Хромосома человека
Хромосома 13 — одна из 23 пар хромосом у человека . Обычно у людей есть две копии этой хромосомы. Хромосома 13 охватывает около 113 миллионов пар оснований (строительный материал ДНК ) и составляет от 3,5 до 4% всей ДНК в клетках .
Гены
Количество генов
Ниже приведены некоторые оценки количества генов в 13-й хромосоме человека. Поскольку исследователи используют разные подходы к аннотированию генома, их прогнозы количества генов в каждой хромосоме различаются (технические подробности см. в разделе «Прогнозирование генов» ). Среди различных проектов проект совместного консенсусного кодирования последовательностей ( CCDS ) использует чрезвычайно консервативную стратегию. Таким образом, прогноз числа генов CCDS представляет собой нижнюю границу общего количества генов, кодирующих человеческие белки. [4]
Список генов
Ниже приводится неполный список генов 13-й хромосомы человека. Полный список можно найти по ссылке в информационном окне справа.
- ARGLU1 : кодирует белок аргинин и белок 1, богатый глютаматом.
- ATP7B : АТФаза, переносящая Cu++, бета-полипептид (болезнь Вильсона).
- BRCA2 : рак молочной железы 2, раннее начало.
- BRCA3, кодирующий белок Рак молочной железы 3
- C13orf42 : кодирующий белок C13orf42.
- CAB39L : кодирующий белок , подобный кальцийсвязывающему белку 39.
- CARKD : белок, содержащий домен углеводной киназы (неизвестная функция)
- CCDC70 : белок 70, содержащий спирально-спиральный домен.
- CHAMP1 : фосфопротеин 1, поддерживающий выравнивание хромосом.
- CKAP2 : белок 2, связанный с цитоскелетом.
- CLYBL : бета-подобный цитрат-лиазе.
- CRYL1 : кодирующий белок Кристаллин, лямбда 1.
- DLEU1 : длинная некодирующая РНК.
- DLEU2 : удаляется при лимфоцитарном лейкозе 1.
- DZIP1 : DAZ, взаимодействующий с белком 1 цинковых пальцев.
- EDNRB : рецептор эндотелина типа B.
- ELF1 : кодирующий белок E74-подобный фактор 1 (фактор транскрипции домена ets)
- ESD : S-формилглутатионгидролаза
- FAM155A : кодирующее семейство белков со сходством последовательностей 155, член A.
- FLT1 : Fms-связанная тирозинкиназа 1 ( рецептор 1 фактора роста эндотелия сосудов )
- GJB2 : белок щелевого соединения, бета 2, 26 кДа (коннексин 26)
- GJB6 : белок щелевых соединений, бета 6 (коннексин 30).
- Глипикан 5 : кодирующий белок Глипикан-5.
- HTR2A : рецептор 5-HT2A .
- INTS6 : кодирует субъединицу 6 белкового интеграторного комплекса.
- GPALPP1 : кодирующий белок KIAA1704.
- L1TD1P1 : кодирующий домен транспозазы белка типа LINE-1, содержащий 1 псевдоген 1.
- LACC1 : кодирующий домен белка лакказы (мультимедная оксидоредуктаза), содержащий 1
- LHFP : кодирующий белок липомы, партнер по слиянию HMGIC
- LINC00327 : кодирующий белок. Длинная межгенная небелковая кодирующая РНК 327.
- LINC00346 : кодирующий белок. Длинная межгенная небелковая кодирующая РНК 346.
- LOC107984557, кодирующий белок метилцитозиндиоксигеназу TET1-подобный
- MBNL2 : кодирующий белок 2, подобный мышечному слепому белку.
- MIPEP : кодирующий фермент митохондриальную промежуточную пептидазу.
- MIRH1 : кодирующий белок Белок предполагаемого гена 1 хозяина микроРНК
- МТРФ1 :
- NDFIP2 : кодирующий белок 2, взаимодействующий с семейством NEDD4.
- NUPL1 : кодирующий белок нуклеопорин p58/p45.
- POMP : кодирующий белок созревания протеасом.
- PCCA : пропионил-коэнзим А-карбоксилаза, альфа-полипептид.
- RB1 : ретинобластома 1 (включая остеосаркому)
- RCBTB1 : кодирующий белок RCC1 и белок 1, содержащий домен BTB.
- RCBTB2 : кодирующий белок RCC1 и белок 2, содержащий домен BTB.
- RGCC : кодирующий белок- регулятор клеточного цикла RGCC.
- RNR1 : кодирует РНК, рибосомальный кластер 45S 1.
- SCEL : кодирующий белок сиеллин
- SLC46A3 : кодирующий белок семейства растворенных носителей 46, член 3
- SLITRK1 : кодирующий белок SLIT и NTRK-подобный белок 1.
- SLITRK1 : мутация в этом гене вызывает некоторые (хотя и очень немногие) случаи синдрома Туретта и трихотилломании.
- SLITRK5 : кодирующий белок SLIT и NTRK-подобный белок 5.
- SLITRK6 : кодирует белок SLIT и NTRK-подобный белок 6.
- SOX21 : Транскрипционный фактор SOX-21 представляет собой белок , который у человека кодируется SOX21; его нарушение может привести к алопеции у мышей .
- SPRYD7 : кодирующий белок 7, содержащий домен SPRY.
- SUPT20H : гомолог SPT20.
- TDRD3 : кодирующий белок 3, содержащий домен Tudor.
- TM9SF2 : кодирующий белок, член 2 суперсемейства трансмембранного 9.
- TPT1 : опухолевый белок, контролируемый трансляцией (TCTP).
- TSC22D1 : кодирующий белок 1 семейства доменов TSC22.
- UBL3 : кодирующий белок убиквитиноподобный белок 3.
- WBP4 : кодирующий белок 4, связывающий домен WW.
- XPO4 : кодирующий белок экспортин-4.
- ZC3H13 : кодирующий белок белок 13, содержащий домен CCCH цинкового пальца.
- ZMYM2 : кодирующий белок Белок 2 типа MYM с цинковым пальцем.
Болезни и расстройства
Следующие заболевания и расстройства относятся к числу тех, которые связаны с генами на хромосоме 13:
Хромосомные состояния
Следующие состояния вызваны изменениями в структуре или количестве копий хромосомы 13:
- Ретинобластома . Небольшой процент случаев ретинобластомы вызван делециями в области хромосомы 13 (13q14), содержащей ген RB1. [11] Дети с этими хромосомными делециями также могут иметь умственную отсталость, медленный рост и характерные черты лица (такие как выступающие брови, широкая переносица, короткий нос и аномалии ушей). Исследователи не определили, какие еще гены расположены в удаленной области, но потеря нескольких генов, вероятно, ответственна за эти проблемы развития.
- Трисомия 13 : Трисомия 13 возникает, когда каждая клетка организма имеет три копии хромосомы 13 вместо обычных двух копий. Трисомия 13 также может быть результатом дополнительной копии хромосомы 13 только в некоторых клетках организма (мозаичная трисомия 13). В небольшом проценте случаев трисомия 13 вызвана перестановкой хромосомного материала между хромосомой 13 и другой хромосомой. В результате у человека есть две обычные копии 13-й хромосомы плюс дополнительный материал из 13-й хромосомы, прикрепленный к другой хромосоме. Эти случаи называются транслокационной трисомией 13. Дополнительный материал из хромосомы 13 нарушает ход нормального развития, вызывая характерные признаки и симптомы трисомии 13. Исследователи пока не уверены, как этот дополнительный генетический материал приводит к таким особенностям заболевания, как серьезные нарушения мозговых функций, маленький череп, умственная отсталость, нефункциональные глаза и пороки сердца.
- Другие хромосомные состояния. Частичная моносомия 13q — редкое хромосомное заболевание, возникающее в результате отсутствия части длинного плеча (q) хромосомы 13 (моносомия). Младенцы, рожденные с частичной моносомией 13q, могут иметь низкий вес при рождении, пороки развития головы и лица (черепно-лицевой области), аномалии скелета (особенно кистей и стоп) и другие физические аномалии. Для этого состояния характерна умственная отсталость. Уровень смертности в младенчестве высок среди людей, родившихся с этим расстройством. Почти все случаи частичной моносомии 13q возникают случайно и без видимой причины (спорадически).
Цитогенетическая полоса
Рекомендации
- ^ ab «Результаты поиска - 13[CHR] И «Homo sapiens»[Организм] И («имеет ccds»[Свойства] И живой[prop]) - Ген». НКБИ . CCDS Release 20 для Homo Sapiens . 08.09.2016 . Проверено 28 мая 2017 г.
- ^ Том Страчан; Эндрю Рид (2 апреля 2010 г.). Молекулярная генетика человека. Гирляндная наука. п. 45. ИСБН 978-1-136-84407-2.
- ^ Страница украшения генома abc, NCBI. Данные идеограммы Homo sapience (850 ударов в час, сборка GRCh38.p3). Последнее обновление 3 июня 2014 г. Проверено 26 апреля 2017 г.
- ^ Пертеа М., Зальцберг С.Л. (2010). «Между курицей и виноградом: оценка количества генов человека». Геном Биол . 11 (5): 206. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-206 . ПМК 2898077 . ПМИД 20441615.
- ^ «Статистика и загрузки для хромосомы 13» . Комитет по генной номенклатуре Хьюго . 12 мая 2017 г. Проверено 19 мая 2017 г.
- ^ «Хромосома 13: Краткое описание хромосом - Homo sapiens» . Ансамбль Выпуск 88 . 29 марта 2017 г. Проверено 19 мая 2017 г.
- ^ «Хромосома человека 13: записи, названия генов и перекрестные ссылки на MIM» . ЮниПрот . 28 февраля 2018 г. Проверено 16 марта 2018 г.
- ^ «Результаты поиска - 13[CHR] И «Homo sapiens» [Организм] И («кодирующий белок генотипа» [Свойства] И живой [реквизит]) - Ген». НКБИ . 19 мая 2017 г. Проверено 20 мая 2017 г.
- ^ «Результаты поиска - 13[CHR] И «Homo sapiens»[Организм] И ( («genetype miscrna»[Свойства] OR «генотип ncrna»[Свойства] OR «генотип rrna»[Свойства] OR «генотип trna»[Свойства] ] ИЛИ "ген типа scrna"[Свойства] ИЛИ "генотип snrna"[Свойства] ИЛИ "генотип snrna"[Свойства]) НЕ "генотип, кодирующий белок"[Свойства] И живой[prop]) - Ген". НКБИ . 19 мая 2017 г. Проверено 20 мая 2017 г.
- ^ «Результаты поиска - 13[CHR] И «Homo sapiens»[Организм] И («псевдогенный тип»[Свойства] И живой[реквизит]) - Ген». НКБИ . 19 мая 2017 г. Проверено 20 мая 2017 г.
- ^ Данэм А., Мэтьюз Л.Х., Бертон Дж., Ашерст Дж.Л., Хоу К.Л., Эшкрофт К.Дж. и др. (2004). «Последовательность ДНК и анализ 13-й хромосомы человека». Природа . 428 (6982): 522–8. Бибкод : 2004Natur.428..522D. дои : 10.1038/nature02379. ПМЦ 2665288 . ПМИД 15057823.
- ^ Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы Homo sapience (400 ударов в час, сборка GRCh38.p3). Последнее обновление 4 марта 2014 г. Проверено 26 апреля 2017 г.
- ^ Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы Homo sapience (550 ударов в час, сборка GRCh38.p3). Последнее обновление 11 августа 2015 г. Проверено 26 апреля 2017 г.
- ^ Международный постоянный комитет по цитогенетической номенклатуре человека (2013). ISCN 2013: Международная система цитогенетической номенклатуры человека (2013). Каргерское медицинское и научное издательство. ISBN 978-3-318-02253-7.
- ^ Сетакулвичай, В.; Манитпорнсут, С.; Вибунрат, М.; Лилакиацакун, В.; Ассавамакин, А.; Тонгсима, С. (2012). «Оценка разрешения на уровне полос изображений хромосом человека». 2012 Девятая Международная конференция по информатике и программной инженерии (JCSSE). стр. 276–282. doi : 10.1109/JCSSE.2012.6261965. ISBN 978-1-4673-1921-8. S2CID 16666470.
- ^ " p ": Короткая рука; « q »: Длинная рука.
- ^ Номенклатуру цитогенетических полос см. в статье locus .
- ^ ab Эти значения (начало/конец ISCN) основаны на длине полос/идеограмм из книги ISCN «Международная система цитогенетической номенклатуры человека» (2013). Произвольная единица .
- ^ gpos : область, положительно окрашенная G-полосами , обычно богатая АТ и бедная генами; gneg : область, отрицательно окрашенная G-полосами, обычно богатая CG и богатая генами; acen Центромера . var : переменная область; стебель : Стебель.
Внешние ссылки
Викискладе есть медиафайлы, связанные с 13-й хромосомой человека .
- Национальные институты здоровья. «Хромосома 13». Домашний справочник по генетике . Архивировано из оригинала 9 октября 2004 года . Проверено 6 мая 2017 г.
- «Хромосома 13». Информационный архив проекта «Геном человека», 1990–2003 гг . Проверено 6 мая 2017 г.