База данных эукариотических патогенов , или EuPathDB , представляет собой базу данных биоинформатических и экспериментальных данных, относящихся к различным эукариотическим патогенам. Он был создан в 2006 году в рамках программы Национальных институтов здравоохранения с целью создания ресурсных центров биоинформатики для содействия исследованиям патогенов, которые могут представлять угрозу биозащиты. [ нужна цитация ] EuPathDB хранит данные, относящиеся к интересующим ее организмам, и предоставляет инструменты для поиска и анализа данных. В настоящее время он состоит из 14 компонентных баз данных, каждая из которых посвящена определенной теме исследования. EuPathDB включает в себя: [ нужна ссылка ]
Ресурсы по геномике, охватывающие эукариотических простейших паразитов
Реакция хоста на заражение паразитами (HostDB)
Ортологи (OrthoMCL)
Данные клинических исследований (ClinEpiDB)
Данные о микробиоме (MicrobiomeDB)
История
EuPathDB была создана в рамках программы Ресурсных центров биоинформатики Национального института здравоохранения под названием ApiDB, ресурса, предназначенного для освещения апикомплексных паразитов. [1] Первоначально ApiDB состоял из сайтов-компонентов CryptoDB (для Cryptosporidium ), PlasmoDB (для Plasmodium ) и ToxoDB (для Toxoplasma gondii ). [2] Поскольку ApiDB сосредоточился на эукариотических патогенах, выходящих за рамки Apicomplexans, название было изменено на EuPathDB, чтобы поддержать его расширенную сферу применения. [3] EuPathDB стал результатом сотрудничества многих различных паразитологов, включая Дэвида Рооса, Джессику Киссинджер и Дайанн Вирт . [4] [5]
Функции
Это интегрированная база данных, охватывающая эукариотические патогены нескольких родов. Это обеспечивает доступ к подробной информации о геноме , связанной с этими патогенами. EuPathDB ранее была известна как ApiDB и представляла собой интегрированный ресурс для апикомплексов , охватывающий базы данных связанных патогенов, ToxoDB, PiroplasmDB и CryptoDB. [2]
В настоящее время EuPathDB охватывает 11 баз данных, последним дополнением является база данных Piroplasma , которая поддерживает Babesia и Theileria . Этот BRC является одним из пяти центров, финансируемых для оказания поддержки исследовательским организациям. EuPath поддерживает исследование эукариотических патогенов, а остальные четыре центра поддерживают исследование возбудителей других заболеваний. [6] Он разработал сложную систему поиска, оказывающую неоценимую помощь исследователям. [3]
Базы данных компонентов
EuPathDB состоит из 14 баз данных компонентов, каждая из которых имеет определенную направленность: [7]
TriTrypDB (кинетопластиды, такие как виды Leishmania и Trypanosoma )
HostDB (реакция хоста на заражение паразитами)
OrthoMCL (для ортологичных белковых последовательностей)
ClinEpiDB (для данных клинических исследований)
MicrobiomeDB (для данных микробиома)
Рекомендации
^ Грин Дж.М., Коллинз Ф., Лефковиц Э.Дж., Роос Д., Шойерманн Р.Х., Собрал Б., Стивенс Р., Уайт О., Франкско В.Д. (2007). «Ресурсные центры биоинформатики Национального института аллергии и инфекционных заболеваний: новые активы для информатики патогенов». Инфекция и иммунитет . 75 (7): 3212–3219. дои : 10.1128/IAI.00105-07. ЧВК 1932942 . ПМИД 17420237.
^ ab Aurrecoechea C, Heiges M, Wang H, Wang Z, Fischer S, Rhodes P, Miller J, Kraemer E, Stoeckert CJ Jr, Roos DS, Kissinger JC (2007). «ApiDB: интегрированные ресурсы для апикомплексного ресурсного центра биоинформатики». Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (Проблема с базой данных): D427-30. doi : 10.1093/nar/gkl880. ПМЦ 1669770 . ПМИД 17098930.
^ ab Ауррекоэчеа С, Брестелли Дж, Бранк Б.П., Фишер С., Гаджрия Б., Гао X, Гингл А., Грант Г., Харб ОС, Хейгес М., Иннаморато Ф., Йодис Дж., Киссинджер Дж.К., Кремер Э.Т., Ли В., Миллер Дж.А., Наяк В., Пеннингтон С., Пинни Д.Ф., Роос Д.С., Росс С., Сринивасамурти Г., Стокерт С.Дж. младший, Тибодо Р., Тритман С., Ван Х (2010). «EuPathDB: портал баз данных эукариотических патогенов». Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D415-9. дои : 10.1093/nar/gkp941. ПМК 2808945 . ПМИД 19914931.
^ «Перепрограммированный паразитолог: профиль Дэвида Рооса» . Журнал «Ученый»® . Проверено 2 августа 2019 г.
^ «EuPathDB: Обо всем» . eupathdb.org . Проверено 2 августа 2019 г.
^ Aurrecoechea C, Barreto A и др. (2013). «EuPathDB: база данных эукариотических патогенов». Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D684-91. дои : 10.1093/nar/gks1113. ПМК 3531183 . ПМИД 23175615.
^ "Ресурс генома эукариотических патогенов" . EuPathDB . Проверено 11 ноября 2013 г.
