ДНМТ3Б

Белкокодирующий ген у вида Homo sapiens

ДНК (цитозин-5)-метилтрансфераза 3 бета — это фермент , который у человека кодируется геном DNMT3B . ^[5] Мутации в этом гене связаны с иммунодефицитом, нестабильностью центромеры и синдромом аномалий лица . ^[6]

Функция

Метилирование CpG — это эпигенетическая модификация, которая важна для эмбрионального развития , импринтинга и инактивации Х-хромосомы. Исследования на мышах показали, что метилирование ДНК необходимо для развития млекопитающих. Этот ген кодирует ДНК-метилтрансферазу , которая, как полагают, осуществляет метилирование de novo , а не поддерживающее метилирование. Белок локализуется преимущественно в ядре, и его экспрессия регулируется в процессе развития. Описано восемь альтернативно сплайсированных вариантов транскриптов. Полноразмерные последовательности вариантов 4 и 5 не были определены. ^[5]

Клиническое значение

Синдром иммунодефицитно-центромерной нестабильности-лицевых аномалий (ICF) является результатом дефектов созревания лимфоцитов , возникающих в результате аберрантного метилирования ДНК, вызванного мутациями в гене DNMT3B. ^[6]

Варианты гена также могут способствовать развитию никотиновой зависимости . ^[7]

Взаимодействия

Было показано, что DNMT3B взаимодействует с:

• CBX5 , ^[8]
• ДНМТ1 , ^{[8] [9]}
• ДНМТ3А , ^{[8] [9] [10]}
• КИФ4А , ^[11]
• НКАПГ , ^[11]
• СМК2 , ^[11]
• СУМО1 ^[12] и
• УБЭ2И . ^[12]

Рекомендации

1. GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000088305 — Ensembl , май 2017 г.
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027478 — Ensembl , май 2017 г.
3. "Ссылка на Human PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
5. «Ген Энтреза: ДНК DNMT3B (цитозин-5-)-метилтрансфераза 3 бета» .
6. Эрлих М (октябрь 2003 г.). «Синдром ИКФ, дефицит ДНК-метилтрансферазы 3B и иммунодефицит». Клиническая иммунология . 109 (1): 17–28. дои : 10.1016/S1521-6616(03)00201-8. ПМИД  14585272.
7. Хэнкок Д.Б., Го Ю., Регинссон Г.В., Гэддис Н.К., Лутц С.М., Шерва Р. и др. (октябрь 2017 г.). «Полногеномное исследование ассоциаций европейских и афроамериканских предков выявило SNP в DNMT3B, способствующий никотиновой зависимости». Молекулярная психиатрия . 23 (9): 1911–1919. дои : 10.1038/mp.2017.193. ПМЦ 5882602 . ПМИД  28972577. 
8. Ленертц Б, Уэда Ю, Дерийк А.А., Брауншвейг Ю, Перес-Бургос Л, Кубичек С, Чен Т, Ли Е, Дженувейн Т, Петерс А.Х. (июль 2003 г.). «Метилирование лизина 9 гистона H3, опосредованное Suv39h, направляет метилирование ДНК к основным сателлитным повторам в перицентрическом гетерохроматине». Современная биология . 13 (14): 1192–200. дои : 10.1016/s0960-9822(03)00432-9 . PMID  12867029. S2CID  2320997.
9. Ким Г.Д., Ни Дж., Келесоглу Н., Робертс Р.Дж., Прадхан С. (август 2002 г.). «Сотрудничество и связь между содержанием человека и ДНК-метилтрансферазами de novo (цитозин-5)». Журнал ЭМБО . 21 (15): 4183–95. doi : 10.1093/emboj/cdf401. ПМК 126147 . ПМИД  12145218. 
10. Линг Ю., Санкпал Ю.Т., Робертсон А.К., МакНелли Дж.Г., Карпова Т., Робертсон К.Д. (2004). «Модификация ДНК-метилтрансферазы 3a (Dnmt3a) de novo с помощью SUMO-1 модулирует ее взаимодействие с деацетилазами гистонов (HDAC) и ее способность подавлять транскрипцию». Исследования нуклеиновых кислот . 32 (2): 598–610. дои : 10.1093/nar/gkh195. ПМЦ 373322 . ПМИД  14752048. 
11. Гейман Т.М., Санкпал Ю.Т., Робертсон А.К., Чен Ю., Мазумдар М., Хил Дж.Т., Шмисинг Дж.А., Ким В., Йокомори К., Чжао Ю., Робертсон К.Д. (2004). «Выделение и характеристика нового комплекса ДНК-метилтрансферазы, связывающего DNMT3B с компонентами механизма конденсации митотических хромосом». Исследования нуклеиновых кислот . 32 (9): 2716–29. дои : 10.1093/nar/gkh589. ПМК 419596 . ПМИД  15148359. 
12. Кан ES, Пак CW, Чунг Дж. Х. (декабрь 2001 г.). «Dnmt3b, ДНК-метилтрансфераза de novo, взаимодействует с SUMO-1 и Ubc9 через свою N-концевую область и подвергается модификации SUMO-1». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 289 (4): 862–8. дои : 10.1006/bbrc.2001.6057. ПМИД  11735126.

дальнейшее чтение

• Вейменга С., Хансен Р.С., Гимелли Г., Бьёрк Э.Дж., Дэвис Э.Г., Валентайн Д., Белоградски Б.Х., ван Донген Дж.Дж., Смитс Д.Ф., ван ден Хеувел Л.П., Луйтен Дж.А., Стренгман Э., Уимэс К., Пирсон П.Л. (декабрь 2000 г.). «Генетические вариации синдрома ИКФ: доказательства генетической гетерогенности». Человеческая мутация . 16 (6): 509–17. doi : 10.1002/1098-1004(200012)16:6<509::AID-HUMU8>3.0.CO;2-V . PMID  11102980. S2CID  6746943.
• Окано М., Се С., Ли Э ​​(июль 1998 г.). «Клонирование и характеристика семейства новых метилтрансфераз ДНК (цитозин-5) млекопитающих». Природная генетика . 19 (3): 219–20. дои : 10.1038/890. PMID  9662389. S2CID  256263.
• Робертсон К.Д., Узволги Э., Лян Г., Талмадж С., Сумеги Дж., Гонсалес Ф.А., Джонс П.А. (июнь 1999 г.). «ДНК-метилтрансферазы человека (DNMT) 1, 3a и 3b: координируют экспрессию мРНК в нормальных тканях и сверхэкспрессию в опухолях». Исследования нуклеиновых кислот . 27 (11): 2291–8. дои : 10.1093/нар/27.11.2291. ПМЦ  148793 . ПМИД  10325416.
• Се С., Ван З., Окано М., Ногами М., Ли Ю., Хэ В.В., Окумура К., Ли Э. (август 1999 г.). «Клонирование, экспрессия и расположение хромосом семейства генов DNMT3 человека». Джин . 236 (1): 87–95. дои : 10.1016/S0378-1119(99)00252-8. ПМИД  10433969.
• Окано М., Белл Д.В., Хабер Д.А., Ли Э. (октябрь 1999 г.). «ДНК-метилтрансферазы Dnmt3a и Dnmt3b необходимы для метилирования de novo и развития млекопитающих». Клетка . 99 (3): 247–57. дои : 10.1016/S0092-8674(00)81656-6 . PMID  10555141. S2CID  15122892.
• Хансен Р.С., Вейменга К., Луо П., Станек А.М., Кэнфилд Т.К., Вимэс К.М., Гартлер С.М. (декабрь 1999 г.). «Ген ДНК-метилтрансферазы DNMT3B мутирует при синдроме иммунодефицита ИКФ». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (25): 14412–7. дои : 10.1073/pnas.96.25.14412 . ПМК  24450 . ПМИД  10588719.
• Сюй Г.Л., Бестор Т.Х., Бурси Д., Се К.Л., Томмеруп Н., Бугге М., Хультен М., Цюй Х, Руссо Дж.Дж., Вьегас-Пекиньо Э. (ноябрь 1999 г.). «Хромосомная нестабильность и синдром иммунодефицита, вызванные мутациями в гене ДНК-метилтрансферазы». Природа . 402 (6758): 187–91. дои : 10.1038/46052. PMID  10647011. S2CID  4338524.
• Хартли Дж.Л., Темпл Г.Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Геномные исследования . 10 (11): 1788–95. дои : 10.1101/гр.143000. ПМК  310948 . ПМИД  11076863.
• Фукс Ф., Бургерс В.А., Годин Н., Касаи М., Кузаридес Т. (май 2001 г.). «Dnmt3a связывает деацетилазы и рекрутируется с помощью специфичного для последовательности репрессора для подавления транскрипции». Журнал ЭМБО . 20 (10): 2536–44. дои : 10.1093/emboj/20.10.2536. ПМК  125250 . ПМИД  11350943.
• Кан Э.С., Пак К.В., Чунг Дж.Х. (декабрь 2001 г.). «Dnmt3b, ДНК-метилтрансфераза de novo, взаимодействует с SUMO-1 и Ubc9 через свою N-концевую область и подвергается модификации SUMO-1». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 289 (4): 862–8. дои : 10.1006/bbrc.2001.6057. ПМИД  11735126.
• Ри И, Бахман К.Э., Парк Б.Х., Джейр К.В., Йен Р.В., Шубель К.Е., Куи Х., Фейнберг А.П., Ленгауэр С., Кинцлер К.В., Байлин С.Б., Фогельштейн Б. (апрель 2002 г.). «DNMT1 и DNMT3b взаимодействуют, подавляя гены в раковых клетках человека». Природа . 416 (6880): 552–6. Бибкод : 2002Natur.416..552R. дои : 10.1038/416552a. PMID  11932749. S2CID  4397868.
• Хата К., Окано М., Лей Х., Ли Э ​​(апрель 2002 г.). «Dnmt3L сотрудничает с семейством Dnmt3 ДНК-метилтрансфераз de novo для установления материнских отпечатков у мышей». Разработка . 129 (8): 1983–93. дои : 10.1242/dev.129.8.1983. ПМИД  11934864.
• Болье Н., Морен С., Чут И.С., Роберт М.Ф., Нгуен Х., Маклауд А.Р. (август 2002 г.). «Важная роль ДНК-метилтрансферазы DNMT3B в выживании раковых клеток». Журнал биологической химии . 277 (31): 28176–81. дои : 10.1074/jbc.M204734200 . ПМИД  12015329.
• Сайто Ю., Канаи Ю., Сакамото М., Сайто Х., Исии Х., Хирохаши С. (июль 2002 г.). «Сверхэкспрессия сплайсингового варианта ДНК-метилтрансферазы 3b, DNMT3b4, связанная с гипометилированием ДНК в прицентромерных сателлитных областях во время гепатокарциногенеза человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (15): 10060–5. дои : 10.1073/pnas.152121799 . ПМК  126624 . ПМИД  12110732.
• Ким Г.Д., Ни Дж., Келесоглу Н., Робертс Р.Дж., Прадхан С. (август 2002 г.). «Сотрудничество и связь между содержанием человека и ДНК-метилтрансферазами de novo (цитозин-5)». Журнал ЭМБО . 21 (15): 4183–95. doi : 10.1093/emboj/cdf401. ПМК  126147 . ПМИД  12145218.
• Деплюс Р., Бреннер С., Бургерс В.А., Путманс П., Кузаридес Т., де Лонуа Ю., Фукс Ф. (сентябрь 2002 г.). «Dnmt3L представляет собой репрессор транскрипции, который рекрутирует деацетилазу гистонов». Исследования нуклеиновых кислот . 30 (17): 3831–8. дои : 10.1093/nar/gkf509. ПМК  137431 . ПМИД  12202768.
• Шен Х., Ван Л., Шпитц М.Р., Хун В.К., Мао Л., Вэй Ц. (сентябрь 2002 г.). «Новый полиморфизм промотора цитозиновой ДНК-метилтрансферазы-3B человека связан с повышенным риском рака легких». Исследования рака . 62 (17): 4992–5. ПМИД  12208751.
• Широдзу Х., Кубота Т., Кумазава А., Садо Т., Чиджива Т., Инагаки К., Суэтаке И., Тадзима С., Вакуи К., Мики Ю., Хаяси М., Фукусима Ю., Сасаки Х. (сентябрь 2002 г.). «Три новые мутации DNMT3B у японских пациентов с синдромом ИКФ». Американский журнал медицинской генетики . 112 (1): 31–7. дои : 10.1002/ajmg.10658. ПМИД  12239717.

Внешние ссылки

• DNMT3b в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
• ЭК 2.1.1.37