stringtranslate.com

MicX мРНК

MicX sRNA (ранее известная как A10 ) [1] — это небольшая некодирующая РНК, обнаруженная в Vibrio cholerae . [2] Она получила название MicX, поскольку имеет схожую функцию с MicA, MicC и MicF в E. coli . [3] MicX sRNA отрицательно регулирует белок внешней мембраны (кодируемый VC0972), а также компонент транспортера ABC (ген VC0620). [4] Эти взаимодействия были предсказаны и затем подтверждены с помощью ДНК-микрочипа . [2]

MicX был идентифицирован с помощью биоинформатического скрининга V. cholerae , который был предсказан ранее. [1] Уровни транскрипции этой sRNA сравнивались при нескольких условиях: было обнаружено, что она экспрессируется на всех протестированных средах ; более богатые среды немного снижали транскрипцию; подавление определенных сигма-факторов (δ S и δ E ) не изменяло транскрипцию, но она была резко снижена в отсутствие белка Hfq . [2] Это наблюдение согласуется с другими моделями экспрессии sRNA. [5] [6]

Ген РНК MicX перекрывается с VCA0943 — геном, кодирующим пермеазу транспортера мальтозы , — но рибонуклеаза РНКаза E обрабатывает транскрипт MicX, создавая активную и стабильную форму, содержащую только 3′ НТО VCA0943 . [2]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Livny J, Fogel MA, Davis BM, Waldor MK (2005). "sRNAPredict: интегративный вычислительный подход к идентификации sRNA в бактериальных геномах". Nucleic Acids Research . 33 (13): 4096–4105. doi :10.1093/nar/gki715. PMC  1180744. PMID  16049021 .
  2. ^ abcd Davis BM, Waldor MK (июль 2007 г.). «Обработка, зависящая от РНКазы E, стабилизирует MicX, sRNA Vibrio cholerae». Молекулярная микробиология . 65 (2): 373–385. doi :10.1111/j.1365-2958.2007.05796.x. PMC 1976385. PMID  17590231 . 
  3. ^ Mizuno T, Chou MY, Inouye M (апрель 1984 г.). «Уникальный механизм регуляции экспрессии генов: трансляционное ингибирование комплементарным транскриптом РНК (микроРНК)». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 81 (7): 1966–1970. Bibcode : 1984PNAS...81.1966M. doi : 10.1073/pnas.81.7.1966 . PMC 345417. PMID  6201848 . 
  4. ^ Song T, Mika F, Lindmark B, Liu Z, Schild S, Bishop A, Zhu J, Camilli A, Johansson J, Vogel J, Wai SN (октябрь 2008 г.). «Новая sRNA Vibrio cholerae модулирует колонизацию и влияет на высвобождение везикул внешней мембраны». Молекулярная микробиология . 70 (1): 100–111. doi : 10.1111/j.1365-2958.2008.06392.x. PMC 2628432. PMID  18681937. 
  5. ^ Sledjeski DD, Whitman C, Zhang A (март 2001). "Hfq необходим для регуляции нетранслируемой РНК DsrA". Журнал бактериологии . 183 (6): 1997–2005. doi : 10.1128/JB.183.6.1997-2005.2001. PMC 95095. PMID  11222598. 
  6. ^ Massé E, Escorcia FE, Gottesman S (октябрь 2003 г.). «Сопряженная деградация малой регуляторной РНК и ее мРНК-мишеней в Escherichia coli». Genes & Development . 17 (19): 2374–2383. doi :10.1101/gad.1127103. PMC 218075. PMID  12975324 . 

Дальнейшее чтение

Внешние ссылки