Лига чемпионов АФК 2006 года была 25-м выпуском азиатского клубного футбольного турнира высшего уровня и четвертым выпуском под текущим названием Лиги чемпионов АФК. Аль-Иттихад автоматически квалифицировался в четвертьфинал как обладатель титула.
Jeonbuk Hyundai Motors выиграли свой первый титул Лиги чемпионов АФК, обыграв Al-Karamah со счетом 3–2 по сумме двух матчей в финале. Jeonbuk также стал первой командой в истории Азии, которая выиграла Лигу чемпионов до титула национальной лиги (они выиграли свой первый чемпионат K League три года спустя, в 2009 году ).
Всего 28 клубов были разделены на семь групп по четыре, [a] в зависимости от региона. Каждый клуб играл по двойной круговой системе (дома и на выезде) против трех других членов группы в общей сложности шесть матчей. Клубы получали три очка за победу, одно за ничью и ни одного очка за поражение. Клубы ранжировались по очкам. Если две или более команд набирали одинаковое количество очков, применялись следующие критерии определения победителя:
Семь победителей групп и действующий чемпион вышли в четвертьфинал.
Все 8 клубов были выбраны случайным образом; однако единственным ограничением было то, что клубы из одной страны не могли встречаться друг с другом в четвертьфинале. Игры проводились в два матча, дома и на выезде, и победитель определялся по общему счету. Если общий счет был равным, применялось правило выездных голов . Если счет оставался равным, клубы играли дополнительное время , в котором правило выездных голов по-прежнему применялось. Если счет оставался равным, игра переходила к серии пенальти .
«Чонбук Хёндэ Моторс» выиграл со счетом 4–3 по сумме двух матчей.
Аль-Кадисия выиграла со счетом 5–2 по сумме двух матчей.
Ulsan Hyundai Horang-i выиграл со счетом 7–0 по сумме двух матчей.
«Аль-Карама» выиграла со счетом 4–2 по сумме двух матчей.
«Чонбук Хёндэ Моторс» выиграл со счетом 6–4 по сумме двух матчей.
«Аль-Карама» выиграла со счетом 1:0 по сумме двух матчей.
«Чонбук Хёндэ Моторс» выиграл со счетом 3–2 по сумме двух матчей.