Ценорхабдитис

Род круглых червей

Caenorhabditis — это род нематод , которые живут в богатых бактериями средах, таких как компостные кучи, разлагающиеся трупы животных и гниющие фрукты. Название происходит от греческого: caeno- ( καινός ( caenos ) = новый, недавний); рабдитис = палочковидный ( ῥάβδος ( рабдос ) = палочка, палочка).

Род Caenorhabditis включает известный модельный организм Caenorhabditis elegans и несколько других видов, последовательность генома которых либо доступна, либо в настоящее время определяется. Два наиболее изученных вида этого рода ( C. elegans и C. briggsae ) являются андродиоэтными (у них есть мужской и гермафродитный пол), тогда как большинство других видов являются гонохорическими (у них есть мужской и женский пол). ^[2]

C. elegans является типовым видом рода. ^[3] В 1900 году Мопас первоначально назвал вид Rhabditis elegans , Оше поместил его в подрод Caenorhabditis в 1952 году, а в 1955 году Догерти возвел Caenorhabditis в статус рода . ^[4]

Экология

Caenorhabditis занимают различные среды, богатые питательными веществами и бактериями. Они не образуют самоподдерживающихся популяций в почве, так как в ней недостаточно органического вещества. Молодые черви, а также личинки дауэра могут переноситься беспозвоночными, в том числе многоножками , насекомыми , изоподами и брюхоногими моллюсками . Некоторые виды также, по-видимому, связаны с позвоночными, включая крупный рогатый скот зебу , хотя природа этой ассоциации не ясна. Виды можно классифицировать как « форетические » или «некроменические» в зависимости от их взаимоотношений с беспозвоночными-хозяевами. Форетический червь ездит на хозяине, пока не найдет благоприятную среду, а затем уходит. Червь-некромен ждет, пока хозяин умрет, и живет за счет бактерий, которые размножаются в мертвом животном. Многие виды способны вести как форетический, так и некроменический образ жизни. ^[5]

Разновидность

В этом роде около 50 известных видов, некоторые из них еще официально не описаны и не названы, ^[6] несмотря на то, что 15 видов были названы в одной статье 2014 года. ^[7] На основании сравнения последовательностей ITS2 их можно сгруппировать. вот так: ^[7]

• Супергруппа «Элеганс»
  • • Caenorhabditis inopinata - до 2017 г. назывался C. sp. 34 . Из инжира и инжирных ос выделен гонохорный (самец-женский) вид. Его геном секвенируют в Университете Миядзаки ^[8].
    • Caenorhabditis sp. 35
  • группа «Элеганс»
    • Caenorhabditis elegans - геном секвенирован в 1998 году Вашингтонским университетом в Сент-Луисе и Институтом Wellcome Trust Sanger с 6-кратным охватом ^[9]. В настоящее время это наиболее изученный вид в этом роде и, вероятно, в этом типе. C. elegans в основном представляют собой XX протандрические гермафродиты, которые оплодотворяются с использованием собственной спермы или спермы случайных самцов XO. ^[10]
    • Caenorhabditis briggsae - секвенирование генома завершено в 2003 году в Вашингтонском университете в Сент-Луисе. ^[11] C. briggsae — второй наиболее изученный вид этого рода. Хотя C. briggsae также в основном являются XX протандрическими гермафродитами, они не являются ближайшими родственниками C. elegans , и гермафродитная репродуктивная стратегия этих видов, а также C.tropicis , является примером конвергентной эволюции . Эволюционная дистанция между C. briggsae и C. elegans аналогична дистанции между людьми и мышами. C. nigoni — ближайший родственник C. briggsae , и эти два вида иногда могут давать несколько плодовитые гибриды. ^[12]
    • Caenorhabditis remanei - геном, секвенированный WashU GSC. ^[13] C. remanei более тесно связан с C. briggsae , чем с C. elegans ,и является гонохористическим (облигатным самцом и самкой) видом в группе Elegans . В прошлом существовала некоторая путаница относительно размещения штаммов между C. remanei , C. vulgaris (теперь рассматриваемым как подвид C. remanei ) и C. brenneri». ^[14]
    • Caenorhabditis brenneri - (до 2007 г. назывался C. sp 4 , C. sp CB5161 и C. sp PB2801 ) - геном, секвенированный WashU GSC. ^[15] Этот гонохористический вид встречается в группе Elegans , ближе к C. briggsae, чем к C. elegans . ^[16]
    • Caenorhabditis nigoni - до 2014 г. назывался C. sp. 9 ^[7]
    • Caenorhabditis догертии - до 2014 г. назывался C. sp. 10 ^[7]
    • Caenorhabditis тропический - до 2014 г. назывался C. sp. 11 ^[7] Подобно C. elegans и C. briggsae , популяции C.tropicis состоят из XX протандрических гермафродитов и X0 самцов. Эти три вида не являются ближайшими родственниками друг друга.
    • Caenorhabditis wallacei - до 2014 г. назывался C. sp. 16 ^[7]
    • Caenorhabditis latens - до 2014 г. назывался C. sp. 23 ^[7]
    • Caenorhabditis sinica - до 2014 г. назывался C. sp. 5
  • группа «Японика»
    • Caenorhabditis japonica - геном секвенируется WashU GSC. ^[17] Этот гонохористический вид встречается в группе Japonica , сестринской кладе группы Elegans . В дикой природе этот вид встречается в непаразитарной связи с норными клопами Parastrachia japonensis и может вступать в стадию дауера независимо от питания и условий скученности. ^{[18] [19]}
    • Caenorhabditis afra - (также называемый C. sp. 7 , C. sp. JU1199 и C. sp. JU1286 ). Этот гонохористический (самец-самка) вид был выделен Маттиасом Херрманном в Бегоро, Гана, Африка, в 2007 году. ^{[20] [7]} Его геном секвенируется в Вашингтонском университете. ^[21]
    • Caenorhabditis Imperialis - до 2014 г. назывался C. sp. 14 ^[7]
    • Caenorhabditis kamaaina - до 2014 г. назывался C. sp. 15 ^[7]
    • Caenorhabditis nouraguensis - до 2014 г. назывался C. sp. 17 ^[7]
    • Caenorhabditis macrosperma - до 2014 г. назывался C. sp. 18 ^[7]
    • Caenorhabditis yunquensis - до 2014 г. назывался C. sp. 19 ^[7]
• Супергруппа Drosophilae: группа видов, обычно встречающихся на гнилых фруктах и ​​переносимых мухами -дрозофилами.
  • • Caenorhabditis angaria - (до 2011 года назывался C. sp. 2 , C. sp. 3 и C. sp. PS1010 ) ^[22] - геном секвенирован в Калифорнийском технологическом институте в 2010 году. ^[23] Этот гонохоричный вид , обнаруженный вгруппе Angaria супергруппы Drosophilae , имеет отличную морфологию и поведение по сравнению с C. elegans . Примечательно, что самцы C. angaria демонстрируют спиральное спаривающееся поведение. Его отличие от C. elegans похоже на расстояние между человеком и рыбой. C. castelli — его ближайший родственник, и эти два вида могут давать гибриды F1. ^[24]
    • Caenorhabditis castelli - до 2014 г. назывался C. sp. 12 ^[7]
    • Caenorhabditis дрозофилы
    • Caenorhabditis guadeloupensis - до 2014 г. назывался C. sp. 20 ^[7]
    • Caenorhabditis portoensis - до 2014 г. назывался C. sp. 6 ^[7]
    • Caenorhabditis virilis - до 2014 г. назывался C. sp. 13 ^[7]
    • Caenorhabditis sp. 8
• базальный
  • • Caenorhabditis monodelphis - до 2017 года назывался Caenorhabditis sp. 1
    • Геном Caenorhabditis plicata секвенируется в Эдинбургском университете .

Другие филогенетические исследования

Группа видов Caenorhabditis с группой Protorhabditis, содержащей виды родов Protorhabditis , Diploscapter и Prodontorhabditis , с одной стороны, и с видами Oscheius , с другой стороны, образуют группу Eurhabditis родов Rhabditidae . ^[25]

Члены Caenorhabditis имеют исключительно общие 39 консервативных сигнатурных инделей , которые обнаруживаются в консервативных областях различных белков, таких как белок Rab44 и белок полиАДФ-рибозогликогидролазы (PARG-1), и специфически расположены на открытых петлях на поверхности. ^[26] Эти молекулярные маркеры помогают отличить этот род от всех других видов, а их присутствие на петлях, открытых на поверхности, предполагает участие во взаимодействиях белок-белок или белок-лиганд. ^[26]

Рекомендации

1. Оше, Г., 1952. — «Систематика и филогения дер Gattung Rhabditis (Nematoda)». Зоол. Джб. (Абт. 1), 81, 190–280.
2. Хааг, Эрик С. (2005). «Эволюция определения пола нематод: C. elegans как ориентир для сравнительной биологии». WormBook: Интернет-обзор биологии C. Elegans . Червячная книга : 1–14. дои :10.1895/wormbook.1.120.1. ПМЦ  4781019 . ПМИД  18050417.
3. Ценорхабдитис на сайте nematode.unl.edu.
4. Эллсворт К. Догерти (1955) Роды и виды подсемейства Rhabditinae Micoletzky, 1922 (Nematoda): номенклатурный анализ, включая дополнение о составе семейства Rhabditidae Örley, 1880. Журнал гельминтологии 29 (3): 105 -152 дои : 10.1017/S0022149X00024317
5. Кионтке, К; Судхаус, В. (январь 2006 г.). «Экология видов Caenorhabditis». Червячная книга : 1–14. дои :10.1895/wormbook.1.37.1. ПМК 4780885 . ПМИД  18050464. 
6. Кионтки, Карин; и другие. (21 ноября 2011 г.). «Филогения и молекулярные штрих-коды Caenorhabditis с многочисленными новыми видами из гниющих фруктов». Эволюционная биология BMC . 11 : 339. дои : 10.1186/1471-2148-11-339 . ПМЦ 3277298 . ПМИД  22103856. 
7. Феликс, Мари-Анн; Брэндл, Кристиан; Каттер, Ашер Д. (11 апреля 2014 г.). «Упрощенная система диагностики видов Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) с обозначениями названий для 15 различных биологических видов». ПЛОС ОДИН . 9 (4): е94723. Бибкод : 2014PLoSO...994723F. дои : 10.1371/journal.pone.0094723 . ПМЦ 3984244 . ПМИД  24727800. 
8. "НЦБИ" . Проверено 23 июня 2017 г.
9. Консорциум секвенирования C. elegans (1998). «Последовательность генома нематоды C. elegans: платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–2018. Бибкод : 1998Sci...282.2012.. doi :10.1126/science.282.5396.2012. ПМИД  9851916.
10. "Червячная база" . Проверено 4 сентября 2015 г.
11. Штейн, Л.Д.; и другие. (2003). «Последовательность генома Caenorhabditis briggsae: платформа для сравнительной геномики». ПЛОС Биология . 1 (2): 166–192. doi : 10.1371/journal.pbio.0000045 . ПМК 261899 . ПМИД  14624247. 
12. "Червячная база" . Проверено 4 сентября 2015 г.
13. "GSC: Caenorhabditis remanei" . Архивировано из оригинала 13 марта 2007 года . Проверено 28 апреля 2007 г.
14. "Червячная база" . Проверено 4 сентября 2015 г.
15. "GSC: Caenorhabditis n. sp. PB2801" . Архивировано из оригинала 18 августа 2007 года . Проверено 28 апреля 2007 г.
16. "Червячная база" . Проверено 4 сентября 2015 г.
17. "GSC: Caenorhabditis japonica" . Архивировано из оригинала 28 февраля 2008 года . Проверено 28 апреля 2007 г.
18. "ВормБаза" . Проверено 4 сентября 2015 г.
19. "Институт генома". Архивировано из оригинала 9 октября 2015 года . Проверено 4 сентября 2015 г.
20. "Червячная база" . Проверено 7 сентября 2015 г.
21. "Червячная база" . Проверено 7 сентября 2015 г.
22. Судхаус, Уолтер; Кионтке, Карин; Гиблин-Дэвис, Робин М. (2011). «Описание Caenorhabditis angaria n. sp. (Nematoda: Rhabditidae), сородича сахарного тростника и пальмовых долгоносиков (Coleoptera: Curculionidae)». Нематология . 13 (1): 61–78. дои : 10.1163/138855410X500334.
23. Мортазави, А.; Шварц, Э.М.; Уильямс, Б.; Шеффер, Л.; Антошечкин И.; Уолд, Би Джей; Штернберг, PW (2010). «Создание генома нематоды Caenorhabditis с помощью секвенирования РНК». Геномные исследования . 20 (12): 1740–1747. дои : 10.1101/гр.111021.110. ПМК 2990000 . ПМИД  20980554. 
24. "Червячная база" . Проверено 4 сентября 2015 г.
25. Филогенетические взаимоотношения Caenorhabditis и других рабдитид. Карин Кионтке и Дэвид Х.А. Фитч, Wormbook, 2005, номер документа : 10.1895/wormbook.1.11.1
26. Хадка, Биджендра; Чаттерджи, Тонука; Гупта, Бхагвати П.; Гупта, Рэдхи С. (24 сентября 2019 г.). «Геномный анализ выявляет новые молекулярные признаки, специфичные для Caenorhabditis и других таксонов нематод, обеспечивая новые средства для генетических и биохимических исследований». Гены . 10 (10): 739. doi : 10.3390/genes10100739 . ISSN  2073-4425. ПМК 6826867 . ПМИД  31554175.