stringtranslate.com

B-box цинковый палец

В молекулярной биологии домен цинкового пальца типа B-box представляет собой короткий белковый домен длиной около 40 аминокислотных остатков . Цинковые пальцы B-box можно разделить на две группы, где домены B-box типов 1 и 2 отличаются консенсусной последовательностью и расстоянием между 7-8 цинксвязывающими остатками. Несколько белков содержат B-box типов 1 и 2, что предполагает некоторый уровень кооперативности между этими двумя доменами.

Происшествие

Домены B-box обнаружены в более чем 1500 белках из различных организмов. Они обнаружены в белках TRIM (трехкомпонентный мотив), которые состоят из N-концевого пальца RING (первоначально называемого A-box), за которым следуют 1-2 домена B-box и домен спиральной спирали (также называемый RBCC от Ring, B-box, Coiled-Coil). Белки TRIM содержат домен B-box типа 2 и могут также содержать B-box типа 1. В белках, которые не содержат домены RING или спиральной спирали, домен B-box в основном относится к типу 2. Многие белки B-box типа 2 участвуют в убиквитинилировании. Белки, содержащие домен цинкового пальца B-box, включают факторы транскрипции , рибонуклеопротеины и протоонкопротеины; например, MID1, MID2, TRIM9 , TNL, TRIM36, TRIM63 , TRIFIC, NCL1 и CONSTANS-подобные белки. [1]

Лигаза E3 MID1 (EC), связанная с микротрубочками , содержит домен цинкового пальца B-box типа 1. MID1 специфически связывает Alpha-4, который, в свою очередь, рекрутирует каталитическую субъединицу фосфатазы 2A (PP2Ac). Этот комплекс необходим для нацеливания PP2Ac для протеасомно-опосредованной деградации . B-box MID1 координирует два иона цинка и принимает структуру перекрестных скобок бета/бета/альфа, похожую на структуру цинковых пальцев ZZ, PHD, RING и FYVE. [2] [3]

Гомологи

Прокариотические гомологи домена присутствуют в нескольких бактериальных линиях и метаногенных археях и часто демонстрируют слияния с доменами пептидаз, такими как ромбовидная сериновая пептидаза и Zn-зависимая металлопептидаза . Другие версии обычно содержат трансмембранные спирали и также могут показывать слияния с доменами, такими как DNAJ, FHA, SH3, WD40 и тетратрикопептидные повторы. Вместе эти ассоциации предполагают роль прокариотических гомологов домена цинкового пальца B-box в протеолитической обработке, фолдинге или стабильности мембранно-ассоциированных белков. Архитектурный синтаксис домена удивительно похож на тот, который наблюдается у прокариотических гомологов доменов цинкового пальца AN1 и LIM . [4]

Ссылки

  1. ^ Short KM, Cox TC (март 2006 г.). «Подклассификация суперсемейства RBCC/TRIM выявляет новый мотив, необходимый для связывания микротрубочек». J. Biol. Chem . 281 (13): 8970–80. doi : 10.1074/jbc.M512755200 . PMID  16434393.
  2. ^ Massiah MA, Matts JA, Short KM, Simmons BN, Singireddy S, Yi Z, Cox TC (май 2007 г.). «Структура раствора цинксвязывающего домена MID1 B-box2 CHC(D/C)C(2)H(2): взгляд на эволюционно консервативную укладку RING». J. Mol. Biol . 369 (1): 1–10. doi :10.1016/j.jmb.2007.03.017. PMID  17428496.
  3. ^ Massiah MA, Simmons BN, Short KM, Cox TC (апрель 2006 г.). «Структура решения домена B-box1 RBCC/TRIM человеческого MID1: B-box с кольцом». J. Mol. Biol . 358 (2): 532–45. doi :10.1016/j.jmb.2006.02.009. PMID  16529770.
  4. ^ Burroughs AM, Iyer LM, Aravind L (июль 2011 г.). «Функциональная диверсификация RING finger и других двухъядерных доменов скрипичного ключа у прокариот и ранняя эволюция системы убиквитина». Mol. Biosyst . 7 (1): 2261–77. doi :10.1039/C1MB05061C. PMC 5938088 . PMID  21547297. 

Внешние ссылки

Смотрите также

В статье использован текст из общедоступных источников Pfam и InterPro : IPR000315