ИБС4

Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

Хромодомен-хеликаза-ДНК-связывающий белок 4 — это фермент , который у людей кодируется геном CHD4 . [ ^{5] [6] [7]} CHD4 — это основной компонент ремоделирования нуклеосом комплекса ремоделирования нуклеосом и деацетилазы ( NuRD ). ^{[8] [9] [10]}

Функция

Продукт этого гена принадлежит к семейству геликаз SNF2/RAD54. Он представляет собой основной компонент комплекса ремоделирования нуклеосом и деацетилазы и играет важную роль в эпигенетической репрессии транскрипции. У пациентов с дерматомиозитом вырабатываются антитела против этого белка. ^[7]

Взаимодействия

Было показано, что CHD4 взаимодействует с HDAC1 , ^{[11] [12] [13]} гистондеацетилазой 2 , ^{[13] [14] [15]} MTA2 , ^[11] SATB1 ^[16] и атаксией-телеангиэктазией, а также связанным с Rad3 . ^[15]

Клинический

Мутации в этом гене связаны с состоянием, известным как синдром Сифрима-Хитца-Вайса. ^[17] Это состояние характеризуется

• Аномалии мозга
• Макроцефалия
• Глухота
• Офтальмологические аномалии
• Дисморфические черты
• Врожденные пороки сердца
• Гипогонадизм у мужчин
• Аномалии скелета и конечностей
• Глобальная задержка развития
• Легкая или умеренная умственная отсталость

Ссылки

1. GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000111642 – Ensembl , май 2017 г.
2. GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000063870 – Ensembl , май 2017 г.
3. "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
4. "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
5. Seelig HP, Moosbrugger I, Ehrfeld H, Fink T, Renz M, Genth E (октябрь 1995 г.). «Основной дерматомиозит-специфический аутоантиген Mi-2 — это предполагаемая геликаза, участвующая в транскрипционной активации». Артрит и ревматизм . 38 (10): 1389–1399. doi :10.1002/art.1780381006. PMID  7575689.
6. Seelig HP, Renz M, Targoff IN, Ge Q, Frank MB (октябрь 1996 г.). «Две формы основного антигенного белка дерматомиозит-специфического аутоантигена Mi-2». Артрит и ревматизм . 39 (10): 1769–1771. doi :10.1002/art.1780391029. PMID  8843877.
7. "Ген Entrez: ДНК-связывающий белок 4 хромодоменной геликазы CHD4".
8. Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL (октябрь 1998 г.). «Деацетилирование хроматина комплексом ремоделирования АТФ-зависимых нуклеосом». Nature . 395 (6705): 917–921. Bibcode :1998Natur.395..917T. doi :10.1038/27699. PMID  9804427. S2CID  4355885.
9. Xue Y, Wong J, Moreno GT, Young MK, Côté J, Wang W (декабрь 1998 г.). «NURD, новый комплекс с АТФ-зависимым ремоделированием хроматина и активностью гистондеацетилазы». Molecular Cell . 2 (6): 851–861. doi : 10.1016/S1097-2765(00)80299-3 . PMID  9885572.
10. Zhang Y, LeRoy G, Seelig HP, Lane WS, Reinberg D (октябрь 1998 г.). «Специфичный для дерматомиозита аутоантиген Mi2 является компонентом комплекса, содержащего гистондеацетилазу и активность ремоделирования нуклеосом». Cell . 95 (2): 279–289. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . PMID  9790534.
11. Yao YL, Yang WM (октябрь 2003 г.). «Метастазно-ассоциированные белки 1 и 2 образуют отдельные белковые комплексы с активностью гистондеацетилазы». Журнал биологической химии . 278 (43): 42560–42568. doi : 10.1074/jbc.M302955200 . PMID  12920132.
12. Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL (апрель 1999 г.). «Три белка определяют класс человеческих гистондеацетилаз, связанных с дрожжевым Hda1p». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (9): 4868–4873. Bibcode : 1999PNAS...96.4868G. doi : 10.1073 /pnas.96.9.4868 . PMC 21783. PMID  10220385. 
13. Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL (октябрь 1998 г.). «Деацетилирование хроматина комплексом ремоделирования АТФ-зависимых нуклеосом». Nature . 395 (6705): 917–921. Bibcode :1998Natur.395..917T. doi :10.1038/27699. PMID  9804427. S2CID  4355885.
14. Hakimi MA, Dong Y, Lane WS, Speicher DW, Shiekhattar R (февраль 2003 г.). «Кандидатный ген умственной отсталости, связанный с Х-хромосомой, является компонентом нового семейства комплексов, содержащих гистондеацетилазу». Журнал биологической химии . 278 (9): 7234–7239. doi : 10.1074/jbc.M208992200 . PMID  12493763.
15. Schmidt DR, Schreiber SL (ноябрь 1999). "Молекулярная ассоциация между ATR и двумя компонентами комплекса ремоделирования и деацетилирования нуклеосом, HDAC2 и CHD4". Биохимия . 38 (44): 14711–14717. CiteSeerX 10.1.1.559.7745 . doi :10.1021/bi991614n. PMID  10545197. 
16. Ясуи Д., Мияно М., Кай С., Варга-Вайс П., Кохви-Шигемацу Т. (октябрь 2002 г.). «SATB1 нацеливает ремоделирование хроматина на регуляцию генов на больших расстояниях». Nature . 419 (6907): 641–645. Bibcode :2002Natur.419..641Y. doi :10.1038/nature01084. PMID  12374985. S2CID  25822700.
17. Вайс К., Лазар Х.П., Куролап А., Мартинес А.Ф., Паперна Т., Коэн Л., Смеланд М.Ф., Валлен С., Сольвейг Х., Керен Б., Терхал П., Ирвинг М., Такаку М., Робертс Дж.Д., Петрович Р.М., Шриер Вергано SA11, 12, Кенни А11, Хоув H13, ДеШен Е, Хинонес СК, Колин Е, Циглер А, Румпель М, Джейн М, Монтейл Д, Редер ЭР, Ньюджент К, ван Херинген А, Гамбелло М, Сантани А, Медне Л, Крок Б , Скрабан СМ, Закай Э.Х., Даббс Х.А., Смол Т., Гумид Дж., Паркер М., Райт М., Тернпенни П., Клейтон-Смит Дж., Меткалф К., Курумизака Х., Гелб Б.Д., Барис Фельдман Х., Кампо PM34, Muenke M5, Wade PA, Lachlan K (2019) Синдром, связанный с CHD4: всестороннее исследование клинического спектра, корреляций генотипа и фенотипа и молекулярной основы. Genet Med

Внешние ссылки

• Расположение генома человека CHD4 и страница с подробностями гена CHD4 в браузере геномов UCSC .

Дальнейшее чтение

• Denslow SA, Wade PA (август 2007 г.). «Комплекс Mi-2/NuRD человека и регуляция генов». Oncogene . 26 (37): 5433–5438. doi :10.1038/sj.onc.1210611. PMID  17694084. S2CID  26445975.
• Ge Q, Nilasena DS, O'Brien CA, Frank MB, Targoff IN (октябрь 1995 г.). «Молекулярный анализ основного антигенного региона 240-кДа белка аутоантигена Mi-2». Журнал клинических исследований . 96 (4): 1730–1737. doi :10.1172/JCI118218. PMC  185809. PMID  7560064 .
• Woodage T, Basrai MA, Baxevanis AD, Hieter P, Collins FS (октябрь 1997 г.). «Характеристика семейства белков CHD». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (21): 11472–11477. Bibcode : 1997PNAS...9411472W. doi : 10.1073 /pnas.94.21.11472 . PMC  23509. PMID  9326634.
• Zhang Y, LeRoy G, Seelig HP, Lane WS, Reinberg D (октябрь 1998 г.). «Специфический для дерматомиозита аутоантиген Mi2 является компонентом комплекса, содержащего гистондеацетилазу и активность ремоделирования нуклеосом». Cell . 95 (2): 279–289. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . PMID  9790534. S2CID  18786866.
• Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL (октябрь 1998 г.). «Деацетилирование хроматина комплексом ремоделирования АТФ-зависимых нуклеосом». Nature . 395 (6705): 917–921. Bibcode :1998Natur.395..917T. doi :10.1038/27699. PMID  9804427. S2CID  4355885.
• Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (август 1999). «Анализ субъединиц NuRD выявляет комплекс ядра гистондеацетилазы и связь с метилированием ДНК». Genes & Development . 13 (15): 1924–1935. doi :10.1101/gad.13.15.1924. PMC  316920 . PMID  10444591.
• Schmidt DR, Schreiber SL (ноябрь 1999). «Молекулярная ассоциация между ATR и двумя компонентами комплекса ремоделирования и деацетилирования нуклеосом, HDAC2 и CHD4». Биохимия . 38 (44): 14711–14717. CiteSeerX  10.1.1.559.7745 . doi :10.1021/bi991614n. PMID  10545197.
• Humphrey GW, Wang Y, Russanova VR, Hirai T, Qin J, Nakatani Y, Howard BH (март 2001 г.). "Стабильные комплексы гистондеацетилазы, отличающиеся наличием белков домена SANT CoREST/kiaa0071 и Mta-L1". Журнал биологической химии . 276 (9): 6817–6824. doi : 10.1074/jbc.M007372200 . PMID  11102443.
• Andersen JS, Lyon CE, Fox AH, Leung AK, Lam YW, Steen H и др. (январь 2002 г.). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Current Biology . 12 (1): 1–11. Bibcode : 2002CBio...12....1A. doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . PMID  11790298. S2CID  14132033.
• Koipally J, Georgopoulos K (август 2002 г.). «Молекулярное препарирование репрессивной схемы Ikaros». Журнал биологической химии . 277 (31): 27697–27705. doi : 10.1074/jbc.M201694200 . PMID  12015313.
• Saito M, Ishikawa F (сентябрь 2002 г.). «Домен связывания mCpG человеческого MBD3 не связывается с mCpG, но взаимодействует с компонентами NuRD/Mi2 HDAC1 и MTA2». Журнал биологической химии . 277 (38): 35434–35439. doi : 10.1074/jbc.M203455200 . PMID  12124384.
• Hakimi MA, Dong Y, Lane WS, Speicher DW, Shiekhattar R (февраль 2003 г.). «Кандидатный ген умственной отсталости, связанный с Х-хромосомой, является компонентом нового семейства комплексов, содержащих гистондеацетилазу». Журнал биологической химии . 278 (9): 7234–7239. doi : 10.1074/jbc.M208992200 . PMID  12493763.
• Kwan AH, Gell DA, Verger A, Crossley M, Matthews JM, Mackay JP (июль 2003 г.). «Инженерия белкового каркаса из пальца PHD». Структура . 11 (7): 803–813. doi : 10.1016/S0969-2126(03)00122-9 . PMID  12842043.
• Shimono Y, Murakami H, Kawai K, Wade PA, Shimokata K, Takahashi M (декабрь 2003 г.). «Mi-2 beta ассоциируется с BRG1 и протеином пальца RET в отдельных регионах с транскрипционными активирующими и репрессирующими способностями». Журнал биологической химии . 278 (51): 51638–51645. doi : 10.1074/jbc.M309198200 . PMID  14530259.
• Williams CJ, Naito T, Arco PG, Seavitt JR, Cashman SM, De Souza B и др. (июнь 2004 г.). «Ремоделер хроматина Mi-2beta необходим для экспрессии CD4 и развития Т-клеток». Immunity . 20 (6): 719–733. doi : 10.1016/j.immuni.2004.05.005 . PMID  15189737.
• Lehner B, Sanderson CM (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Research . 14 (7): 1315–1323. doi :10.1101/gr.2122004. PMC  442147. PMID  15231747 .