stringtranslate.com

Дэвид Дж. Липман

Дэвид Дж. Липман — американский биолог , который с 1989 [3] по 2017 год был директором Национального центра биотехнологической информации (NCBI) в Национальном институте здравоохранения . [4] [5] NCBI является домом GenBank , [6] американского узла Международного консорциума баз данных последовательностей , и PubMed , одного из наиболее часто используемых сайтов в мире для поиска и извлечения биомедицинской информации. Липман — один из первоначальных авторов программы выравнивания последовательностей BLAST и уважаемая фигура в биоинформатике . [7] [8] [9] В 2017 году он покинул NCBI и стал главным научным сотрудником в Impossible Foods . [10]

Образование

Липман получил степень бакалавра в Университете Брауна и степень доктора медицины в 1980 году в Университете Буффало, Государственном университете Нью-Йорка [11]

Карьера

Липман был основателем и директором Национального центра биотехнологической информации , части Национальной медицинской библиотеки в Национальных институтах здравоохранения США. Под его руководством NCBI вырос с менее чем дюжины человек до более чем 500 научных сотрудников, и теперь он размещает сотни научных и медицинских баз данных, включая GenBank , PubMed , PubMed Central , dbGaP, dbSNP, Sequence Read Archive (SRA), RefSeq, PubChem и многие другие. Внутренняя исследовательская программа NCBI включала группы под руководством Стивена Альтшула (еще одного соавтора BLAST), Дэвида Ландсмана, Юджина Кунина [12] (плодовитого автора по сравнительной геномике ) и Л. Аравинда.

Липман очень хорошо известен своей основополагающей работой над серией алгоритмов подобия последовательностей, начиная с алгоритма Уилбура-Липмана [13] в 1983 году, поиска FASTA [14] [15] в 1985 году, BLAST [16] в 1990 году и Gapped BLAST и PSI-BLAST [17] в 1997 году. BLAST в конечном итоге стал самой широко используемой и часто цитируемой (более 160 000 ссылок по состоянию на 2021 год) программой выравнивания последовательностей в этой области, а сервер NCBI BLAST сегодня является одним из наиболее часто используемых ресурсов.

Липман также много лет работал с Деннисом А. Бенсоном и другими в NCBI над поддержанием и улучшением GenBank , одной из крупнейших в мире баз данных геномных и белковых последовательностей. GenBank вместе с Европейским архивом нуклеотидов и Банком данных ДНК Японии образуют Международное сотрудничество баз данных нуклеотидных последовательностей (INSDC), полностью открытую, неограниченную базу данных геномных последовательностей, которая является мировым хранилищем таких данных с 1990 года. [18] [19] [20]

Он был одним из создателей проекта по секвенированию генома гриппа , проекта по секвенированию и предоставлению доступа к геномам тысяч изолятов вируса гриппа. [ необходима ссылка ]

Он был одним из первых, кто подписал Заявление Бетесды о публикациях в открытом доступе . [ необходима ссылка ]

Он также является главным редактором открытого рецензируемого научного онлайн - журнала Biology Direct . [ 21]

В мае 2017 года Липман оставил свою должность в NCBI, чтобы присоединиться к компании Impossible Foods, производящей мясо на растительной основе , в качестве главного научного сотрудника. [22]

Награды и почести

В 1996 году Липман получил премию Ассоциации учреждений биомолекулярных ресурсов за выдающийся вклад в биомолекулярные технологии.

В 2000 году он был избран в Национальную академию медицины . [23]

В 2004 году Международное общество вычислительной биологии наградило его премией ISCB Senior Scientist Award , а в 2009 году избрало его членом ISCB . [1] [24]

В 2005 году доктор Липман был избран в Национальную академию наук США . [ необходима ссылка ]

В 2013 году он получил награду Белого дома «Чемпион перемен» в номинации «Открытая наука». [25] [26]

В 2023 году ему была присуждена премия Фонда Уоррена Алперта . [27]

Ссылки

На сайте Scholia имеется профиль автора Дэвида Дж. Липмана .
  1. ^ ab Anon (2017). "ISCB Fellows". iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 2017-03-20.
  2. ^ "Sense from Sequences: Stephen F. Altschul on Bettering BLAST". 2000. Архивировано из оригинала 2007-10-07.
  3. ^ ab "Исследовательский институт публикует данные о генах в Интернете". The New York Times . 26 июня 1997 г.
  4. ^ "Дэвид Дж. Липман, доктор медицины, директор Национального центра биотехнологической информации". Архивировано из оригинала 2013-09-26.
  5. ^ "Open Access Now | Conversation with David Lipman". Biomedcentral.com . Архивировано из оригинала 29 июня 2011 г. Получено 2 июля 2011 г.
  6. ^ Бенсон, ДА; Карш-Мизраки, И.; Липман, ДЖ; Остелл, Дж.; Уилер, DL (2007). "GenBank". Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): D25–D30. doi :10.1093/nar/gkm929. PMC 2238942. PMID 18073190  . 
  7. ^ "david lipman – Google Scholar". Scholar.google.com . Получено 2017-03-26 .
  8. ^ Публикации Дэвида Дж. Липмана, проиндексированные Microsoft Academic [ мертвая ссылка ]
  9. ^ Дэвид Дж. Липман на сервере библиографии DBLP
  10. ^ "Национальная медицинская библиотека объявляет об уходе директора NCBI доктора Дэвида Липмана". www.nlm.nih.gov . Получено 05.05.2017 .
  11. ^ "David J. Lipman, MD Biography". nih.gov . Архивировано из оригинала 2017-02-11 . Получено 2017-02-09 .
  12. ^ Татусов, Р. Л.; Кунин, Э. В.; Липман, Д. Дж. (1997). «Геномный взгляд на семейства белков». Science . 278 (5338): 631–637. Bibcode :1997Sci...278..631T. doi :10.1126/science.278.5338.631. PMID  9381173.
  13. ^ Wilbur, WJ; Lipman, DJ (1983). "Быстрый поиск сходства в банках данных нуклеиновых кислот и белков". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 80 (3): 726–730. Bibcode :1983PNAS...80..726W. doi : 10.1073/pnas.80.3.726 . PMC 393452 . PMID  6572363. 
  14. ^ Липман, Д.; Пирсон, В. (1985). «Быстрый и чувствительный поиск сходства белков». Science . 227 (4693): 1435–1441. Bibcode :1985Sci...227.1435L. doi :10.1126/science.2983426. PMID  2983426.
  15. ^ Pearson, WR; Lipman, DJ (1988). «Улучшенные инструменты для сравнения биологических последовательностей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 85 (8): 2444–2448. Bibcode : 1988PNAS ...85.2444P. doi : 10.1073/pnas.85.8.2444 . PMC 280013. PMID  3162770. 
  16. ^ Altschul, Stephen ; Gish, Warren ; Miller, Webb ; Myers, Eugene ; Lipman, David (1990). "Базовый инструмент поиска локального выравнивания". Journal of Molecular Biology . 215 (3): 403–410. doi :10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID  2231712. S2CID  14441902.
  17. ^ Altschul, S. ; Madden, TL; Schäffer, AA; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W. ; Lipman, DJ (1997). "Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска в базе данных белков". Nucleic Acids Research . 25 (17): 3389–3402. doi :10.1093/nar/25.17.3389. PMC 146917 . PMID  9254694. 
  18. ^ Бенсон, ДА; Кавано, М.; Кларк, К.; Карш-Мизраки, И.; Липман, Д.Дж.; Остелл, Дж.; Сэйерс, Э.У. (2012). "GenBank". Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Выпуск базы данных): D36–D42. doi :10.1093/nar/gks1195. PMC 3531190. PMID  23193287 . 
  19. ^ Бенсон, ДА; Карш-Мизраки, И.; Кларк, К.; Липман, Д.Дж.; Остелл, Дж.; Сэйерс, Э.У. (2011). "GenBank". Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D48–D53. doi : 10.1093/nar/gkr1202. PMC 3245039. PMID  22144687. 
  20. ^ Бенсон, ДА; Карш-Мизраки, И.; Липман, Д.Дж.; Остелл, Дж.; Сэйерс, Э.У. (2010). "GenBank". Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D32–D37. doi :10.1093/nar/gkq1079. PMC 3013681. PMID  21071399 . 
  21. ^ "Biology Direct | Редакционная коллегия". Архивировано из оригинала 2011-09-30 . Получено 2011-10-28 .
  22. ^ "Национальная медицинская библиотека объявляет об уходе директора NCBI доктора Дэвида Липмана". www.nlm.nih.gov . Получено 04.05.2017 .
  23. ^ «Институт медицины выбирает новых членов».
  24. ^ "ISCB называет победителя премии Senior Scientist Accomplishment Award 2004, доктора Дэвида Липмана, информационный бюллетень ISCB 7-3". Iscb.org . Получено 2 июля 2011 г.
  25. ^ "Open Science | the White House". whitehouse.gov . Архивировано из оригинала 21.01.2017 . Получено 02.04.2016 – через Национальный архив .
  26. ^ "Доктор Дэвид Липман получает награду Белого дома "Открытая наука" Champions of Change Award от имени NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2 апреля 2016 г.
  27. ^ Премия Фонда Уоррена Алперта 2023 г.