяти полных последовательностей генома для членов класса Peribacteria в недавно обнаруженном бактериальном типе Peregrinibacteria. В: PeerJ 4(8):e1607; январь 2016; doi:10.7717/peerj.1607
  58. ^ Физелер, Ларс; Хорн, Маттиас; Вагнер, Михаэль; Хентшель, Уте (июнь 2004 г.). «Открытие нового потенциального типа «Poribacteria» у морских губок». Прикладная и экологическая микробиология . 70 (6): 3724–3732. Bibcode :2004ApEnM..70.3724F. doi :10.1128/AEM.70.6.3724-3732.2004. ISSN  0099-2240. PMC 427773 . PMID  15184179. 
  59. ^ Виганд, Сандра; Джоглер, Марейке; Кон, Тимо; Авал, Рам Прасад; Обербекманн, Соня; Кеси, Катарина; Йеске, Ольга; Шуман, Питер; Петерс, Стейн Х. (24 октября 2019 г.). «Новый тип бактерий, меняющих форму Saltatorellota». дои : 10.1101/817700. S2CID  208566371. {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  60. ^ Derakshani, Manigee; Lukow, Thomas; Liesack, Werner (1 февраля 2001 г.). «Новые бактериальные линии на уровне (под)подразделения, обнаруженные с помощью направленного на сигнатурные нуклеотиды восстановления генов 16S рРНК из насыпной почвы и корней риса затопленных рисовых микрокосмов». Applied and Environmental Microbiology . 67 (2): 623–631. Bibcode :2001ApEnM..67..623D. doi :10.1128/aem.67.2.623-631.2001. ISSN  1098-5336. PMC 92629 . PMID  11157225. 
  61. ^ Кадников, Виталий В.; Марданов, Андрей В.; Белецкий, Алексей В.; Ракитин, Андрей Л.; Франк, Юлия А.; Карначук, Ольга В.; Равин, Николай В. (январь 2019 г.). «Филогения и физиология кандидата типа BRC1, выведенные из первого полного генома, собранного из глубокого подземного водоносного горизонта». Systematic and Applied Microbiology . 42 (1): 67–76. doi :10.1016/j.syapm.2018.08.013. ISSN  1618-0984. PMID  30201528. S2CID  52183718.
  62. ^ abcd Бейкер, Бретт Дж.; Лазар, Кассандре Сара; Теске, Андреас П.; Дик, Грегори Дж. (13 апреля 2015 г.). «Геномное разрешение связей в круговороте углерода, азота и серы среди широко распространенных бактерий эстуарных отложений». Microbiome . 3 (1): 14. doi : 10.1186/s40168-015-0077-6 . ISSN  2049-2618. PMC 4411801 . PMID  25922666. 
  63. ^ Wilson, Micheal C.; Mori, Tetsushi; Rückert, Christian; Uria, Agustinus R.; Helf, Maximilian J.; Takada, Kentaro; Gernert, Christine; Steffens, Ursula AE; Heycke, Nina; Schmitt, Susanne; Rinke, Christian (февраль 2014 г.). «Экологический бактериальный таксон с большим и отличительным метаболическим репертуаром». Nature . 506 (7486): 58–62. Bibcode :2014Natur.506...58W. doi : 10.1038/nature12959 . ISSN  1476-4687. PMID  24476823.
  64. ^ Рейзенбах, Анна-Луиза; Хубер, Роберт; Стеттер, Карл О.; Дэйви, Мэри Эллен; МакГрегор, Барбара Дж.; Шталь, Дэвид А. (2001), "Phylum BII. Thermotogae phy. Nov.", Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology , Springer New York, стр. 369–387, doi :10.1007/978-0-387-21609-6_19, ISBN 978-1-4419-3159-7
  65. ^ Пробст, А. Дж.; Кастель, К. Дж.; Сингх, А.; Браун, КТ; Анантараман, К.; Шарон, И.; Хаг, Л. А.; Бурштейн, Д.; Эмерсон, Дж. Б.; Томас, BC; Банфилд, Дж. Ф. (февраль 2017 г.). «Геномное разрешение сообщества холодного подземного водоносного горизонта обеспечивает метаболическую информацию для новых микробов, адаптированных к высоким концентрациям CO2». Экологическая микробиология . 19 (2): 459–474. doi :10.1111/1462-2920.13362. OSTI  1567074. PMID  27112493. S2CID  21126011.
  66. ^ Кастель, Синди Дж.; Хаг, Лора А.; Райтон, Келли К.; Томас, Брайан К.; Уильямс, Кеннет Х.; Ву, Донгин; Триндж, Сюзанна Г.; Сингер, Стивен У.; Эйзен, Джонатан А.; Банфилд, Джиллиан Ф. (27 августа 2013 г.). «Необычайное филогенетическое разнообразие и метаболическая универсальность в осадочных породах водоносного горизонта». Nature Communications . 4 (1): 2120. Bibcode :2013NatCo...4.2120C. doi :10.1038/ncomms3120. ISSN  2041-1723. PMC 3903129 . PMID  23979677. 
  67. ^ Castelle CJ, Banfield JF (март 2018 г.). «Основные новые микробные группы расширяют разнообразие и изменяют наше понимание древа жизни». Cell . 172 (6): 1181–1197. doi : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . PMID  29522741.
  68. ^ Кастель, Синди Дж.; Банфилд, Джиллиан Ф. (8 марта 2018 г.). «Основные новые микробные группы расширяют разнообразие и изменяют наше понимание древа жизни». Cell . 172 (6): 1181–1197. doi : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . ISSN  0092-8674. PMID  29522741.
  69. ^ abc Sekiguchi Y; et al. (2015). «Первые геномные исследования членов потенциального бактериального типа, ответственного за накопление сточных вод». PeerJ . 3 : e740. doi : 10.7717/peerj.740 . PMC 4312070 . PMID  25650158. 
  70. ^ ab Yarza P; et al. (2014). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей генов 16S рРНК». Nature Reviews Microbiology . 12 (9): 635–645. doi : 10.1038/nrmicro3330. hdl : 10261/123763. PMID  25118885. S2CID  21895693.
  71. ^ Hug LA; et al. (2016). «Новый взгляд на древо жизни». Nature Microbiology . Статья 16048 (5): 16048. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.48 . PMID  27572647.
  72. ^ ab Battistuzzi FU, Feijao A, Hedges SB (ноябрь 2004 г.). «Геномная временная шкала эволюции прокариот: взгляд на происхождение метаногенеза, фототрофии и колонизации суши». BMC Evolutionary Biology . 4 : 44. doi : 10.1186/1471-2148-4-44 . PMC 533871. PMID  15535883 . 
  73. ^ Баттистуцци, FU; Хеджес, SB (6 ноября 2008 г.). «Основная клада прокариот с древними адаптациями к жизни на суше». Молекулярная биология и эволюция . 26 (2): 335–343. doi :10.1093/molbev/msn247. PMID  18988685.
  74. ^ Schluenzen F; et al. (2000). «Структура функционально активированной малой рибосомальной субъединицы при разрешении 3,3 ангстрема». Cell . 102 (5): 615–23. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00084-2 . PMID  11007480. S2CID  1024446.
  75. ^ ab Woese, CR (1987). «Бактериальная эволюция». Microbiological Reviews . 51 (2): 221–71. doi : 10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. PMC 373105. PMID  2439888. 
  76. ^ Холланд Л. (22 мая 1990 г.). «Карл Вёзе в авангарде революции в эволюции бактерий». The Scientist . 3 (10).
  77. ^ Штакебрандт и др. (1988). «Proteobacteria classis nov., название филогенетического таксона, включающего «фиолетовые бактерии и их родственников»». Int. J. Syst. Bacteriol . 38 (3): 321–325. doi : 10.1099/00207713-38-3-321 .
  78. ^ Hugenholtz, P.; Tyson, GW; Webb, RI; Wagner, AM; Blackall, LL (2001). "Исследование подразделения-кандидата TM7, недавно признанной основной линии бактерий домена без известных представителей чистой культуры". Applied and Environmental Microbiology . 67 (1): 411–9. Bibcode :2001ApEnM..67..411H. doi :10.1128/AEM.67.1.411-419.2001. PMC 92593 . PMID  11133473. 
  79. ^ Ябэ, С.; Айба, Ю.; Сакаи, Ю.; Хазака, М.; Йокота, А. (2010). «Thermogemmatispora onikobensis gen. nov., sp. nov. и Thermogemmatispora foliorum sp. nov., выделенные из опавших листьев на геотермальных почвах, и описание Thermogemmatisporaceae fam. nov. и Thermogemmatisporales ord. nov. в классе Ktedonobacteria». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (4): 903–910. doi : 10.1099/ijs.0.024877-0 . PMID  20495028.
  80. ^ Sutcliffe, IC (2011). «Архитектура клеточной оболочки в Chloroflexi: смещающаяся линия фронта в филогенетической войне за территорию». Environmental Microbiology . 13 (2): 279–282. doi :10.1111/j.1462-2920.2010.02339.x. PMID  20860732.
  81. ^ ab Stackebrandt, E.; Rainey, FA; Ward-Rainey, NL (1997). "Предложение о новой иерархической системе классификации, Actinobacteria classis nov". Международный журнал систематической бактериологии . 47 (2): 479–491. doi : 10.1099/00207713-47-2-479 .
  82. ^ JP Euzéby. "Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре: классификация Deinococcus–Thermus". Архивировано из оригинала 27 января 2013 года . Получено 30 декабря 2010 года .
  83. ^ Руководство Берджи по систематической бактериологии, 1-е изд.
  84. ^ Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (ч. 1): 7–76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID  11837318.
  85. ^ "Список прокариотических названий, стоящих в номенклатуре — класс Hadobacteria". LPSN . Архивировано из оригинала 19 апреля 2012 г. Получено 30 декабря 2010 г. Euzéby, JP (1997). «Список бактериальных названий, имеющих место в номенклатуре: папка, доступная в Интернете». Int J Syst Bacteriol . 47 (2): 590–2. doi : 10.1099/00207713-47-2-590 . ISSN  0020-7713. PMID  9103655.
  86. ^ Boone DR; Castenholz RW (18 мая 2001 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Garrity GM (ред.). The Archaea and the Deeply Branching and Phototrophic Bacteria . Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Том 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. С. 721. ISBN 978-0-387-98771-2. Британская библиотека № GBA561951.
  87. ^ Olsen GJ, Woese CR, Overbeek R (1994). «Ветры (эволюционных) изменений: вдохнув новую жизнь в микробиологию». Журнал бактериологии . 176 (1): 1–6. doi :10.2172/205047. PMC 205007. PMID  8282683 .