Кубок Мерконорте 2000 года был третьим выпуском футбольного турнира Ассоциации Кубок Мерконорте, который состоялся в 2000 году. В финале колумбийский « Атлетико Насьональ» обыграл другой колумбийский клуб, «Мильонариос» .
Каждая команда играла с другими командами в группе дважды в течение группового этапа. Команда, занявшая первое место, выходила во второй раунд.