stringtranslate.com

Алисия Ошлак

Алисия Йинема Кейт Нунгарай Ошлак [3] [2] [5] — австралийский биоинформатик и соруководитель отдела вычислительной биологии в онкологическом центре Питера МакКаллума в Мельбурне , Виктория , Австралия. Она наиболее известна своей работой по разработке методов анализа транскриптомных данных [6] как меры экспрессии генов . Она охарактеризовала роль экспрессии генов в эволюции человека , сравнив людей, шимпанзе , орангутанов и макак-резусов , и совместно работает над анализом данных для улучшения использования клинического секвенирования образцов РНК с помощью РНКсек для диагностики заболеваний человека. [7]

Ранняя жизнь и образование

Алисия Ошлак родилась в Ролейстоне , Перт, в 1975 году. Она окончила колледж Варрнамбул в Виктории, Австралия, в 1993 году. [8] Она получила степень бакалавра наук (с отличием) (1994–98) в Мельбурнском университете , специализируясь на физике. Она осталась в Мельбурнском университете, чтобы получить докторскую степень по астрофизике , которую она защитила по теме центральной структуры радиоквазаров (1999–2003). [3] [9]

Карьера

Ошлак сменила карьеру, чтобы применить свои математические знания к генетике после перехода в Институт Уолтера и Элизы Холл , где она работала научным сотрудником (2003–07), а затем старшим научным сотрудником (2007–11) в Отделе биоинформатики. [10] Ошлак перешла в Детский научно-исследовательский институт Мердока в Мельбурне в 2011 году, чтобы занять должность руководителя отдела биоинформатики. В 2013 году она была назначена сопредседателем консультативной группы по геномике и биоинформатике для Melbourne Genomics Health Alliance [11]. Она также входила в организационный комитет Beyond the Genome в 2013 году. [12] В 2019 году Ошлак была назначена соруководителем отдела вычислительной биологии в Онкологическом центре Питера МакКаллума . [13] Она была избрана членом Австралийской академии здравоохранения и медицинских наук в 2021 году. [14] В 2022 году она была номинирована и получила высокую оценку на премии Research Australia Frontiers Award. [15]

Исследовать

У Scholia есть профиль Алисии Ошлак (Q17517288).

Анализ экспрессии генов

Исследования Ошлака [2] [5] [16] были сосредоточены на методах анализа экспрессии генома, в частности, на вычислительном и статистическом анализе данных транскриптома . Это включает работу над методами коррекции фона для двухцветных микрочипов, [17] нормализацию данных микрочипов, [18] сравнительный анализ данных РНКсек [19] [20] и нормализацию паттернов метилирования в данных чипа человеческой ДНК. [21]

Эволюция человека

Методология Ошлак позволила провести беспристрастный анализ уровней экспрессии генов у людей и других приматов. Ее работа, сравнивающая уровни экспрессии генов в тканях печени пяти особей из четырех разных видов приматов: людей, шимпанзе, орангутанов и макак-резусов, выявила быструю эволюцию факторов транскрипции у людей. [22] Дальнейшие смежные работы изучали изменения уровня экспрессии для этих факторов в различных тканях человека. [23] За эту работу Алисия Ошлак была награждена медалью Рут Гани за генетику человека Австралийской академией наук в 2011 году. [24]

Клинический анализ экспрессии генов

Ошлак разработала программный конвейер для выполнения клинического анализа данных секвенирования ДНК в диагностических целях. Эти инструменты в настоящее время используются для анализа данных секвенирования при диагностике кардиомиопатий в Victorian Clinical Genetics Service. [25] Она также разработала инструменты для анализа данных опухолей, в частности, для обнаружения мутаций, вызванных перестройкой генома опухоли, что приводит к онкогенным генам слияния. [26]

Личная жизнь

Были опубликованы взгляды Ошлака на баланс между работой и личной жизнью в науке [27] и на то, как биоинформатики доносят информацию до широкой аудитории на вечеринках [28] .

Ссылки

  1. ^ Конференция по геному Лорна - Награды
  2. ^ abc Публикации Алисии Ошлак, проиндексированные Google Scholar
  3. ^ abc Ошлак, Алисия Йинема Кейт Нунгараи. (2015). Центральная структура радиоквазаров (диссертация). Мельбурнский университет.
  4. ^ БИОГРАФИЧЕСКАЯ ЗАПИСЬ Ошлак, Алисия (1975 - ), Энциклопедия австралийской науки
  5. ^ ab Публикации Алисии Ошлак индексируются библиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)
  6. ^ Ошлак, А.; Уэйкфилд, М.Дж. (2009). «Смещение длины транскрипта в данных РНК-секвенирования затрудняет системную биологию». Biology Direct . 4 : 14. doi : 10.1186/1745-6150-4-14 . PMC 2678084. PMID  19371405 . 
  7. ↑ Интервью с Алисией Ошлак2013-10-22 на YouTube
  8. ^ "Australian Academy of Science - Dr Alicia Oshlac". Архивировано из оригинала 14 августа 2014 года . Получено 14 августа 2014 года .
  9. ^ Ошлак, AYKN; Вебстер, RL; Уайтинг, MT (2002). «Оценки масс черных дыр радиовыбранных квазаров». The Astrophysical Journal . 576 (1): 81–8. arXiv : astro-ph/0205171 . Bibcode : 2002ApJ...576...81O. doi : 10.1086/341729. S2CID  15343258.
  10. ^ Женщины в астрономии: профили карьеры: от астронома до руководителя биоинформатики
  11. ^ Мельбурн Геномикс
  12. ^ "Alicia Oshlac | Beyond the Genome 2013 | Mission Bay | San Francisco". Архивировано из оригинала 14 августа 2014 года . Получено 14 августа 2014 года .
  13. ^ "Назначен новый соруководитель программы вычислительной биологии". Peter MacCallum Cancer Centre . Октябрь 2019 г. Получено 13 августа 2020 г.
  14. ^ "Избрано 29 новых членов". AAHMS – Австралийская академия здравоохранения и медицинских наук . 26 октября 2021 г. Архивировано из оригинала 26 октября 2021 г. Получено 29 октября 2021 г.
  15. ^ "Финалисты премии Health & Medical Research Awards 2022". RESEARCH AUSTRALIA . Получено 9 декабря 2022 г.
  16. ^ Young, MD; Wakefield, MJ; Smyth, GK; Oshlack, A (2010). "Анализ онтологии генов для РНК-секвенирования: учет смещения отбора". Genome Biology . 11 (2): R14. doi : 10.1186/gb-2010-11-2-r14 . PMC 2872874 . PMID  20132535. 
  17. ^ Ritchie, ME; Silver, J; Oshlack, A; Holmes, M; Diyagama, D; Holloway, A; Smyth, GK (2007). "Сравнение методов коррекции фона для двухцветных микрочипов". Bioinformatics . 23 (20): 2700–7. doi : 10.1093/bioinformatics/btm412 . PMID  17720982.
  18. ^ Холлоуэй, А. Дж.; Ошлак, А.; Диягама, Д. С.; Боутелл, Д. Д.; Смит, Г. К. (2006). «Статистический анализ серии титрования РНК оценивает точность и чувствительность микрочипов на основе всего массива». BMC Bioinformatics . 7 : 511. doi : 10.1186/1471-2105-7-511 . PMC 1664592 . PMID  17118209. 
  19. ^ Робинсон, MD; Ошлак, A (2010). "Метод нормализации масштабирования для анализа дифференциальной экспрессии данных РНК-секвенирования". Genome Biology . 11 (3): R25. doi : 10.1186/gb-2010-11-3-r25 . PMC 2864565 . PMID  20196867. 
  20. ^ Ошлак, А.; Робинсон, М. Д.; Янг, М. Д. (2010). «От прочтений РНК-секвенирования до результатов дифференциальной экспрессии». Genome Biology . 11 (12): 220. doi : 10.1186/gb-2010-11-12-220 . PMC 3046478 . PMID  21176179. 
  21. ^ Максимович, Дж.; Гордон, Л.; Ошлак, А. (2012). "SWAN: Подмножество-квантиль в нормализации массива для чипов Illumina Infinium HumanMethylation450". Геномная биология . 13 (6): R44. doi : 10.1186/gb-2012-13-6-r44 . PMC 3446316. PMID  22703947 . 
  22. ^ Gilad, Y.; Oshlack, A.; Smyth, GK; Speed, TP ; White, KP (2006). «Профилирование экспрессии у приматов выявляет быструю эволюцию факторов транскрипции человека». Nature . 440 (7081): 242–245. Bibcode :2006Natur.440..242G. doi : 10.1038/nature04559 . PMID  16525476.
  23. ^ Blekhman, R; Oshlack, A; Chabot, AE; Smyth, GK; Gilad, Y (2008). «Регуляция генов у приматов развивается под давлением специфического для тканей отбора». PLOS Genetics . 4 (11): e1000271. doi : 10.1371/journal.pgen.1000271 . PMC 2581600. PMID  19023414 . 
  24. ^ "Australian Academy of Science - Awardees for 2011". Архивировано из оригинала 15 апреля 2014 года . Получено 14 августа 2014 года .
  25. ^ Викторианская клиническая генетическая служба (VCGS)
  26. ^ Маевски, IJ; Миттемпергер, Л.; Дэвидсон, Нью-Мексико; Босма, А.; Виллемс, С.М.; Хорлингс, ХМ; Де Ринк, И.; Грегер, Л.; Хойер, ГК; Питерс, Д.; Недерлоф, премьер-министр; Хофланд, И.; Де Йонг, Дж.; Весселинг, Дж.; Клюин, Р.Дж.; Бругман, В.; Керховен Р.; Нибур, Ф.; Ропман, П.; Брокс, А.; Мули, ТР; Джассем, Дж.; Никлински Дж.; Ван Зандвейк, Н.; Бразма, А.; Ошлак А.; Ван Ден Хеувел, М.; Бернардс, Р. (2013). «Идентификация рекуррентных слитых генов FGFR3 при раке легких посредством киноцентрированного секвенирования РНК». Журнал патологии . 230 (3): 270–276. doi : 10.1002/path.4209 . PMID  23661334.
  27. ^ Дин, Кэролайн ; Осборн, Мэри ; Ошлак, Алисия; Торнтон, Джанет (2012). «Женщины в науке». Геномная биология . 13 (3): 148. doi : 10.1186/gb4005 . PMC 3439960. PMID  22405408 . 
  28. ^ Ошлак, А. (2013). «10-шаговое руководство по ведению беседы для биоинформатиков». Genome Biology . 14 (1): 104. doi : 10.1186/gb-2013-14-1-104 . PMC 3663102. PMID  23360612 . 

Внешние ссылки