Лусинь Чжан

Канадский вычислительный биолог

Лусин Чжан — канадский вычислительный биолог . В настоящее время он является профессором кафедры математики в Национальном университете Сингапура . ^[1] Он известен своим вкладом в комбинаторную теорию полугрупп в математике. Кроме того, он известен своей работой по математическому пониманию филогенетических деревьев и сетей, а также анализу разнесенных семян для сравнения последовательностей в биоинформатике. ^[2]

Ранний период жизни

Лусинь Чжан вырос в Лояне, Хэнань, Китай . Он окончил университет Ланьчжоу, получив степень бакалавра по математике и степень магистра по математике. Затем он отправился в Канаду, чтобы получить докторскую степень по информатике в университете Ватерлоо , где он получил степень доктора философии по информатике, защитив диссертацию под названием «Эмуляции и вложения сеток деревьев и гиперкубов клик». ^{[1] [3] [4]}

Карьера

После постдокторских исследований в лаборатории Мин Ли Чжан начал свою независимую исследовательскую карьеру в 1996 году в Институте системных наук (в настоящее время Институт исследований инфокоммуникаций), где в 1997 году ему была присуждена трехлетняя постдокторская стипендия Ли Куан Ю. ^[5] Он представил метод переписывания строк для исследования проблемы слов и проблемы сопряженности в специальных моноидах . ^{[6] [7] [8]} Он обнаружил элегантную связь между потерей генов , дупликацией генов и затратами на неполную сортировку по родословной. Вместе со своими коллегами он разработал метод разложения компонентов дерева для изучения филогенетических сетей. ^[9] Этот метод дает решение открытой проблемы, касающейся содержания дерева, точного и асимптотического подсчета так называемых сетей «дерево-потомок» и масштабируемого метода для вывода минимальной филогении. Он также внес вклад в теоретические знания о разнесенных семенах для сравнения последовательностей и реконструкции последовательностей генома предков. ^[10]

Публикации

• Чжан Л. 1991. Сопряженность в специальных моноидах. Журнал алгебры 143: 487-497.
• Ма Б., Ли М., Чжан Л. От генных деревьев к деревьям видов. Журнал SIAM по вычислениям 30:729-752.
• Чой КП, Цзэн Ф, Чжан Л. Семена с хорошим интервалом для поиска гомологии. Биоинформатика 20:1053-1059.
• Ли, Гуолян; Стил, Майк; Чжан, Лусинь (01.08.2008). «Больше таксонов не обязательно лучше для реконструкции состояний предковых признаков». Systematic Biology . 57 (4): 647–653. arXiv : 0803.0195 . doi :10.1080/10635150802203898. ISSN  1063-5157. PMID  18709600. S2CID  1373201.
• Чжан, Лусинь (ноябрь 2011 г.). «От генных деревьев к деревьям видов II: вывод деревьев видов путем минимизации событий глубокого слияния». Труды IEEE/ACM по вычислительной биологии и биоинформатике . 8 (6): 1685–1691. doi :10.1109/TCBB.2011.83. ISSN  1557-9964. PMID  21576759. S2CID  226872.
• Tran, Ngoc Hieu; Choi, Kwok Pui; Zhang, Louxin (2013-08-06). «Подсчет мотивов в человеческом интерактоме». Nature Communications . 4 (1): 2241. Bibcode :2013NatCo...4.2241T. doi :10.1038/ncomms3241. ISSN  2041-1723. PMC  3741638 . PMID  23917172.
• Gambette, Philippe; Gunawan, Andreas DM; Labarre, Anthony; Vialette, Stéphane; Zhang, Louxin (2015). «Поиск дерева в филогенетической сети за квадратичное время». Исследования в области вычислительной молекулярной биологии . Конспект лекций по информатике. Том 9029. С. 96–107. arXiv : 1502.03379 . doi :10.1007/978-3-319-16706-0_12. ISBN 978-3-319-16705-3. S2CID  8258359.
• Чжэн, Юй; Чжан, Лусинь (17 августа 2017 г.). «Повторное согласование с небинарными генными деревьями». Журнал ACM . 64 (4): 24:1–24:28. doi :10.1145/3088512. ISSN  0004-5411. S2CID  7715566.
• Гунаван, Андреас ДМ; ДасГупта, Бхаскар; Чжан, Лусинь (2017-02-01). «Теорема разложения и два алгоритма для сетей, видимых с помощью ретикуляции». Информация и вычисления . 252 : 161–175. doi : 10.1016/j.ic.2016.11.001 . ISSN  0890-5401.
• Чжан, Луксин; Абхари, Нилуфар; Колейн, Кэролайн; У, Юфэн (03.01.2023). «Быстрый и масштабируемый метод вывода филогенетических сетей из деревьев путем выравнивания строк таксонов родословной». arXiv : 2301.00992 [q-bio.PE].

Ссылки

1. "Профиль Лусиня Чжана | Национальный университет Сингапура". discovery.nus.edu.sg . Получено 06.04.2023 .
2. "Домашняя страница". blog.nus.edu.sg . Получено 2023-04-06 .
3. "WebmedCentral.com :: Член редакционной коллегии WMC Plus". www.webmedcentral.com . Получено 2023-04-06 .
4. "新加坡国立大学Лосинь Чжан教授学术报告-山大计算机科学与技术学院" . www.cs.sdu.edu.cn. ​Проверено 6 апреля 2023 г.
5. "Lee Kuan Yew Postdoctoral Fellowship". NUS-ODPRT . Получено 2023-04-06 .
6. Чжан, Лусинь (ноябрь 1992 г.). «Применение методов переписывания к специальным моноидам». Математические труды Кембриджского философского общества . 112 (3): 495–505. Bibcode : 1992MPCPS.112..495Z. doi : 10.1017/S0305004100071176. ISSN  1469-8064. S2CID  15380487.
7. Чжан, Лусинь (1991-11-01). «Сопряженность в специальных моноидах». Журнал алгебры . 143 (2): 487–497. doi : 10.1016/0021-8693(91)90275-D . ISSN  0021-8693.
8. Чжан, Лусинь (1992-06-01). «О проблеме сопряженности для моноидов с одним соотношением и элементами конечного порядка». International Journal of Algebra and Computation . 02 (2): 209–220. doi :10.1142/S021819679200013X. ISSN  0218-1967.
9. Гунаван, Андреас ДМ; ДасГупта, Бхаскар; Чжан, Лусинь (2017-02-01). «Теорема разложения и два алгоритма для сетей, видимых с помощью ретикуляции». Информация и вычисления . 252 : 161–175. doi : 10.1016/j.ic.2016.11.001 . ISSN  0890-5401.
10. У, Юфэн; Чжан, Лусинь (2022-07-06). «Могут ли несколько филогенетических деревьев отображаться в сети «дерево-потомок» одновременно?». arXiv : 2207.02629 [q-bio.PE].