stringtranslate.com

Иммунопреципитация с перекрестными связями

Сшивание и иммунопреципитация ( CLIP или CLIP-seq ) — это метод, используемый в молекулярной биологии , который сочетает УФ- сшивание с иммунопреципитацией для идентификации участков связывания РНК белков в масштабе транскриптома, тем самым расширяя наше понимание посттранскрипционных регуляторных сетей. [1] [2] [3] CLIP можно использовать либо с антителами против эндогенных белков, либо с общими пептидными метками (включая FLAG, V5, HA и другие) или аффинной очисткой, что дает возможность профилирования модельных организмов или RBP, в противном случае не имеющих подходящих антител. [4]

Рабочий процесс

Основной принцип CLIP

CLIP начинается с in vivo сшивания комплексов РНК-белок с использованием ультрафиолетового света (УФ). При воздействии УФ образуются ковалентные связи между белками и нуклеиновыми кислотами, которые находятся в непосредственной близости (на расстоянии порядка ангстрем). [5] Затем сшитые клетки лизируются, РНК фрагментируется, а интересующий белок выделяется с помощью иммунопреципитации. Для того чтобы обеспечить прайминг обратной транскрипции, адаптеры РНК лигируются к 3'-концам, а фрагменты РНК маркируются, чтобы сделать возможным анализ комплексов РНК-белок после того, как они были отделены от свободной РНК с помощью гель-электрофореза и мембранного переноса. Затем выполняется переваривание протеиназой К для удаления белка из сшитой РНК, что оставляет несколько аминокислот в месте сшивки. Это часто приводит к усечению кДНК в сшитом нуклеотиде, что используется в таких вариантах, как iCLIP, для повышения разрешения метода. [6] Затем синтезируется кДНК с помощью ОТ-ПЦР, за которой следует высокопроизводительное секвенирование, после чего производится обратное картирование прочтений в транскриптом и другие вычислительные анализы для изучения участков взаимодействия. [2]

История и применение

Первоначально CLIP был предпринят для изучения взаимодействий между нейрон-специфическим РНК-связывающим белком и факторами сплайсинга NOVA1 и NOVA2 в мозге мыши , идентифицируя сайты связывания РНК, которые содержали ожидаемые мотивы связывания Nova. Секвенирование библиотеки кДНК выявило много позиций, близких к альтернативным экзонам, некоторые из которых, как было обнаружено, требуют Nova1/2 для их мозгоспецифических паттернов сплайсинга. [1] В 2008 году CLIP был объединен с высокопроизводительным секвенированием (названным «HITS-CLIP») для создания карт взаимодействия белка и РНК по всему геному для Nova; [7] С тех пор с помощью CLIP были изучены ряд других РНК-связывающих белков, включая PTBP1, [8] RbFox2 (где он упоминался как «CLIP-seq»), [9] SFRS1, [10] Argonaute, [11] [12] [13] hnRNP C, [6] белок умственной отсталости Fragile-X FMRP, [14] [15] Ptbp2 (в мозге мыши), [16] Mbnl2, [17] белки nElavl (нейрон-специфические белки Hu), [18] и был применен к РНК-связывающим белкам из всех царств жизни, включая прокариот. [19] Анализ CLIP РНК-связывающего белка Argonaute привел к идентификации микроРНК-мишеней [20] путем расшифровки карт взаимодействия микроРНК -мРНК и белок-РНК в мозге мыши [11] [21] и впоследствии в почкующихся дрожжах ( Saccharomyces cerevisiae ) , [22] Caenorhabditis elegans , [23] эмбриональных стволовых клетках [24] и клетках культуры тканей. [25]

Методы

ХИТ-КЛИП

ХИТ-КЛИП [26] [27]

HITS-CLIP объединяет УФ -сшивание и иммунопреципитацию с высокопроизводительным секвенированием для идентификации участков связывания РНК-связывающих белков. [5] HITS-CLIP также ввел добавление динуклеотидных штрихкодов к праймерам, что обеспечивает возможность секвенирования и последующей деконволюции нескольких экспериментов одновременно. [7] С помощью анализа участков мутаций, вызванных сшиванием (CIMS) на большой глубине секвенирования , участки сшивки можно отличить от других источников вариации последовательности. [28]

PAR-CLIP

PAR-CLIP [26] [27]

PAR-CLIP (фотоактивируемое рибонуклеозид-усиленное сшивание и иммунопреципитация) также используется для идентификации участков связывания клеточных РНК-связывающих белков (RBP) и микроРНК-содержащих рибонуклеопротеиновых комплексов (miRNP). [25] Метод основан на включении фотореактивных аналогов рибонуклеозидов, таких как 4-тиоуридин (4-SU) и 6-тиогуанозин (6-SG), в формирующиеся транскрипты РНК живыми клетками. Облучение клеток УФ-светом 365 нм вызывает эффективное сшивание фотореактивных нуклеозид-меченых клеточных РНК с взаимодействующими RBP. Иммунопреципитация интересующего RBP сопровождается изоляцией сшитой и коиммунопреципитированной РНК. Выделенная РНК преобразуется в библиотеку кДНК и глубоко секвенируется с использованием технологии высокопроизводительного секвенирования . Сшивание аналогов 4-SU и 6-SG приводит к переходам тимидина в цитидин и гуанозина в аденозин соответственно. В результате PAR-CLIP может определять местоположение сайтов связывания с высокой точностью.

Однако PAR-CLIP ограничивается в основном культивируемыми клетками, и цитотоксичность нуклеозидов вызывает беспокойство; [2] сообщалось, что 4-SU ингибирует синтез рибосомной РНК, вызывает реакцию на ядрышковый стресс и снижает пролиферацию клеток. [29] PAR-CLIP использовался для определения транскриптомных сайтов связывания нескольких известных RBP и рибонуклеопротеиновых комплексов, содержащих микроРНК, с высоким разрешением. Сюда входит miRNA, нацеленная на белки AGO и TNRC6. [21]

iCLIP

iCLIP [26] [27]

iCLIP (сшивание с разрешением отдельных нуклеотидов и иммунопреципитация) — это вариант CLIP, который позволяет амплифицировать укороченные кДНК, которые производятся, когда обратная транскрипция преждевременно останавливается на сайте сшивки. [6] Другие подходы к идентификации сайтов сшивки белок-РНК включают мутационный анализ прочитанных кДНК, таких как нуклеотидные переходы в PAR-CLIP , [25] или редкие ошибки, вносимые обратной транскриптазой, когда она считывает сайты сшивки в стандартных методах HITS-CLIP , называемые анализом сайтов мутаций, индуцированных сшивкой (CIMS). [30]

iCLIP также добавил случайную последовательность (уникальный молекулярный идентификатор, UMI ) вместе с экспериментальными штрихкодами к праймеру, используемому для обратной транскрипции, тем самым штрихкодируя уникальные кДНК, чтобы минимизировать любые ошибки или количественные смещения ПЦР, и, таким образом, улучшить количественную оценку событий связывания. Включение амплификации укороченных кДНК привело к идентификации участков взаимодействий РНК-белок с высоким разрешением путем анализа начального положения укороченных кДНК, а также их точной количественной оценки с использованием UMI с программным обеспечением под названием «iCount». Эти нововведения iCLIP были приняты более поздними вариантами CLIP, такими как eCLIP и irCLIP. [4] Другая модификация iCLIP, miCLIP, идентифицирует метилированные участки РНК с использованием мутантного фермента или антитела, специфичного для модификации. [31] [32] [2] Количественная природа iCLIP позволяет проводить сравнение образцов на уровне полных РНК [33] или изучать конкурентное связывание нескольких РНК-связывающих белков [34] или тонкие изменения в связывании мутантного белка на уровне пиков связывания. [35]

eCLIP

eCLIP (улучшенное кросслинкинг и иммунопреципитация с последующим высокопроизводительным секвенированием) также используется для картирования сайтов связывания RBP на РНК по всему транскриптому. [36] eCLIP был разработан для улучшения iCLIP за счет повышения эффективности преобразования очищенных фрагментов РНК в библиотеку кДНК. В своей публикации eCLIP сообщалось об увеличении такой эффективности более чем в 1000 раз, что не только снижает бесполезное секвенирование молекул-дубликатов ПЦР, но и значительно снижает экспериментальные неудачи во время процедуры CLIP. Кроме того, амплификация в eCLIP теперь сопоставима с РНК-секвенированием, что позволяет проводить строгую количественную нормализацию по парным входным контролям (для удаления фона на рибосомных и других высокораспространенных РНК), а также количественное сравнение по пикам и образцам, что позволяет обнаруживать аллель-специфическое связывание или дифференциальное связывание РНК между условиями.
Как и в других методах CLIP, eCLIP полагается на взаимодействия RBP-РНК, ковалентно связанные с помощью УФ-сшивки живых клеток. Затем клетки лизируются, а РНК фрагментируется с помощью ограниченной обработки РНКазой. Затем специфический RBP (и связанная с ним РНК) иммунопреципитируется с помощью антитела, которое специфически распознает целевой RBP. После лигирования 3'-адаптера РНК иммунопреципитированный материал (а также парный входной образец) прогоняется по денатурирующим белковым гелям и переносится на нитроцеллюлозные мембраны. Область от размера белка до 75 кДа и выше вырезается из мембраны и обрабатывается протеиназой К для высвобождения РНК. После очистки РНК затем подвергается обратной транскрипции в одноцепочечную ДНК, когда лигируется второй адаптер. Лигируя второй адаптер с кДНК, eCLIP может идентифицировать укороченные кДНК, подобно iCLIP, и тем самым изучать сайты взаимодействия РНК-белок с высоким разрешением. Затем используется ПЦР-амплификация для получения достаточного количества материала для высокопроизводительного секвенирования. eCLIP также может использоваться для идентификации мишеней miRNA и профилирования модификаций РНК, таких как m6A.
Наборы данных eCLIP были созданы для более чем 150 RBP с проверенными коммерчески доступными антителами. [37]

Другие методы CLIP

sCLIP (простой CLIP) — это метод, требующий меньшего количества входной РНК и исключающий радиоактивную маркировку иммунопреципитированной РНК. Метод основан на линейной амплификации иммунопреципитированной РНК и, таким образом, улучшает сложность библиотеки секвенирования, несмотря на значительное сокращение количества входного материала и исключение нескольких этапов очистки. Кроме того, он позволяет визуализировать иммунопреципитированную РНК без радиоактивной метки, используя высокочувствительную технику маркировки на основе биотина. Наряду с биоинформационной платформой этот метод предназначен для обеспечения глубокого понимания интерактомов РНК-белок в биомедицинской науке, где количество исходного материала часто ограничено (например, в случае ценных клинических образцов). [38] Также были разработаны дополнительные варианты iCLIP, которые сохраняют индивидуальное разрешение нуклеотидов, но отличаются одним или несколькими этапами от исходного метода iCLIP. К ним относятся iCLIP2, irCLIP, iiCLIP и iCLIP1.5, и это лишь некоторые из них.

В качестве модификации CLIP метилированные участки РНК были идентифицированы с использованием мутантного фермента или антитела, специфичного для модификации, с помощью методов, называемых miCLIP или m6A-CLIP. [31] [32] [39] [2]

Преимущества и ограничения

Преимущества

РНК-связывающие белки часто являются компонентами мультибелковых комплексов, и РНК из различных генов присутствуют в клетках в диапазоне распространенности, поэтому часто РНК, связанные с совместно очищенными белками или неспецифически прилипающие к гранулам, могут быть выделены при иммунопреципитации определенного белка. Было показано, что специфичность данных, полученных с использованием ранних методов иммунопреципитации, таких как RIP, зависит от условий реакции эксперимента, таких как концентрация белка и ионные условия, а реассоциация РНК-связывающих белков после лизиса клеток может привести к обнаружению искусственных взаимодействий. [40] Методы сшивания формальдегидом использовались для сохранения взаимодействий РНК-белок, но они также генерируют сшивки белок-белок. Используя сшивку УФ-излучением, которая специфична для прямых контактов белок-РНК, CLIP избегает сшивок белок-белок и обеспечивает высокую специфичность, а также получает позиционную информацию о местах взаимодействий белок-РНК.

Поскольку сшивание УФ создает ковалентную связь, сшитые фрагменты РНК сохраняют короткий пептид после расщепления протеиназой К, что может быть использовано для идентификации сайта сшивки. Обратная транскрипция чаще всего усекает сайты сшивки, создавая усеченные кДНК, которые используются iCLIP, в то время как прочитанные кДНК часто содержат мутации в сайте сшивки (см. HITS-CLIP и PAR-CLIP). [2]

Ограничения

Краткое содержание КЛИП [26] [28] [27]

Все протоколы генерации библиотеки CLIP требуют умеренных количеств клеток или ткани (50–100 мг), требуют многочисленных ферментативных этапов и индивидуальных вычислительных анализов. [12] [41] Некоторые этапы трудно оптимизировать, и они часто имеют низкую эффективность. Например, чрезмерное переваривание РНКазой может уменьшить количество идентифицированных участков связывания и, таким образом, их необходимо оптимизировать. [27] Эффективность сшивания также различается между белками, [42] и сообщалось о нуклеотидном смещении сшивания, [43] например, путем сравнения участков сшивания и мотивов, обогащенных при изучении комплексов белок-РНК in vivo в живых клетках и in vitro , [44] хотя разрабатываются методы, чтобы минимизировать такое смещение для обнаружения обогащенных мотивов. [45] Расчетно предсказанные мишени miRNA, полученные с помощью TargetScan, сопоставимы с CLIP в идентификации мишеней miRNA, что ставит под сомнение его полезность по сравнению с существующими прогнозами. [46] Поскольку методы CLIP основаны на иммунопреципитации, сшитая РНК в некоторых случаях может влиять на взаимодействия антитела с эпитопом. Наконец, были обнаружены существенные различия. Поэтому необработанные результаты CLIP требуют дальнейшего вычислительного анализа для тщательного изучения взаимодействий участков связывания РНК-белка внутри клетки.

Похожие методы

Дальнейшее чтение

Ссылки

  1. ^ ab Ule, Jernej; Jensen, Kirk B.; Ruggiu, Matteo; Mele, Aldo; Ule, Aljaz; Darnell, Robert B. (14.11.2003). «CLIP идентифицирует сети РНК, регулируемые Nova, в мозге». Science . 302 (5648): 1212–1215. Bibcode :2003Sci...302.1212U. doi :10.1126/science.1090095. ISSN  1095-9203. PMID  14615540. S2CID  23420615.
  2. ^ abcdef Хафнер, Маркус; Катсантони, Мария; Кёстер, Тино; Маркс, Джеймс; Мукерджи, Джойита; Стайгер, Дороти; Уле, Джерней; Заволан, Михаэла (2021-03-04). "CLIP и дополнительные методы". Nature Reviews Methods Primers . 1 (1): 1–23. doi : 10.1038/s43586-021-00018-1 . ISSN  2662-8449. S2CID  233834798.
  3. ^ Ule, Jernej; Hwang, Hun-Way; Darnell, Robert B. (2018-08-01). «Будущее кросс-линкинга и иммунопреципитации (CLIP)». Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 10 (8): a032243. doi :10.1101/cshperspect.a032243. ISSN  1943-0264. PMC 6071486. ​​PMID  30068528. 
  4. ^ ab Lee, Flora CY; Ule, Jernej (2018-02-01). «Достижения в технологиях CLIP для изучения взаимодействий белок-РНК». Molecular Cell . 69 (3): 354–369. doi : 10.1016/j.molcel.2018.01.005 . ISSN  1097-4164. PMID  29395060.
  5. ^ ab Дарнелл 2010.
  6. ^ abc König, Julian; Zarnack, Kathi; Rot, Gregor; Curk, Tomaz; Kayikci, Melis; Zupan, Blaz; Turner, Daniel J.; Luscombe, Nicholas M.; Ule, Jernej (июль 2010 г.). «iCLIP раскрывает функцию частиц hnRNP в сплайсинге при разрешении отдельных нуклеотидов». Nature Structural & Molecular Biology . 17 (7): 909–915. doi :10.1038/nsmb.1838. ISSN  1545-9985. PMC 3000544 . PMID  20601959. 
  7. ^ ab Ликаталоси и др. 2008.
  8. ^ Сюэ и др. 2009.
  9. ^ Йео и др. 2009.
  10. ^ Сэнфорд и др. 2009.
  11. ^ ab Chi et al. 2009.
  12. ^ ab Мур и др. 2014.
  13. ^ Чи, Санг Вук; Хэннон, Грегори Дж.; Дарнелл, Роберт Б. (2012-02-12). «Альтернативный режим распознавания цели микроРНК». Nature Structural & Molecular Biology . 19 (3): 321–327. doi :10.1038/nsmb.2230. ISSN  1545-9985. PMC 3541676. PMID 22343717  . 
  14. ^ Дарнелл и др. 2011.
  15. ^ Хейл, Кэрин Р.; Савика, Кирсти; Мора, Кевин; Фак, Джон Дж.; Канг, Джин Джу; Катрим, Паула; Цялович, Катажина; Кэрролл, Томас С.; Дарнелл, Роберт Б. (2021-12-23). ​​"FMRP регулирует мРНК, кодирующие различные функции в теле клетки и дендритах пирамидальных нейронов CA1". eLife . 10 : e71892. doi : 10.7554/eLife.71892 . ISSN  2050-084X. PMC 8820740 . PMID  34939924. 
  16. ^ Ликаталоси и др. 2012.
  17. ^ Харизанис и др. 2012.
  18. ^ Инс-Данн и др. 2012.
  19. ^ Холмквист и др. 2016.
  20. ^ Томсон, Брэкен и Гудолл 2011.
  21. ^ ab Янг и др. 2011.
  22. ^ Вольф, Джошуа Дж.; Доуэлл, Робин Д.; Махони, Шон; Рабани, Михал; Гиффорд, Дэвид К.; Финк, Джеральд Р. (июнь 2010 г.). «Прямая регуляция детерминанты судьбы клетки РНК-связывающим белком порождает асимметрию у дрожжей». Генетика . 185 (2): 513–522. doi :10.1534/genetics.110.113944. ISSN  1943-2631. PMC 2881133 . PMID  20382833. 
  23. ^ Зисулис и др. 2010.
  24. ^ Льюнг и др. 2011.
  25. ^ abc Хафнер, Маркус; Ландталер, Маркус; Бургер, Лукас; Хоршид, Мохсен; Хауссер, Жан; Бернингер, Филипп; Ротбаллер, Андреа; Аскано, Мануэль; Юнгкамп, Анна-Карина; Мюншауэр, Матиас; Ульрих, Александр; Уордл, Грег С.; Дьюэлл, Скотт; Заволан, Михаэла; Тушль, Томас (2010-04-02). "Транскриптомная идентификация РНК-связывающего белка и целевых участков микроРНК с помощью PAR-CLIP". Cell . 141 (1): 129–141. doi :10.1016/j.cell.2010.03.009. ISSN  1097-4172. PMC 2861495 . PMID  20371350. 
  26. ^ abcd Сугимото и др. 2012.
  27. ^ abcde Кёниг и др. 2012.
  28. ^ ab Чжан и Дарнелл 2011.
  29. ^ Бургер и др. 2013.
  30. ^ Чжан, Чаолинь; Дарнелл, Роберт Б. (1 июня 2011 г.). «Картирование взаимодействий белок-РНК in vivo с разрешением в один нуклеотид на основе данных HITS-CLIP». Nature Biotechnology . 29 (7): 607–614. doi :10.1038/nbt.1873. PMC 3400429 . PMID  21633356. 
  31. ^ ab Хуссейн, Шоббир; Саджини, Абдулрахим А.; Бланко, Сандра; Дитманн, Сабина; Ломбард, Патрик; Сугимото, Йоичиро; Парамор, Майке; Глисон, Джозеф Г.; Одом, Дункан Т.; Уле, Джерней; Фрай, Микаэла (2013-07-25). "NSun2-опосредованное метилирование цитозина-5 некодирующей РНК vault определяет ее обработку в регуляторные малые РНК". Cell Reports . 4 (2): 255–261. doi :10.1016/j.celrep.2013.06.029. ISSN  2211-1247. PMC 3730056 . PMID  23871666. 
  32. ^ ab Линдер, Бастиан; Грожик, Аня В.; Оларерин-Джордж, Энтони О.; Мейдан, Сем; Мейсон, Кристофер Э.; Джеффри, Сэми Р. (август 2015 г.). «Картирование m6A и m6Am с разрешением по одному нуклеотиду в транскриптоме». Nature Methods . 12 (8): 767–772. doi :10.1038/nmeth.3453. ISSN  1548-7105. PMC 4487409 . PMID  26121403. 
  33. ^ Толлерви, Джеймс Р.; Курк, Томаж; Рогель, Борис; Бриз, Майкл; Середа, Маттео; Кайикчи, Мелис; Кениг, Джулиан; Хортобадьи, Тибор; Нишимура, Агнес Л.; Жупунский, Вера; Патани, Рики; Чандран, Сиддхартхан; Рот, Грегор; Жупан, Блаж; Шоу, Кристофер Э. (апрель 2011 г.). «Характеристика мишеней РНК и позиционно-зависимой регуляции сплайсинга с помощью TDP-43». Природная неврология . 14 (4): 452–458. дои : 10.1038/nn.2778. ISSN  1546-1726. ПМЦ 3108889 . ПМИД  21358640. 
  34. ^ Zarnack, Kathi; König, Julian; Tajnik, Mojca; Martincorena, Iñigo; Eustermann, Sebastian; Stévant, Isabelle; Reyes, Alejandro; Anders, Simon; Luscombe, Nicholas M.; Ule, Jernej (2013-01-31). «Прямая конкуренция между hnRNP C и U2AF65 защищает транскриптом от экзонизации элементов Alu». Cell . 152 (3): 453–466. doi :10.1016/j.cell.2012.12.023. ISSN  1097-4172. PMC 3629564 . PMID  23374342. 
  35. ^ Hallegger, Martina; Chakrabarti, Anob M.; Lee, Flora CY; Lee, Bo Lim; Amalietti, Aram G.; Odeh, Hana M.; Copley, Katie E.; Rubien, Jack D.; Portz, Bede; Kuret, Klara; Huppertz, Ina; Rau, Frédérique; Patani, Rickie; Fawzi, Nicolas L.; Shorter, James (2021-09-02). "Свойства конденсации TDP-43 определяют его РНК-связывающий и регуляторный репертуар". Cell . 184 (18): 4680–4696.e22. doi :10.1016/j.cell.2021.07.018. ISSN  1097-4172. PMC 8445024 . PMID  34380047. 
  36. ^ Ван Ностранд, Пратт и Шишкин, 2016.
  37. ^ Ван Ностранд, Эрик Л.; Фриз, Питер; Пратт, Габриэль А.; Ван, Сяофэн; Вэй, Синтао; Сяо, Руй; Блю, Стивен М.; Чэнь, Цзя-Ю; Коди, Нил АЛ; Домингес, Дэниел; Олсон, Сара; Сундарараман, Баладжи; Чжань, Лицзюнь; Базиль, Кассандра; Бувретт, Луи Филипп Бенуа (июль 2020 г.). «Крупномасштабная карта связывания и функций человеческих РНК-связывающих белков». Nature . 583 (7818): 711–719. Bibcode :2020Natur.583..711V. doi :10.1038/s41586-020-2077-3. ISSN  1476-4687. PMC 7410833. PMID  32728246 . 
  38. ^ Каргаполова и др. 2017.
  39. ^ Ke, Shengdong; Alemu, Endalkachew A.; Mertens, Claudia; Gantman, Emily Conn; Fak, John J.; Mele, Aldo; Haripal, Bhagwattie; Zucker-Scharff, Ilana; Moore, Michael J.; Park, Christopher Y.; Vågbø, Cathrine Broberg; Kusśnierczyk, Anna; Klungland, Arne; Darnell, James E.; Darnell, Robert B. (2015-10-01). «Большинство остатков m6A находятся в последних экзонах, что обеспечивает потенциал для регуляции 3' UTR». Genes & Development . 29 (19): 2037–2053. doi :10.1101/gad.269415.115. ISSN  1549-5477. PMC 4604345. PMID  26404942 . 
  40. ^ Мили и Стейтц 2004.
  41. ^ Чакрабарти, Аноб М.; Хаберман, Нейц; Празник, Арне; Ласкомб, Николас М.; Уле, Джерней (2018-07-20). «Проблемы науки о данных при изучении взаимодействий белок–РНК с использованием технологий CLIP». Ежегодный обзор науки о биомедицинских данных . 1 (1): 235–261. doi :10.1146/annurev-biodatasci-080917-013525. ISSN  2574-3414. PMC 7614488. PMID 37123514.  S2CID 90760475  . 
  42. ^ Уле и др. 2005.
  43. ^ Кнёрляйн, Анна; Сарновски, Крис П.; де Врис, Теббе; Штольц, Мориц; Гетце, Майкл; Эберсольд, Руди; Аллен, Фредерик Х.-Т.; Лейтнер, Александр; Холл, Джонатан (17 мая 2022 г.). «Взаимодействия π-стекинга нуклеотидов и аминокислот инициируют фотосшивку в комплексах РНК-белок». Природные коммуникации . 13 (1): 2719. Бибкод : 2022NatCo..13.2719K. doi : 10.1038/s41467-022-30284-w. ISSN  2041-1723. ПМЦ 9114321 . ПМИД  35581222. 
  44. ^ Бонсак и др. 2009.
  45. ^ Курет, Клара; Амалиетти, Арам Густав; Джонс, Д. Марк; Капитанчик, Шарлотта; Уле, Йерней (2022-09-09). «Анализ позиционных мотивов выявляет степень специфичности взаимодействий белок-РНК, наблюдаемых с помощью CLIP». Genome Biology . 23 (1): 191. doi : 10.1186/s13059-022-02755-2 . ISSN  1474-760X. PMC 9461102 . PMID  36085079. 
  46. ^ ab Агарвал и др. 2015.

Источники