stringtranslate.com

Набор для развития химии

Chemistry Development Kit ( CDK ) — это компьютерное программное обеспечение , библиотека на языке программирования Java для хемоинформатики и биоинформатики . [4] [5] Он доступен для Windows , Linux , Unix и macOS . Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом , распространяемое по лицензии GNU Lesser General Public License (LGPL) 2.0.

История

CDK был создан Кристофом Стейнбеком , Эгоном Виллигхагеном и Дэном Гезельтером, тогдашними разработчиками Jmol и JChemPaint , для предоставления общей кодовой базы 27–29 сентября 2000 года в Университете Нотр-Дам . Первый релиз исходного кода был сделан 11 мая 2011 года. [6] С тех пор более 100 человек внесли свой вклад в проект, [7] что привело к богатому набору функций, как указано ниже. В период с 2004 по 2007 год CDK News был информационным бюллетенем проекта, все статьи которого доступны в публичном архиве. [8] Из-за нестабильного темпа взносов выпуск информационного бюллетеня был приостановлен.

Позже были введены модульное тестирование, проверка качества кода и валидация Javadoc . Раджарши Гуха разработал ночную систему сборки, названную Nightly, которая до сих пор работает в Университете Уппсалы . [9] В 2012 году проект стал поддерживаться InChI Trust , чтобы поощрять непрерывную разработку. Библиотека использует JNI-InChI [10] для генерации международных химических идентификаторов (InChI). [11] В апреле 2013 года Джон Мэйфилд (урожденный Мэй) присоединился к рядам менеджеров по выпуску CDK, чтобы управлять веткой разработки. [12]

Библиотека

CDK — это библиотека, а не пользовательская программа. Однако она была интегрирована в различные среды, чтобы сделать ее функции доступными. В настоящее время CDK используется в нескольких приложениях, включая язык программирования R , [13] CDK-Taverna ( плагин для рабочего места Taverna ), [14] Bioclipse , PaDEL, [15] и Cinfony. [16] Кроме того, существуют расширения CDK для Konstanz Information Miner ( KNIME ) [17] и для Excel , называемые LICSS ([1]). [18]

В 2008 году из библиотеки были удалены части кода под лицензией GPL. Хотя эти части кода были независимы от основной библиотеки CDK и не было никакого копилефтинга, для уменьшения путаницы среди пользователей был создан проект ChemoJava. [19]

Основные характеристики

Хемоинформатика

Биоинформатика

Общий

Смотрите также

В Scholia есть тематический профиль для Chemistry Development Kit .

Ссылки

  1. ^ «Комплект для разработки химии — просмотрите /OldFiles на SourceForge.net».
  2. ^ "cdk/cdk: CDK 2.8" . ЗЕНОДО . 14 сентября 2022 г. дои : 10.5281/zenodo.7079512.
  3. ^ Мэйфилд, Джон; Уиллигхаген, Эгон; Уджихара, Казуя; Рахман, Сайед Асад; Альварссон, Джонатан; Гражулис, Саулюс; Сиш, Дэниел; Уильямсон, Марк Дж.; Кочев, Николай; Желязкова Нина; Бах, Эрик; Берг, Арвид; Кларк, Алекс; Стефан, Ральф; Венк, Майкл; Стьюкер, Оливер; Йонссон, Клас; Бургун, Лайл; Кацубо, Дмитрий; Кёлер, Ули; Хармон, Сайрус (30 октября 2018 г.). «Cdk/Cdk: Cdk 2.2». Зенодо . дои : 10.5281/zenodo.1474247.
  4. ^ Steinbeck, C.; Han, YQ; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, EL (2003). «The Chemistry Development Kit (CDK): библиотека Java с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики». Journal of Chemical Information and Computer Sciences . 43 (2): 493–500. doi :10.1021/ci025584y. PMC 4901983 . PMID  12653513. 
  5. ^ Willighagen, Egon L.; Mayfield, John W.; Alvarsson, Jonathan; Berg, Arvid; Carlsson, Lars; Jeliazkova, Nina; Kuhn, Stefan; Pluskal, Tomáš; Rojas-Chertó, Miquel (2017-06-06). "The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom typing, description, molecular formulas, and substructure search". Journal of Cheminformatics . 9 (1): 33. doi : 10.1186/s13321-017-0220-4 . ISSN  1758-2946. PMC 5461230 . PMID  29086040. 
  6. ^ «Комплект для разработки химии — просмотрите /OldFiles на SourceForge.net».
  7. ^ "Комплект для разработки химии (CDK)". GitHub . 12 октября 2021 г.
  8. ^ «Комплект для разработки химии — просмотрите новости CDK на SourceForge.net».
  9. ^ "CDK 1.5.x Nightly Build - 2013-05-10 (21:21) [Коммит 2abcb5d61304e58d55ea26a23ebd0d375deea36d]". Архивировано из оригинала 2013-05-24 . Получено 2013-08-05 .
  10. ^ "Главная". jni-inchi.sourceforge.net .
  11. ^ Spjuth, O.; Berg, A.; Adams, S.; Willighagen, EL (2013). «Применение InChI в хеминформатике с CDK и Bioclipse». Журнал хеминформатики . 5 (1): 14. doi : 10.1186/1758-2946-5-14 . PMC 3674901. PMID  23497723 . 
  12. ^ "Джон Мэй теперь является менеджером по выпуску CDK 1.5.x".
  13. ^ Гуха, Р. (2007). «Функциональность химической информатики в R». Журнал статистического программного обеспечения . 18 (5): 1–16. doi : 10.18637/jss.v018.i05 .
  14. ^ Kuhn, T.; Willighagen, EL; Zielesny, A.; Steinbeck, C. (2010). "CDK-Taverna: открытая среда рабочего процесса для хемоинформатики". BMC Bioinformatics . 11 : 159. doi : 10.1186/1471-2105-11-159 . PMC 2862046. PMID  20346188 . 
  15. ^ Yap, CW (2011). «PaDEL-descriptor: программное обеспечение с открытым исходным кодом для расчета молекулярных дескрипторов и отпечатков пальцев». Журнал вычислительной химии . 32 (7): 1466–74. doi : 10.1002/jcc.21707 . PMID  21425294. S2CID  206032727.
  16. ^ О'Бойл, Ноэль М (2008). «Cinfony – объединение наборов инструментов хемоинформатики с открытым исходным кодом под общим интерфейсом». Chemistry Central Journal . 2 (1): 24. doi : 10.1186/1752-153X-2-24 . PMC 2646723. PMID  19055766 . 
  17. ^ Бейскен, С.; Майнл, Т.; Висведель, Б.; Де Фигейредо, Л. Ф.; Бертольд, М.; Стейнбек, К. (2013). "KNIME-CDK: Химическая информатика, управляемая рабочим процессом". BMC Bioinformatics . 14 : 257. doi : 10.1186/1471-2105-14-257 . PMC 3765822. PMID  24103053 . 
  18. ^ Лоусон, КР; Лоусон, Дж. (2012). "LICSS - химическая электронная таблица в Microsoft Excel". Журнал химинформатики . 4 (1): 3. doi : 10.1186/1758-2946-4-3 . PMC 3310842. PMID  22301088 . 
  19. ^ ChemoJava
  20. ^ Бергер, Франциска; Фламм, Кристоф; Глейсс, Петра М.; Лейдольд, Йозеф; Штадлер, Питер Ф. (март 2004 г.). «Контрпримеры в восприятии химического кольца». Журнал химической информации и компьютерных наук . 44 (2): 323–331. doi :10.1021/ci030405d. PMID  15032507.
  21. ^ Мэй, Джон В.; Стейнбек, Кристоф (2014). «Эффективное восприятие колец для набора для разработки химии». Журнал химинформатики . 6 (1): 3. doi : 10.1186/1758-2946-6-3 . PMC 3922685. PMID  24479757 . 
  22. ^ Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, EL (2006). «Последние разработки набора для разработки химических реагентов (CDK) — библиотеки Java с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики». Curr. Pharm. Des . 12 (17): 2111–20. doi :10.2174/138161206777585274. hdl : 2066/35445 . PMID  16796559. Архивировано из оригинала 25.07.2011.
    Guangli, M.; Yiyu, C. (2006). «Прогнозирование проницаемости Caco-2 с использованием машины опорных векторов и набора для разработки химии». J Pharm Pharm Sci . 9 (2): 210–21. PMID  16959190.
  23. ^ Кларк, Алекс М.; Саркер, Малабика ; Экинс, Шон (2014). «Новые инструменты прогнозирования и визуализации целей, включающие молекулярные отпечатки с открытым исходным кодом для TB Mobile 2.0». Журнал химинформатики . 6 : 38. doi : 10.1186/s13321-014-0038-2 . PMC 4190048. PMID  25302078 . 
  24. ^ Пейронсели, Дж. Э.; Рохас-Черто, М.; Фичера, Д.; Реймерс, Т.; Кулиер, Л.; Фаулон, Дж.Л.; Ханкемайер, Т. (2012). «OMG: Генератор открытых молекул». Журнал хеминформатики . 4 (1): 21. дои : 10.1186/1758-2946-4-21 . ПМЦ 3558358 . ПМИД  22985496. 
  25. ^ Баштон, М.; Нобели, И.; Торнтон, Дж. М. (2006). «Картирование доменов родственных лигандов для ферментов». Журнал молекулярной биологии . 364 (4): 836–52. doi : 10.1016/j.jmb.2006.09.041 . PMID  17034815.
  26. ^ Рохас-Черто, М.; Каспер, ПТ; Виллигхаген, ЕЛ; Врекен, Р.Дж.; Ханкемейер, Т.; Реймерс, Т.Х. (2011). «Определение элементного состава на основе MSn». Биоинформатика . 27 (17): 2376–2383. doi : 10.1093/bioinformatics/btr409 . PMID  21757467.
  27. ^ Руис-Бланко, Яссер Б.; Пас, Уолдо; Грин, Джеймс; Марреро-Понсе, Йовани (2015). "ProtDCal: Программа для вычисления универсальных числовых дескрипторов последовательностей и трехмерных структур белков". BMC Bioinformatics . 16 : 162. doi : 10.1186/s12859-015-0586-0 . PMC 4432771. PMID  25982853 . 

Внешние ссылки