stringtranslate.com

ТАНГО2

Гомолог транспорта и организации Гольджи 2 (TANGO2), также известный как открытая рамка считывания 25 хромосомы 22 (C22orf25), представляет собой белок , который у человека кодируется геном TANGO2.

Функция C22orf25 в настоящее время неизвестна. Он характеризуется доменом суперсемейства NRDE (DUF883), который строго известен по консервативной аминокислотной последовательности (N)- аспарагин (R)- аргинин (D)- аспарагиновая кислота (E)- глутаминовая кислота . Этот домен обнаружен среди отдаленно родственных видов из шести царств: [4] Eubacteria , Archaebacteria , Protista , Fungi , Plantae и Animalia и, как известно, участвует в организации аппарата Гольджи и секреции белков. [5] Вероятно, что он локализуется в цитоплазме , но закреплен в клеточной мембране второй аминокислотой. [6] [7] C22orf25 также является ксенологичным для белков типа T10 в вирусе оспы кур и вирусе оспы канареек . Ген, кодирующий C22orf25, расположен на хромосоме 22 в области q11.21, поэтому его часто связывают с синдромом делеции 22q11.2 . [8]

Белок

Джин соседство

Ген C22orf25 расположен на длинном плече (q) хромосомы 22 в регионе 1, полосе 1 и подполосе 2 (22q11.21), начиная с 20 008 631 пар оснований и заканчивая 20 053 447 парами оснований. [8] Существует делеция размером 1,5–3,0 Мб, содержащая около 30–40 генов , охватывающая этот регион, которая вызывает наиболее выживаемое генетическое делеционное расстройство, известное как синдром делеции 22q11.2 , который наиболее широко известен как синдром ДиДжорджи или велокаридофациальный синдром. [12] [13] Синдром делеции 22q11.2 имеет широкий спектр фенотипов и не объясняется потерей одного гена. Обширные фенотипы возникают из-за делеций не только генов критической области синдрома Ди Джорджи (DGCR) и генов заболевания, но и других неопознанных генов. [14]

C22orf25 находится в непосредственной близости от DGCR8, а также других генов, которые, как известно, играют роль в синдроме Ди Джорджи, таких как ген повтора броненосца, удаленный при велокардиофациальном синдроме ( ARVCF ), катехол-О-метилтрансфераза ( COMT ) и T-box 1 ( TBX1 ). [15] [16]

Соседство гена C22orf25

Предсказанные характеристики мРНК

Промоутер

Промотор гена C22orf25 охватывает 687 пар оснований от 20 008 092 до 20 008 878 с предсказанным местом начала транскрипции, которое составляет 104 пары оснований и охватывает от 20 008 591 до 20 008 694. [17] Промоторная область и начало гена C22orf25 (от 20 008 263 до 20 009 250) не сохранились у приматов. Эта область использовалась для определения взаимодействий факторов транскрипции .

Факторы транскрипции

Некоторые из основных факторов транскрипции, которые связываются с промотором, перечислены ниже. [18]

Анализ экспрессии

Данные по экспрессии, полученные с помощью картирования Expressed Sequence Tag , микрочипов и гибридизации in situ, показывают высокую экспрессию Homo sapiens в крови , костном мозге и нервах . [19] [20] [21] Экспрессия не ограничивается этими областями, и низкая экспрессия наблюдается в других частях тела. У Caenorhabditis elegans ген snt-1 (гомолог C22orf25) экспрессировался в нервном кольце, вентральных и дорсальных отростках канатика, участках нервно-мышечных соединений и в нейронах. [22]

Эволюционная история

Домен NRDE (DUF883) — это домен с неизвестной функцией, охватывающий большую часть гена C22orf25 и встречающийся у отдаленно родственных видов, включая вирусы.

Предсказанные характеристики белка

Посттрансляционные модификации

Посттрансляционные модификации гена C22orf25, которые эволюционно сохранились в царствах Animalia и Plantae, а также в вирусе оспы канареек, включают гликозилирование (C-маннозилирование), [23] гликирование , [24] фосфорилирование (специфическое для киназы) [25] и пальмитоилирование . [26]

Предсказанная топология

C22orf25 локализуется в цитоплазме и прикрепляется к клеточной мембране второй аминокислотой. Как упоминалось ранее, вторая аминокислота модифицируется пальмитоилированием. Известно, что пальмитоилирование способствует мембранной ассоциации [27], поскольку оно способствует повышению гидрофобности. [6] Известно, что пальмитоилирование играет роль в модуляции перемещения белков, [28] стабильности [29] и сортировке. [30] Пальмитоилирование также участвует в клеточной сигнализации [31] и нейронной передаче. [32]

Взаимодействие белков

Было показано, что C22orf25 взаимодействует с NFKB1 , [33] RELA , [33] RELB , [33] BTRC , [33] RPS27A , [33] BCL3 , [33] MAP3K8 , [33] NFKBIA , [33] SIN3A , [33] SUMO1 , [33] Tat . [34]

Клиническое значение

Мутации в гене TANGO2 могут вызывать дефекты митохондриального β-окисления [35] и повышенный стресс эндоплазматического ретикулума и снижение плотности объема Гольджи . [36] Эти мутации приводят к ранней гипогликемии , гипераммониемии , рабдомиолизу , сердечным аритмиям и энцефалопатии , которая позже развивается в когнитивные нарушения. [35] [36] Аномальная аутофагия и митофагия были связаны с заболеванием, связанным с TANGO2, и могут объяснить различную картину в биопсиях мышц, включая вторичные аномальные жирные кислоты и митохондриальный метаболизм. [37]

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000183597 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  3. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "ВЗРЫВ (NCBI)".
  5. ^ «Консервативные домены (NCBI)».
  6. ^ ab "CSS-Palm". Архивировано из оригинала 2009-02-15 . Получено 2012-05-08 .
  7. ^ "ПСОРТИ".
  8. ^ ab "Ген (NCBI)".
  9. ^ "ElDorado (Genomatix)". Архивировано из оригинала 2021-12-02 . Получено 2012-04-27 .
  10. ^ "SignalP (ExPASy)". Архивировано из оригинала 2012-04-24 . Получено 2012-04-28 .
  11. ^ «Статистический анализ последовательности белка (Biology Workbench)».[ постоянная мертвая ссылка ]
  12. ^ Meechan DW, Maynard TM, Tucker ES, LaMantia AS (2011). «Три фазы патогенеза синдрома делеции DiGeorge/22q11 во время развития мозга: Паттернирование, пролиферация и митохондриальные функции генов 22q11». International Journal of Developmental Neuroscience . 29 (3): 283–294. doi :10.1016/j.ijdevneu.2010.08.005. PMC 3770287 . PMID  20833244. 
  13. ^ Книффин К. «Синдром ДиДжорджи; DGS. Получено в апреле 2012 г. из Online Mendelian Inheritance in Man».
  14. ^ Scambler PJ (2000). «Синдромы делеции 22q11». Hum. Mol. Genet . 9 (16): 2421–6. doi : 10.1093/hmg/9.16.2421 . PMID  11005797.
  15. ^ Адам MP, Фельдман J, Мирзаа GM, Пагон RA, Уоллес SE, Бин LJH, Грипп KW, Амемия A, Макдональд-Макгинн DM, Хейн HS, Эмануэль BS, Закай EH (1993). "Синдром делеции 22q11.2". Вашингтонский университет, Сиэтл. PMID  20301696.
  16. ^ «Браузер генома BLAT UCSC».
  17. ^ "Эль Дурадо (Genomatix)".
  18. ^ "Эль Дурадо-Геноматикс".
  19. ^ "Unigene NCBI". Архивировано из оригинала 2013-07-12 . Получено 2012-04-26 .
  20. ^ "Профили GEO NCBI".
  21. ^ "Био GPS".
  22. ^ "WormBase".
  23. ^ "NetCGly (ExPASy)". Архивировано из оригинала 2012-04-24 . Получено 2012-04-28 .
  24. ^ "NetGlycate (ExPASy)". Архивировано из оригинала 2012-04-24 . Получено 2012-04-28 .
  25. ^ "Phos (ExPASy)". Архивировано из оригинала 2012-04-24 . Получено 2012-04-28 .
  26. ^ "CSS Palm (ExPASy)". Архивировано из оригинала 2012-04-24 . Получено 2012-04-28 .
  27. ^ Resh MD (2006). «Пальмитоилирование лигандов, рецепторов и внутриклеточных сигнальных молекул». Science's STKE . 2006 (359): 14. doi :10.1126/stke.3592006re14. PMID  17077383. S2CID  25729573.
  28. ^ Draper JM, Xia Z, Smith CD (август 2007 г.). «Клеточное пальмитоилирование и транспортировка липидированных пептидов». Journal of Lipid Research . 48 (8): 1873–1884. doi : 10.1194/jlr.m700179-jlr200 . PMC 2895159. PMID  17525474 . 
  29. ^ Линдер ME, Дешен Р. Дж. (январь 2007 г.). «Пальмитоилирование: контроль стабильности и трафика белков». Nature Reviews Molecular Cell Biology . 8 (1): 74–84. doi :10.1038/nrm2084. PMID  17183362. S2CID  26339042.
  30. ^ Greaves J, Chamberlain LH (январь 2007 г.). «Сортировка белков, зависящая от пальмитоилирования». Журнал клеточной биологии . 176 (3): 249–254. doi :10.1083/jcb.200610151. PMC 2063950. PMID  17242068 . 
  31. ^ Casey PJ (1995). "Липидизация белков в клеточной сигнализации". Science . 268 (5208): 221–5. Bibcode :1995Sci...268..221C. doi :10.1126/science.7716512. PMID  7716512.
  32. ^ Roth AF, Wan J, Bailey AO, Sun B, Kuchar JA, Green WN, Phinney BS, Yates JR, Davis NG (июнь 2006 г.). «Глобальный анализ пальмитоилирования белков в дрожжах». Cell . 125 (5): 1003–1013. doi :10.1016/j.cell.2006.03.042. PMC 2246083 . PMID  16751107. 
  33. ^ abcdefghij "База данных молекулярных взаимодействий". Архивировано из оригинала 2006-05-06.
  34. ^ "База данных вирусных молекулярных взаимодействий". Архивировано из оригинала 2015-02-15.
  35. ^ аб Кремер Л.С., Дистельмайер Ф., Альхаддад Б., Хемпель М., Юсо А., Куппер С. и др. (2016). «Биаллельные укорачивающие мутации в TANGO2 вызывают рецидивирующие метаболические кризы с энцефалокардиомиопатией в младенчестве». Американский журнал генетики человека . 98 (2): 358–62. дои : 10.1016/j.ajhg.2015.12.009. ПМЦ 4746337 . ПМИД  26805782. 
  36. ^ ab Lalani SR, Liu P, Rosenfeld JA, Watkin LB, Chiang T, Leduc MS и др. (2016). «Рецидивирующая мышечная слабость с рабдомиолизом, метаболическими кризами и сердечной аритмией из-за биаллельных мутаций TANGO2». American Journal of Human Genetics . 98 (2): 347–57. doi :10.1016/j.ajhg.2015.12.008. PMC 4746334 . PMID  26805781. 
  37. ^ де Кальбиак Х, Монтеалегре С, Штраубе М, Рено С, Дебрюге Х, Шанту Л, Сиура С, Имбард А, Ле Гийу Э, Мариан А, Гуден Н, Каккавелли Л, Фабрега С, Хубас А, ван Эндерт П (февраль) 2024). «Симптомы рабдомиолиза, связанные с TANGO2, связаны с аномальным функционированием аутофагии». Отчеты об аутофагии . 3 (1). дои : 10.1080/27694127.2024.2306766. ISSN  2769-4127.

Внешние ссылки