Manta была основана в 1998 году после покупки прав на франшизу у прекратившей свое существование Manta Sport . С 1999 по 2001 год клуб выступал в Segunda Categoría , третьем дивизионе эквадорской футбольной лиги, прежде чем в 2002 году был повышен до Serie . Manta снова выиграл повышение в 2003 году в Serie A впервые, но закончили сезон неудачно и были переведены обратно в Serie B, где провели следующие 6 сезонов. В 2009 году клуб вернулся в Serie A, но никаких титулов не было, и в 2014 году они снова были понижены.
В 2020 году они вернулись в эквадорскую Серию А и будут играть в первом дивизионе после семилетнего отсутствия.
Примечание: Флаги обозначают национальную сборную, как определено в правилах допуска ФИФА . Игроки могут иметь более одного гражданства, не являющегося членом ФИФА.
–
Фабиан Бустос (14 июля 2009 г. - 15 декабря 2010 г.) Габриэль Перроне (15 декабря 2010 г. – 3 мая 2011 г.)
Армандо Осма (30 августа 2011 г. - 13 декабря 2012 г.)
Эдвин Козар (15 декабря 2012 г. – 30 июня 2013 г.) Фабиан Бустос (2 июля 2013 г. - 31 декабря 2013 г.) Хуан Мануэль Ллоп (1 января 2014 г. - 1 августа 2014 г.) Хорхе Альфонсо (1 августа 2014 г. - 1 января 2015 г.)Джефферсон Уэрта (1 января 2015 г.–)