Кубок Heineken 1999–2000 был пятым изданием Кубка Heineken по регби. Команды из Франции , Ирландии , Италии , Уэльса , Англии и Шотландии были разделены на шесть групп по четыре человека и играли друг с другом домашние и выездные матчи. Победители групп и два лучших финалиста квалифицировались в плей-офф.
В групповых матчах команды получили